226 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1930 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_1930  hypothetical protein  100 
 
 
317 aa  612  9.999999999999999e-175  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0562789 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1785  protein of unknown function DUF6 transmembrane  62.84 
 
 
294 aa  355  5.999999999999999e-97  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1957  putative transmembrane protein  67.13 
 
 
298 aa  351  8.999999999999999e-96  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.380299  normal  0.749824 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2246  hypothetical protein  62.5 
 
 
300 aa  310  2e-83  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.167542  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1629  hypothetical protein  63.14 
 
 
306 aa  308  8e-83  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3069  hypothetical protein  61.3 
 
 
293 aa  291  9e-78  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.488834  normal  0.440663 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1612  protein of unknown function DUF6 transmembrane  49.54 
 
 
305 aa  256  3e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0142876  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1940  protein of unknown function DUF6 transmembrane  48.9 
 
 
305 aa  256  4e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0530229  hitchhiker  0.00250027 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1607  hypothetical protein  48.6 
 
 
307 aa  253  4.0000000000000004e-66  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00020661  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1083  protein of unknown function DUF6 transmembrane  43.51 
 
 
295 aa  215  8e-55  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.427238  normal  0.445197 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0738  hypothetical protein  42.07 
 
 
295 aa  214  9.999999999999999e-55  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2766  hypothetical protein  43.29 
 
 
289 aa  211  1e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.393161  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4483  hypothetical protein  43.73 
 
 
305 aa  204  1e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4064  hypothetical protein  43.45 
 
 
283 aa  202  6e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0136  hypothetical protein  48.05 
 
 
308 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5624  hypothetical protein  43.94 
 
 
296 aa  196  4.0000000000000005e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.353351  normal  0.158728 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1772  hypothetical protein  44.93 
 
 
292 aa  189  4e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3854  protein of unknown function DUF6 transmembrane  43.66 
 
 
293 aa  185  7e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2899  protein of unknown function DUF6 transmembrane  39.25 
 
 
299 aa  183  3e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.754555  normal  0.48327 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20640  hypothetical protein  43.92 
 
 
292 aa  177  3e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.14869  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0009  hypothetical protein  43.84 
 
 
289 aa  175  9e-43  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3165  protein of unknown function DUF6 transmembrane  42.7 
 
 
299 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.421742  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06857  hypothetical protein  36.27 
 
 
305 aa  173  2.9999999999999996e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4574  hypothetical protein  44.14 
 
 
296 aa  171  2e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.252933  hitchhiker  0.00319801 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3027  hypothetical protein  43.34 
 
 
296 aa  168  9e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.810081  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4402  transmembrane protein  37.22 
 
 
306 aa  168  1e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0849881  normal  0.180606 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4510  protein of unknown function DUF6 transmembrane  44.52 
 
 
296 aa  167  2e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.444897  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5135  hypothetical protein  38.57 
 
 
297 aa  166  5e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.382193 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2902  hypothetical protein  41.82 
 
 
298 aa  166  5.9999999999999996e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0946  integral membrane protein  36.39 
 
 
295 aa  162  9e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0455522  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2593  hypothetical protein  37.2 
 
 
297 aa  162  1e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.688411  normal  0.697041 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3100  hypothetical protein  41.58 
 
 
291 aa  161  2e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.331222  decreased coverage  0.00425417 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3591  protein of unknown function DUF6 transmembrane  41.24 
 
 
291 aa  160  3e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1003  hypothetical protein  37.5 
 
 
285 aa  159  4e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000880  permease  37.37 
 
 
299 aa  158  1e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4003  membrane protein  34.81 
 
 
307 aa  157  2e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0116416  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2362  hypothetical protein  40.07 
 
 
291 aa  155  1e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.483253  normal  0.469828 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4991  hypothetical protein  39.32 
 
 
289 aa  147  3e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1958  hypothetical protein  39.12 
 
 
286 aa  145  8.000000000000001e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0226422 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5166  hypothetical protein  40.2 
 
 
289 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2505  protein of unknown function DUF6 transmembrane  40.34 
 
 
307 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.017863  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5277  hypothetical protein  39.19 
 
 
289 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3358  hypothetical protein  39.04 
 
 
291 aa  140  3e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.157803  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2229  hypothetical protein  40.34 
 
 
307 aa  140  3e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.547025 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4786  protein of unknown function DUF6 transmembrane  38.16 
 
 
290 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.22044  hitchhiker  0.0000243814 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0373  hypothetical protein  38.31 
 
 
325 aa  139  6e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.72198  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4637  hypothetical protein  39.86 
 
 
289 aa  139  7e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4358  hypothetical protein  36.21 
 
 
281 aa  137  2e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.728753  normal  0.819513 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4348  hypothetical protein  39.72 
 
 
302 aa  137  2e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.663003  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1987  hypothetical protein  38.18 
 
 
309 aa  136  4e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.1262 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3444  hypothetical protein  38.78 
 
 
291 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3950  hypothetical protein  38.23 
 
 
305 aa  134  3e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.395543  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2187  protein of unknown function DUF6 transmembrane  39.64 
 
 
296 aa  133  5e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.397881  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2165  protein of unknown function DUF6 transmembrane  44.93 
 
 
299 aa  130  2.0000000000000002e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1573  hypothetical protein  32.87 
 
 
319 aa  130  3e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5253  hypothetical protein  35.19 
 
 
299 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5061  hypothetical protein  37.04 
 
 
293 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.906972  normal  0.609153 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0762  hypothetical protein  38.1 
 
 
301 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3090  hypothetical protein  38.28 
 
 
323 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0587  hypothetical protein  38.1 
 
 
301 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.256755  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0697  hypothetical protein  38.1 
 
 
301 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.157594  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1652  hypothetical protein  38.1 
 
 
301 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.755611  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0514  hypothetical protein  38.1 
 
 
301 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.317548  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2100  hypothetical protein  38.1 
 
 
301 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.265012  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2005  hypothetical protein  38.1 
 
 
301 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4880  hypothetical protein  35.81 
 
 
304 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00223528  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4132  hypothetical protein  31.88 
 
 
289 aa  111  2.0000000000000002e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.507718  hitchhiker  0.00000080806 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3074  protein of unknown function DUF6 transmembrane  32.76 
 
 
313 aa  109  6e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.526494  normal  0.199579 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3624  protein of unknown function DUF6 transmembrane  33.45 
 
 
287 aa  108  1e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.655823  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6425  hypothetical protein  35.86 
 
 
293 aa  107  3e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.830859 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0887  hypothetical protein  35.96 
 
 
301 aa  105  1e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5922  hypothetical protein  31.16 
 
 
298 aa  103  3e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2461  hypothetical protein  34.36 
 
 
295 aa  103  3e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.33981  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3075  hypothetical protein  34.36 
 
 
295 aa  103  4e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3093  hypothetical protein  34.71 
 
 
295 aa  103  4e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.622922 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3869  hypothetical protein  34.93 
 
 
293 aa  103  5e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.751043  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3229  hypothetical protein  32.88 
 
 
315 aa  103  5e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0176714  hitchhiker  0.00000979467 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4718  drug/metabolite transporter (DMT) superfamily permease  35.71 
 
 
302 aa  101  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1416  hypothetical protein  30.07 
 
 
287 aa  99.4  8e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0180  hypothetical protein  32.99 
 
 
287 aa  97.8  2e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4568  hypothetical protein  32.53 
 
 
293 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1321  hypothetical protein  32.53 
 
 
293 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2045  hypothetical protein  30.03 
 
 
309 aa  95.1  1e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.710395 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4080  hypothetical protein  32.53 
 
 
293 aa  94  3e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.787846 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3991  hypothetical protein  30.58 
 
 
287 aa  94  3e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.244983  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3300  protein of unknown function DUF6 transmembrane  30.74 
 
 
287 aa  93.2  5e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3072  hypothetical protein  34.52 
 
 
293 aa  92.8  7e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.727288 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1799  hypothetical protein  31 
 
 
310 aa  92  1e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.323338 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29070  hypothetical protein  29.9 
 
 
287 aa  92  1e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00286687 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0402  hypothetical protein  35.99 
 
 
287 aa  88.6  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3268  hypothetical protein  34.26 
 
 
287 aa  87.8  2e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2931  hypothetical protein  34.26 
 
 
287 aa  87.8  2e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2158  hypothetical protein  35.99 
 
 
312 aa  87.8  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0206  hypothetical protein  35.99 
 
 
287 aa  87.8  2e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3416  hypothetical protein  34.26 
 
 
287 aa  87.8  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.824806  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2986  hypothetical protein  33.68 
 
 
293 aa  86.7  5e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0531098 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3244  hypothetical protein  33.55 
 
 
288 aa  86.7  5e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0218  hypothetical protein  35.64 
 
 
312 aa  86.3  6e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0052  protein of unknown function DUF6 transmembrane  32.13 
 
 
313 aa  84.7  0.000000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.175187  normal  0.588474 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3123  hypothetical protein  33.56 
 
 
293 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>