More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0143 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_0143  inner-membrane translocator  100 
 
 		 311 aa  610  1e-173  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3647  inner-membrane translocator  39.04 
 
 		 315 aa  189  5.999999999999999e-47  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0606167  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5640  inner-membrane translocator  37.01 
 
 		 317 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2142  inner-membrane translocator  37.67 
 
 		 324 aa  169  8e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.711821 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1582  inner-membrane translocator  34.6 
 
 		 313 aa  159  5e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1097  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.85 
 
 		 315 aa  158  9e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.701299  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1828  inner-membrane translocator  32.44 
 
 		 331 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000769607  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1090  inner-membrane translocator  32.72 
 
 		 359 aa  144  1e-33  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.538994  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1480  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 407 aa  145  1e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2283  inner-membrane translocator  32.08 
 
 		 318 aa  142  8e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1437  inner-membrane translocator  33.81 
 
 		 368 aa  141  9.999999999999999e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0115  inner-membrane translocator  32.76 
 
 		 325 aa  141  9.999999999999999e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1532  inner-membrane translocator  33.81 
 
 		 368 aa  141  9.999999999999999e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.378741  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2007  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.02 
 
 		 357 aa  139  7.999999999999999e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.551976  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0801  inner-membrane translocator  34.49 
 
 		 326 aa  138  1e-31  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.950338 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2609  inner-membrane translocator  31.88 
 
 		 415 aa  137  2e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3750  ABC transporter related  31.69 
 
 		 603 aa  137  2e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.408417  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2754  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  31.61 
 
 		 325 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.129032  normal  0.265528 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2128  inner-membrane translocator  33.22 
 
 		 337 aa  136  5e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2301  inner-membrane translocator  34.01 
 
 		 328 aa  136  5e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.281867 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1453  inner-membrane translocator  35.14 
 
 		 366 aa  135  6.0000000000000005e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.230295  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0221  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  33.8 
 
 		 328 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.126663  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0851  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.46 
 
 		 333 aa  135  9.999999999999999e-31  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.589569  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2395  inner-membrane translocator  31.67 
 
 		 407 aa  133  3e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1663  inner-membrane translocator  32.81 
 
 		 326 aa  132  6e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1732  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.89 
 
 		 326 aa  132  9e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4441  ABC transporter related  33.33 
 
 		 603 aa  130  3e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0260  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.88 
 
 		 322 aa  129  9.000000000000001e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2587  inner-membrane translocator  33.23 
 
 		 317 aa  128  9.000000000000001e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.629922  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3206  inner-membrane translocator  32.23 
 
 		 318 aa  128  9.000000000000001e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1821  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 328 aa  128  1.0000000000000001e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0908  inner-membrane translocator  31 
 
 		 338 aa  128  1.0000000000000001e-28  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.579851  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2365  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.05 
 
 		 339 aa  127  2.0000000000000002e-28  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.554509  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1974  inner-membrane translocator  33.21 
 
 		 317 aa  127  3e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1673  inner-membrane translocator  33.1 
 
 		 319 aa  127  3e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0337  branched-chain amino acid ABC transporter, permease/ATP-binding protein  30.26 
 
 		 609 aa  125  6e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2318  ABC transporter related protein  33.92 
 
 		 589 aa  125  7e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3618  inner-membrane translocator  31.58 
 
 		 328 aa  124  2e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.466346  normal  0.345258 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0312  inner-membrane translocator  28.34 
 
 		 326 aa  124  2e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.950676  normal  0.481983 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1407  inner-membrane translocator  35.86 
 
 		 332 aa  124  3e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.14353  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2426  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  33.23 
 
 		 368 aa  123  3e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1679  inner-membrane translocator  32.48 
 
 		 317 aa  123  3e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1139  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  30.75 
 
 		 418 aa  123  5e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.268722  normal  0.229928 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1173  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  31.12 
 
 		 418 aa  123  5e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.556835  normal  0.907427 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1500  inner-membrane translocator  33.81 
 
 		 336 aa  122  6e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.101712  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3820  inner-membrane translocator  33.77 
 
 		 328 aa  122  7e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0270491  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4278  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  30.75 
 
 		 418 aa  122  9e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.264378  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1863  inner-membrane translocator  32.48 
 
 		 321 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1944  inner-membrane translocator  35 
 
 		 297 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2886  putative ABC transporter permiase component  31.31 
 
 		 334 aa  122  9.999999999999999e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0441971 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1708  inner-membrane translocator  29.77 
 
 		 348 aa  122  9.999999999999999e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.550604  normal  0.0112984 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3027  inner-membrane translocator  31.76 
 
 		 393 aa  120  1.9999999999999998e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.56847  normal  0.739943 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1156  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  30.75 
 
 		 418 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.652627  normal  0.0268072 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1564  inner-membrane translocator  32.18 
 
 		 339 aa  121  1.9999999999999998e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0836  inner-membrane translocator  32.88 
 
 		 318 aa  121  1.9999999999999998e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.997362 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3398  inner-membrane translocator  28.03 
 
 		 335 aa  121  1.9999999999999998e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0288037 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0261  inner-membrane translocator  30.48 
 
 		 324 aa  120  3e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1100  inner-membrane translocator  30.79 
 
 		 343 aa  119  6e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0111942  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3393  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.23 
 
 		 307 aa  119  7e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2128  inner-membrane translocator  31.93 
 
 		 344 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.212047  normal  0.208516 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2977  inner-membrane translocator  30.14 
 
 		 454 aa  117  1.9999999999999998e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0670  inner-membrane translocator  33.02 
 
 		 335 aa  117  1.9999999999999998e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1849  inner-membrane translocator  31.25 
 
 		 328 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.200349 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0474  inner-membrane translocator  31.61 
 
 		 336 aa  117  3e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0065  inner-membrane translocator  34.3 
 
 		 282 aa  116  3.9999999999999997e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.123483 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1618  ABC transporter related  27.78 
 
 		 616 aa  116  6e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.103337  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2187  inner-membrane translocator  35.77 
 
 		 320 aa  115  6.9999999999999995e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3363  inner-membrane translocator  32.66 
 
 		 358 aa  115  7.999999999999999e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.585542 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0897  inner-membrane translocator  30.29 
 
 		 357 aa  115  1.0000000000000001e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3847  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  29.85 
 
 		 421 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0194014  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19630  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  29.43 
 
 		 418 aa  115  1.0000000000000001e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000188502  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1386  inner-membrane translocator  32.97 
 
 		 312 aa  115  1.0000000000000001e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2040  inner-membrane translocator  35.77 
 
 		 320 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000437253 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6413  inner-membrane translocator  29.51 
 
 		 389 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0406  inner-membrane translocator  32.85 
 
 		 327 aa  114  3e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0311713  normal  0.305027 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2711  inner-membrane translocator  32.32 
 
 		 358 aa  114  3e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1246  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  29.52 
 
 		 418 aa  114  3e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.6169 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3103  inner-membrane translocator  31.35 
 
 		 354 aa  114  3e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2104  inner-membrane translocator  32.03 
 
 		 398 aa  113  4.0000000000000004e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3838  inner-membrane translocator  31.07 
 
 		 315 aa  113  5e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.242692  normal  0.204744 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1289  inner-membrane translocator  31.7 
 
 		 399 aa  112  6e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4110  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  29.25 
 
 		 421 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.015431  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4305  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  28.66 
 
 		 417 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1950  inner-membrane translocator  30.82 
 
 		 328 aa  112  7.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2500  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 407 aa  112  8.000000000000001e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.62609  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0272  inner-membrane translocator  30.58 
 
 		 353 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.337151  normal  0.772291 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2363  inner-membrane translocator  35.99 
 
 		 325 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0322104  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2016  inner-membrane translocator  32.64 
 
 		 318 aa  111  2.0000000000000002e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.292526 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0678  inner-membrane translocator  30.06 
 
 		 314 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.297461  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1140  inner-membrane translocator  32.89 
 
 		 328 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.129861 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1595  inner-membrane translocator  31.06 
 
 		 355 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4865  inner-membrane translocator  29.05 
 
 		 435 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.307682  hitchhiker  0.00000605126 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3507  inner-membrane translocator  27.69 
 
 		 373 aa  110  3e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4333  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  28.57 
 
 		 412 aa  110  3e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.546398  normal  0.109331 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3071  inner-membrane translocator  29.13 
 
 		 463 aa  110  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.730301  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2752  inner-membrane translocator  32.98 
 
 		 330 aa  110  3e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4743  inner-membrane translocator  29.36 
 
 		 433 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127702  hitchhiker  0.000000177935 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50540  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  28.21 
 
 		 417 aa  110  3e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0377625 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1471  inner-membrane translocator  29.87 
 
 		 376 aa  110  3e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.959824  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0006  inner-membrane translocator  29.72 
 
 		 344 aa  110  4.0000000000000004e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.273042  hitchhiker  0.0000215345 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>