More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3412 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3412  regulatory protein, LysR  100 
 
 		 317 aa  650    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.366877  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1974  LysR family transcriptional regulator  88.64 
 
 		 317 aa  590  1e-167  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1878  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 305 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01749  Transcriptional Regulator, LysR family protein  32.77 
 
 		 300 aa  180  2.9999999999999997e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.122215  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  34.77 
 
 		 315 aa  178  1e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 298 aa  177  2e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 313 aa  176  6e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 308 aa  176  6e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  34.08 
 
 		 310 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  33.54 
 
 		 310 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 308 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  33.55 
 
 		 321 aa  173  3.9999999999999995e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37140  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 301 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000373718  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 305 aa  172  1e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 314 aa  171  1e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 301 aa  171  1e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 305 aa  172  1e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 308 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 307 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0674  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 334 aa  169  5e-41  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0775947  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 318 aa  168  1e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  32.15 
 
 		 314 aa  167  2e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 301 aa  167  2.9999999999999998e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 331 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  32.69 
 
 		 314 aa  167  2.9999999999999998e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 311 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  31.54 
 
 		 300 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2073  transcriptional regulator, LysR family protein  31.35 
 
 		 303 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3713  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 320 aa  164  3e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.89 
 
 		 309 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  34.83 
 
 		 299 aa  163  4.0000000000000004e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01658  transcriptional regulator transcription regulator protein  33.68 
 
 		 308 aa  160  3e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121304  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2061  leucine transcriptional activator  32.76 
 
 		 321 aa  159  4e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  31.88 
 
 		 309 aa  158  1e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001651  transcriptional regulator LysR family  31.4 
 
 		 319 aa  158  1e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2018  transcription regulator protein  32.21 
 
 		 321 aa  157  2e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.416664  normal  0.213867 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.41 
 
 		 300 aa  157  2e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0791  transcriptional regulator, LysR family  31.86 
 
 		 318 aa  157  3e-37  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0084  leucine transcriptional activator  31.56 
 
 		 314 aa  156  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0131  leucine transcriptional activator  32.21 
 
 		 341 aa  155  7e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0126  leucine transcriptional activator  32.21 
 
 		 314 aa  155  7e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.44493  hitchhiker  0.00376656 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0127  leucine transcriptional activator  32.21 
 
 		 314 aa  155  7e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 301 aa  155  8e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0081  leucine transcriptional activator  31.56 
 
 		 314 aa  155  9e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0078  leucine transcriptional activator  31.56 
 
 		 314 aa  154  1e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0623  leucine transcriptional activator  31.74 
 
 		 314 aa  155  1e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0252202 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  30.59 
 
 		 304 aa  155  1e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0131  leucine transcriptional activator  32.21 
 
 		 314 aa  155  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0678941 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0081  leucine transcriptional activator  31.56 
 
 		 314 aa  154  1e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.669516  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00078  leucine transcriptional activator  31.56 
 
 		 314 aa  154  2e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3523  transcriptional regulator, LysR family  31.56 
 
 		 314 aa  154  2e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00823  leucine transcriptional activator  31.06 
 
 		 319 aa  154  2e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0124  leucine transcriptional activator  31.88 
 
 		 314 aa  154  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.442889  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5043  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 303 aa  154  2e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3581  leucine transcriptional activator  31.56 
 
 		 314 aa  154  2e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.313803  hitchhiker  0.000946626 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3185  putative transcriptional regulator  30.28 
 
 		 301 aa  154  2e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.054532  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00077  hypothetical protein  31.56 
 
 		 314 aa  154  2e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 333 aa  153  2.9999999999999998e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 302 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 306 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4622  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 314 aa  154  2.9999999999999998e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0310  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 308 aa  153  4e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3533  leucine transcriptional activator  30.51 
 
 		 318 aa  152  7e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3403  leucine transcriptional activator  30.51 
 
 		 318 aa  152  7e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2934  leucine transcriptional activator  30.51 
 
 		 322 aa  152  8e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.594963  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3947  LysR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 321 aa  152  8e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 345 aa  152  1e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 320 aa  152  1e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 320 aa  152  1e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2020  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 311 aa  150  2e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1414  LysR family regulatory protein  30.04 
 
 		 311 aa  150  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2308  LysR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 311 aa  150  2e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.611002  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0794  transcriptional regulator, LysR family protein  29.21 
 
 		 301 aa  151  2e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5308  transcriptional regulator, LysR family  27.36 
 
 		 317 aa  150  3e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.459598  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05202  transcription regulator protein  32.53 
 
 		 304 aa  150  4e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000103081  normal  0.0105317 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1329  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 355 aa  150  4e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1042  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 355 aa  150  4e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.110992  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2309  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 355 aa  150  4e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 317 aa  150  4e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3073  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 355 aa  149  5e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1230  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 332 aa  149  5e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3200  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 355 aa  149  5e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.652853  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3734  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 311 aa  149  5e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.457361 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2206  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 300 aa  149  7e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5932  putative transcriptional regulator  33.22 
 
 		 302 aa  149  8e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  31.21 
 
 		 307 aa  149  8e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0241  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 308 aa  149  9e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1620  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 308 aa  149  9e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 305 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3932  transcriptional regulator  31.49 
 
 		 311 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00420556  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 297 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0746  leucine transcriptional activator  31.76 
 
 		 315 aa  148  1.0000000000000001e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2749  leucine transcriptional activator  30.72 
 
 		 324 aa  148  1.0000000000000001e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2997  LysR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 299 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00848262 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2517  transcriptional regulator  32.09 
 
 		 308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0156688  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0948  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2656  transcriptional regulator  32.09 
 
 		 308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3805  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 311 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.829403  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 305 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0519  LysR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 329 aa  146  3e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>