114 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc0125 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc0125  hypothetical protein  100 
 
 		 106 aa  219  7e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3031  transcriptional regulator-like protein  80.19 
 
 		 106 aa  185  2e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2894  transcriptional regulator-like protein  80.19 
 
 		 106 aa  185  2e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2370  transcriptional regulator-like  78.3 
 
 		 106 aa  182  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2984  transcriptional regulator-like protein  78.3 
 
 		 106 aa  182  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2978  transcriptional regulator-like protein  78.3 
 
 		 106 aa  182  1.0000000000000001e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3004  transcriptional regulator-like protein  78.3 
 
 		 106 aa  182  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6333  transcriptional regulator-like  77.36 
 
 		 106 aa  181  4.0000000000000006e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4058  DNA-binding protein  51.46 
 
 		 107 aa  116  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.326996  normal  0.47831 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3986  DNA-binding protein  51.46 
 
 		 107 aa  116  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1497  XRE family transcriptional regulator  53.77 
 
 		 107 aa  115  1.9999999999999998e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.243266 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4004  DNA-binding protein  50.49 
 
 		 107 aa  115  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7082  transcriptional regulator, XRE family  51.46 
 
 		 107 aa  115  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4174  DNA-binding protein  50.49 
 
 		 107 aa  114  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4109  DNA-binding protein  49.51 
 
 		 107 aa  113  7.999999999999999e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1503  putative DNA-binding protein  48.57 
 
 		 107 aa  113  8.999999999999998e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.114051  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3694  transcriptional regulator, XRE family  49.51 
 
 		 107 aa  112  2.0000000000000002e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.516749  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1782  transcriptional regulator, XRE family  47.62 
 
 		 107 aa  111  3e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.326244  normal  0.244304 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4706  helix-turn-helix domain-containing protein  47.52 
 
 		 107 aa  109  1.0000000000000001e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.378711 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00074  DNA-binding protein  48 
 
 		 101 aa  107  7.000000000000001e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5091  putative DNA-binding protein  47.57 
 
 		 107 aa  107  7.000000000000001e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0262962 
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0056  putative DNA-binding protein  53 
 
 		 114 aa  106  1e-22  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.000362045  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4027  putative DNA-binding protein  47.57 
 
 		 107 aa  106  1e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.678777 
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0024  DNA-binding protein  52 
 
 		 113 aa  103  6e-22  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.31955  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1845  transcriptional regulator, XRE family  46.6 
 
 		 105 aa  101  3e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0164  transcriptional regulator, XRE family  46.46 
 
 		 107 aa  99.8  1e-20  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.862423  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3644  DNA-binding protein  47.96 
 
 		 107 aa  99.4  2e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000160248 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0794  DNA-binding protein  46.81 
 
 		 101 aa  97.4  6e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.139439 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1818  XRE family transcriptional regulator  45.36 
 
 		 107 aa  96.7  8e-20  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000178339  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0763  Cro/CI family transcriptional regulator-related protein  44.68 
 
 		 101 aa  97.1  8e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1536  XRE family transcriptional regulator  43.88 
 
 		 105 aa  94.7  3e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.793365 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1811  XRE family transcriptional regulator  43.3 
 
 		 108 aa  94.4  5e-19  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0638  transcriptional regulator, XRE family  45.65 
 
 		 100 aa  94  7e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0606399  normal  0.210962 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4312  transcriptional regulator, XRE family  45.26 
 
 		 108 aa  93.2  1e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0881286  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1246  transcriptional regulator-like protein  46.15 
 
 		 101 aa  91.7  3e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2627  transcriptional regulator  47.25 
 
 		 100 aa  92  3e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0561718 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0156  XRE family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 110 aa  92  3e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.551998  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2181  transcriptional regulator, XRE family  44.44 
 
 		 107 aa  90.9  6e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.852917  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2087  XRE family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 110 aa  88.2  3e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.5089  normal  0.765072 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1232  transcriptional regulator protein  41.3 
 
 		 100 aa  87  7e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1619  hypothetical protein  40.4 
 
 		 100 aa  84  6e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2677  helix-turn-helix domain-containing protein  41.3 
 
 		 107 aa  83.2  0.000000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.110858  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2974  XRE family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 100 aa  82  0.000000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2546  transcriptional regulator, XRE family  41.57 
 
 		 107 aa  80.5  0.000000000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0921  DNA-binding protein  50.7 
 
 		 75 aa  78.6  0.00000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.451921  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0850  XRE family transcriptional regulator  40.45 
 
 		 100 aa  73.6  0.000000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.07607  normal  0.76733 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4237  XRE family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 103 aa  71.2  0.000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00492028 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3634  hypothetical protein  69.77 
 
 		 94 aa  67  0.00000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4309  putative transcriptional regulator  38.27 
 
 		 95 aa  62.4  0.000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00238443  normal  0.19282 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0471  putative transcriptional regulator  40.91 
 
 		 111 aa  59.7  0.00000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1413  virulence gene repressor RsaL  37.97 
 
 		 104 aa  58.9  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4182  transcriptional regulator  33 
 
 		 111 aa  56.2  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1361  transcriptional regulator, XRE family  44.44 
 
 		 147 aa  56.2  0.0000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00209269  hitchhiker  6.37946e-19 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1645  putative DNA-binding protein, putative phage gene  37.97 
 
 		 104 aa  56.6  0.0000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48830  hypothetical protein  38.67 
 
 		 104 aa  55.1  0.0000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0803  hypothetical protein  37.97 
 
 		 104 aa  55.1  0.0000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1115  DNA-binding protein, putative  48.94 
 
 		 102 aa  52.8  0.000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4938  XRE family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 95 aa  50.8  0.000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0484665  hitchhiker  0.0000000184601 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2738  XRE family transcriptional regulator  38.2 
 
 		 95 aa  50.1  0.00001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1708  transcriptional regulator, XRE family  41.07 
 
 		 102 aa  50.1  0.00001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3602  helix-turn-helix domain-containing protein  41.67 
 
 		 130 aa  49.3  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4437  transcriptional regulator, XRE family  39.29 
 
 		 119 aa  49.3  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.672925  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1852  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 97 aa  49.3  0.00002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00565598  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0975  transcriptional regulator, XRE family  44.9 
 
 		 95 aa  49.3  0.00002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1198  Cro/CI family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 98 aa  48.5  0.00003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1042  XRE family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 102 aa  48.5  0.00003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.729396 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04240  Transcriptional regulator with Fis-type helix-turn-helix motif  34.88 
 
 		 94 aa  47.8  0.00005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4313  XRE family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 96 aa  47.8  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4359  XRE family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 96 aa  47.8  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.272342  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4246  transcriptional regulator, XRE family  42.31 
 
 		 96 aa  47.8  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4424  XRE family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 96 aa  47.8  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.107938  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3446  XRE family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 94 aa  47.8  0.00006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3850  virulence gene repressor RsaL  40.43 
 
 		 95 aa  47.8  0.00006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3172  XRE family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 94 aa  47  0.00008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00100844 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4268  transcriptional regulator, XRE family  40.38 
 
 		 96 aa  47  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31960  transcriptional regulator protein  39.22 
 
 		 95 aa  47  0.00009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2833  hypothetical protein  34.92 
 
 		 96 aa  45.4  0.0002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0283  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 102 aa  45.8  0.0002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0269  XRE family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 99 aa  45.8  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.506568  normal  0.270247 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1020  transcriptional regulator, XRE family  38.6 
 
 		 103 aa  46.2  0.0002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1676  XRE family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 94 aa  45.8  0.0002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3428  XRE family transcriptional regulator  30 
 
 		 112 aa  45.8  0.0002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000117512 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0946  helix-turn-helix domain-containing protein  35.48 
 
 		 94 aa  45.8  0.0002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.0000318206  hitchhiker  0.000000295064 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0468  helix-turn-helix domain-containing protein  35.48 
 
 		 94 aa  45.8  0.0002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4415  helix-turn-helix DNA-binding domain-containing protein  41.18 
 
 		 96 aa  46.2  0.0002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5658  XRE family transcriptional regulator  44 
 
 		 95 aa  45.1  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0304  XRE family transcriptional regulator  42.22 
 
 		 96 aa  45.1  0.0004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.397119  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0317  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 103 aa  44.7  0.0005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0550269 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0386  helix-turn-helix domain-containing protein  45.28 
 
 		 201 aa  44.3  0.0005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.425253  normal  0.20556 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0139  XRE family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 94 aa  44.3  0.0006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.554857  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1912  helix-turn-helix domain-containing protein  38.3 
 
 		 94 aa  43.9  0.0007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0786  helix-turn-helix domain-containing protein  33.82 
 
 		 103 aa  43.9  0.0008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2356  hypothetical protein  39.13 
 
 		 60 aa  43.5  0.0009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0720  hypothetical protein  39.62 
 
 		 89 aa  42.7  0.002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.719881  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1541  transcriptional regulator, XRE family  37.78 
 
 		 94 aa  42.7  0.002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0274839  hitchhiker  0.00170157 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4790  XRE family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 96 aa  42.7  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0893  helix-turn-helix DNA-binding domain-containing protein  32.84 
 
 		 109 aa  42.4  0.002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.641947  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2809  XRE family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 109 aa  42.4  0.002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0860  DNA-binding protein  32.84 
 
 		 109 aa  42.4  0.002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0986  helix-turn-helix DNA-binding domain protein  32.84 
 
 		 109 aa  42.4  0.002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.45543 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>