More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A3012 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A3012  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  100 
 
 
267 aa  529  1e-149  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.343858  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3072  binding-protein-dependent transporter inner membrane protein  34.03 
 
 
244 aa  128  1.0000000000000001e-28  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0084  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.43 
 
 
272 aa  125  6e-28  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0395984  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8149  ABC transporter  30.28 
 
 
266 aa  123  3e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.828592  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.87 
 
 
267 aa  122  9e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6717  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  33.62 
 
 
280 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00799546  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1567  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.47 
 
 
261 aa  120  1.9999999999999998e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.260601  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3799  ornithine carbamoyltransferase  30.04 
 
 
260 aa  120  3e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.195582 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5055  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  29.87 
 
 
264 aa  116  3e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.429894 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3393  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.6 
 
 
282 aa  115  6e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3864  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.34 
 
 
279 aa  115  1.0000000000000001e-24  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.623194  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3073  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.92 
 
 
284 aa  114  2.0000000000000002e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.446798  normal  0.0908777 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1339  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  29.48 
 
 
266 aa  113  3e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4005  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  29.48 
 
 
266 aa  113  3e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000178374 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1009  ornithine carbamoyltransferase  30.4 
 
 
266 aa  113  3e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1400  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  29.88 
 
 
266 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1201  spermidine/putrescine ABC transporter permease  29.88 
 
 
266 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.440242  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1179  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  29.88 
 
 
266 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1181  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  29.88 
 
 
266 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0752832  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1299  spermidine/putrescine ABC transporter permease  29.88 
 
 
266 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1377  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  29.88 
 
 
266 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000768374 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4754  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.18 
 
 
264 aa  112  4.0000000000000004e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0313  ornithine carbamoyltransferase  32.26 
 
 
273 aa  111  1.0000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.516071  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17620  polyamine transport protein PotC  31.76 
 
 
256 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3144  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  29.52 
 
 
262 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.058701  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1644  ornithine carbamoyltransferase  29.14 
 
 
285 aa  111  2.0000000000000002e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.574087 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2805  ornithine carbamoyltransferase  33.33 
 
 
276 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.465458  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0166  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.62 
 
 
272 aa  111  2.0000000000000002e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1532  polyamine transport protein PotC  31.33 
 
 
256 aa  110  3e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1203  ornithine carbamoyltransferase  27.42 
 
 
266 aa  109  4.0000000000000004e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1928  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.88 
 
 
259 aa  109  4.0000000000000004e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.420428  hitchhiker  0.000000201518 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2838  ornithine carbamoyltransferase  29.24 
 
 
286 aa  108  6e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000365648  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2802  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.57 
 
 
284 aa  108  1e-22  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.153237 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04230  putative permease of ABC transporter  32.98 
 
 
262 aa  108  1e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4067  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.27 
 
 
268 aa  107  2e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.319859  normal  0.968203 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1884  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.51 
 
 
277 aa  107  2e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6885  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.74 
 
 
279 aa  107  3e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.471707  normal  0.190136 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2930  spermidine/putrescine ABC transporter inner membrane protein  30.74 
 
 
279 aa  107  3e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2359  putative polyamine ABC transporter, permease protein  29.87 
 
 
289 aa  106  4e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2498  putative polyamine ABC transporter, permease protein  29.87 
 
 
289 aa  106  4e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.633965  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0812  polyamine ABC transporter, permease protein  29.87 
 
 
279 aa  105  5e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.610714  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2333  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  29.15 
 
 
264 aa  105  7e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.161709  normal  0.782854 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5876  ABC transporter membrane spanning protein (spermidine/putrescine)  31.56 
 
 
281 aa  105  7e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.413281  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1105  polyamine ABC transporter, permease protein  29.88 
 
 
267 aa  105  1e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2522  ABC transporter, permease protein  29.15 
 
 
264 aa  105  1e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8304  ABC transporter  29.86 
 
 
265 aa  105  1e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0178234  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.12 
 
 
264 aa  104  1e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.381273  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2121  putative spermidine/putrescine transport system permease protein  23.48 
 
 
265 aa  104  1e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1847  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  29.17 
 
 
254 aa  105  1e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0489966  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1063  ornithine carbamoyltransferase  28.88 
 
 
293 aa  104  1e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3390  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.49 
 
 
285 aa  105  1e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.861555  normal  0.576892 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0410  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.37 
 
 
272 aa  103  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00439076  hitchhiker  0.00000318128 
 
 
-
 
NC_004310  BR1609  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  31.13 
 
 
273 aa  104  2e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0392744  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3539  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.51 
 
 
264 aa  103  2e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.447694  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0645  polyamine ABC transporter, permease protein  29.87 
 
 
279 aa  103  2e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.637437  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4324  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.87 
 
 
279 aa  104  2e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.644272 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0748  polyamine/opine/phosphonate ABC transporter inner membrane protein  29.44 
 
 
264 aa  104  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.467059  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3606  Ornithine carbamoyltransferase  30.73 
 
 
288 aa  103  2e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.129461 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3135  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.46 
 
 
285 aa  104  2e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.372706  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4429  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.12 
 
 
264 aa  104  2e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.186422  normal  0.676109 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3925  ornithine carbamoyltransferase  31.52 
 
 
273 aa  104  2e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.13527  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1023  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.19 
 
 
272 aa  104  2e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3854  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.22 
 
 
273 aa  103  3e-21  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.181021  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0103  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.58 
 
 
275 aa  103  3e-21  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.51 
 
 
264 aa  103  3e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.628457 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2579  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.87 
 
 
277 aa  103  4e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.715101  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1684  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  30.4 
 
 
300 aa  102  6e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.396396 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1441  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  29.88 
 
 
266 aa  102  6e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0782345  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4254  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.71 
 
 
280 aa  102  6e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0526069  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0378  Ornithine carbamoyltransferase  31.37 
 
 
272 aa  102  7e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0255644  hitchhiker  0.00261516 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0325  Ornithine carbamoyltransferase  27.5 
 
 
268 aa  102  7e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000489255  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1644  ornithine carbamoyltransferase  28.27 
 
 
272 aa  101  1e-20  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5060  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.63 
 
 
264 aa  101  1e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.183233 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5122  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  28.24 
 
 
274 aa  101  1e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.026759  normal  0.638371 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0016  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  26.05 
 
 
268 aa  101  1e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1598  inner membrane ABC-transporter permease protein  26.92 
 
 
268 aa  101  1e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.131611  normal  0.983656 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2167  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  29.49 
 
 
278 aa  101  1e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00407242  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1645  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.05 
 
 
268 aa  101  1e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.858414  normal  0.553019 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4730  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.63 
 
 
264 aa  101  1e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.293753  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3633  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.63 
 
 
264 aa  101  1e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.332864 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.24 
 
 
275 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3272  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.49 
 
 
269 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.24 
 
 
275 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.355956 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2171  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.89 
 
 
268 aa  100  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.0038105  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4966  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.4 
 
 
295 aa  100  2e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.102355  normal  0.118273 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3815  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.49 
 
 
281 aa  100  2e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.723291  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1115  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.49 
 
 
281 aa  100  2e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360283  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2817  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.94 
 
 
287 aa  100  2e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3299  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.49 
 
 
278 aa  101  2e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.735344  normal  0.669781 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1281  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30 
 
 
278 aa  100  2e-20  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0163082  normal  0.45751 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0203  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.13 
 
 
265 aa  100  3e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.973641  normal  0.52762 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1451  ornithine carbamoyltransferase  28.8 
 
 
256 aa  99.8  4e-20  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1012  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  31.92 
 
 
262 aa  99.8  4e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.783092  normal  0.343359 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4000  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.54 
 
 
275 aa  99.8  4e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.360042  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3606  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.49 
 
 
281 aa  99.8  4e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.49 
 
 
281 aa  99.8  4e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.140944  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0913  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.3 
 
 
284 aa  100  4e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3921  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.49 
 
 
281 aa  99.8  4e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4276  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.88 
 
 
279 aa  99.4  6e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.704911 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4662  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.05 
 
 
278 aa  99  6e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.445054  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>