More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Reut_B4924 on replicon NC_007348
Organism: Ralstonia eutropha JMP134



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007348  Reut_B4924  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 306 aa  621  1e-177  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3934  LysR family transcriptional regulator  70.92 
 
 		 305 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6326  transcriptional regulator, LysR family  71.19 
 
 		 304 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1014  LysR family transcriptional regulator  73.51 
 
 		 347 aa  436  1e-121  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.131098  normal  0.240236 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0955  LysR family transcriptional regulator  68.42 
 
 		 304 aa  422  1e-117  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2897  LysR family transcriptional regulator  69.13 
 
 		 329 aa  417  9.999999999999999e-116  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0508899  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5377  transcriptional regulator, LysR family  67 
 
 		 304 aa  409  1e-113  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0439251  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1770  LysR family transcriptional regulator  66 
 
 		 304 aa  395  1e-109  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5293  LysR family transcriptional regulator  52.15 
 
 		 305 aa  321  9.999999999999999e-87  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.143312  normal  0.444279 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10390  malonate utilisation transciptional regulator, LysR family  52.17 
 
 		 305 aa  318  6e-86  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0301  malonate utilization transcriptional regulator  51.18 
 
 		 309 aa  316  4e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.477196  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02650  putative malonate utilization transcriptional regulator  51.18 
 
 		 309 aa  314  9.999999999999999e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0883739  normal  0.518056 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0451  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  49.83 
 
 		 308 aa  308  6.999999999999999e-83  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.739905  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2743  LysR family transcriptional regulator  50.67 
 
 		 303 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2874  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 303 aa  306  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0140369  normal  0.789599 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5078  malonate utilization transcriptional regulator  49.83 
 
 		 308 aa  305  4.0000000000000004e-82  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3771  LysR family transcriptional regulator  48.54 
 
 		 312 aa  293  2e-78  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.368263  normal  0.0120548 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4938  transcriptional regulator, LysR family  52.19 
 
 		 301 aa  291  1e-77  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.182259 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3862  transcriptional regulator, LysR family  52.19 
 
 		 301 aa  291  1e-77  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.484372  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1239  transcriptional regulator, LysR family  48.52 
 
 		 310 aa  286  4e-76  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.538859  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0626  LysR family transcriptional regulator  47.68 
 
 		 302 aa  278  8e-74  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000742904  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2604  transcriptional regulator, LysR family  49.33 
 
 		 310 aa  277  1e-73  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3660  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  38.72 
 
 		 306 aa  230  2e-59  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1230  transcriptional regulator, LysR family  38.46 
 
 		 222 aa  161  1e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06880  LysR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 292 aa  107  3e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0196299  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0629  putative transcriptional regulator  27.03 
 
 		 292 aa  107  3e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.641371  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  23.57 
 
 		 300 aa  103  5e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  23.57 
 
 		 300 aa  102  8e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  23.57 
 
 		 300 aa  102  9e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  23.57 
 
 		 300 aa  102  9e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  22.94 
 
 		 300 aa  101  2e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  22.94 
 
 		 305 aa  99.8  5e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04720  Transcriptional regulator, LysR family  26.37 
 
 		 299 aa  99.8  6e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.245931  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  22.5 
 
 		 300 aa  97.4  3e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  22.5 
 
 		 300 aa  96.3  6e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0401  LysR family transcriptional regulator  25.18 
 
 		 307 aa  96.3  6e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.709145 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  22.22 
 
 		 300 aa  95.5  9e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4831  LysR family transcriptional regulator  24.45 
 
 		 307 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.496731  normal  0.988121 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  22.22 
 
 		 300 aa  95.1  1e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0371  LysR family transcriptional regulator  24.45 
 
 		 307 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.45787  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0397  LysR family transcriptional regulator  24.45 
 
 		 307 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.7885  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2291  LysR family transcriptional regulator  24.58 
 
 		 320 aa  94  3e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.11333  normal  0.519031 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5165  LysR family transcriptional regulator  24.51 
 
 		 298 aa  94  3e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.14822 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03200  transcriptional regulator  27.39 
 
 		 300 aa  93.6  3e-18  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00292  DNA-binding transcriptional dual regulator  26.94 
 
 		 299 aa  92.4  7e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02429  DNA-binding transcriptional activator of 3-phenylpropionic acid catabolism  26.52 
 
 		 296 aa  92.8  7e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3268  transcriptional regulator, LysR family  26.94 
 
 		 299 aa  92.4  7e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00296  hypothetical protein  26.94 
 
 		 299 aa  92.4  7e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3769  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  26.52 
 
 		 296 aa  92.8  7e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0369  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.94 
 
 		 299 aa  92.4  7e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06400  transcriptional regulator  30.21 
 
 		 305 aa  92.8  7e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.450023  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02393  hypothetical protein  26.52 
 
 		 296 aa  92.8  7e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1140  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  26.52 
 
 		 296 aa  92.8  7e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2689  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  26.52 
 
 		 296 aa  92.8  7e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00584589  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2822  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  26.52 
 
 		 296 aa  92.8  7e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.922303  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.94 
 
 		 299 aa  92.4  8e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0036  LysR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 301 aa  92.4  8e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0403  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.94 
 
 		 299 aa  92.4  8e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2690  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  26.52 
 
 		 297 aa  92  1e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1131  transcriptional regulator, LysR family  26.52 
 
 		 296 aa  91.3  2e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3799  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  26.87 
 
 		 300 aa  91.3  2e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621197 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3287  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.94 
 
 		 299 aa  91.3  2e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2830  LysR family transcriptional regulator  25.97 
 
 		 303 aa  90.9  2e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.94 
 
 		 299 aa  90.9  2e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  27.69 
 
 		 302 aa  90.5  3e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2897  transcriptional regulator, LysR family  27.8 
 
 		 298 aa  90.5  3e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00606116  hitchhiker  0.00007682 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0029  regulatory protein, LysR  25.34 
 
 		 304 aa  90.5  3e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.242113 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6430  LysR family transcriptional regulator  24.32 
 
 		 296 aa  90.1  4e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00632877  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0055  LysR family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 309 aa  89.7  5e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  25.2 
 
 		 317 aa  89.4  7e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2886  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 301 aa  89.4  8e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2928  LysR family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 290 aa  89  1e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0309  transcriptional regulator, LysR family protein  24.48 
 
 		 289 aa  87.4  3e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1650  LysR family transcriptional regulator  23.05 
 
 		 301 aa  87.4  3e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  24.22 
 
 		 298 aa  87.4  3e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0236  LysR family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 293 aa  86.7  4e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0946906  normal  0.151625 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3036  transcriptional regulator, LysR family  24.6 
 
 		 288 aa  86.3  6e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000194633  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4044  transcriptional regulator, LysR family  25.5 
 
 		 307 aa  85.9  7e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.180327  normal  0.114171 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2213  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  25.82 
 
 		 297 aa  85.9  8e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4029  transcriptional regulator, LysR family  31.33 
 
 		 299 aa  85.9  9e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.185534  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0953  transcriptional regulator, LysR family  23.75 
 
 		 294 aa  85.5  0.000000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6024  transcriptional regulator, LysR family  28.52 
 
 		 298 aa  85.5  0.000000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.73094  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3313  LysR family transcriptional regulator  24.81 
 
 		 302 aa  84.7  0.000000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.600178  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1345  transcriptional regulator, LysR family  26.03 
 
 		 300 aa  84.3  0.000000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0839604  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3211  transcriptional regulator, LysR family  24.82 
 
 		 290 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3750  LysR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 297 aa  84.3  0.000000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.101985  normal  0.203083 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2482  LysR family transcriptional regulator  24.02 
 
 		 303 aa  84.3  0.000000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.086853  normal  0.0180215 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0434  transcriptional regulator, LysR family  24.75 
 
 		 312 aa  83.6  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.351851  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3561  LysR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 297 aa  84  0.000000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0334  LysR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 320 aa  84  0.000000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1708  LysR family transcriptional regulator  23.97 
 
 		 311 aa  83.6  0.000000000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00211796 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5335  LysR family transcriptional regulator  23.08 
 
 		 294 aa  83.6  0.000000000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6150  LysR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 295 aa  83.6  0.000000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0301422 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3664  transcriptional regulator, LysR family  26.9 
 
 		 308 aa  83.6  0.000000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1405  LysR family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 302 aa  82.8  0.000000000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.893483  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5650  transcriptional regulator, LysR family  24.57 
 
 		 303 aa  82.8  0.000000000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00706693  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0362  LysR family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 300 aa  82.8  0.000000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1355  LysR family transcriptional regulator  23.17 
 
 		 296 aa  82.8  0.000000000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5618  transcriptional regulator, LysR family  23.28 
 
 		 300 aa  82.4  0.000000000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000121214 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5392  transcriptional regulator, LysR family  22.69 
 
 		 294 aa  82.4  0.000000000000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>