More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_3156 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008255  CHU_3156  30S ribosomal protein S3  100 
 
 		 254 aa  505  9.999999999999999e-143  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.65741 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4349  30S ribosomal protein S3  79.74 
 
 		 275 aa  379  1e-104  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.0000000122787  normal  0.048354 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5781  ribosomal protein S3  76.35 
 
 		 302 aa  376  1e-103  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.336905 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0608  ribosomal protein S3  75.58 
 
 		 285 aa  330  2e-89  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1153  30S ribosomal protein S3  62.96 
 
 		 246 aa  327  1.0000000000000001e-88  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.00000018962  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0191  30S ribosomal protein S3  64.38 
 
 		 240 aa  322  2e-87  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.339095 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0391  30S ribosomal protein S3  68.66 
 
 		 252 aa  319  3e-86  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0848  ribosomal protein S3  66.51 
 
 		 249 aa  312  3.9999999999999997e-84  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05745  putative 30S ribosomal protein S3  68.44 
 
 		 236 aa  308  4e-83  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0959126  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1932  30S ribosomal protein S3  64.38 
 
 		 246 aa  305  3e-82  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1621  ribosomal protein S3  65.61 
 
 		 266 aa  279  2e-74  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1518  ribosomal protein S3  56.19 
 
 		 220 aa  260  1e-68  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.337721  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0113  30S ribosomal protein S3  58.25 
 
 		 218 aa  259  3e-68  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0117  30S ribosomal protein S3  57.77 
 
 		 218 aa  259  3e-68  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00121985  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1346  ribosomal protein S3  55.83 
 
 		 395 aa  258  7e-68  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2705  ribosomal protein S3  55.26 
 
 		 226 aa  258  9e-68  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.105872  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2682  30S ribosomal protein S3  54.85 
 
 		 223 aa  256  3e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.631752  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01230  ribosomal protein S3  58.94 
 
 		 214 aa  255  4e-67  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.845852  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0231  ribosomal protein S3  56.4 
 
 		 218 aa  254  7e-67  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6608  ribosomal protein S3  49.21 
 
 		 275 aa  254  7e-67  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0110  30S ribosomal protein S3  56.8 
 
 		 219 aa  254  9e-67  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000133483  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1477  30S ribosomal protein S3  54.88 
 
 		 221 aa  254  1.0000000000000001e-66  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000000764619  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0503  ribosomal protein S3  55.83 
 
 		 220 aa  254  1.0000000000000001e-66  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.216514  hitchhiker  0.000000000339097 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0333  ribosomal protein S3  55.83 
 
 		 228 aa  254  1.0000000000000001e-66  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.226722  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2454  30S ribosomal protein S3  55.71 
 
 		 219 aa  253  2.0000000000000002e-66  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.14409 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0428  30S ribosomal protein S3  55.83 
 
 		 219 aa  252  4.0000000000000004e-66  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00750639  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0765  30S ribosomal protein S3  56.52 
 
 		 240 aa  252  4.0000000000000004e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0970425  normal  0.512197 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0219  30S ribosomal protein S3  58.45 
 
 		 230 aa  252  4.0000000000000004e-66  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000284252  unclonable  0.00000795871 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0221  30S ribosomal protein S3  57 
 
 		 221 aa  251  5.000000000000001e-66  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000649554  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3442  30S ribosomal protein S3  52.79 
 
 		 232 aa  252  5.000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.569758 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1436  30S ribosomal protein S3  54.11 
 
 		 243 aa  251  5.000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0795815  normal  0.0645739 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4020  ribosomal protein S3  51.5 
 
 		 260 aa  252  5.000000000000001e-66  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.251089  hitchhiker  0.00000649383 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0111  30S ribosomal protein S3  56.8 
 
 		 219 aa  252  5.000000000000001e-66  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.000000062196  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0116  30S ribosomal protein S3  57.28 
 
 		 219 aa  251  6e-66  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000000978645  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0116  30S ribosomal protein S3  57.28 
 
 		 219 aa  251  6e-66  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.0000000000111227  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0112  30S ribosomal protein S3  57.28 
 
 		 219 aa  251  6e-66  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  3.8436400000000006e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0110  30S ribosomal protein S3  57.28 
 
 		 219 aa  251  6e-66  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000135438  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0128  30S ribosomal protein S3  57.28 
 
 		 219 aa  251  6e-66  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.11451e-61 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0116  30S ribosomal protein S3  57.28 
 
 		 219 aa  251  6e-66  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000165133  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0137  30S ribosomal protein S3  57.28 
 
 		 219 aa  251  6e-66  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000151619  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0147  30S ribosomal protein S3  57.28 
 
 		 219 aa  251  6e-66  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000084584  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5189  30S ribosomal protein S3  57.28 
 
 		 219 aa  251  6e-66  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.00000000094199  unclonable  1.62141e-25 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3661  30S ribosomal protein S3  52.34 
 
 		 235 aa  251  8.000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0064  30S ribosomal protein S3  55.71 
 
 		 217 aa  251  9.000000000000001e-66  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.00697995  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1338  30S ribosomal protein S3  54.11 
 
 		 243 aa  251  9.000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0464681  normal  0.115598 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3995  30S ribosomal protein S3  57.42 
 
 		 233 aa  251  1e-65  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000204898  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3816  30S ribosomal protein S3  57.42 
 
 		 233 aa  251  1e-65  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000890302  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2301  30S ribosomal protein S3  52.36 
 
 		 232 aa  250  1e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.371999  normal  0.117163 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2223  30S ribosomal protein S3  56.81 
 
 		 251 aa  250  1e-65  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000780693  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0475  30S ribosomal protein S3  55.61 
 
 		 232 aa  250  1e-65  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00134596  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0853  SSU ribosomal protein S3P  53.33 
 
 		 210 aa  250  1e-65  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000111374  hitchhiker  0.000095719 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0367  30S ribosomal protein S3  54.59 
 
 		 238 aa  249  2e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1722  30S ribosomal protein S3  54.59 
 
 		 238 aa  249  2e-65  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.094862  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0176  30S ribosomal protein S3  57.49 
 
 		 229 aa  249  2e-65  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000179507  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3178  30S ribosomal protein S3  52.36 
 
 		 232 aa  250  2e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3909  30S ribosomal protein S3  56.46 
 
 		 232 aa  249  2e-65  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000178804  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1179  ribosomal protein S3  53.28 
 
 		 262 aa  249  2e-65  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.484191  normal  0.192694 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0255  30S ribosomal protein S3  48.61 
 
 		 239 aa  250  2e-65  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0289  30S ribosomal protein S3  56.46 
 
 		 232 aa  249  2e-65  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000655466  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2396  30S ribosomal protein S3  57.28 
 
 		 217 aa  249  2e-65  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0132783  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3429  ribosomal protein S3  52.79 
 
 		 268 aa  249  2e-65  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0590  30S ribosomal protein S3  56.46 
 
 		 232 aa  249  2e-65  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000336971  normal  0.465615 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0686  30S ribosomal protein S3  57.77 
 
 		 210 aa  249  2e-65  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.15256  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4538  30S ribosomal protein S3  56.46 
 
 		 232 aa  249  3e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000000472984  hitchhiker  0.0021179 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1551  30S ribosomal protein S3  55.56 
 
 		 231 aa  249  3e-65  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1352  30S ribosomal protein S3  57.77 
 
 		 210 aa  249  3e-65  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.112713  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0411  30S ribosomal protein S3  56.94 
 
 		 233 aa  249  4e-65  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0239377  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0764  ribosomal protein S3  57.97 
 
 		 222 aa  249  4e-65  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000320467  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0939  30S ribosomal protein S3  56.8 
 
 		 211 aa  249  4e-65  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0016445  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5064  30S ribosomal protein S3  56.04 
 
 		 236 aa  249  4e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.46978 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1370  30S ribosomal protein S3  55.07 
 
 		 231 aa  248  5e-65  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0876936  normal  0.564584 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3322  30S ribosomal protein S3  56.8 
 
 		 211 aa  248  5e-65  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000677184 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03165  30S ribosomal protein S3  56.46 
 
 		 233 aa  248  6e-65  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00374176  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0399  ribosomal protein S3  56.46 
 
 		 233 aa  248  6e-65  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000257024  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3745  30S ribosomal protein S3  56.46 
 
 		 233 aa  248  6e-65  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000025032  hitchhiker  0.00113301 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03116  hypothetical protein  56.46 
 
 		 233 aa  248  6e-65  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00261004  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3630  30S ribosomal protein S3  56.46 
 
 		 233 aa  248  6e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0724577  normal  0.691725 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3609  30S ribosomal protein S3  56.46 
 
 		 233 aa  248  6e-65  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000291269  normal  0.0112128 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3630  30S ribosomal protein S3  56.46 
 
 		 233 aa  248  6e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000937087  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3738  30S ribosomal protein S3  56.46 
 
 		 233 aa  248  6e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.338082  normal  0.0279522 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0329  30S ribosomal protein S3  56.94 
 
 		 233 aa  248  6e-65  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000157005  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0399  30S ribosomal protein S3  56.46 
 
 		 233 aa  248  6e-65  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000141068  hitchhiker  0.0000729403 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3797  30S ribosomal protein S3  56.46 
 
 		 233 aa  248  6e-65  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000046077  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3699  30S ribosomal protein S3  56.46 
 
 		 233 aa  248  6e-65  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000153229  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4637  30S ribosomal protein S3  56.46 
 
 		 233 aa  248  6e-65  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00278022  normal  0.0942567 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3801  30S ribosomal protein S3  56.46 
 
 		 233 aa  248  6e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0443981  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3508  30S ribosomal protein S3  56.46 
 
 		 233 aa  248  6e-65  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000538349  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3703  30S ribosomal protein S3  56.46 
 
 		 233 aa  248  6e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00180602  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0297  30S ribosomal protein S3  53.49 
 
 		 222 aa  248  6e-65  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  unclonable  1.5955900000000001e-28 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2058  30S ribosomal protein S3  55.87 
 
 		 251 aa  248  7e-65  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00124748  normal  0.255543 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001736  SSU ribosomal protein S3p (S3e)  56.94 
 
 		 232 aa  248  7e-65  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000123717  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0568  30S ribosomal protein S3  54.85 
 
 		 278 aa  248  7e-65  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04040  SSU ribosomal protein S3P  54.07 
 
 		 286 aa  248  7e-65  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0312  30S ribosomal protein S3  52.61 
 
 		 341 aa  248  7e-65  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00243469 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0292  30S ribosomal protein S3  57 
 
 		 220 aa  248  9e-65  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0100891  normal  0.0448261 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4542  30S ribosomal protein S3  55.96 
 
 		 228 aa  247  1e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0688366 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1073  30S ribosomal protein S3  56.31 
 
 		 210 aa  247  1e-64  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000789266  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5073  30S ribosomal protein S3  55.96 
 
 		 228 aa  247  1e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000216562  normal  0.14822 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0672  30S ribosomal protein S3  48.7 
 
 		 236 aa  247  1e-64  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000114905  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0205  30S ribosomal protein S3  57.49 
 
 		 230 aa  247  1e-64  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000069447  hitchhiker  0.00000000149632 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>