More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_0848 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_0848  ribosomal protein S3  100 
 
 		 249 aa  497  1e-140  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5781  ribosomal protein S3  64.14 
 
 		 302 aa  321  6e-87  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.336905 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4349  30S ribosomal protein S3  65.74 
 
 		 275 aa  315  4e-85  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.0000000122787  normal  0.048354 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3156  30S ribosomal protein S3  66.2 
 
 		 254 aa  312  3.9999999999999997e-84  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.65741 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0391  30S ribosomal protein S3  61.43 
 
 		 252 aa  292  3e-78  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0608  ribosomal protein S3  66.51 
 
 		 285 aa  290  2e-77  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1153  30S ribosomal protein S3  61.09 
 
 		 246 aa  288  6e-77  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.00000018962  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0191  30S ribosomal protein S3  54.81 
 
 		 240 aa  285  5.999999999999999e-76  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.339095 
 
 
-
 
NC_002950  PG1932  30S ribosomal protein S3  58.04 
 
 		 246 aa  280  1e-74  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05745  putative 30S ribosomal protein S3  59.32 
 
 		 236 aa  279  3e-74  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0959126  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2682  30S ribosomal protein S3  58.48 
 
 		 223 aa  272  3e-72  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.631752  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0117  30S ribosomal protein S3  62.32 
 
 		 218 aa  271  7e-72  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00121985  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1621  ribosomal protein S3  60.27 
 
 		 266 aa  270  2e-71  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0113  30S ribosomal protein S3  63.29 
 
 		 218 aa  270  2e-71  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0164  30S ribosomal protein S3  57.45 
 
 		 229 aa  268  4e-71  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000022982  decreased coverage  0.0000484078 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0219  30S ribosomal protein S3  54.47 
 
 		 230 aa  268  8.999999999999999e-71  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000284252  unclonable  0.00000795871 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2705  ribosomal protein S3  62.38 
 
 		 226 aa  266  2.9999999999999995e-70  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.105872  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0176  30S ribosomal protein S3  56.6 
 
 		 229 aa  266  2.9999999999999995e-70  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000179507  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4684  30S ribosomal protein S3  60.58 
 
 		 229 aa  265  4e-70  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000205507  unclonable  0.0000000169741 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4311  30S ribosomal protein S3  60.1 
 
 		 229 aa  265  4e-70  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000643505  unclonable  0.0000000000545426 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0190  30S ribosomal protein S3  55.32 
 
 		 229 aa  265  4e-70  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000304143  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1518  ribosomal protein S3  62.02 
 
 		 220 aa  265  5e-70  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.337721  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0231  ribosomal protein S3  62.5 
 
 		 218 aa  265  5e-70  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01230  ribosomal protein S3  59.62 
 
 		 214 aa  265  7e-70  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.845852  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0110  30S ribosomal protein S3  61.35 
 
 		 219 aa  264  8e-70  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000133483  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3518  ribosomal protein S3  55.74 
 
 		 230 aa  263  1e-69  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000668296  hitchhiker  0.00000107065 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0237  30S ribosomal protein S3  54.47 
 
 		 230 aa  263  2e-69  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0205  30S ribosomal protein S3  54.47 
 
 		 230 aa  263  2e-69  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000415064  unclonable  0.0000000000217557 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0200  30S ribosomal protein S3  54.47 
 
 		 230 aa  263  2e-69  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00835555  hitchhiker  0.00166911 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0205  30S ribosomal protein S3  54.47 
 
 		 230 aa  263  2e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000069447  hitchhiker  0.00000000149632 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0154  30S ribosomal protein S3  54.81 
 
 		 229 aa  262  3e-69  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000551432  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2417  30S ribosomal protein S3  57.62 
 
 		 250 aa  263  3e-69  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.000000314718  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2168  30S ribosomal protein S3  59.33 
 
 		 233 aa  262  4e-69  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000068862  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0326  30S ribosomal protein S3  54.85 
 
 		 232 aa  262  4e-69  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0364603  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2223  30S ribosomal protein S3  53.33 
 
 		 251 aa  261  6.999999999999999e-69  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000780693  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2312  30S ribosomal protein S3  57.75 
 
 		 217 aa  261  6.999999999999999e-69  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000168649  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2812  30S ribosomal protein S3  55.08 
 
 		 235 aa  261  6.999999999999999e-69  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.102151  normal  0.475025 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3753  30S ribosomal protein S3  54.47 
 
 		 230 aa  261  6.999999999999999e-69  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000131663  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2271  30S ribosomal protein S3  57.75 
 
 		 217 aa  261  6.999999999999999e-69  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000428524  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4164  30S ribosomal protein S3  54.47 
 
 		 230 aa  261  8e-69  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000278564  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0202  30S ribosomal protein S3  54.47 
 
 		 230 aa  261  8e-69  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000360171  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4050  30S ribosomal protein S3  54.47 
 
 		 230 aa  261  8e-69  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000595874  unclonable  0.00000000000714498 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0206  30S ribosomal protein S3  54.47 
 
 		 230 aa  261  8e-69  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000455667  unclonable  0.00000997439 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2851  30S ribosomal protein S3  59.9 
 
 		 211 aa  261  8.999999999999999e-69  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.588721  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1352  30S ribosomal protein S3  58.94 
 
 		 210 aa  261  8.999999999999999e-69  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.112713  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1073  30S ribosomal protein S3  59.9 
 
 		 210 aa  260  1e-68  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000789266  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001736  SSU ribosomal protein S3p (S3e)  58.37 
 
 		 232 aa  260  1e-68  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000123717  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0475  30S ribosomal protein S3  59.33 
 
 		 232 aa  261  1e-68  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00134596  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0686  30S ribosomal protein S3  59.42 
 
 		 210 aa  260  1e-68  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.15256  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1825  30S ribosomal protein S3  57.75 
 
 		 217 aa  259  2e-68  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.652235  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0939  30S ribosomal protein S3  58.94 
 
 		 211 aa  260  2e-68  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0016445  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3816  30S ribosomal protein S3  53.39 
 
 		 233 aa  259  2e-68  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000890302  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0289  30S ribosomal protein S3  52.97 
 
 		 232 aa  260  2e-68  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000655466  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0329  30S ribosomal protein S3  53.39 
 
 		 233 aa  259  2e-68  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000157005  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0632  30S ribosomal protein S3  60.39 
 
 		 211 aa  259  2e-68  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000111736  hitchhiker  0.00000000169292 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06310  30S ribosomal protein S3  57.33 
 
 		 228 aa  259  2e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.91278  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2454  30S ribosomal protein S3  59.42 
 
 		 219 aa  260  2e-68  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.14409 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3442  30S ribosomal protein S3  56.03 
 
 		 232 aa  259  2e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.569758 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0411  30S ribosomal protein S3  53.39 
 
 		 233 aa  259  2e-68  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0239377  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0295  30S ribosomal protein S3  56.67 
 
 		 249 aa  260  2e-68  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3909  30S ribosomal protein S3  52.97 
 
 		 232 aa  260  2e-68  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000178804  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0853  SSU ribosomal protein S3P  55.98 
 
 		 210 aa  260  2e-68  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000111374  hitchhiker  0.000095719 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0590  30S ribosomal protein S3  52.97 
 
 		 232 aa  260  2e-68  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000336971  normal  0.465615 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3995  30S ribosomal protein S3  53.39 
 
 		 233 aa  259  2e-68  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000204898  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3322  30S ribosomal protein S3  58.94 
 
 		 211 aa  259  3e-68  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000677184 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2058  30S ribosomal protein S3  56.67 
 
 		 251 aa  259  4e-68  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00124748  normal  0.255543 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1477  30S ribosomal protein S3  56.74 
 
 		 221 aa  258  4e-68  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000000764619  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0843  30S ribosomal protein S3  57.78 
 
 		 228 aa  258  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.401464  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08910  30S ribosomal protein S3  57.78 
 
 		 228 aa  258  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0180544 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0867  ribosomal protein S3  54.55 
 
 		 231 aa  258  6e-68  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.808876  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2301  30S ribosomal protein S3  55.6 
 
 		 232 aa  258  6e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.371999  normal  0.117163 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0632  ribosomal protein S3  57.33 
 
 		 228 aa  258  7e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00163492  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4542  30S ribosomal protein S3  57.33 
 
 		 228 aa  258  7e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0688366 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5073  30S ribosomal protein S3  57.33 
 
 		 228 aa  258  7e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000216562  normal  0.14822 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3178  30S ribosomal protein S3  55.6 
 
 		 232 aa  258  7e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4538  30S ribosomal protein S3  52.97 
 
 		 232 aa  258  7e-68  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000000472984  hitchhiker  0.0021179 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00736  30S ribosomal protein S3  57.89 
 
 		 232 aa  258  7e-68  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0116  30S ribosomal protein S3  59.9 
 
 		 219 aa  258  9e-68  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000000978645  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5064  30S ribosomal protein S3  55.46 
 
 		 236 aa  258  9e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.46978 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0116  30S ribosomal protein S3  59.9 
 
 		 219 aa  258  9e-68  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.0000000000111227  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0112  30S ribosomal protein S3  59.9 
 
 		 219 aa  258  9e-68  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  3.8436400000000006e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0110  30S ribosomal protein S3  59.9 
 
 		 219 aa  258  9e-68  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000135438  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0137  30S ribosomal protein S3  59.9 
 
 		 219 aa  258  9e-68  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000151619  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0147  30S ribosomal protein S3  59.9 
 
 		 219 aa  258  9e-68  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000084584  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0116  30S ribosomal protein S3  59.9 
 
 		 219 aa  258  9e-68  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000165133  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0128  30S ribosomal protein S3  59.9 
 
 		 219 aa  258  9e-68  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.11451e-61 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3661  30S ribosomal protein S3  54.74 
 
 		 235 aa  258  9e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5189  30S ribosomal protein S3  59.9 
 
 		 219 aa  258  9e-68  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.00000000094199  unclonable  1.62141e-25 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0399  ribosomal protein S3  52.97 
 
 		 233 aa  257  1e-67  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000257024  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3630  30S ribosomal protein S3  52.97 
 
 		 233 aa  257  1e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0724577  normal  0.691725 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0221  30S ribosomal protein S3  57.69 
 
 		 221 aa  257  1e-67  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000649554  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0399  30S ribosomal protein S3  52.97 
 
 		 233 aa  257  1e-67  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000141068  hitchhiker  0.0000729403 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3699  30S ribosomal protein S3  52.97 
 
 		 233 aa  257  1e-67  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000153229  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3508  30S ribosomal protein S3  52.97 
 
 		 233 aa  257  1e-67  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000538349  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03116  hypothetical protein  52.97 
 
 		 233 aa  257  1e-67  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00261004  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3609  30S ribosomal protein S3  52.97 
 
 		 233 aa  257  1e-67  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000291269  normal  0.0112128 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3797  30S ribosomal protein S3  52.97 
 
 		 233 aa  257  1e-67  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000046077  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3630  30S ribosomal protein S3  52.97 
 
 		 233 aa  257  1e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000937087  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3738  30S ribosomal protein S3  52.97 
 
 		 233 aa  257  1e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.338082  normal  0.0279522 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1739  ribosomal protein S3  60.77 
 
 		 222 aa  257  1e-67  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000032444  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>