86 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2964 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2964  DNA polymerase III subunit chi  100 
 
 		 150 aa  307  2.9999999999999997e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0488849  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2482  DNA polymerase III subunit chi  89.33 
 
 		 150 aa  277  4e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3469  DNA polymerase III subunit chi  82 
 
 		 150 aa  258  2e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0975946  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3833  DNA polymerase III subunit chi  74.67 
 
 		 150 aa  225  2e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.543729  normal  0.516031 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2315  DNA polymerase III subunit chi  70.67 
 
 		 150 aa  224  3e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.184732  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1675  DNA polymerase III subunit chi  63.76 
 
 		 150 aa  207  5e-53  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2338  DNA polymerase III subunit chi  63.76 
 
 		 151 aa  206  9e-53  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.695498  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5406  DNA polymerase III chi subunit HolC  56.38 
 
 		 150 aa  184  3e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.105702  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5564  DNA polymerase III chi subunit HolC  56.38 
 
 		 150 aa  184  3e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5197  DNA polymerase III chi subunit HolC  56.38 
 
 		 150 aa  181  3e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5119  DNA polymerase III chi subunit HolC  55.03 
 
 		 150 aa  181  3e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.225857 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4656  DNA polymerase III chi subunit HolC  55.03 
 
 		 150 aa  181  3e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.39691 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3108  DNA polymerase III chi subunit HolC  55.03 
 
 		 150 aa  181  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1459  DNA polymerase III chi subunit HolC  56.86 
 
 		 153 aa  173  9e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.176119  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1755  DNA polymerase III subunit chi  55.1 
 
 		 172 aa  168  2e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0446524  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3336  DNA polymerase III chi subunit HolC  53.69 
 
 		 149 aa  164  5e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.836829  normal  0.366639 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0767  DNA polymerase III subunit chi  53.02 
 
 		 149 aa  161  2.0000000000000002e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.100717 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1071  DNA polymerase III subunit chi  50.34 
 
 		 149 aa  160  7e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.300833  decreased coverage  0.00000213889 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1215  DNA polymerase III subunit chi  49.66 
 
 		 149 aa  159  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.793158  decreased coverage  0.00000089411 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2220  DNA polymerase III chi subunit HolC  49.66 
 
 		 151 aa  157  6e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.307874 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0681  DNA polymerase III subunit chi  48.32 
 
 		 149 aa  154  3e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0690  DNA polymerase III subunit chi  48.32 
 
 		 149 aa  154  3e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.435685  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2599  DNA polymerase III subunit chi  47.65 
 
 		 149 aa  154  4e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2532  DNA polymerase III subunit chi  48.98 
 
 		 153 aa  147  6e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.205644  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1228  DNA polymerase III subunit chi  44.9 
 
 		 150 aa  146  1.0000000000000001e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.022673  normal  0.528347 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1546  hypothetical protein  48.32 
 
 		 149 aa  144  3e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.266467  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0649  DNA polymerase III chi subunit HolC  46.41 
 
 		 156 aa  140  8e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2200  DNA polymerase III subunit chi  45.64 
 
 		 160 aa  127  5.0000000000000004e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.99694  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0509  DNA polymerase III subunit chi  40.27 
 
 		 149 aa  126  1.0000000000000001e-28  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.370984  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0951  DNA polymerase III subunit chi  36.67 
 
 		 154 aa  99.4  1e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0162676  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3053  DNA polymerase III subunit chi  40.94 
 
 		 148 aa  98.6  3e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00465951  normal  0.254761 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0904  DNA polymerase III subunit chi  37.5 
 
 		 149 aa  95.5  2e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.166352  normal  0.0444908 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1192  DNA polymerase III subunit chi  37.09 
 
 		 151 aa  92.4  2e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.369571  normal  0.290389 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1816  DNA polymerase III subunit chi  36 
 
 		 154 aa  90.1  8e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.382796 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2898  DNA polymerase III subunit chi  37.09 
 
 		 152 aa  90.1  9e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1542  DNA polymerase III subunit chi  36.3 
 
 		 148 aa  84  6e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.133354  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1123  DNA polymerase III subunit chi  37.41 
 
 		 158 aa  80.1  0.000000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.144484 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2675  DNA polymerase III, chi subunit  33.1 
 
 		 157 aa  77.8  0.00000000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000802789  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1760  DNA polymerase III chi subunit, HolC  34 
 
 		 149 aa  73.6  0.0000000000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.248736 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2411  DNA polymerase III subunit chi  41.61 
 
 		 155 aa  67  0.00000000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1941  DNA polymerase III, chi subunit  34.04 
 
 		 144 aa  61.6  0.000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.206934  normal  0.0768542 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0892  DNA polymerase III chi subunit, HolC  32.41 
 
 		 143 aa  59.3  0.00000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.724559  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2116  DNA polymerase III chi subunit HolC  30.5 
 
 		 139 aa  57.8  0.00000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.273387 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2788  DNA polymerase III chi subunit HolC  34.75 
 
 		 146 aa  54.3  0.0000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.127703  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2921  DNA polymerase III chi subunit, HolC  28.26 
 
 		 150 aa  52.4  0.000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.171955  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1548  DNA polymerase III, chi subunit  32.95 
 
 		 138 aa  51.6  0.000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2141  DNA polymerase III chi subunit HolC  29.14 
 
 		 147 aa  50.4  0.000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.595974  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0682  DNA polymerase III chi subunit, HolC  34.07 
 
 		 140 aa  50.4  0.000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.237318  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0288  DNA polymerase III chi subunit, HolC  26.67 
 
 		 143 aa  49.3  0.00002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.696514  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0829  DNA polymerase III subunit chi  31.67 
 
 		 138 aa  48.5  0.00003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.525292  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1749  DNA polymerase III chi subunit, HolC  28.06 
 
 		 146 aa  47.8  0.00005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0579  DNA polymerase III, chi subunit  28.57 
 
 		 143 aa  47.8  0.00005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.706687  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2806  DNA polymerase III subunit chi  36.67 
 
 		 144 aa  47.4  0.00006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.654553  normal  0.315604 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0960  DNA polymerase III chi subunit, HolC  29.91 
 
 		 169 aa  47  0.00009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2098  DNA polymerase III, chi subunit, putative  27.63 
 
 		 152 aa  46.2  0.0001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2168  DNA polymerase III subunit chi  31.09 
 
 		 146 aa  46.2  0.0002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0875446 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2557  hypothetical protein  23.21 
 
 		 144 aa  45.8  0.0002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2117  DNA polymerase III subunit chi  31.93 
 
 		 144 aa  45.8  0.0002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.520432  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2685  hypothetical protein  24.11 
 
 		 144 aa  44.7  0.0004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0673  DNA polymerase III subunit chi  34 
 
 		 138 aa  44.7  0.0005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.813274  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2948  DNA polymerase III subunit chi  34 
 
 		 138 aa  44.7  0.0005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.277131  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2338  DNA polymerase III subunit chi  34 
 
 		 138 aa  44.7  0.0005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.56137  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0745  DNA polymerase III chi subunit, HolC  23.13 
 
 		 140 aa  44.3  0.0005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.753041  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0824  DNA polymerase III subunit chi  34 
 
 		 138 aa  44.3  0.0005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1652  DNA polymerase III subunit chi  34 
 
 		 138 aa  44.7  0.0005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.291521  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1023  DNA polymerase III subunit chi  34 
 
 		 138 aa  44.3  0.0006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.320715  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1016  DNA polymerase III subunit chi  34 
 
 		 138 aa  44.3  0.0006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.253766  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1177  DNA polymerase III subunit chi  34 
 
 		 138 aa  44.3  0.0006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.477479  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3083  DNA polymerase III chi subunit, HolC  28.06 
 
 		 140 aa  43.5  0.001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.176522 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2682  DNA polymerase III subunit chi  33.33 
 
 		 144 aa  43.5  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0568608  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2514  DNA polymerase III subunit chi  31.67 
 
 		 138 aa  42.4  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2409  DNA polymerase III subunit chi  30.17 
 
 		 145 aa  42.7  0.002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.446453  normal  0.54123 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11640  DNA polymerase III subunit chi  30.43 
 
 		 142 aa  41.6  0.003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2382  DNA polymerase III subunit chi  31.67 
 
 		 138 aa  41.6  0.003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1371  DNA polymerase III, chi subunit  32.18 
 
 		 149 aa  42  0.003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.217758  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0557  DNA polymerase III chi subunit, HolC  33.78 
 
 		 146 aa  42  0.003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000871716 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1060  DNA polymerase III chi subunit HolC  25.17 
 
 		 156 aa  41.2  0.005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.559351  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14460  DNA polymerase III subunit chi  32.67 
 
 		 142 aa  41.2  0.005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0223  DNA polymerase III, chi subunit  23.2 
 
 		 154 aa  40.8  0.006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000247187  normal  0.861586 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1281  DNA polymerase III subunit chi  32.67 
 
 		 142 aa  40.8  0.006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3637  DNA polymerase III subunit chi  25 
 
 		 138 aa  40.4  0.007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1009  DNA polymerase III chi subunit, HolC  25.17 
 
 		 156 aa  40.4  0.008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.153298  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1202  DNA polymerase III chi subunit, HolC  23.45 
 
 		 154 aa  40.4  0.009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00117323  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1132  DNA polymerase III chi subunit, HolC  23.45 
 
 		 154 aa  40.4  0.009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00137495  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2414  DNA polymerase III subunit chi  30.25 
 
 		 142 aa  40.4  0.009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3528  DNA polymerase III, chi subunit  25.23 
 
 		 139 aa  40  0.01  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0021621  normal  0.458218 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>