More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_0295 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_0295  30S ribosomal protein S3  100 
 
 		 249 aa  497  1e-140  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1845  30S ribosomal protein S3  92.86 
 
 		 253 aa  449  1e-125  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.478423  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2223  30S ribosomal protein S3  92.24 
 
 		 251 aa  443  1e-123  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000780693  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0187  30S ribosomal protein S3  87.4 
 
 		 252 aa  438  9.999999999999999e-123  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.0000114695  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2417  30S ribosomal protein S3  91.81 
 
 		 250 aa  436  1e-121  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.000000314718  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2058  30S ribosomal protein S3  89.61 
 
 		 251 aa  430  1e-120  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00124748  normal  0.255543 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2290  30S ribosomal protein S3  87.23 
 
 		 252 aa  402  1e-111  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.000815753  hitchhiker  0.00311978 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0848  ribosomal protein S3  56.67 
 
 		 249 aa  259  3e-68  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5781  ribosomal protein S3  56.81 
 
 		 302 aa  254  8e-67  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.336905 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2682  30S ribosomal protein S3  54.3 
 
 		 223 aa  251  1e-65  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.631752  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0428  30S ribosomal protein S3  54.76 
 
 		 219 aa  250  2e-65  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00750639  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1436  30S ribosomal protein S3  52.86 
 
 		 243 aa  247  2e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0795815  normal  0.0645739 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1338  30S ribosomal protein S3  52.86 
 
 		 243 aa  246  2e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0464681  normal  0.115598 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3156  30S ribosomal protein S3  54.93 
 
 		 254 aa  246  2e-64  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.65741 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0262  30S ribosomal protein S3  50.42 
 
 		 301 aa  245  4e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.155433  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0992  30S ribosomal protein S3  52.86 
 
 		 237 aa  245  4e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0174099 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1360  ribosomal protein S3  55.71 
 
 		 241 aa  244  6e-64  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.253201  normal  0.0370461 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0326  30S ribosomal protein S3  49.57 
 
 		 232 aa  244  6.999999999999999e-64  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0364603  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0220  ribosomal protein S3  52.88 
 
 		 210 aa  244  6.999999999999999e-64  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4349  30S ribosomal protein S3  53.52 
 
 		 275 aa  244  9.999999999999999e-64  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.0000000122787  normal  0.048354 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0672  30S ribosomal protein S3  53.33 
 
 		 236 aa  244  9.999999999999999e-64  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000114905  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0704  30S ribosomal protein S3  53.33 
 
 		 236 aa  244  9.999999999999999e-64  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000220755  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0574  ribosomal protein S3  54.76 
 
 		 239 aa  243  1.9999999999999999e-63  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1685  ribosomal protein S3  49.79 
 
 		 252 aa  242  3e-63  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.0000519283  hitchhiker  0.00000302048 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2972  30S ribosomal protein S3  52.73 
 
 		 225 aa  241  7e-63  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.845651  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001736  SSU ribosomal protein S3p (S3e)  48.48 
 
 		 232 aa  241  9e-63  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000123717  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2812  30S ribosomal protein S3  53.33 
 
 		 235 aa  241  1e-62  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.102151  normal  0.475025 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1255  30S ribosomal protein S3  50.9 
 
 		 231 aa  240  2e-62  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.378037  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0154  30S ribosomal protein S3  50.68 
 
 		 229 aa  240  2e-62  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000551432  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1789  SSU ribosomal protein S3P  50.64 
 
 		 234 aa  240  2e-62  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.309908  normal  0.124892 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01230  ribosomal protein S3  52.38 
 
 		 214 aa  239  2.9999999999999997e-62  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.845852  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0117  30S ribosomal protein S3  54.29 
 
 		 218 aa  239  2.9999999999999997e-62  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00121985  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2318  30S ribosomal protein S3  52.36 
 
 		 223 aa  239  2.9999999999999997e-62  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000695636  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0292  30S ribosomal protein S3  53.81 
 
 		 220 aa  239  2.9999999999999997e-62  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0100891  normal  0.0448261 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0221  30S ribosomal protein S3  53.33 
 
 		 221 aa  239  2.9999999999999997e-62  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000649554  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2224  ribosomal protein S3  53.81 
 
 		 248 aa  239  4e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.968442  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5064  30S ribosomal protein S3  48.97 
 
 		 236 aa  239  4e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.46978 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4311  30S ribosomal protein S3  50.23 
 
 		 229 aa  239  4e-62  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000643505  unclonable  0.0000000000545426 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2705  ribosomal protein S3  52.05 
 
 		 226 aa  238  5e-62  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.105872  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0325  30S ribosomal protein S3  52.38 
 
 		 261 aa  238  5e-62  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  3.85995e-16  unclonable  0.0000000469297 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0176  30S ribosomal protein S3  49.77 
 
 		 229 aa  238  5e-62  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000179507  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00736  30S ribosomal protein S3  48.05 
 
 		 232 aa  238  5e-62  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1914  ribosomal protein S3  52.49 
 
 		 251 aa  238  5.999999999999999e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0533377  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0707  30S ribosomal protein S3  51.89 
 
 		 210 aa  238  5.999999999999999e-62  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000377493  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0568  30S ribosomal protein S3  52.83 
 
 		 278 aa  238  5.999999999999999e-62  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0219  30S ribosomal protein S3  48.25 
 
 		 230 aa  238  5.999999999999999e-62  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000284252  unclonable  0.00000795871 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0164  30S ribosomal protein S3  49.77 
 
 		 229 aa  238  6.999999999999999e-62  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000022982  decreased coverage  0.0000484078 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5130  ribosomal protein S3  52.88 
 
 		 268 aa  238  6.999999999999999e-62  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.805435 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3789  30S ribosomal protein S3  53.81 
 
 		 298 aa  238  8e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.461405  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0344  30S ribosomal protein S3  53.33 
 
 		 293 aa  238  8e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.212701  decreased coverage  0.000331478 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3332  30S ribosomal protein S3  52.38 
 
 		 256 aa  238  9e-62  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00000390716  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3661  30S ribosomal protein S3  50 
 
 		 235 aa  238  9e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1940  30S ribosomal protein S3  51.36 
 
 		 225 aa  238  9e-62  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1771  30S ribosomal protein S3  49.78 
 
 		 232 aa  238  9e-62  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.00000585037  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1370  30S ribosomal protein S3  49.37 
 
 		 231 aa  237  1e-61  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0876936  normal  0.564584 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2742  ribosomal protein S3  54.76 
 
 		 236 aa  237  1e-61  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0769117  normal  0.282476 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2454  30S ribosomal protein S3  53.52 
 
 		 219 aa  238  1e-61  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.14409 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0059  ribosomal protein S3  50.95 
 
 		 275 aa  237  1e-61  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000192317  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2168  ribosomal protein S3  52.86 
 
 		 248 aa  237  1e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.392518 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0475  30S ribosomal protein S3  50.95 
 
 		 232 aa  237  1e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00134596  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2446  ribosomal protein S3  52.86 
 
 		 248 aa  237  1e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0686  30S ribosomal protein S3  51.43 
 
 		 210 aa  238  1e-61  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.15256  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0347  ribosomal protein S3  53.81 
 
 		 252 aa  238  1e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.924426  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1962  30S ribosomal protein S3  49.18 
 
 		 236 aa  236  2e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0807274  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0113  30S ribosomal protein S3  53.33 
 
 		 218 aa  236  2e-61  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2168  30S ribosomal protein S3  47.21 
 
 		 233 aa  236  2e-61  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000068862  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0090  30S ribosomal protein S3  52.04 
 
 		 231 aa  236  2e-61  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.157712  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3442  30S ribosomal protein S3  51.3 
 
 		 232 aa  236  2e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.569758 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3178  30S ribosomal protein S3  50.87 
 
 		 232 aa  236  2e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0056  ribosomal protein S3  50.95 
 
 		 271 aa  236  2e-61  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  unclonable  0.000000000000180668  hitchhiker  1.0517300000000001e-18 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1672  30S ribosomal protein S3  52.86 
 
 		 235 aa  236  2e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.356257  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2129  ribosomal protein S3  52.38 
 
 		 248 aa  236  2e-61  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.429997 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1347  30S ribosomal protein S3  50 
 
 		 231 aa  236  2e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0422213 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2851  30S ribosomal protein S3  50.95 
 
 		 211 aa  236  3e-61  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.588721  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4907  30S ribosomal protein S3  52.38 
 
 		 308 aa  236  3e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0459562  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3453  30S ribosomal protein S3  49.13 
 
 		 266 aa  236  3e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000212964  decreased coverage  0.00445176 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0279  30S ribosomal protein S3  52.86 
 
 		 288 aa  236  3e-61  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00000626052  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2301  30S ribosomal protein S3  50.87 
 
 		 232 aa  236  3e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.371999  normal  0.117163 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2753  30S ribosomal protein S3  49.13 
 
 		 266 aa  236  3e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000356119  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1027  30S ribosomal protein S3  48.92 
 
 		 232 aa  236  3e-61  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.000269281  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0273  30S ribosomal protein S3  49.13 
 
 		 266 aa  236  3e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00291944  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0354  30S ribosomal protein S3  49.13 
 
 		 266 aa  236  3e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000020511  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0282  30S ribosomal protein S3  49.13 
 
 		 266 aa  236  3e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000274054  normal  0.0275687 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0333  30S ribosomal protein S3  49.13 
 
 		 266 aa  236  3e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000255455  normal  0.0226177 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0284  30S ribosomal protein S3  52.86 
 
 		 288 aa  236  3e-61  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.128971  hitchhiker  0.0000000454249 
 
 
-
 
NC_004310  BR1227  30S ribosomal protein S3  48.77 
 
 		 236 aa  236  4e-61  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0237  30S ribosomal protein S3  47.81 
 
 		 230 aa  235  4e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0320  30S ribosomal protein S3  49.13 
 
 		 268 aa  235  4e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000941491  decreased coverage  0.00272793 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1551  30S ribosomal protein S3  49.79 
 
 		 231 aa  235  4e-61  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1190  30S ribosomal protein S3  48.77 
 
 		 236 aa  236  4e-61  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.505829  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0205  30S ribosomal protein S3  47.81 
 
 		 230 aa  235  4e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000415064  unclonable  0.0000000000217557 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0200  30S ribosomal protein S3  47.81 
 
 		 230 aa  235  4e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00835555  hitchhiker  0.00166911 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0205  30S ribosomal protein S3  47.81 
 
 		 230 aa  235  4e-61  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000069447  hitchhiker  0.00000000149632 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0765  30S ribosomal protein S3  52.83 
 
 		 240 aa  235  4e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0970425  normal  0.512197 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0209  30S ribosomal protein S3  49.59 
 
 		 295 aa  235  4e-61  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.370528 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2681  ribosomal protein S3  52.51 
 
 		 276 aa  235  5.0000000000000005e-61  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0231  ribosomal protein S3  52.11 
 
 		 218 aa  235  5.0000000000000005e-61  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0111  30S ribosomal protein S3  51.8 
 
 		 219 aa  235  6e-61  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.000000062196  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0292  30S ribosomal protein S3  47.39 
 
 		 241 aa  235  6e-61  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00457089  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0110  30S ribosomal protein S3  50.9 
 
 		 219 aa  234  7e-61  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000133483  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>