More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1112 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_1112  LacI family transcription regulator  100 
 
 		 336 aa  686    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0361448  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4325  LacI family transcription regulator  52.41 
 
 		 351 aa  353  2e-96  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5439  LacI family transcription regulator  53.61 
 
 		 334 aa  348  7e-95  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.654938  normal  0.0657321 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5883  transcriptional regulator, LacI family  52.99 
 
 		 347 aa  347  2e-94  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2079  LacI family transcription regulator  52.1 
 
 		 351 aa  344  2e-93  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04075  galactose operon repressor  36.75 
 
 		 333 aa  221  9.999999999999999e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1400  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.62 
 
 		 332 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.665266  normal  0.0917942 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1396  LacI family transcription regulator  34.83 
 
 		 332 aa  219  5e-56  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.188133  hitchhiker  0.000600717 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1314  transcriptional regulator, LacI family protein  33.86 
 
 		 352 aa  209  7e-53  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2609  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.48 
 
 		 342 aa  204  1e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1214  LacI family transcription regulator  35.35 
 
 		 334 aa  204  1e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.692885  normal  0.113089 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1181  alanine racemase  35.35 
 
 		 334 aa  204  1e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0331058  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1129  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.35 
 
 		 334 aa  204  2e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3176  transcriptional regulator, LacI family  35.35 
 
 		 334 aa  204  2e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.143935  normal  0.494014 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3709  galactose operon repressor  31.93 
 
 		 333 aa  199  3.9999999999999996e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.536559  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1145  LacI family transcription regulator  33.43 
 
 		 333 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0905  LacI family transcription regulator  32.57 
 
 		 340 aa  188  1e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.153001  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03798  galactose operon repressor  31.23 
 
 		 333 aa  188  1e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06943  hypothetical protein  32.02 
 
 		 334 aa  187  2e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2083  LacI family transcription regulator  35.23 
 
 		 342 aa  187  3e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0881  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.24 
 
 		 325 aa  187  3e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.188257  normal  0.666839 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002667  Galactose operon repressor  35.03 
 
 		 332 aa  186  6e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1823  transcriptional regulator, LacI family  33.23 
 
 		 339 aa  184  2.0000000000000003e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.33943  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0577  LacI family transcription regulator  32.84 
 
 		 344 aa  184  2.0000000000000003e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.868296  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1324  DNA-binding transcriptional regulator GalR  31.53 
 
 		 336 aa  182  6e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3187  LacI family transcription regulator  31.74 
 
 		 337 aa  182  7e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2954  DNA-binding transcriptional regulator GalR  31.53 
 
 		 336 aa  182  8.000000000000001e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002440  transcriptional regulator LacI family  31.6 
 
 		 332 aa  182  9.000000000000001e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0100228  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1916  LacI family transcription regulator  35.03 
 
 		 335 aa  179  7e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4592  LacI family transcription regulator  32.54 
 
 		 327 aa  177  2e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0734  transcriptional regulator, LacI family  31.64 
 
 		 336 aa  171  1e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03620  hypothetical protein  30 
 
 		 332 aa  171  1e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3711  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  32.33 
 
 		 328 aa  170  2e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0240  LacI family transcription regulator  32.33 
 
 		 328 aa  170  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3952  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  32.33 
 
 		 328 aa  170  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0552  transcriptional regulator for galactose, periplasmic binding protein, LacI family protein  27.79 
 
 		 334 aa  170  4e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03325  transcriptional regulator  32.65 
 
 		 332 aa  169  5e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  34.71 
 
 		 347 aa  169  6e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0686  LacI family transcription regulator  33.22 
 
 		 334 aa  168  1e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000244214 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  32.65 
 
 		 346 aa  168  1e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  31.42 
 
 		 332 aa  167  2e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3616  LacI family transcription regulator  31.33 
 
 		 345 aa  167  2.9999999999999998e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.427646 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0283  LacI family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 342 aa  166  4e-40  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.881799  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2999  transcriptional regulator AscG  31.89 
 
 		 337 aa  166  5.9999999999999996e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0975  transcriptional regulator, LacI family  31.56 
 
 		 337 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.818441  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1025  DNA-binding transcriptional regulator GalR  30.93 
 
 		 340 aa  165  1.0000000000000001e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0998  LacI family transcription regulator  31.56 
 
 		 337 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00190797 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  32.06 
 
 		 346 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3249  DNA-binding transcriptional regulator GalR  30.93 
 
 		 340 aa  165  1.0000000000000001e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000735815 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0972  DNA-binding transcriptional regulator GalR  30.93 
 
 		 340 aa  165  1.0000000000000001e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0754  transcriptional regulator, LacI family  32.44 
 
 		 337 aa  165  1.0000000000000001e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.143705  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0008  transcriptional regulator, LacI family  30.09 
 
 		 337 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02564  DNA-binding transcriptional repressor  31.89 
 
 		 337 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3965  transcriptional regulator AscG  31.89 
 
 		 350 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2994  DNA-binding transcriptional regulator GalS  31.53 
 
 		 332 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02529  hypothetical protein  31.89 
 
 		 337 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2751  DNA-binding transcriptional regulator GalS  31.85 
 
 		 340 aa  164  2.0000000000000002e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2838  transcriptional regulator AscG  31.23 
 
 		 350 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.106461 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3162  transcriptional regulator AscG  31.56 
 
 		 337 aa  163  3e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2483  transcriptional regulator, LacI family  31.61 
 
 		 341 aa  163  3e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.467118  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2850  transcriptional regulator AscG  31.56 
 
 		 337 aa  163  3e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0007  transcriptional regulator, LacI family  30.24 
 
 		 337 aa  163  3e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3832  DNA-binding transcriptional regulator GalR  30.95 
 
 		 339 aa  163  4.0000000000000004e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1078  transcriptional regulator, LacI family  33.22 
 
 		 334 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00527595 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3331  regulatory protein LacI  33.22 
 
 		 334 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1965  LacI family transcription regulator  30.93 
 
 		 338 aa  162  8.000000000000001e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.31848  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3283  LacI family transcription regulator  30.28 
 
 		 338 aa  162  8.000000000000001e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1855  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  30.93 
 
 		 338 aa  162  8.000000000000001e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1669  HTH-type transcriptional regulator GalR  31.01 
 
 		 335 aa  161  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1667  HTH-type transcriptional regulator GalR  31.01 
 
 		 335 aa  161  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  33.43 
 
 		 348 aa  162  1e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1610  HTH-type transcriptional regulator GalR  31.33 
 
 		 335 aa  162  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.578137  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1788  HTH-type transcriptional regulator GalR  31.01 
 
 		 335 aa  161  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1062  DNA-binding transcriptional regulator GalS  29.73 
 
 		 346 aa  162  1e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1732  HTH-type transcriptional regulator GalR  31.33 
 
 		 335 aa  162  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02685  DNA-binding transcriptional repressor  31.29 
 
 		 343 aa  160  2e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0853  transcriptional regulator, LacI family  31.29 
 
 		 343 aa  161  2e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0878  DNA-binding transcriptional regulator GalR  31.29 
 
 		 343 aa  160  2e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2142  transcriptional regulator, LacI family  31.86 
 
 		 341 aa  160  2e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02646  hypothetical protein  31.29 
 
 		 343 aa  160  2e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3025  DNA-binding transcriptional regulator GalR  31.29 
 
 		 343 aa  160  2e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2984  DNA-binding transcriptional regulator GalR  31.29 
 
 		 343 aa  160  2e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3157  DNA-binding transcriptional regulator GalR  31.29 
 
 		 343 aa  160  2e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.674454  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2985  DNA-binding transcriptional regulator GalR  31.29 
 
 		 343 aa  161  2e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0409403 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4106  DNA-binding transcriptional regulator GalR  31.29 
 
 		 343 aa  160  3e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.73393  hitchhiker  0.000026097 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1262  LacI family transcription regulator  30.21 
 
 		 347 aa  159  6e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000350604  unclonable  0.0000000118995 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0300  transcriptional regulator, LacI family  33 
 
 		 339 aa  159  6e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.742054  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3620  transcriptional regulator, LacI family  28.92 
 
 		 337 aa  159  8e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.223441  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2681  LacI family transcription regulator  32.99 
 
 		 335 aa  158  1e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1032  DNA-binding transcriptional repressor PurR  28.32 
 
 		 333 aa  158  1e-37  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.872659  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02080  DNA-binding transcriptional repressor  30.38 
 
 		 346 aa  157  2e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.451006  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1507  transcriptional regulator, LacI family  30.33 
 
 		 346 aa  157  2e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02039  hypothetical protein  30.38 
 
 		 346 aa  157  2e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.361585  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2446  DNA-binding transcriptional regulator GalS  30.33 
 
 		 346 aa  157  2e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00229  putative GalR repressor of contiguous operon, likely to bind a galactoside  32.31 
 
 		 351 aa  157  2e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3471  transcriptional regulator, LacI family  29.22 
 
 		 337 aa  157  2e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.413963  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2285  DNA-binding transcriptional regulator GalS  30.33 
 
 		 346 aa  157  2e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1497  DNA-binding transcriptional regulator GalS  30.33 
 
 		 346 aa  157  2e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2298  DNA-binding transcriptional regulator GalS  30.33 
 
 		 346 aa  157  2e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00335365 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1608  HTH-type transcriptional regulator GalR  30.43 
 
 		 340 aa  157  2e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.656083  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>