260 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_4608 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_4608  hypothetical protein  100 
 
 
370 aa  729    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.991825  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1843  hypothetical protein  41.71 
 
 
383 aa  278  8e-74  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1906  membrane protein  45.2 
 
 
353 aa  271  1e-71  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0890459  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1020  membrane protein  40.74 
 
 
355 aa  268  1e-70  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6456  hypothetical protein  37.78 
 
 
367 aa  252  7e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.267604 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0691  hypothetical protein  36.34 
 
 
377 aa  251  2e-65  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.627447 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06643  hypothetical protein  39.6 
 
 
365 aa  248  1e-64  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0593  hypothetical protein  35.31 
 
 
376 aa  246  4e-64  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.356961  normal  0.748294 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2169  hypothetical protein  36.71 
 
 
354 aa  245  8e-64  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.344347  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2900  hypothetical protein  39.13 
 
 
379 aa  244  9.999999999999999e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44170  hypothetical protein  40.79 
 
 
368 aa  243  3.9999999999999997e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.392978  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0120  hypothetical protein  36.81 
 
 
370 aa  240  2.9999999999999997e-62  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2741  hypothetical protein  34.96 
 
 
369 aa  237  2e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2819  hypothetical protein  34.96 
 
 
369 aa  236  3e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2910  hypothetical protein  34.69 
 
 
369 aa  231  2e-59  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001141  hypothetical protein  38.24 
 
 
382 aa  230  3e-59  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0862  hypothetical protein  34.79 
 
 
360 aa  226  6e-58  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3036  protein of unknown function UPF0118  36.71 
 
 
363 aa  225  9e-58  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3084  protein of unknown function UPF0118  36.71 
 
 
363 aa  225  9e-58  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1709  hypothetical protein  36.89 
 
 
388 aa  221  9.999999999999999e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.615575  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0752  hypothetical protein  35.8 
 
 
365 aa  206  5e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0379564  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4469  hypothetical protein  36.65 
 
 
365 aa  206  8e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0580151  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0748  hypothetical protein  35.51 
 
 
365 aa  204  3e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0714  permease  36.08 
 
 
365 aa  203  4e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0333328  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4043  protein of unknown function UPF0118  31.61 
 
 
385 aa  194  2e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5187  hypothetical protein  33.81 
 
 
381 aa  190  2.9999999999999997e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.503723 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4349  hypothetical protein  35.26 
 
 
368 aa  188  1e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.287718  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1690  putative inner membrane protein  31.18 
 
 
370 aa  165  1.0000000000000001e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.534784  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2633  hypothetical protein  30.75 
 
 
365 aa  163  4.0000000000000004e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1738  putative inner membrane protein  31.1 
 
 
367 aa  162  7e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1844  putative inner membrane protein  31.1 
 
 
367 aa  162  7e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1658  putative inner membrane protein  29.29 
 
 
364 aa  161  2e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2597  putative inner membrane protein  31.61 
 
 
365 aa  159  8e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3734  hypothetical protein  31.25 
 
 
350 aa  157  3e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2756  putative inner membrane protein  30.77 
 
 
369 aa  155  9e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3486  hypothetical protein  30.84 
 
 
375 aa  154  2e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.12464 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2175  hypothetical protein  32.29 
 
 
366 aa  154  2e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0131226 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1746  putative inner membrane protein  27.68 
 
 
371 aa  152  1e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00422506 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2454  putative inner membrane protein  28.76 
 
 
395 aa  152  1e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.272244  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2029  hypothetical protein  29.18 
 
 
348 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.850073 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1705  hypothetical protein  29.36 
 
 
349 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.873743  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4162  hypothetical protein  30.28 
 
 
350 aa  147  3e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2221  lipoprotein, putative  30.12 
 
 
349 aa  147  3e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0102435  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3487  hypothetical protein  31.56 
 
 
354 aa  147  3e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4200  hypothetical protein  29.69 
 
 
346 aa  145  2e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5665  hypothetical protein  29.91 
 
 
362 aa  143  4e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01657  predicted inner membrane protein  25.29 
 
 
370 aa  139  1e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1954  protein of unknown function UPF0118  25.29 
 
 
370 aa  139  1e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.133227  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1904  putative inner membrane protein  25.29 
 
 
370 aa  139  1e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2403  putative inner membrane protein  25.29 
 
 
370 aa  139  1e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0340493 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1889  putative inner membrane protein  25.29 
 
 
370 aa  139  1e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1508  putative inner membrane protein  25.29 
 
 
370 aa  139  1e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000188442 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1943  putative inner membrane protein  25.29 
 
 
370 aa  139  1e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000987664 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1769  putative inner membrane protein  25.29 
 
 
370 aa  139  1e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0405  hypothetical protein  26.52 
 
 
374 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3648  hypothetical protein  30.86 
 
 
354 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.505772  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3398  hypothetical protein  27.11 
 
 
360 aa  132  1.0000000000000001e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1460  putative inner membrane protein  26.21 
 
 
372 aa  131  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.539422  normal  0.149027 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1808  putative inner membrane protein  25.93 
 
 
372 aa  131  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1476  putative inner membrane protein  26.21 
 
 
372 aa  131  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.655079  hitchhiker  0.000276 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1979  putative inner membrane protein  26.21 
 
 
372 aa  131  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.591827  hitchhiker  0.00000561887 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1495  putative inner membrane protein  26.21 
 
 
372 aa  131  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00138717 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0582  hypothetical protein  28.61 
 
 
367 aa  130  5.0000000000000004e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0275552  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43510  hypothetical protein  30.38 
 
 
355 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1229  permease  26.22 
 
 
366 aa  127  2.0000000000000002e-28  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.632798 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2676  hypothetical protein  27.81 
 
 
388 aa  124  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1381  protein of unknown function UPF0118  24.86 
 
 
371 aa  123  6e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  unclonable  0.0000000171014  decreased coverage  0.00070323 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1686  hypothetical protein  27.93 
 
 
390 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10160  hypothetical protein  28.57 
 
 
364 aa  120  3.9999999999999996e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.406243  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1973  hypothetical protein  24.77 
 
 
382 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000012652  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3174  hypothetical protein  25.56 
 
 
371 aa  116  6e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000169461  normal  0.752301 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0192  protein of unknown function UPF0118  23.55 
 
 
358 aa  114  2.0000000000000002e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.146754  normal  0.226796 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4061  hypothetical protein  25.94 
 
 
351 aa  113  6e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2457  hypothetical protein  30.58 
 
 
362 aa  107  3e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0271  hypothetical protein  22.4 
 
 
379 aa  102  1e-20  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0661  hypothetical protein  26.53 
 
 
351 aa  99.4  9e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0810  protein of unknown function UPF0118  26.53 
 
 
351 aa  99.4  9e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0297  hypothetical protein  23.36 
 
 
379 aa  99.4  9e-20  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.738414 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2311  protein of unknown function UPF0118  25.96 
 
 
393 aa  93.6  5e-18  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29820  hypothetical protein  25 
 
 
352 aa  93.2  6e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0125581  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0826  hypothetical protein  25.96 
 
 
369 aa  90.9  3e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.981363  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2549  hypothetical protein  25.45 
 
 
352 aa  91.3  3e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.705186  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0901  protein of unknown function UPF0118  24.04 
 
 
365 aa  90.5  4e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0268  protein of unknown function UPF0118  21.41 
 
 
363 aa  89.4  9e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0013  hypothetical protein  25.79 
 
 
363 aa  89  1e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00247664 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3950  protein of unknown function UPF0118  23.98 
 
 
360 aa  87  4e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1578  protein of unknown function UPF0118  20.8 
 
 
373 aa  86.7  7e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.373133  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2601  hypothetical protein  24.93 
 
 
352 aa  86.3  9e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.99204  normal  0.455316 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2868  hypothetical protein  25.89 
 
 
358 aa  85.9  0.000000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.838475  normal  0.0422213 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0152  putative lipoprotein  23.68 
 
 
361 aa  84.3  0.000000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2709  hypothetical protein  20.44 
 
 
362 aa  83.6  0.000000000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3531  hypothetical protein  24.78 
 
 
354 aa  83.6  0.000000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.43917  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0560  protein of unknown function UPF0118  23.71 
 
 
339 aa  83.6  0.000000000000006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4130  hypothetical protein  24.08 
 
 
406 aa  83.2  0.000000000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.189132  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2209  hypothetical protein  21.53 
 
 
409 aa  83.2  0.000000000000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4053  hypothetical protein  24.78 
 
 
361 aa  83.2  0.000000000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.920687 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4411  protein of unknown function UPF0118  24 
 
 
389 aa  82  0.00000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1830  hypothetical protein  22.82 
 
 
354 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1563  hypothetical protein  26.98 
 
 
398 aa  80.9  0.00000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.78708  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2207  hypothetical protein  23.67 
 
 
354 aa  80.1  0.00000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>