More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3100 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3100  hypothetical protein  100 
 
 		 291 aa  571  1.0000000000000001e-162  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.331222  decreased coverage  0.00425417 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2362  hypothetical protein  92.07 
 
 		 291 aa  484  1e-135  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.483253  normal  0.469828 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3591  protein of unknown function DUF6 transmembrane  80.34 
 
 		 291 aa  461  1e-129  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3358  hypothetical protein  79.66 
 
 		 291 aa  429  1e-119  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.157803  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1772  hypothetical protein  53.82 
 
 		 292 aa  242  6e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5624  hypothetical protein  46.96 
 
 		 296 aa  236  3e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.353351  normal  0.158728 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06857  hypothetical protein  49.11 
 
 		 305 aa  235  6e-61  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20640  hypothetical protein  53.82 
 
 		 292 aa  234  9e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.14869  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3854  protein of unknown function DUF6 transmembrane  49.64 
 
 		 293 aa  229  5e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2766  hypothetical protein  43.6 
 
 		 289 aa  228  9e-59  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.393161  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0136  hypothetical protein  48.26 
 
 		 308 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4064  hypothetical protein  44.84 
 
 		 283 aa  214  1.9999999999999998e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000880  permease  48.04 
 
 		 299 aa  212  5.999999999999999e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0009  hypothetical protein  48.58 
 
 		 289 aa  210  2e-53  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2902  hypothetical protein  50.95 
 
 		 298 aa  210  2e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1003  hypothetical protein  42.44 
 
 		 285 aa  204  1e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0946  integral membrane protein  40.57 
 
 		 295 aa  199  3.9999999999999996e-50  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0455522  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1940  protein of unknown function DUF6 transmembrane  43.49 
 
 		 305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0530229  hitchhiker  0.00250027 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1612  protein of unknown function DUF6 transmembrane  42.57 
 
 		 305 aa  195  6e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0142876  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1607  hypothetical protein  43.05 
 
 		 307 aa  191  9e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00020661  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4483  hypothetical protein  40.48 
 
 		 305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0738  hypothetical protein  41.03 
 
 		 295 aa  182  6e-45  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3027  hypothetical protein  45.05 
 
 		 296 aa  182  7e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.810081  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1083  protein of unknown function DUF6 transmembrane  38.7 
 
 		 295 aa  176  5e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.427238  normal  0.445197 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1785  protein of unknown function DUF6 transmembrane  39.79 
 
 		 294 aa  172  5.999999999999999e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2246  hypothetical protein  40.14 
 
 		 300 aa  166  5e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.167542  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4574  hypothetical protein  40.58 
 
 		 296 aa  165  6.9999999999999995e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.252933  hitchhiker  0.00319801 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3165  protein of unknown function DUF6 transmembrane  38.73 
 
 		 299 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.421742  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1957  putative transmembrane protein  43.33 
 
 		 298 aa  160  2e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.380299  normal  0.749824 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2899  protein of unknown function DUF6 transmembrane  37.19 
 
 		 299 aa  160  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.754555  normal  0.48327 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5135  hypothetical protein  39.86 
 
 		 297 aa  157  2e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.382193 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4003  membrane protein  34.38 
 
 		 307 aa  157  2e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0116416  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3069  hypothetical protein  44.1 
 
 		 293 aa  157  2e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.488834  normal  0.440663 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4510  protein of unknown function DUF6 transmembrane  40.91 
 
 		 296 aa  157  2e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.444897  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1629  hypothetical protein  43.3 
 
 		 306 aa  155  6e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1930  hypothetical protein  40.89 
 
 		 317 aa  153  4e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0562789 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2593  hypothetical protein  39.29 
 
 		 297 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.688411  normal  0.697041 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4402  transmembrane protein  37.5 
 
 		 306 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0849881  normal  0.180606 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2505  protein of unknown function DUF6 transmembrane  39.07 
 
 		 307 aa  143  4e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.017863  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2229  hypothetical protein  39.07 
 
 		 307 aa  142  6e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.547025 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2165  protein of unknown function DUF6 transmembrane  42.86 
 
 		 299 aa  139  3.9999999999999997e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4358  hypothetical protein  35.13 
 
 		 281 aa  138  1e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.728753  normal  0.819513 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4348  hypothetical protein  37.2 
 
 		 302 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.663003  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4991  hypothetical protein  35.56 
 
 		 289 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5277  hypothetical protein  34.98 
 
 		 289 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2187  protein of unknown function DUF6 transmembrane  37.69 
 
 		 296 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.397881  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1958  hypothetical protein  37.06 
 
 		 286 aa  130  2.0000000000000002e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0226422 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0373  hypothetical protein  34.74 
 
 		 325 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.72198  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1987  hypothetical protein  35.34 
 
 		 309 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.1262 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4786  protein of unknown function DUF6 transmembrane  34.15 
 
 		 290 aa  126  5e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.22044  hitchhiker  0.0000243814 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5166  hypothetical protein  33.92 
 
 		 289 aa  125  6e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4637  hypothetical protein  33.57 
 
 		 289 aa  124  2e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3074  protein of unknown function DUF6 transmembrane  34.75 
 
 		 313 aa  120  1.9999999999999998e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.526494  normal  0.199579 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3444  hypothetical protein  34.15 
 
 		 291 aa  116  5e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2704  protein of unknown function DUF6 transmembrane  30.87 
 
 		 297 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4132  hypothetical protein  30.66 
 
 		 289 aa  112  8.000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.507718  hitchhiker  0.00000080806 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4880  hypothetical protein  32.65 
 
 		 304 aa  110  3e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00223528  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1416  hypothetical protein  32.53 
 
 		 287 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3090  hypothetical protein  35.15 
 
 		 323 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5253  hypothetical protein  32.99 
 
 		 299 aa  107  3e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5061  hypothetical protein  34.88 
 
 		 293 aa  104  2e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.906972  normal  0.609153 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3950  hypothetical protein  29.43 
 
 		 305 aa  103  3e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.395543  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1799  hypothetical protein  34.02 
 
 		 310 aa  102  9e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.323338 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1573  hypothetical protein  27.37 
 
 		 319 aa  101  1e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2431  hypothetical protein  30.69 
 
 		 308 aa  101  2e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4080  hypothetical protein  32.63 
 
 		 293 aa  95.5  8e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.787846 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3869  hypothetical protein  31.38 
 
 		 293 aa  95.5  9e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.751043  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0697  hypothetical protein  33.81 
 
 		 301 aa  94.7  2e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.157594  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2100  hypothetical protein  33.81 
 
 		 301 aa  94.4  2e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.265012  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0762  hypothetical protein  33.81 
 
 		 301 aa  94.7  2e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0514  hypothetical protein  33.81 
 
 		 301 aa  94.4  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.317548  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0587  hypothetical protein  33.81 
 
 		 301 aa  94.7  2e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.256755  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1652  hypothetical protein  33.81 
 
 		 301 aa  94.7  2e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.755611  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4568  hypothetical protein  32.41 
 
 		 293 aa  94  3e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2005  hypothetical protein  33.33 
 
 		 301 aa  93.6  3e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1321  hypothetical protein  32.41 
 
 		 293 aa  94  3e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29070  hypothetical protein  29.87 
 
 		 287 aa  93.6  4e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00286687 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2461  hypothetical protein  31.65 
 
 		 295 aa  92.8  6e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.33981  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3991  hypothetical protein  30.54 
 
 		 287 aa  92.4  9e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.244983  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4718  drug/metabolite transporter (DMT) superfamily permease  33.45 
 
 		 302 aa  91.7  1e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3093  hypothetical protein  31.65 
 
 		 295 aa  92  1e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.622922 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3075  hypothetical protein  31.65 
 
 		 295 aa  92  1e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6425  hypothetical protein  30.3 
 
 		 293 aa  91.3  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.830859 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3624  protein of unknown function DUF6 transmembrane  31.8 
 
 		 287 aa  90.5  3e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.655823  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5922  hypothetical protein  29.45 
 
 		 298 aa  90.5  3e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3229  hypothetical protein  32.98 
 
 		 315 aa  90.1  4e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0176714  hitchhiker  0.00000979467 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3631  hypothetical protein  30.5 
 
 		 307 aa  89.7  4e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3346  hypothetical protein  28.37 
 
 		 296 aa  89.4  7e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.254726 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4954  protein of unknown function DUF6 transmembrane  32.13 
 
 		 305 aa  87.4  2e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00175319  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0052  protein of unknown function DUF6 transmembrane  30.8 
 
 		 313 aa  87  3e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.175187  normal  0.588474 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0887  hypothetical protein  34.41 
 
 		 301 aa  87  3e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3679  membrane protein  33.21 
 
 		 310 aa  86.3  6e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0659  hypothetical protein  28.62 
 
 		 307 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.19806 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0180  hypothetical protein  32.89 
 
 		 287 aa  83.2  0.000000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0243  hypothetical protein  30.36 
 
 		 312 aa  82  0.00000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.100372  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5276  hypothetical protein  29.52 
 
 		 307 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.69166  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5011  hypothetical protein  29.63 
 
 		 307 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.878477 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3356  hypothetical protein  29.63 
 
 		 307 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4424  hypothetical protein  30.23 
 
 		 307 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00325895 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1803  protein of unknown function DUF6 transmembrane  31.68 
 
 		 324 aa  79  0.00000000000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>