More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Coch_1153 on replicon NC_013162
Organism: Capnocytophaga ochracea DSM 7271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013162  Coch_1153  30S ribosomal protein S3  100 
 
 		 246 aa  494  1e-139  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.00000018962  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0391  30S ribosomal protein S3  80.56 
 
 		 252 aa  402  1e-111  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05745  putative 30S ribosomal protein S3  84.35 
 
 		 236 aa  379  1e-104  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0959126  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1932  30S ribosomal protein S3  69.51 
 
 		 246 aa  332  4e-90  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5781  ribosomal protein S3  65.81 
 
 		 302 aa  327  1.0000000000000001e-88  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.336905 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4349  30S ribosomal protein S3  69.16 
 
 		 275 aa  322  4e-87  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.0000000122787  normal  0.048354 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0608  ribosomal protein S3  71.88 
 
 		 285 aa  321  5e-87  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3156  30S ribosomal protein S3  62.96 
 
 		 254 aa  320  9.999999999999999e-87  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.65741 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0848  ribosomal protein S3  62.62 
 
 		 249 aa  286  2e-76  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0191  30S ribosomal protein S3  60.28 
 
 		 240 aa  283  2.0000000000000002e-75  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.339095 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1621  ribosomal protein S3  65.28 
 
 		 266 aa  274  9e-73  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2705  ribosomal protein S3  55.75 
 
 		 226 aa  257  1e-67  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.105872  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0113  30S ribosomal protein S3  60.19 
 
 		 218 aa  255  4e-67  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0117  30S ribosomal protein S3  58.74 
 
 		 218 aa  254  6e-67  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00121985  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0110  30S ribosomal protein S3  57.28 
 
 		 219 aa  249  4e-65  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000133483  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3442  30S ribosomal protein S3  54.63 
 
 		 232 aa  248  9e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.569758 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1901  30S ribosomal protein S3  54.98 
 
 		 217 aa  247  1e-64  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.563087  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2301  30S ribosomal protein S3  54.19 
 
 		 232 aa  246  2e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.371999  normal  0.117163 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1477  30S ribosomal protein S3  55.83 
 
 		 221 aa  246  2e-64  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000000764619  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3816  30S ribosomal protein S3  50.81 
 
 		 233 aa  245  4e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000890302  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3178  30S ribosomal protein S3  54.19 
 
 		 232 aa  245  4e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2812  30S ribosomal protein S3  55.98 
 
 		 235 aa  245  4e-64  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.102151  normal  0.475025 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3995  30S ribosomal protein S3  50.81 
 
 		 233 aa  245  4e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000204898  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1518  ribosomal protein S3  57.35 
 
 		 220 aa  245  4.9999999999999997e-64  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.337721  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0111  30S ribosomal protein S3  57.28 
 
 		 219 aa  244  6e-64  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.000000062196  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0411  30S ribosomal protein S3  50.41 
 
 		 233 aa  243  9.999999999999999e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0239377  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03165  30S ribosomal protein S3  50 
 
 		 233 aa  243  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00374176  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0399  ribosomal protein S3  50 
 
 		 233 aa  243  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000257024  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0128  30S ribosomal protein S3  56.8 
 
 		 219 aa  243  1.9999999999999999e-63  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.11451e-61 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03116  hypothetical protein  50 
 
 		 233 aa  243  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00261004  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0116  30S ribosomal protein S3  56.8 
 
 		 219 aa  243  1.9999999999999999e-63  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000000978645  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0116  30S ribosomal protein S3  56.8 
 
 		 219 aa  243  1.9999999999999999e-63  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.0000000000111227  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0112  30S ribosomal protein S3  56.8 
 
 		 219 aa  243  1.9999999999999999e-63  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  3.8436400000000006e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0110  30S ribosomal protein S3  56.8 
 
 		 219 aa  243  1.9999999999999999e-63  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000135438  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3699  30S ribosomal protein S3  50 
 
 		 233 aa  243  1.9999999999999999e-63  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000153229  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3745  30S ribosomal protein S3  50 
 
 		 233 aa  243  1.9999999999999999e-63  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000025032  hitchhiker  0.00113301 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0329  30S ribosomal protein S3  50.41 
 
 		 233 aa  243  1.9999999999999999e-63  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000157005  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3630  30S ribosomal protein S3  50 
 
 		 233 aa  243  1.9999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000937087  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3630  30S ribosomal protein S3  50 
 
 		 233 aa  243  1.9999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0724577  normal  0.691725 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0116  30S ribosomal protein S3  56.8 
 
 		 219 aa  243  1.9999999999999999e-63  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000165133  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2682  30S ribosomal protein S3  53.4 
 
 		 223 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.631752  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1436  30S ribosomal protein S3  51.07 
 
 		 243 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0795815  normal  0.0645739 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3661  30S ribosomal protein S3  53.3 
 
 		 235 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3738  30S ribosomal protein S3  50 
 
 		 233 aa  243  1.9999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.338082  normal  0.0279522 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3797  30S ribosomal protein S3  50 
 
 		 233 aa  243  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000046077  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0137  30S ribosomal protein S3  56.8 
 
 		 219 aa  243  1.9999999999999999e-63  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000151619  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3609  30S ribosomal protein S3  50 
 
 		 233 aa  243  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000291269  normal  0.0112128 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5189  30S ribosomal protein S3  56.8 
 
 		 219 aa  243  1.9999999999999999e-63  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.00000000094199  unclonable  1.62141e-25 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4637  30S ribosomal protein S3  50 
 
 		 233 aa  243  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00278022  normal  0.0942567 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0399  30S ribosomal protein S3  50 
 
 		 233 aa  243  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000141068  hitchhiker  0.0000729403 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3801  30S ribosomal protein S3  50 
 
 		 233 aa  243  1.9999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0443981  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3508  30S ribosomal protein S3  50 
 
 		 233 aa  243  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000538349  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0147  30S ribosomal protein S3  56.8 
 
 		 219 aa  243  1.9999999999999999e-63  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000084584  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3703  30S ribosomal protein S3  50 
 
 		 233 aa  243  1.9999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00180602  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1346  ribosomal protein S3  54.37 
 
 		 395 aa  243  3e-63  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1551  30S ribosomal protein S3  56.52 
 
 		 231 aa  243  3e-63  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0475  30S ribosomal protein S3  54.21 
 
 		 232 aa  242  3e-63  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00134596  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0064  30S ribosomal protein S3  54.5 
 
 		 217 aa  242  3.9999999999999997e-63  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.00697995  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1338  30S ribosomal protein S3  51.07 
 
 		 243 aa  242  5e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0464681  normal  0.115598 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5064  30S ribosomal protein S3  51.46 
 
 		 236 aa  242  5e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.46978 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4538  30S ribosomal protein S3  55.5 
 
 		 232 aa  241  6e-63  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000000472984  hitchhiker  0.0021179 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0297  30S ribosomal protein S3  52.21 
 
 		 222 aa  241  6e-63  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  unclonable  1.5955900000000001e-28 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0289  30S ribosomal protein S3  55.5 
 
 		 232 aa  241  7.999999999999999e-63  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000655466  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3909  30S ribosomal protein S3  55.5 
 
 		 232 aa  241  7.999999999999999e-63  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000178804  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0590  30S ribosomal protein S3  55.5 
 
 		 232 aa  241  7.999999999999999e-63  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000336971  normal  0.465615 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1347  30S ribosomal protein S3  50.88 
 
 		 231 aa  241  9e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0422213 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1370  30S ribosomal protein S3  53.36 
 
 		 231 aa  241  1e-62  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0876936  normal  0.564584 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0065  30S ribosomal protein S3  56.46 
 
 		 235 aa  241  1e-62  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0358705  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1940  30S ribosomal protein S3  54.85 
 
 		 225 aa  241  1e-62  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1190  30S ribosomal protein S3  50.21 
 
 		 236 aa  240  2e-62  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.505829  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1227  30S ribosomal protein S3  50.21 
 
 		 236 aa  240  2e-62  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1962  30S ribosomal protein S3  50.21 
 
 		 236 aa  240  2e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0807274  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2396  30S ribosomal protein S3  53.88 
 
 		 217 aa  239  2e-62  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0132783  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0219  30S ribosomal protein S3  56.04 
 
 		 230 aa  240  2e-62  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000284252  unclonable  0.00000795871 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0164  30S ribosomal protein S3  55.56 
 
 		 229 aa  239  2.9999999999999997e-62  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000022982  decreased coverage  0.0000484078 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2454  30S ribosomal protein S3  52.86 
 
 		 219 aa  239  2.9999999999999997e-62  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.14409 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0992  30S ribosomal protein S3  55.07 
 
 		 237 aa  239  2.9999999999999997e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0174099 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2168  30S ribosomal protein S3  55.02 
 
 		 233 aa  239  2.9999999999999997e-62  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000068862  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0176  30S ribosomal protein S3  55.56 
 
 		 229 aa  239  4e-62  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000179507  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1255  30S ribosomal protein S3  51.77 
 
 		 231 aa  238  5e-62  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.378037  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3332  30S ribosomal protein S3  52.83 
 
 		 256 aa  238  8e-62  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00000390716  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0765  30S ribosomal protein S3  55.56 
 
 		 240 aa  238  8e-62  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0970425  normal  0.512197 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0672  30S ribosomal protein S3  49.36 
 
 		 236 aa  238  9e-62  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000114905  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0704  30S ribosomal protein S3  49.36 
 
 		 236 aa  238  9e-62  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000220755  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01230  ribosomal protein S3  52.66 
 
 		 214 aa  238  9e-62  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.845852  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0503  ribosomal protein S3  52.91 
 
 		 220 aa  237  1e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.216514  hitchhiker  0.000000000339097 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0333  ribosomal protein S3  52.91 
 
 		 228 aa  237  1e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.226722  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0574  ribosomal protein S3  55.07 
 
 		 239 aa  237  1e-61  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0428  30S ribosomal protein S3  51.15 
 
 		 219 aa  237  1e-61  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00750639  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0237  30S ribosomal protein S3  55.56 
 
 		 230 aa  236  2e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001736  SSU ribosomal protein S3p (S3e)  54.55 
 
 		 232 aa  237  2e-61  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000123717  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3903  30S ribosomal protein S3  52.89 
 
 		 228 aa  237  2e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0436883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0190  30S ribosomal protein S3  55.07 
 
 		 229 aa  237  2e-61  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000304143  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2271  30S ribosomal protein S3  52.58 
 
 		 217 aa  237  2e-61  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000428524  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00736  30S ribosomal protein S3  54.55 
 
 		 232 aa  236  2e-61  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0326  30S ribosomal protein S3  54.07 
 
 		 232 aa  236  2e-61  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0364603  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0205  30S ribosomal protein S3  55.56 
 
 		 230 aa  236  2e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000415064  unclonable  0.0000000000217557 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0200  30S ribosomal protein S3  55.56 
 
 		 230 aa  236  2e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00835555  hitchhiker  0.00166911 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0464  30S ribosomal protein S3  53.14 
 
 		 226 aa  236  2e-61  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0154  30S ribosomal protein S3  56.04 
 
 		 229 aa  237  2e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000551432  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>