More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_0608 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_0608  ribosomal protein S3  100 
 
 		 285 aa  567  1e-161  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0391  30S ribosomal protein S3  75.58 
 
 		 252 aa  345  4e-94  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3156  30S ribosomal protein S3  75.46 
 
 		 254 aa  345  7e-94  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.65741 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5781  ribosomal protein S3  74.77 
 
 		 302 aa  341  8e-93  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.336905 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4349  30S ribosomal protein S3  71.95 
 
 		 275 aa  341  9e-93  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.0000000122787  normal  0.048354 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1153  30S ribosomal protein S3  71.88 
 
 		 246 aa  340  2e-92  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.00000018962  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1932  30S ribosomal protein S3  68.78 
 
 		 246 aa  333  2e-90  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05745  putative 30S ribosomal protein S3  70.29 
 
 		 236 aa  326  2.0000000000000001e-88  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0959126  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0191  30S ribosomal protein S3  64.76 
 
 		 240 aa  313  2.9999999999999996e-84  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.339095 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0848  ribosomal protein S3  66.51 
 
 		 249 aa  307  1.0000000000000001e-82  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1621  ribosomal protein S3  69.12 
 
 		 266 aa  301  6.000000000000001e-81  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0853  SSU ribosomal protein S3P  60 
 
 		 210 aa  269  5e-71  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000111374  hitchhiker  0.000095719 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01230  ribosomal protein S3  59.9 
 
 		 214 aa  265  4e-70  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.845852  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0113  30S ribosomal protein S3  61.65 
 
 		 218 aa  263  2e-69  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0117  30S ribosomal protein S3  60.19 
 
 		 218 aa  263  2e-69  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00121985  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0221  30S ribosomal protein S3  59.42 
 
 		 221 aa  262  4.999999999999999e-69  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000649554  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0475  30S ribosomal protein S3  55.6 
 
 		 232 aa  262  6e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00134596  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2682  30S ribosomal protein S3  58.25 
 
 		 223 aa  261  8e-69  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.631752  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0686  30S ribosomal protein S3  61.17 
 
 		 210 aa  261  8e-69  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.15256  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3322  30S ribosomal protein S3  60.68 
 
 		 211 aa  260  2e-68  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000677184 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0428  30S ribosomal protein S3  59.71 
 
 		 219 aa  260  2e-68  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00750639  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1518  ribosomal protein S3  59.24 
 
 		 220 aa  259  2e-68  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.337721  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0939  30S ribosomal protein S3  60.68 
 
 		 211 aa  259  3e-68  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0016445  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2454  30S ribosomal protein S3  60 
 
 		 219 aa  259  4e-68  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.14409 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6608  ribosomal protein S3  55.19 
 
 		 275 aa  258  1e-67  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2851  30S ribosomal protein S3  59.22 
 
 		 211 aa  257  2e-67  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.588721  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0694  ribosomal protein S3  54.2 
 
 		 282 aa  256  2e-67  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.429613 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0164  30S ribosomal protein S3  59.9 
 
 		 229 aa  256  2e-67  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000022982  decreased coverage  0.0000484078 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0110  30S ribosomal protein S3  59.22 
 
 		 219 aa  257  2e-67  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000133483  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1073  30S ribosomal protein S3  59.22 
 
 		 210 aa  257  2e-67  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000789266  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0297  30S ribosomal protein S3  55.81 
 
 		 222 aa  257  2e-67  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  unclonable  1.5955900000000001e-28 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1352  30S ribosomal protein S3  59.22 
 
 		 210 aa  256  3e-67  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.112713  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1346  ribosomal protein S3  55.83 
 
 		 395 aa  256  3e-67  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0632  30S ribosomal protein S3  59.71 
 
 		 211 aa  255  5e-67  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000111736  hitchhiker  0.00000000169292 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1940  30S ribosomal protein S3  53.81 
 
 		 225 aa  255  6e-67  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2168  30S ribosomal protein S3  58.37 
 
 		 233 aa  255  7e-67  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000068862  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5043  30S ribosomal protein S3  55.98 
 
 		 278 aa  254  8e-67  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.084323  normal  0.283696 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03165  30S ribosomal protein S3  58.37 
 
 		 233 aa  254  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00374176  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0399  ribosomal protein S3  58.37 
 
 		 233 aa  254  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000257024  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3797  30S ribosomal protein S3  58.37 
 
 		 233 aa  254  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000046077  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3738  30S ribosomal protein S3  58.37 
 
 		 233 aa  254  1.0000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.338082  normal  0.0279522 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3630  30S ribosomal protein S3  58.37 
 
 		 233 aa  254  1.0000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000937087  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3661  30S ribosomal protein S3  54.35 
 
 		 235 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3745  30S ribosomal protein S3  58.37 
 
 		 233 aa  254  1.0000000000000001e-66  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000025032  hitchhiker  0.00113301 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3703  30S ribosomal protein S3  58.37 
 
 		 233 aa  254  1.0000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00180602  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03116  hypothetical protein  58.37 
 
 		 233 aa  254  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00261004  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0707  30S ribosomal protein S3  57.42 
 
 		 210 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000377493  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3699  30S ribosomal protein S3  58.37 
 
 		 233 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000153229  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2301  30S ribosomal protein S3  55.22 
 
 		 232 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.371999  normal  0.117163 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3178  30S ribosomal protein S3  55.22 
 
 		 232 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3801  30S ribosomal protein S3  58.37 
 
 		 233 aa  254  1.0000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0443981  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0399  30S ribosomal protein S3  58.37 
 
 		 233 aa  254  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000141068  hitchhiker  0.0000729403 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3137  ribosomal protein S3  52.54 
 
 		 258 aa  254  1.0000000000000001e-66  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4684  30S ribosomal protein S3  59.42 
 
 		 229 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000205507  unclonable  0.0000000169741 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3508  30S ribosomal protein S3  58.37 
 
 		 233 aa  254  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000538349  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3630  30S ribosomal protein S3  58.37 
 
 		 233 aa  254  1.0000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0724577  normal  0.691725 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2396  30S ribosomal protein S3  58.25 
 
 		 217 aa  254  1.0000000000000001e-66  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0132783  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3609  30S ribosomal protein S3  58.37 
 
 		 233 aa  254  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000291269  normal  0.0112128 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0568  30S ribosomal protein S3  58.25 
 
 		 278 aa  254  1.0000000000000001e-66  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4637  30S ribosomal protein S3  58.37 
 
 		 233 aa  254  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00278022  normal  0.0942567 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2681  ribosomal protein S3  55.51 
 
 		 276 aa  254  1.0000000000000001e-66  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1046  30S ribosomal protein S3  55.84 
 
 		 287 aa  254  2.0000000000000002e-66  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1940  SSU ribosomal protein S3P  52.4 
 
 		 224 aa  254  2.0000000000000002e-66  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1019  30S ribosomal protein S3  55.84 
 
 		 287 aa  254  2.0000000000000002e-66  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1092  SSU ribosomal protein S3P  59.02 
 
 		 288 aa  253  2.0000000000000002e-66  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0581638 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2327  30S ribosomal protein S3  62.14 
 
 		 227 aa  253  2.0000000000000002e-66  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000359117  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1036  30S ribosomal protein S3  55.84 
 
 		 287 aa  254  2.0000000000000002e-66  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.261714  normal  0.488282 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1311  30S ribosomal protein S3  58.6 
 
 		 280 aa  253  2.0000000000000002e-66  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.119681 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0301  ribosomal protein S3  59.71 
 
 		 228 aa  253  3e-66  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00276484  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3442  30S ribosomal protein S3  54.78 
 
 		 232 aa  253  3e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.569758 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4311  30S ribosomal protein S3  58.45 
 
 		 229 aa  253  3e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000643505  unclonable  0.0000000000545426 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0111  30S ribosomal protein S3  59.22 
 
 		 219 aa  253  4.0000000000000004e-66  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.000000062196  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1939  ribosomal protein S3  55.34 
 
 		 224 aa  252  4.0000000000000004e-66  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2024  ribosomal protein S3  55.34 
 
 		 224 aa  252  4.0000000000000004e-66  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.145772  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3909  30S ribosomal protein S3  57.42 
 
 		 232 aa  253  4.0000000000000004e-66  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000178804  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0333  ribosomal protein S3  57.28 
 
 		 228 aa  252  4.0000000000000004e-66  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.226722  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0590  30S ribosomal protein S3  57.42 
 
 		 232 aa  253  4.0000000000000004e-66  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000336971  normal  0.465615 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0289  30S ribosomal protein S3  57.42 
 
 		 232 aa  253  4.0000000000000004e-66  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000655466  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0503  ribosomal protein S3  57.28 
 
 		 220 aa  252  4.0000000000000004e-66  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.216514  hitchhiker  0.000000000339097 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0231  ribosomal protein S3  55.45 
 
 		 218 aa  252  4.0000000000000004e-66  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0190  30S ribosomal protein S3  58.45 
 
 		 229 aa  252  5.000000000000001e-66  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000304143  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2705  ribosomal protein S3  58.77 
 
 		 226 aa  252  5.000000000000001e-66  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.105872  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0116  30S ribosomal protein S3  58.74 
 
 		 219 aa  252  6e-66  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000000978645  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0992  30S ribosomal protein S3  54.95 
 
 		 237 aa  252  6e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0174099 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0116  30S ribosomal protein S3  58.74 
 
 		 219 aa  252  6e-66  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.0000000000111227  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0112  30S ribosomal protein S3  58.74 
 
 		 219 aa  252  6e-66  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  3.8436400000000006e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0110  30S ribosomal protein S3  58.74 
 
 		 219 aa  252  6e-66  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000135438  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0137  30S ribosomal protein S3  58.74 
 
 		 219 aa  252  6e-66  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000151619  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2640  30S ribosomal protein S3  58.05 
 
 		 270 aa  252  6e-66  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.659159  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0116  30S ribosomal protein S3  58.74 
 
 		 219 aa  252  6e-66  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000165133  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0147  30S ribosomal protein S3  58.74 
 
 		 219 aa  252  6e-66  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000084584  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3816  30S ribosomal protein S3  57.89 
 
 		 233 aa  252  6e-66  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000890302  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3995  30S ribosomal protein S3  57.89 
 
 		 233 aa  252  6e-66  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000204898  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5189  30S ribosomal protein S3  58.74 
 
 		 219 aa  252  6e-66  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.00000000094199  unclonable  1.62141e-25 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0128  30S ribosomal protein S3  58.74 
 
 		 219 aa  252  6e-66  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.11451e-61 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0326  30S ribosomal protein S3  54.15 
 
 		 232 aa  251  7e-66  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0364603  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0064  30S ribosomal protein S3  56.67 
 
 		 217 aa  251  7e-66  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.00697995  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0176  30S ribosomal protein S3  54.59 
 
 		 229 aa  251  7e-66  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000179507  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2969  SSU ribosomal protein S3P  55.13 
 
 		 277 aa  251  7e-66  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.530475  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10721  30S ribosomal protein S3  55.13 
 
 		 274 aa  251  8.000000000000001e-66  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.680794  normal  0.235718 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>