58 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_4251 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_4251  putative cytochrome  100 
 
 		 242 aa  493  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.460774  normal  0.218955 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4367  cytochrome c, class I  86.83 
 
 		 243 aa  388  1e-107  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4956  putative sulfite oxidase cytochrome subunit (SoxD)  79.68 
 
 		 251 aa  386  1e-106  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4162  putative sulfite oxidase cytochrome subunit (SoxD)  60.42 
 
 		 225 aa  257  1e-67  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1517  putative cytochrome  55.56 
 
 		 260 aa  251  8.000000000000001e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.936874  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3677  putative sulfite oxidase cytochrome subunit (SoxD)  58.95 
 
 		 252 aa  248  4e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.699117  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3912  hypothetical protein  55.98 
 
 		 211 aa  220  9.999999999999999e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.411473 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4156  cytochrome c, class I  51.79 
 
 		 382 aa  216  2.9999999999999998e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.1533  normal  0.864347 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2801  cytochrome c  49.76 
 
 		 342 aa  210  1e-53  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.26281 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0147  cytochrome c, class I  54.72 
 
 		 222 aa  173  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3665  cytochrome c, class I  52.67 
 
 		 194 aa  167  9e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.514371  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3340  cytochrome c, class I  52.67 
 
 		 194 aa  167  2e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.147633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3042  cytochrome c, class I  45.26 
 
 		 259 aa  162  5.0000000000000005e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.909018  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2059  diheme cytochrome c SoxD  41.44 
 
 		 382 aa  155  5.0000000000000005e-37  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000000173988  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4887  putative cytochrome c region protein  51.66 
 
 		 179 aa  154  2e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.362181 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1895  putative cytochrome c  51.75 
 
 		 181 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8678  cytochrome c class I  47.68 
 
 		 185 aa  146  3e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00176651  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0152  putative sulfite oxidase cytochrome subunit  48.65 
 
 		 195 aa  145  4.0000000000000006e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2167  putative sulfite oxidase cytochrome c subunit, SoxD  46.63 
 
 		 180 aa  145  6e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1239  cytochrome c, class I  50 
 
 		 174 aa  144  1e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6593  cytochrome c, class I  50 
 
 		 174 aa  144  1e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.263002 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7231  cytochrome c class I  47.65 
 
 		 200 aa  144  2e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.77975  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6197  cytochrome c class I  51.8 
 
 		 174 aa  138  7.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5874  cytochrome c class I  47.74 
 
 		 180 aa  137  1e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.362058  normal  0.18158 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2087  putative sulfite oxidase cytochrome subunit  48.98 
 
 		 180 aa  137  1e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.829458 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2734  cytochrome c class I  49.03 
 
 		 200 aa  137  2e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.207547  hitchhiker  0.0000919605 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1616  cytochrome c class I  49.03 
 
 		 171 aa  134  9.999999999999999e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.986895 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1590  cytochrome c class I  39.38 
 
 		 344 aa  132  3.9999999999999996e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.960712  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2285  cytochrome c, class I  40.76 
 
 		 346 aa  129  4.0000000000000003e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00711214  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3133  cytochrome c, class I  35.47 
 
 		 348 aa  128  8.000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.460697  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0560  sulfite oxidase cytochrome subunit  46.54 
 
 		 209 aa  128  9.000000000000001e-29  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.876942 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3257  cytochrome c, class I  37.5 
 
 		 344 aa  125  5e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.225415  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2437  diheme cytochrome c SoxD  37.37 
 
 		 355 aa  124  9e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0802  cytochrome c, class I  39.04 
 
 		 360 aa  124  1e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.641735  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1666  cytochrome c class I  39.13 
 
 		 344 aa  124  2e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185876  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3444  hypothetical protein  44.38 
 
 		 182 aa  122  4e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.568465  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3203  Mo-co oxidoreductase dimerization domain protein  44.38 
 
 		 182 aa  122  4e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.595677  hitchhiker  0.0000523602 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3211  putative sulfite oxidase cytochrome subunit  39.43 
 
 		 206 aa  122  5e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2630  cytochrome c, class I  37.97 
 
 		 404 aa  122  5e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.820751  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3783  cytochrome c class I  39.38 
 
 		 355 aa  120  1.9999999999999998e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1094  cytochrome c, class I  42.58 
 
 		 188 aa  118  9e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0912  putative sulfite oxidase cytochrome subunit  44.44 
 
 		 202 aa  117  9.999999999999999e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.68088  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0341  putative cytochrome c, class I precursor  42.04 
 
 		 186 aa  115  3.9999999999999997e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2868  cytochrome c class I  38.69 
 
 		 187 aa  112  4.0000000000000004e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0586  hypothetical protein  31.85 
 
 		 239 aa  103  2e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.649014  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2987  cytochrome c, class I  39.24 
 
 		 188 aa  102  7e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.29363  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0157  hypothetical protein  32.63 
 
 		 331 aa  89.7  3e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000097536  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0259  cytochrome c class I  31.39 
 
 		 331 aa  48.9  0.00006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1943  c-type cytochrome  30.36 
 
 		 327 aa  46.6  0.0004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2236  cytochrome c, class I  29.27 
 
 		 327 aa  46.6  0.0004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.472913 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3545  cytochrome c family protein  31 
 
 		 372 aa  45.1  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1587  cytochrome c, class I  33.33 
 
 		 220 aa  43.9  0.003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0500716  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03090  putative cytochrome C signal peptide protein  29.41 
 
 		 363 aa  43.1  0.004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.649207  normal  0.393052 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0128  putative cytochrome C  26.52 
 
 		 352 aa  42.7  0.005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0408235  normal  0.127267 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0786  cytochrome c, class I  29.81 
 
 		 310 aa  42.7  0.005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00021722  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0527  cytochrome c family protein  26.9 
 
 		 352 aa  42.4  0.008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000661478  normal  0.247272 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0286  OmpA/MotB  31.25 
 
 		 329 aa  42  0.009  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.251246  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3537  cytochrome c class I  27.12 
 
 		 304 aa  41.6  0.01  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.429309  normal  0.0523965 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>