110 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc2414 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc2414  DNA polymerase III subunit chi  100 
 
 		 142 aa  289  9e-78  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2678  DNA polymerase III subunit chi  90.85 
 
 		 142 aa  225  2e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.162671  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2218  DNA polymerase III subunit chi  90.14 
 
 		 142 aa  223  7e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.794727 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3637  DNA polymerase III subunit chi  58.57 
 
 		 138 aa  168  2e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0985  DNA polymerase III subunit chi  58.57 
 
 		 138 aa  168  2e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0829  DNA polymerase III subunit chi  58.57 
 
 		 138 aa  161  2.0000000000000002e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.525292  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2682  DNA polymerase III subunit chi  61.7 
 
 		 144 aa  158  3e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0568608  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2806  DNA polymerase III subunit chi  60.56 
 
 		 144 aa  155  2e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.654553  normal  0.315604 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2224  DNA polymerase III subunit chi  61.43 
 
 		 138 aa  149  1e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.534333  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1854  DNA polymerase III subunit chi  58.57 
 
 		 138 aa  139  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2514  DNA polymerase III subunit chi  59.29 
 
 		 138 aa  139  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2465  DNA polymerase III subunit chi  58.57 
 
 		 138 aa  139  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2470  DNA polymerase III subunit chi  58.57 
 
 		 138 aa  139  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5796  DNA polymerase III subunit chi  58.57 
 
 		 138 aa  137  3.9999999999999997e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.152047 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0624  DNA polymerase III chi subunit, HolC  43.51 
 
 		 155 aa  137  3.9999999999999997e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000161546  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2382  DNA polymerase III subunit chi  57.86 
 
 		 138 aa  136  8.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0673  DNA polymerase III subunit chi  57.14 
 
 		 138 aa  135  1e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.813274  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1177  DNA polymerase III subunit chi  57.14 
 
 		 138 aa  136  1e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.477479  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0824  DNA polymerase III subunit chi  57.14 
 
 		 138 aa  135  1e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2338  DNA polymerase III subunit chi  57.14 
 
 		 138 aa  135  1e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.56137  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2948  DNA polymerase III subunit chi  57.14 
 
 		 138 aa  135  1e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.277131  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1016  DNA polymerase III subunit chi  57.14 
 
 		 138 aa  136  1e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.253766  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1023  DNA polymerase III subunit chi  57.14 
 
 		 138 aa  136  1e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.320715  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1652  DNA polymerase III subunit chi  57.14 
 
 		 138 aa  135  1e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.291521  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2117  DNA polymerase III subunit chi  43.66 
 
 		 144 aa  133  9e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.520432  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0745  DNA polymerase III chi subunit, HolC  46.81 
 
 		 140 aa  132  1.9999999999999998e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.753041  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2409  DNA polymerase III subunit chi  46.9 
 
 		 145 aa  130  7.999999999999999e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.446453  normal  0.54123 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0223  DNA polymerase III, chi subunit  47.55 
 
 		 154 aa  127  4.0000000000000003e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000247187  normal  0.861586 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1232  DNA polymerase III chi subunit HolC  42.86 
 
 		 154 aa  127  7.000000000000001e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2168  DNA polymerase III subunit chi  44.68 
 
 		 146 aa  117  4.9999999999999996e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0875446 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3083  DNA polymerase III chi subunit, HolC  43.26 
 
 		 140 aa  116  9.999999999999999e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.176522 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1941  DNA polymerase III, chi subunit  44.83 
 
 		 144 aa  115  1.9999999999999998e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.206934  normal  0.0768542 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0579  DNA polymerase III, chi subunit  42.86 
 
 		 143 aa  113  8.999999999999998e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.706687  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3540  DNA polymerase III chi subunit HolC  45.07 
 
 		 143 aa  111  3e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0730184 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2594  DNA polymerase III chi subunit HolC  44.83 
 
 		 145 aa  109  1.0000000000000001e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0380592 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3161  DNA polymerase III chi subunit, HolC  42.96 
 
 		 144 aa  107  5e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2141  DNA polymerase III chi subunit HolC  43.45 
 
 		 147 aa  106  1e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.595974  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2731  DNA polymerase III subunit chi  42.07 
 
 		 147 aa  105  3e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.480255  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1922  DNA polymerase III chi subunit, HolC  41.96 
 
 		 146 aa  102  1e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.127132  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1726  DNA polymerase III chi subunit HolC  41.96 
 
 		 146 aa  102  2e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2788  DNA polymerase III chi subunit HolC  43.57 
 
 		 146 aa  99  2e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.127703  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0288  DNA polymerase III chi subunit, HolC  36.81 
 
 		 143 aa  97.8  4e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.696514  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2116  DNA polymerase III chi subunit HolC  37.24 
 
 		 139 aa  96.7  1e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.273387 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14460  DNA polymerase III subunit chi  37.67 
 
 		 142 aa  95.1  3e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1270  DNA polymerase III, chi subunit  40.41 
 
 		 142 aa  94  7e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1090  DNA polymerase III subunit chi  40.41 
 
 		 142 aa  93.6  8e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.918741 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1281  DNA polymerase III subunit chi  36.99 
 
 		 142 aa  93.2  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2098  DNA polymerase III, chi subunit, putative  43.28 
 
 		 152 aa  89.7  1e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0988  DNA polymerase III subunit chi  36.99 
 
 		 142 aa  89  2e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4921  DNA polymerase III chi subunit, HolC  39.86 
 
 		 144 aa  88.6  3e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3528  DNA polymerase III, chi subunit  38.85 
 
 		 139 aa  85.5  2e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0021621  normal  0.458218 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11640  DNA polymerase III subunit chi  36.3 
 
 		 142 aa  84.7  4e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0979  DNA polymerase III subunit chi  34.25 
 
 		 142 aa  83.6  7e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.348384  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1017  DNA polymerase III subunit chi  34.25 
 
 		 142 aa  83.6  7e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0985  DNA polymerase III subunit chi  32.88 
 
 		 142 aa  82.4  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4238  DNA polymerase III subunit chi  33.56 
 
 		 142 aa  80.1  0.000000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2557  hypothetical protein  33.8 
 
 		 144 aa  79.7  0.00000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2921  DNA polymerase III chi subunit, HolC  30.56 
 
 		 150 aa  77.4  0.00000000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.171955  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2685  hypothetical protein  33.8 
 
 		 144 aa  77  0.00000000000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1371  DNA polymerase III, chi subunit  34.21 
 
 		 149 aa  73.9  0.0000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.217758  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0682  DNA polymerase III chi subunit, HolC  35.2 
 
 		 140 aa  69.7  0.00000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.237318  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0112  DNA polymerase III subunit chi  31.79 
 
 		 141 aa  66.6  0.0000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0096  DNA polymerase III subunit chi  31.79 
 
 		 141 aa  66.2  0.0000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2741  DNA polymerase III chi subunit, HolC  31.54 
 
 		 176 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.464581  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0924  DNA polymerase III chi subunit, HolC  33.06 
 
 		 153 aa  64.7  0.0000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.722324  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3563  DNA polymerase III chi subunit, HolC  27.78 
 
 		 156 aa  62.8  0.000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0557  DNA polymerase III chi subunit, HolC  32.54 
 
 		 146 aa  62.4  0.000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000871716 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1009  DNA polymerase III chi subunit, HolC  30.23 
 
 		 156 aa  62  0.000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.153298  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3111  DNA polymerase III chi subunit HolC  28.91 
 
 		 174 aa  62  0.000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00130972  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3120  DNA polymerase III chi subunit HolC  28.91 
 
 		 174 aa  61.6  0.000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000377435  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3263  DNA polymerase III chi subunit HolC  28.91 
 
 		 174 aa  62  0.000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0142385  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1256  DNA polymerase III chi subunit HolC  28.8 
 
 		 167 aa  62  0.000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00560451  hitchhiker  0.00000580996 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0902  DNA polymerase III chi subunit HolC  28.8 
 
 		 163 aa  60.1  0.000000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0791  DNA polymerase III, chi subunit  31.76 
 
 		 151 aa  59.7  0.00000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0394  DNA polymerase III chi subunit, HolC  32.06 
 
 		 160 aa  59.7  0.00000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1060  DNA polymerase III chi subunit HolC  29.46 
 
 		 156 aa  60.1  0.00000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.559351  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0535  DNA polymerase III subunit chi  28.97 
 
 		 141 aa  59.3  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.815318 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1264  DNA polymerase III subunit chi  28.35 
 
 		 147 aa  55.5  0.0000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000426106  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1202  DNA polymerase III chi subunit, HolC  25.81 
 
 		 154 aa  55.5  0.0000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00117323  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1132  DNA polymerase III chi subunit, HolC  25.81 
 
 		 154 aa  55.5  0.0000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00137495  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1131  DNA polymerase III chi subunit, HolC  25.81 
 
 		 154 aa  55.1  0.0000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000927432  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2532  DNA polymerase III subunit chi  33.33 
 
 		 153 aa  55.1  0.0000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.205644  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3423  DNA polymerase III, chi subunit  25.81 
 
 		 154 aa  54.7  0.0000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2866  DNA polymerase III chi subunit, HolC  27.73 
 
 		 153 aa  51.6  0.000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0418858  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0525  DNA polymerase III subunit chi  23.81 
 
 		 147 aa  50.4  0.000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.836695  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0917  DNA polymerase III chi subunit, HolC  26.89 
 
 		 149 aa  50.1  0.00001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.741831  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02658  DNA polymerase III subunit chi  29.8 
 
 		 141 aa  50.1  0.00001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2200  DNA polymerase III subunit chi  28.37 
 
 		 160 aa  48.9  0.00002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.99694  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2675  DNA polymerase III, chi subunit  28.57 
 
 		 157 aa  48.9  0.00002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000802789  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0739  DNA polymerase III, chi subunit  26.77 
 
 		 157 aa  48.5  0.00003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1071  DNA polymerase III subunit chi  30.22 
 
 		 149 aa  48.5  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.300833  decreased coverage  0.00000213889 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2482  DNA polymerase III subunit chi  30.25 
 
 		 150 aa  47.8  0.00005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3336  DNA polymerase III chi subunit HolC  28.89 
 
 		 149 aa  47.4  0.00007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.836829  normal  0.366639 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2964  DNA polymerase III subunit chi  30.25 
 
 		 150 aa  46.2  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0488849  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0052  DNA polymerase III chi subunit, HolC  23.02 
 
 		 166 aa  46.6  0.0001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1459  DNA polymerase III chi subunit HolC  32.11 
 
 		 153 aa  46.6  0.0001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.176119  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2315  DNA polymerase III subunit chi  31.36 
 
 		 150 aa  45.8  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.184732  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3469  DNA polymerase III subunit chi  27.2 
 
 		 150 aa  44.3  0.0005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0975946  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1749  DNA polymerase III chi subunit, HolC  26.89 
 
 		 146 aa  43.1  0.001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1378  DNA polymerase III chi subunit HolC  30.71 
 
 		 147 aa  42.4  0.002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>