227 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_0748 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0714  permease  97.53 
 
 		 365 aa  635    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0333328  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0748  hypothetical protein  100 
 
 		 365 aa  701    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0752  hypothetical protein  95.34 
 
 		 365 aa  630  1e-179  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0379564  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4469  hypothetical protein  87.4 
 
 		 365 aa  574  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0580151  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2900  hypothetical protein  58.45 
 
 		 379 aa  394  1e-108  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6456  hypothetical protein  55.28 
 
 		 367 aa  377  1e-103  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.267604 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44170  hypothetical protein  58.19 
 
 		 368 aa  365  1e-100  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.392978  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1709  hypothetical protein  55.26 
 
 		 388 aa  349  5e-95  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.615575  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0120  hypothetical protein  50.87 
 
 		 370 aa  323  3e-87  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0593  hypothetical protein  44.48 
 
 		 376 aa  303  3.0000000000000004e-81  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.356961  normal  0.748294 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2910  hypothetical protein  44.6 
 
 		 369 aa  303  4.0000000000000003e-81  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2741  hypothetical protein  44.19 
 
 		 369 aa  299  6e-80  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2819  hypothetical protein  44.03 
 
 		 369 aa  296  4e-79  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1843  hypothetical protein  39.65 
 
 		 383 aa  246  4.9999999999999997e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0691  hypothetical protein  40.29 
 
 		 377 aa  240  2e-62  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.627447 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001141  hypothetical protein  40.28 
 
 		 382 aa  236  3e-61  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06643  hypothetical protein  39.7 
 
 		 365 aa  235  9e-61  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1020  membrane protein  38.89 
 
 		 355 aa  223  4e-57  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4608  hypothetical protein  35.51 
 
 		 370 aa  211  2e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.991825  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1906  membrane protein  37.85 
 
 		 353 aa  211  2e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0890459  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3036  protein of unknown function UPF0118  37.39 
 
 		 363 aa  203  3e-51  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3084  protein of unknown function UPF0118  37.39 
 
 		 363 aa  203  3e-51  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0862  hypothetical protein  36.34 
 
 		 360 aa  203  4e-51  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2169  hypothetical protein  36.01 
 
 		 354 aa  199  6e-50  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.344347  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4043  protein of unknown function UPF0118  34.2 
 
 		 385 aa  196  7e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5187  hypothetical protein  34.23 
 
 		 381 aa  186  5e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.503723 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2633  hypothetical protein  32.67 
 
 		 365 aa  168  1e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4349  hypothetical protein  39.32 
 
 		 368 aa  167  4e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.287718  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0405  hypothetical protein  32.58 
 
 		 374 aa  157  3e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3486  hypothetical protein  34.11 
 
 		 375 aa  150  2e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.12464 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0582  hypothetical protein  32.11 
 
 		 367 aa  145  1e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0275552  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3398  hypothetical protein  30.6 
 
 		 360 aa  142  9.999999999999999e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1844  putative inner membrane protein  29.65 
 
 		 367 aa  140  3e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1738  putative inner membrane protein  29.65 
 
 		 367 aa  140  3e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2597  putative inner membrane protein  29.57 
 
 		 365 aa  137  2e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1746  putative inner membrane protein  28.37 
 
 		 371 aa  137  2e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00422506 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1229  permease  28.61 
 
 		 366 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.632798 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1690  putative inner membrane protein  29.97 
 
 		 370 aa  137  3.0000000000000003e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.534784  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1658  putative inner membrane protein  30.68 
 
 		 364 aa  137  3.0000000000000003e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1686  hypothetical protein  31.52 
 
 		 390 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2756  putative inner membrane protein  31.25 
 
 		 369 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1508  putative inner membrane protein  30.64 
 
 		 370 aa  132  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000188442 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01657  predicted inner membrane protein  30.64 
 
 		 370 aa  131  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1954  protein of unknown function UPF0118  30.64 
 
 		 370 aa  131  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.133227  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1889  putative inner membrane protein  30.64 
 
 		 370 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1904  putative inner membrane protein  30.64 
 
 		 370 aa  131  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2676  hypothetical protein  31.48 
 
 		 388 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2403  putative inner membrane protein  30.64 
 
 		 370 aa  131  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0340493 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1943  putative inner membrane protein  30.64 
 
 		 370 aa  131  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000987664 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2454  putative inner membrane protein  30.66 
 
 		 395 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.272244  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1769  putative inner membrane protein  30.64 
 
 		 370 aa  131  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2029  hypothetical protein  29.19 
 
 		 348 aa  126  5e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.850073 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1973  hypothetical protein  29.97 
 
 		 382 aa  125  1e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000012652  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2221  lipoprotein, putative  29.36 
 
 		 349 aa  124  2e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0102435  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2175  hypothetical protein  31.03 
 
 		 366 aa  123  4e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0131226 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1381  protein of unknown function UPF0118  29.6 
 
 		 371 aa  122  9e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  unclonable  0.0000000171014  decreased coverage  0.00070323 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3174  hypothetical protein  29.47 
 
 		 371 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000169461  normal  0.752301 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1476  putative inner membrane protein  29.86 
 
 		 372 aa  120  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.655079  hitchhiker  0.000276 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1495  putative inner membrane protein  29.86 
 
 		 372 aa  120  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00138717 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3734  hypothetical protein  28.57 
 
 		 350 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1979  putative inner membrane protein  29.86 
 
 		 372 aa  120  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.591827  hitchhiker  0.00000561887 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1460  putative inner membrane protein  29.86 
 
 		 372 aa  120  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.539422  normal  0.149027 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1808  putative inner membrane protein  29.58 
 
 		 372 aa  120  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4200  hypothetical protein  28.31 
 
 		 346 aa  119  6e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4162  hypothetical protein  28.88 
 
 		 350 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3648  hypothetical protein  30.54 
 
 		 354 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.505772  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1705  hypothetical protein  28.96 
 
 		 349 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.873743  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43510  hypothetical protein  30.91 
 
 		 355 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3487  hypothetical protein  28.61 
 
 		 354 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5665  hypothetical protein  27.37 
 
 		 362 aa  101  2e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10160  hypothetical protein  30.42 
 
 		 364 aa  99.4  8e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.406243  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4130  hypothetical protein  25.88 
 
 		 406 aa  98.6  1e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.189132  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4411  protein of unknown function UPF0118  25.39 
 
 		 389 aa  97.1  4e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2457  hypothetical protein  29.01 
 
 		 362 aa  96.3  7e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3492  hypothetical protein  27.99 
 
 		 387 aa  94.4  3e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.705437  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2709  hypothetical protein  28.83 
 
 		 362 aa  93.6  5e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0661  hypothetical protein  29.01 
 
 		 351 aa  92.8  8e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0810  protein of unknown function UPF0118  29.01 
 
 		 351 aa  92.8  8e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0192  protein of unknown function UPF0118  25.76 
 
 		 358 aa  92  2e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.146754  normal  0.226796 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29820  hypothetical protein  29.13 
 
 		 352 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0125581  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0338  hypothetical protein  29.17 
 
 		 365 aa  89.7  6e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.88474  normal  0.474349 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0826  hypothetical protein  23.84 
 
 		 369 aa  89.4  9e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.981363  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3280  hypothetical protein  25.5 
 
 		 361 aa  88.6  1e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.300759  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0901  protein of unknown function UPF0118  26.58 
 
 		 365 aa  88.6  2e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2050  hypothetical protein  25.94 
 
 		 373 aa  87.8  2e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2549  hypothetical protein  28.48 
 
 		 352 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.705186  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0737  hypothetical protein  29.45 
 
 		 356 aa  87.8  3e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.203827  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0271  hypothetical protein  23.22 
 
 		 379 aa  86.7  7e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0297  hypothetical protein  23.5 
 
 		 379 aa  83.6  0.000000000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.738414 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1855  hypothetical protein  25.71 
 
 		 354 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0258165 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0549  protein of unknown function UPF0118  26.71 
 
 		 384 aa  81.6  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0941477  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0783  hypothetical protein  25.07 
 
 		 353 aa  80.9  0.00000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0987  hypothetical protein  25.15 
 
 		 394 aa  81.3  0.00000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.89372 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0560  protein of unknown function UPF0118  26.4 
 
 		 339 aa  80.5  0.00000000000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3427  hypothetical protein  29.14 
 
 		 355 aa  80.5  0.00000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0488  hypothetical protein  27.73 
 
 		 371 aa  80.1  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.131577  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3950  protein of unknown function UPF0118  26.97 
 
 		 360 aa  80.5  0.00000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2209  hypothetical protein  25.51 
 
 		 409 aa  80.1  0.00000000000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11000  hypothetical protein  25.8 
 
 		 346 aa  80.1  0.00000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2207  hypothetical protein  25.51 
 
 		 354 aa  79.7  0.00000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>