61 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2016 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_2016  beta-lactamase domain protein  100 
 
 		 271 aa  561  1.0000000000000001e-159  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.412379  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2410  beta-lactamase domain protein  93.73 
 
 		 346 aa  533  1e-150  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2212  hypothetical protein  86.99 
 
 		 279 aa  498  1e-140  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0043  Beta-lactamase-like  71.09 
 
 		 263 aa  390  1e-107  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.15569  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0019  beta-lactamase-like protein  68.9 
 
 		 257 aa  380  1e-104  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1152  Beta-lactamase-like  55.86 
 
 		 257 aa  313  2.9999999999999996e-84  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4836  beta-lactamase domain-containing protein  52.61 
 
 		 277 aa  311  5.999999999999999e-84  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.139855  normal  0.62202 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0991  beta-lactamase domain-containing protein  52.65 
 
 		 278 aa  301  6.000000000000001e-81  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.856291 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0695  beta-lactamase domain protein  53.75 
 
 		 278 aa  294  8e-79  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0715  beta-lactamase domain-containing protein  53.75 
 
 		 278 aa  294  8e-79  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.349181 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5584  beta-lactamase domain-containing protein  51.49 
 
 		 275 aa  294  9e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2256  metallo-beta-lactamase family protein  52.11 
 
 		 263 aa  283  2.0000000000000002e-75  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.267581  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1903  beta-lactamase domain protein  52.11 
 
 		 263 aa  283  2.0000000000000002e-75  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4918  hypothetical protein  51.72 
 
 		 261 aa  281  7.000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.553345  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1283  beta-lactamase domain-containing protein  53.91 
 
 		 253 aa  280  2e-74  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000047241 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56540  hypothetical protein  51.34 
 
 		 261 aa  280  2e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.340165  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1128  beta-lactamase domain-containing protein  51.92 
 
 		 261 aa  271  1e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2738  beta-lactamase domain protein  50.38 
 
 		 257 aa  270  2e-71  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.304936  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2153  beta-lactamase domain-containing protein  49.62 
 
 		 266 aa  267  1e-70  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6137  hypothetical protein  47.84 
 
 		 253 aa  234  1.0000000000000001e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.858246  normal  0.0280833 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1332  beta-lactamase domain protein  42.29 
 
 		 254 aa  216  2.9999999999999998e-55  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0932  beta-lactamase domain-containing protein  43.48 
 
 		 253 aa  199  3.9999999999999996e-50  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0910  beta-lactamase domain-containing protein  43.48 
 
 		 253 aa  199  3.9999999999999996e-50  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0700  beta-lactamase domain-containing protein  38.52 
 
 		 257 aa  197  2.0000000000000003e-49  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0941  beta-lactamase domain-containing protein  38.62 
 
 		 247 aa  196  4.0000000000000005e-49  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2498  metallo-beta-lactamase family protein  39.27 
 
 		 255 aa  188  7e-47  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00000115664  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1679  beta-lactamase domain protein  40.16 
 
 		 263 aa  187  1e-46  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0391  beta-lactamase domain protein  41.92 
 
 		 259 aa  184  9e-46  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00479759  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1458  uncharacterized flavoprotein  40.57 
 
 		 244 aa  182  4.0000000000000006e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.408198  normal  0.862843 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1741  beta-lactamase domain-containing protein  40.08 
 
 		 243 aa  181  1e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1868  beta-lactamase domain-containing protein  37.9 
 
 		 254 aa  180  2e-44  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.000140017  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0356  beta-lactamase domain-containing protein  35.63 
 
 		 259 aa  177  2e-43  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0995  Beta-lactamase-like  41.1 
 
 		 246 aa  175  8e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1892  beta-lactamase domain-containing protein  37.34 
 
 		 246 aa  170  2e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2746  beta-lactamase domain-containing protein  37.76 
 
 		 244 aa  170  2e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.512099 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0517  hypothetical protein  47.2 
 
 		 291 aa  126  4.0000000000000003e-28  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.0063692  hitchhiker  0.000555484 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1990  histidine kinase  24.89 
 
 		 508 aa  74.3  0.000000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.586982  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3006  beta-lactamase domain protein  26.67 
 
 		 344 aa  66.6  0.0000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00535485  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3524  beta-lactamase domain protein  26.41 
 
 		 370 aa  63.2  0.000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1716  beta-lactamase domain protein  25.75 
 
 		 371 aa  62  0.00000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.128961  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2294  beta-lactamase domain protein  26.15 
 
 		 397 aa  57.4  0.0000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000125791  hitchhiker  0.00000061463 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0323  beta-lactamase domain-containing protein  24.42 
 
 		 392 aa  57  0.0000004  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.625439  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0266  beta-lactamase domain protein  25 
 
 		 374 aa  55.8  0.0000008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2012  beta-lactamase domain protein  24.07 
 
 		 402 aa  53.9  0.000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000125952  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0783  metallo-beta-lactamase family protein  26.22 
 
 		 406 aa  52  0.00001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0425  beta-lactamase domain-containing protein  23.47 
 
 		 387 aa  50.8  0.00002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1509  beta-lactamase domain-containing protein  22.96 
 
 		 387 aa  50.4  0.00003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0770  metallo-beta-lactamase family protein  25.61 
 
 		 406 aa  50.1  0.00004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.226143  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0410  beta-lactamase domain-containing protein  22.56 
 
 		 387 aa  49.3  0.00007  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0202  beta-lactamase domain-containing protein  24.47 
 
 		 402 aa  48.5  0.0001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2363  putative flavoprotein  23.5 
 
 		 508 aa  48.1  0.0001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.547266  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0043  flavoprotein  22.75 
 
 		 593 aa  47  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3353  flavoprotein A  24.06 
 
 		 403 aa  47  0.0003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00104416  normal  0.102932 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1435  beta-lactamase domain protein  21.33 
 
 		 400 aa  46.6  0.0005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0284  metallo-beta-lactamase family protein  24.72 
 
 		 399 aa  46.2  0.0006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0275  metallo-beta-lactamase family flavodoxin  24.72 
 
 		 399 aa  46.2  0.0006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_119390  Diflavin flavoprotein A 1-like protein  27.23 
 
 		 638 aa  45.1  0.001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.254321  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2771  beta-lactamase-like protein  21.39 
 
 		 378 aa  45.1  0.001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2179  flavodoxin  22.55 
 
 		 393 aa  42.7  0.006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.438585  normal  0.181254 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2054  putative flavoprotein  22.06 
 
 		 884 aa  42.7  0.007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0448617  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22500  beta-lactamase domain protein  22.55 
 
 		 391 aa  42  0.01  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000416658  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>