221 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1709 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_1709  hypothetical protein  100 
 
 		 388 aa  751    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.615575  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6456  hypothetical protein  66.67 
 
 		 367 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.267604 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2900  hypothetical protein  66.67 
 
 		 379 aa  440  9.999999999999999e-123  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44170  hypothetical protein  61.24 
 
 		 368 aa  380  1e-104  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.392978  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0748  hypothetical protein  55.26 
 
 		 365 aa  348  1e-94  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0752  hypothetical protein  56.14 
 
 		 365 aa  347  3e-94  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0379564  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0714  permease  55.26 
 
 		 365 aa  343  4e-93  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0333328  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4469  hypothetical protein  57.31 
 
 		 365 aa  342  8e-93  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0580151  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0120  hypothetical protein  47.93 
 
 		 370 aa  325  1e-87  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2910  hypothetical protein  41.48 
 
 		 369 aa  305  8.000000000000001e-82  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2819  hypothetical protein  41.36 
 
 		 369 aa  301  1e-80  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2741  hypothetical protein  41.36 
 
 		 369 aa  300  2e-80  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0593  hypothetical protein  41.53 
 
 		 376 aa  300  3e-80  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.356961  normal  0.748294 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1843  hypothetical protein  37.83 
 
 		 383 aa  252  8.000000000000001e-66  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0691  hypothetical protein  39.45 
 
 		 377 aa  242  7e-63  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.627447 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06643  hypothetical protein  40 
 
 		 365 aa  236  5.0000000000000005e-61  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4608  hypothetical protein  36.89 
 
 		 370 aa  233  5e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.991825  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001141  hypothetical protein  41.73 
 
 		 382 aa  231  1e-59  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0862  hypothetical protein  35.09 
 
 		 360 aa  216  8e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1020  membrane protein  36.1 
 
 		 355 aa  213  5.999999999999999e-54  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2169  hypothetical protein  37.57 
 
 		 354 aa  211  1e-53  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.344347  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1906  membrane protein  38.23 
 
 		 353 aa  208  1e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0890459  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3036  protein of unknown function UPF0118  36.72 
 
 		 363 aa  204  2e-51  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3084  protein of unknown function UPF0118  36.72 
 
 		 363 aa  204  2e-51  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4043  protein of unknown function UPF0118  35.41 
 
 		 385 aa  185  1.0000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5187  hypothetical protein  33.05 
 
 		 381 aa  174  2.9999999999999996e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.503723 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4349  hypothetical protein  37.53 
 
 		 368 aa  168  1e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.287718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2633  hypothetical protein  32.29 
 
 		 365 aa  164  3e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3486  hypothetical protein  32.92 
 
 		 375 aa  150  4e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.12464 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1746  putative inner membrane protein  30.25 
 
 		 371 aa  146  8.000000000000001e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00422506 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0405  hypothetical protein  29.1 
 
 		 374 aa  145  1e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2756  putative inner membrane protein  31.53 
 
 		 369 aa  145  1e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3734  hypothetical protein  31.9 
 
 		 350 aa  143  5e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0582  hypothetical protein  31.18 
 
 		 367 aa  142  9e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0275552  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4162  hypothetical protein  32.52 
 
 		 350 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2403  putative inner membrane protein  30.33 
 
 		 370 aa  140  3e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0340493 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1229  permease  30.94 
 
 		 366 aa  140  3e-32  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.632798 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01657  predicted inner membrane protein  30.33 
 
 		 370 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1954  protein of unknown function UPF0118  30.33 
 
 		 370 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.133227  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1658  putative inner membrane protein  31.27 
 
 		 364 aa  140  3.9999999999999997e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2029  hypothetical protein  29.82 
 
 		 348 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.850073 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1904  putative inner membrane protein  30.33 
 
 		 370 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1769  putative inner membrane protein  30.33 
 
 		 370 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1943  putative inner membrane protein  30.33 
 
 		 370 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000987664 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1508  putative inner membrane protein  30.33 
 
 		 370 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000188442 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1889  putative inner membrane protein  30.33 
 
 		 370 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3398  hypothetical protein  31.16 
 
 		 360 aa  139  7e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1844  putative inner membrane protein  30.23 
 
 		 367 aa  139  7.999999999999999e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1738  putative inner membrane protein  30.23 
 
 		 367 aa  139  7.999999999999999e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1705  hypothetical protein  32.31 
 
 		 349 aa  139  8.999999999999999e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.873743  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3487  hypothetical protein  31.31 
 
 		 354 aa  136  8e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2221  lipoprotein, putative  29.91 
 
 		 349 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0102435  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2454  putative inner membrane protein  29.57 
 
 		 395 aa  135  9.999999999999999e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.272244  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2597  putative inner membrane protein  30.23 
 
 		 365 aa  135  9.999999999999999e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1690  putative inner membrane protein  29.17 
 
 		 370 aa  134  3e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.534784  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4200  hypothetical protein  31.02 
 
 		 346 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1808  putative inner membrane protein  27.87 
 
 		 372 aa  128  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1495  putative inner membrane protein  28.14 
 
 		 372 aa  128  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00138717 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1460  putative inner membrane protein  28.14 
 
 		 372 aa  128  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.539422  normal  0.149027 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1979  putative inner membrane protein  28.14 
 
 		 372 aa  128  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.591827  hitchhiker  0.00000561887 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1476  putative inner membrane protein  28.14 
 
 		 372 aa  128  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.655079  hitchhiker  0.000276 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2175  hypothetical protein  30.75 
 
 		 366 aa  127  5e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0131226 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2676  hypothetical protein  30.03 
 
 		 388 aa  125  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3648  hypothetical protein  30.38 
 
 		 354 aa  120  6e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.505772  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43510  hypothetical protein  29.94 
 
 		 355 aa  119  7.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10160  hypothetical protein  30.61 
 
 		 364 aa  108  2e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.406243  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1381  protein of unknown function UPF0118  29.25 
 
 		 371 aa  108  2e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  unclonable  0.0000000171014  decreased coverage  0.00070323 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0192  protein of unknown function UPF0118  30.77 
 
 		 358 aa  107  5e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.146754  normal  0.226796 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1686  hypothetical protein  27.75 
 
 		 390 aa  106  6e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5665  hypothetical protein  30.31 
 
 		 362 aa  104  3e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2457  hypothetical protein  31.23 
 
 		 362 aa  102  1e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4411  protein of unknown function UPF0118  25.13 
 
 		 389 aa  101  2e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3174  hypothetical protein  29.25 
 
 		 371 aa  100  4e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000169461  normal  0.752301 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4130  hypothetical protein  24.71 
 
 		 406 aa  99  1e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.189132  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1973  hypothetical protein  28.04 
 
 		 382 aa  97.8  3e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000012652  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3950  protein of unknown function UPF0118  28.69 
 
 		 360 aa  95.5  1e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29820  hypothetical protein  28 
 
 		 352 aa  90.5  4e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0125581  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2549  hypothetical protein  28 
 
 		 352 aa  90.5  5e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.705186  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1821  hypothetical protein  31.33 
 
 		 381 aa  88.2  2e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.693161 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1907  protein of unknown function UPF0118  31.33 
 
 		 352 aa  88.2  2e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.492921  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0826  hypothetical protein  27.71 
 
 		 369 aa  88.2  2e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.981363  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3492  hypothetical protein  27.49 
 
 		 387 aa  87  5e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.705437  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0338  hypothetical protein  27.86 
 
 		 365 aa  85.1  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.88474  normal  0.474349 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2868  hypothetical protein  26.51 
 
 		 358 aa  84.7  0.000000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.838475  normal  0.0422213 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0549  protein of unknown function UPF0118  28.23 
 
 		 384 aa  84  0.000000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0941477  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0271  hypothetical protein  22.68 
 
 		 379 aa  82.8  0.000000000000009  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0737  hypothetical protein  28.18 
 
 		 356 aa  82.4  0.00000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.203827  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0810  protein of unknown function UPF0118  25.78 
 
 		 351 aa  80.9  0.00000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0661  hypothetical protein  25.78 
 
 		 351 aa  80.9  0.00000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2289  hypothetical protein  25.51 
 
 		 353 aa  80.1  0.00000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.864507  normal  0.333993 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4061  hypothetical protein  26.16 
 
 		 351 aa  80.1  0.00000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3717  hypothetical protein  27.06 
 
 		 353 aa  80.1  0.00000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.396811  normal  0.610069 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2709  hypothetical protein  22.48 
 
 		 362 aa  79.7  0.00000000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2425  hypothetical protein  27.67 
 
 		 363 aa  79.7  0.00000000000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2050  hypothetical protein  24.17 
 
 		 373 aa  79.3  0.0000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3210  hypothetical protein  28.35 
 
 		 354 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.212604 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0529  hypothetical protein  26.04 
 
 		 352 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0540  protein of unknown function UPF0118  27 
 
 		 349 aa  78.2  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5011  protein of unknown function UPF0118  25.68 
 
 		 359 aa  78.6  0.0000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.022243  normal  0.128908 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4931  hypothetical protein  27.61 
 
 		 351 aa  77.8  0.0000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>