More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1939 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1939  inner-membrane translocator  100 
 
 		 307 aa  579  1e-164  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.491739  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4764  inner-membrane translocator  70.72 
 
 		 308 aa  416  9.999999999999999e-116  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.498502 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0066  inner-membrane translocator  71.38 
 
 		 308 aa  411  1e-114  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4091  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  77.18 
 
 		 309 aa  409  1e-113  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.082194  normal  0.0443848 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1817  inner-membrane translocator  69.93 
 
 		 306 aa  389  1e-107  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.536801  normal  0.0200073 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0484  inner-membrane translocator  61.33 
 
 		 306 aa  335  5e-91  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2283  inner-membrane translocator  29.7 
 
 		 318 aa  120  1.9999999999999998e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1319  inner-membrane translocator  34.13 
 
 		 372 aa  120  3.9999999999999996e-26  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2301  inner-membrane translocator  31.94 
 
 		 328 aa  119  7.999999999999999e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.281867 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3519  ABC transporter related  32.17 
 
 		 643 aa  113  3e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.971696  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1582  inner-membrane translocator  27.65 
 
 		 313 aa  112  8.000000000000001e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1828  inner-membrane translocator  31.25 
 
 		 331 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000769607  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1618  ABC transporter related  27.36 
 
 		 616 aa  108  8.000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.103337  normal  1 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2919  inner-membrane translocator  29.12 
 
 		 332 aa  108  8.000000000000001e-23  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1480  inner-membrane translocator  29.19 
 
 		 407 aa  107  3e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0337  branched-chain amino acid ABC transporter, permease/ATP-binding protein  30.18 
 
 		 609 aa  105  1e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0312  inner-membrane translocator  28.79 
 
 		 326 aa  105  1e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.950676  normal  0.481983 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4055  ABC transporter related  31.5 
 
 		 663 aa  105  1e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3556  inner-membrane translocator  32.26 
 
 		 340 aa  104  2e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0669576  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3708  branched chain amino acid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  31.05 
 
 		 646 aa  104  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.400523  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5640  inner-membrane translocator  30.25 
 
 		 317 aa  104  2e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1663  inner-membrane translocator  29.22 
 
 		 326 aa  103  3e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0936  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  30.74 
 
 		 656 aa  102  6e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0175058  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0913  ABC transporter related  29.27 
 
 		 646 aa  102  7e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2520  inner-membrane translocator  31.84 
 
 		 323 aa  102  1e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1090  inner-membrane translocator  28.01 
 
 		 359 aa  101  2e-20  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.538994  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3618  inner-membrane translocator  27.48 
 
 		 328 aa  100  3e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.466346  normal  0.345258 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0610  ABC transporter related  30.45 
 
 		 647 aa  100  3e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3531  inner-membrane translocator  31.77 
 
 		 340 aa  100  4e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.696528 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0851  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  28.09 
 
 		 333 aa  100  4e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.589569  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2951  inner-membrane translocator  31.16 
 
 		 323 aa  98.6  1e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0213557  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4071  inner-membrane translocator  26.3 
 
 		 327 aa  98.6  1e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.23992 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3367  inner-membrane translocator  31.45 
 
 		 342 aa  97.4  2e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1079  inner-membrane translocator  30.82 
 
 		 333 aa  97.8  2e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.710188  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3838  inner-membrane translocator  30.25 
 
 		 315 aa  97.8  2e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.242692  normal  0.204744 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6433  inner-membrane translocator  29.35 
 
 		 344 aa  97.1  3e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0224691  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2422  inner-membrane translocator  30 
 
 		 355 aa  97.4  3e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.892613  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1286  inner-membrane translocator  29.96 
 
 		 337 aa  97.1  4e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.20936  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3840  inner-membrane translocator  28.36 
 
 		 349 aa  97.1  4e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0125888  normal  0.96964 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1379  inner-membrane translocator  34.06 
 
 		 317 aa  97.1  4e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1448  inner-membrane translocator  29.96 
 
 		 337 aa  97.1  4e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00412694  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0957  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.72 
 
 		 331 aa  96.7  5e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.834531  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0462  inner-membrane translocator  30.08 
 
 		 331 aa  96.7  5e-19  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2886  putative ABC transporter permiase component  28.24 
 
 		 334 aa  95.9  7e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0441971 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0670  inner-membrane translocator  33.55 
 
 		 335 aa  95.9  8e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1675  inner-membrane translocator  31.65 
 
 		 314 aa  95.1  1e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.675221  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5953  inner-membrane translocator  30.56 
 
 		 343 aa  95.1  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0291485  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1439  inner-membrane translocator  32.22 
 
 		 330 aa  95.1  1e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.674436  normal  0.355177 
 
 
-
 
NC_002936  DET0944  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  29.41 
 
 		 350 aa  94.7  2e-18  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.223424  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3293  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  30.6 
 
 		 332 aa  94.4  2e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.11625  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1708  inner-membrane translocator  26.75 
 
 		 348 aa  94.7  2e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.550604  normal  0.0112984 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4025  inner-membrane translocator  30.6 
 
 		 332 aa  94.4  2e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0078  inner-membrane translocator  31.25 
 
 		 324 aa  94.7  2e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2025  inner-membrane translocator  30.66 
 
 		 339 aa  94.7  2e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4103  ABC transporter related  30.25 
 
 		 582 aa  94.7  2e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3483  inner-membrane translocator  29.02 
 
 		 328 aa  94  3e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.742895  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0010  inner-membrane translocator  30.26 
 
 		 309 aa  94  3e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00370487 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0089  inner-membrane translocator  31.25 
 
 		 324 aa  94  3e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.828472 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5160  inner-membrane translocator  29.01 
 
 		 332 aa  94  3e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.767449  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4441  ABC transporter related  25.89 
 
 		 603 aa  94  3e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_815  ABC-type branched-chain amino acid transport system, permease component  29.04 
 
 		 350 aa  93.6  3e-18  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.488573  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1482  inner-membrane translocator  29.45 
 
 		 360 aa  93.6  4e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0143  inner-membrane translocator  28.81 
 
 		 311 aa  93.6  4e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2332  inner-membrane translocator  31.46 
 
 		 324 aa  93.2  5e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.404854  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3688  inner-membrane translocator  29.1 
 
 		 330 aa  92.8  6e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3806  inner-membrane translocator  33.47 
 
 		 386 aa  92.8  7e-18  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.868336  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0828  inner-membrane translocator  28.68 
 
 		 350 aa  92.8  7e-18  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1849  inner-membrane translocator  27.86 
 
 		 328 aa  92.4  8e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.200349 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1532  inner-membrane translocator  26.83 
 
 		 368 aa  92  1e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.378741  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2365  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  26.73 
 
 		 339 aa  92  1e-17  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.554509  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3659  inner-membrane translocator  25.42 
 
 		 341 aa  92  1e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1437  inner-membrane translocator  26.83 
 
 		 368 aa  92  1e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3164  inner-membrane translocator  30.6 
 
 		 324 aa  92  1e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.317947  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0897  inner-membrane translocator  25.96 
 
 		 357 aa  91.7  1e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3576  ABC transporter related  33.9 
 
 		 838 aa  92  1e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3407  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  27.37 
 
 		 298 aa  91.3  2e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000473911 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0261  inner-membrane translocator  26.67 
 
 		 324 aa  90.9  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0366  inner-membrane translocator  28.24 
 
 		 310 aa  91.3  2e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000392686  unclonable  0.0000000558621 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2358  inner-membrane translocator  27 
 
 		 348 aa  91.7  2e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.165636  normal  0.556674 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3307  inner-membrane translocator  29.47 
 
 		 314 aa  90.9  2e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1608  inner-membrane translocator  28.3 
 
 		 356 aa  91.3  2e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0142848  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0021  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  28.57 
 
 		 323 aa  91.3  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.901563  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3911  inner-membrane translocator  28.57 
 
 		 323 aa  90.9  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.658147  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4108  inner-membrane translocator  31.45 
 
 		 361 aa  91.3  2e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5819  inner-membrane translocator  33.46 
 
 		 329 aa  90.5  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.186482  normal  0.157265 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2203  inner-membrane translocator  33.19 
 
 		 302 aa  90.5  3e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2868  inner-membrane translocator  31.6 
 
 		 330 aa  90.5  3e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3750  ABC transporter related  27.01 
 
 		 603 aa  90.5  3e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.408417  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3320  inner-membrane translocator  28.19 
 
 		 334 aa  90.5  3e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3288  hypothetical protein  30.6 
 
 		 332 aa  90.9  3e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.334199  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1818  inner-membrane translocator  31.14 
 
 		 313 aa  90.9  3e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2754  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  27.27 
 
 		 325 aa  90.1  4e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.129032  normal  0.265528 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3647  inner-membrane translocator  28.68 
 
 		 315 aa  90.1  4e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0606167  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2128  inner-membrane translocator  28.92 
 
 		 337 aa  89.7  5e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1836  ABC transporter related  27.99 
 
 		 648 aa  90.1  5e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0483035  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3595  inner-membrane translocator  31.64 
 
 		 311 aa  89.7  5e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.612179 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1674  inner-membrane translocator  27.04 
 
 		 358 aa  89.7  5e-17  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3516  inner-membrane translocator  32.68 
 
 		 344 aa  89.7  6e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.1335 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1679  inner-membrane translocator  29.18 
 
 		 317 aa  89.4  6e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2587  inner-membrane translocator  29.25 
 
 		 317 aa  89.4  7e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.629922  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>