253 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_1940 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010682  Rpic_1940  protein of unknown function DUF6 transmembrane  100 
 
 
305 aa  599  1e-170  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0530229  hitchhiker  0.00250027 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1612  protein of unknown function DUF6 transmembrane  95.41 
 
 
305 aa  575  1.0000000000000001e-163  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0142876  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1607  hypothetical protein  85.34 
 
 
307 aa  510  1e-143  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00020661  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1083  protein of unknown function DUF6 transmembrane  57.3 
 
 
295 aa  299  3e-80  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.427238  normal  0.445197 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0738  hypothetical protein  56.94 
 
 
295 aa  296  3e-79  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1785  protein of unknown function DUF6 transmembrane  52.88 
 
 
294 aa  270  2e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2246  hypothetical protein  48.12 
 
 
300 aa  240  2e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.167542  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4064  hypothetical protein  50.7 
 
 
283 aa  234  1.0000000000000001e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5624  hypothetical protein  48.34 
 
 
296 aa  232  6e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.353351  normal  0.158728 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3069  hypothetical protein  51.01 
 
 
293 aa  231  1e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.488834  normal  0.440663 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2766  hypothetical protein  46.1 
 
 
289 aa  229  4e-59  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.393161  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1629  hypothetical protein  51.53 
 
 
306 aa  224  1e-57  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1772  hypothetical protein  49.48 
 
 
292 aa  223  2e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3854  protein of unknown function DUF6 transmembrane  49.29 
 
 
293 aa  223  3e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1957  putative transmembrane protein  49.82 
 
 
298 aa  223  4e-57  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.380299  normal  0.749824 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1930  hypothetical protein  48.9 
 
 
317 aa  214  9.999999999999999e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0562789 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20640  hypothetical protein  48.59 
 
 
292 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.14869  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06857  hypothetical protein  42.21 
 
 
305 aa  213  3.9999999999999995e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0136  hypothetical protein  47.97 
 
 
308 aa  213  3.9999999999999995e-54  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0009  hypothetical protein  49.15 
 
 
289 aa  199  7e-50  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000880  permease  40.96 
 
 
299 aa  192  6e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0946  integral membrane protein  40.62 
 
 
295 aa  192  8e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0455522  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1003  hypothetical protein  44.33 
 
 
285 aa  191  2e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2902  hypothetical protein  47.06 
 
 
298 aa  189  7e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4574  hypothetical protein  45.22 
 
 
296 aa  187  1e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.252933  hitchhiker  0.00319801 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3591  protein of unknown function DUF6 transmembrane  44.93 
 
 
291 aa  186  6e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3358  hypothetical protein  45.55 
 
 
291 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.157803  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4483  hypothetical protein  39.93 
 
 
305 aa  183  4.0000000000000006e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4510  protein of unknown function DUF6 transmembrane  44.85 
 
 
296 aa  182  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.444897  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4003  membrane protein  37.37 
 
 
307 aa  182  6e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0116416  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2362  hypothetical protein  43.49 
 
 
291 aa  181  1e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.483253  normal  0.469828 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3100  hypothetical protein  43.49 
 
 
291 aa  180  2e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.331222  decreased coverage  0.00425417 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3027  hypothetical protein  45.1 
 
 
296 aa  177  2e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.810081  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2229  hypothetical protein  41.84 
 
 
307 aa  163  3e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.547025 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2505  protein of unknown function DUF6 transmembrane  41.84 
 
 
307 aa  163  3e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.017863  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3165  protein of unknown function DUF6 transmembrane  37.83 
 
 
299 aa  162  7e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.421742  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2899  protein of unknown function DUF6 transmembrane  35.86 
 
 
299 aa  162  8.000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.754555  normal  0.48327 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4991  hypothetical protein  39.93 
 
 
289 aa  157  3e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5135  hypothetical protein  38.54 
 
 
297 aa  156  4e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.382193 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2593  hypothetical protein  37.92 
 
 
297 aa  155  8e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.688411  normal  0.697041 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4402  transmembrane protein  34.75 
 
 
306 aa  155  1e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0849881  normal  0.180606 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4358  hypothetical protein  36.81 
 
 
281 aa  153  2.9999999999999998e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.728753  normal  0.819513 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5277  hypothetical protein  39.59 
 
 
289 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0373  hypothetical protein  38.57 
 
 
325 aa  149  8e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.72198  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1958  hypothetical protein  40.89 
 
 
286 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0226422 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2165  protein of unknown function DUF6 transmembrane  46.69 
 
 
299 aa  147  3e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2187  protein of unknown function DUF6 transmembrane  40.96 
 
 
296 aa  145  6e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.397881  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5166  hypothetical protein  38.41 
 
 
289 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4637  hypothetical protein  38.41 
 
 
289 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4786  protein of unknown function DUF6 transmembrane  37.72 
 
 
290 aa  138  1e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.22044  hitchhiker  0.0000243814 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3444  hypothetical protein  36.49 
 
 
291 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4348  hypothetical protein  40.48 
 
 
302 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.663003  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1573  hypothetical protein  32.14 
 
 
319 aa  132  6e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1987  hypothetical protein  36.18 
 
 
309 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.1262 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5253  hypothetical protein  35.56 
 
 
299 aa  129  9.000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2005  hypothetical protein  36.46 
 
 
301 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2100  hypothetical protein  36.11 
 
 
301 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.265012  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0762  hypothetical protein  36.46 
 
 
301 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0514  hypothetical protein  36.11 
 
 
301 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.317548  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1652  hypothetical protein  36.46 
 
 
301 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.755611  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0587  hypothetical protein  36.46 
 
 
301 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.256755  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0697  hypothetical protein  36.46 
 
 
301 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.157594  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0887  hypothetical protein  37.41 
 
 
301 aa  122  9e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5061  hypothetical protein  34.38 
 
 
293 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.906972  normal  0.609153 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3074  protein of unknown function DUF6 transmembrane  33.56 
 
 
313 aa  117  1.9999999999999998e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.526494  normal  0.199579 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4880  hypothetical protein  37.46 
 
 
304 aa  117  3e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00223528  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4132  hypothetical protein  34.15 
 
 
289 aa  116  3.9999999999999997e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.507718  hitchhiker  0.00000080806 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1416  hypothetical protein  36 
 
 
287 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3090  hypothetical protein  38.25 
 
 
323 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1799  hypothetical protein  31.27 
 
 
310 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.323338 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3950  hypothetical protein  33.1 
 
 
305 aa  110  2.0000000000000002e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.395543  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3229  hypothetical protein  33.11 
 
 
315 aa  109  5e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0176714  hitchhiker  0.00000979467 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3624  protein of unknown function DUF6 transmembrane  33.1 
 
 
287 aa  105  6e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.655823  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5922  hypothetical protein  34.84 
 
 
298 aa  105  9e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3631  hypothetical protein  32.58 
 
 
307 aa  104  2e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2045  hypothetical protein  32.99 
 
 
309 aa  101  2e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.710395 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0659  hypothetical protein  32.53 
 
 
307 aa  100  5e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.19806 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4718  drug/metabolite transporter (DMT) superfamily permease  36.73 
 
 
302 aa  99.8  5e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3679  membrane protein  31.43 
 
 
310 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3991  hypothetical protein  35.02 
 
 
287 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.244983  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29070  hypothetical protein  34.68 
 
 
287 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00286687 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3869  hypothetical protein  34.8 
 
 
293 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.751043  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3300  protein of unknown function DUF6 transmembrane  32.99 
 
 
287 aa  94  3e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2461  hypothetical protein  34.97 
 
 
295 aa  92.8  7e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.33981  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3093  hypothetical protein  34.97 
 
 
295 aa  92.4  8e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.622922 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3075  hypothetical protein  34.97 
 
 
295 aa  92.4  8e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4568  hypothetical protein  33.67 
 
 
293 aa  92  1e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1321  hypothetical protein  33.67 
 
 
293 aa  92  1e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0218  hypothetical protein  34.1 
 
 
312 aa  91.7  1e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4424  hypothetical protein  33.58 
 
 
307 aa  90.1  4e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00325895 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0180  hypothetical protein  33.8 
 
 
287 aa  89.4  6e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4080  hypothetical protein  34.26 
 
 
293 aa  89.7  6e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.787846 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3268  hypothetical protein  34.15 
 
 
287 aa  89.4  7e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3416  hypothetical protein  34.15 
 
 
287 aa  89.4  7e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.824806  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2931  hypothetical protein  34.15 
 
 
287 aa  89.4  7e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0402  hypothetical protein  34.15 
 
 
287 aa  89.4  8e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2158  hypothetical protein  33.77 
 
 
312 aa  89.4  8e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0206  hypothetical protein  34.15 
 
 
287 aa  89  1e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5276  hypothetical protein  31.87 
 
 
307 aa  88.6  1e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.69166  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5011  hypothetical protein  31.87 
 
 
307 aa  88.2  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.878477 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>