117 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2218 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_2218  DNA polymerase III subunit chi  100 
 
 		 142 aa  289  9e-78  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.794727 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2678  DNA polymerase III subunit chi  97.18 
 
 		 142 aa  237  2.9999999999999997e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.162671  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2414  DNA polymerase III subunit chi  90.14 
 
 		 142 aa  237  4e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3637  DNA polymerase III subunit chi  58.57 
 
 		 138 aa  172  1.9999999999999998e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0985  DNA polymerase III subunit chi  58.57 
 
 		 138 aa  172  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0829  DNA polymerase III subunit chi  57.86 
 
 		 138 aa  164  2.9999999999999998e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.525292  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2806  DNA polymerase III subunit chi  62.68 
 
 		 144 aa  162  1.0000000000000001e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.654553  normal  0.315604 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2682  DNA polymerase III subunit chi  62.41 
 
 		 144 aa  162  2.0000000000000002e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0568608  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2224  DNA polymerase III subunit chi  60 
 
 		 138 aa  144  5e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.534333  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0673  DNA polymerase III subunit chi  57.86 
 
 		 138 aa  142  1e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.813274  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1177  DNA polymerase III subunit chi  57.86 
 
 		 138 aa  142  1e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.477479  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2338  DNA polymerase III subunit chi  57.86 
 
 		 138 aa  142  1e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.56137  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2948  DNA polymerase III subunit chi  57.86 
 
 		 138 aa  142  1e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.277131  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1016  DNA polymerase III subunit chi  57.86 
 
 		 138 aa  142  1e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.253766  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1023  DNA polymerase III subunit chi  57.86 
 
 		 138 aa  142  1e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.320715  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1652  DNA polymerase III subunit chi  57.86 
 
 		 138 aa  142  1e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.291521  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0824  DNA polymerase III subunit chi  57.86 
 
 		 138 aa  142  2e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1854  DNA polymerase III subunit chi  58.57 
 
 		 138 aa  141  2e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2465  DNA polymerase III subunit chi  58.57 
 
 		 138 aa  141  2e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2470  DNA polymerase III subunit chi  58.57 
 
 		 138 aa  141  2e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2382  DNA polymerase III subunit chi  58.57 
 
 		 138 aa  141  2e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2514  DNA polymerase III subunit chi  58.57 
 
 		 138 aa  141  3e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5796  DNA polymerase III subunit chi  57.86 
 
 		 138 aa  139  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.152047 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0745  DNA polymerase III chi subunit, HolC  48.94 
 
 		 140 aa  135  1e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.753041  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2117  DNA polymerase III subunit chi  45.77 
 
 		 144 aa  136  1e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.520432  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2409  DNA polymerase III subunit chi  48.28 
 
 		 145 aa  135  2e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.446453  normal  0.54123 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0624  DNA polymerase III chi subunit, HolC  41.56 
 
 		 155 aa  131  1.9999999999999998e-30  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000161546  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0223  DNA polymerase III, chi subunit  48.25 
 
 		 154 aa  130  6.999999999999999e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000247187  normal  0.861586 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1941  DNA polymerase III, chi subunit  47.59 
 
 		 144 aa  126  1.0000000000000001e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.206934  normal  0.0768542 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1232  DNA polymerase III chi subunit HolC  40.91 
 
 		 154 aa  125  2.0000000000000002e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2168  DNA polymerase III subunit chi  45.39 
 
 		 146 aa  117  4.9999999999999996e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0875446 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3161  DNA polymerase III chi subunit, HolC  45.07 
 
 		 144 aa  116  9.999999999999999e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3540  DNA polymerase III chi subunit HolC  45.77 
 
 		 143 aa  115  9.999999999999999e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0730184 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3083  DNA polymerase III chi subunit, HolC  44.37 
 
 		 140 aa  115  1.9999999999999998e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.176522 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2731  DNA polymerase III subunit chi  43.45 
 
 		 147 aa  111  3e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.480255  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2594  DNA polymerase III chi subunit HolC  44.14 
 
 		 145 aa  110  9e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0380592 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0579  DNA polymerase III, chi subunit  40.71 
 
 		 143 aa  109  2.0000000000000002e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.706687  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1726  DNA polymerase III chi subunit HolC  44.06 
 
 		 146 aa  104  3e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1922  DNA polymerase III chi subunit, HolC  44.06 
 
 		 146 aa  104  4e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.127132  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2141  DNA polymerase III chi subunit HolC  42.07 
 
 		 147 aa  103  7e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.595974  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2788  DNA polymerase III chi subunit HolC  43.57 
 
 		 146 aa  103  8e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.127703  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14460  DNA polymerase III subunit chi  40.27 
 
 		 142 aa  101  4e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0288  DNA polymerase III chi subunit, HolC  37.5 
 
 		 143 aa  99.8  1e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.696514  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1281  DNA polymerase III subunit chi  39.6 
 
 		 142 aa  98.6  3e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4921  DNA polymerase III chi subunit, HolC  41.26 
 
 		 144 aa  97.4  5e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2116  DNA polymerase III chi subunit HolC  36.92 
 
 		 139 aa  94.4  4e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.273387 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1270  DNA polymerase III, chi subunit  39.73 
 
 		 142 aa  92.4  2e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1090  DNA polymerase III subunit chi  39.73 
 
 		 142 aa  92.4  2e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.918741 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0988  DNA polymerase III subunit chi  35.62 
 
 		 142 aa  87  7e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2921  DNA polymerase III chi subunit, HolC  33.33 
 
 		 150 aa  87  7e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.171955  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2098  DNA polymerase III, chi subunit, putative  43.28 
 
 		 152 aa  87  9e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0979  DNA polymerase III subunit chi  34.25 
 
 		 142 aa  85.9  2e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.348384  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1017  DNA polymerase III subunit chi  34.25 
 
 		 142 aa  85.9  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0985  DNA polymerase III subunit chi  33.56 
 
 		 142 aa  84.7  4e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11640  DNA polymerase III subunit chi  34.25 
 
 		 142 aa  84  6e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4238  DNA polymerase III subunit chi  33.56 
 
 		 142 aa  84  6e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3528  DNA polymerase III, chi subunit  38.13 
 
 		 139 aa  80.1  0.000000000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0021621  normal  0.458218 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1371  DNA polymerase III, chi subunit  36.84 
 
 		 149 aa  80.1  0.00000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.217758  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2557  hypothetical protein  33.1 
 
 		 144 aa  78.2  0.00000000000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2685  hypothetical protein  33.1 
 
 		 144 aa  75.1  0.0000000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0924  DNA polymerase III chi subunit, HolC  32.5 
 
 		 153 aa  68.6  0.00000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.722324  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0902  DNA polymerase III chi subunit HolC  31.2 
 
 		 163 aa  67  0.00000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2741  DNA polymerase III chi subunit, HolC  31.54 
 
 		 176 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.464581  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0112  DNA polymerase III subunit chi  31.79 
 
 		 141 aa  65.5  0.0000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0096  DNA polymerase III subunit chi  31.79 
 
 		 141 aa  65.1  0.0000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0682  DNA polymerase III chi subunit, HolC  33.07 
 
 		 140 aa  63.2  0.000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.237318  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3111  DNA polymerase III chi subunit HolC  29.6 
 
 		 174 aa  63.2  0.000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00130972  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3120  DNA polymerase III chi subunit HolC  29.6 
 
 		 174 aa  63.2  0.000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000377435  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3263  DNA polymerase III chi subunit HolC  29.6 
 
 		 174 aa  63.2  0.000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0142385  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1256  DNA polymerase III chi subunit HolC  29.6 
 
 		 167 aa  63.2  0.000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00560451  hitchhiker  0.00000580996 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3563  DNA polymerase III chi subunit, HolC  28.47 
 
 		 156 aa  62  0.000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1009  DNA polymerase III chi subunit, HolC  30.23 
 
 		 156 aa  62.8  0.000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.153298  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0557  DNA polymerase III chi subunit, HolC  33.33 
 
 		 146 aa  62  0.000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000871716 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1060  DNA polymerase III chi subunit HolC  29.46 
 
 		 156 aa  60.8  0.000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.559351  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0535  DNA polymerase III subunit chi  29.66 
 
 		 141 aa  60.1  0.000000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.815318 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1264  DNA polymerase III subunit chi  28.35 
 
 		 147 aa  59.7  0.00000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000426106  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0791  DNA polymerase III, chi subunit  30.34 
 
 		 151 aa  58.2  0.00000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2866  DNA polymerase III chi subunit, HolC  30.25 
 
 		 153 aa  57.4  0.00000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0418858  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2675  DNA polymerase III, chi subunit  31.25 
 
 		 157 aa  56.6  0.0000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000802789  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0394  DNA polymerase III chi subunit, HolC  31.06 
 
 		 160 aa  56.2  0.0000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0052  DNA polymerase III chi subunit, HolC  25.18 
 
 		 166 aa  56.2  0.0000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1131  DNA polymerase III chi subunit, HolC  26.61 
 
 		 154 aa  55.5  0.0000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000927432  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1202  DNA polymerase III chi subunit, HolC  26.61 
 
 		 154 aa  56.2  0.0000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00117323  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1132  DNA polymerase III chi subunit, HolC  26.61 
 
 		 154 aa  56.2  0.0000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00137495  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3423  DNA polymerase III, chi subunit  26.4 
 
 		 154 aa  55.1  0.0000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0917  DNA polymerase III chi subunit, HolC  28.57 
 
 		 149 aa  54.7  0.0000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.741831  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0525  DNA polymerase III subunit chi  25.98 
 
 		 147 aa  53.5  0.000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.836695  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2532  DNA polymerase III subunit chi  30.89 
 
 		 153 aa  51.6  0.000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.205644  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1749  DNA polymerase III chi subunit, HolC  27.73 
 
 		 146 aa  51.2  0.000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3544  DNA polymerase III subunit chi  27.73 
 
 		 149 aa  50.4  0.000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0256768  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4046  DNA polymerase III subunit chi  27.73 
 
 		 149 aa  50.4  0.000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0101072  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3680  DNA polymerase III subunit chi  27.73 
 
 		 149 aa  50.4  0.000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2200  DNA polymerase III subunit chi  28.57 
 
 		 160 aa  49.7  0.00001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.99694  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3721  DNA polymerase III subunit chi  30.33 
 
 		 149 aa  48.9  0.00002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.922024  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1378  DNA polymerase III chi subunit HolC  32.28 
 
 		 147 aa  48.5  0.00003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02658  DNA polymerase III subunit chi  28.38 
 
 		 141 aa  48.5  0.00003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0387  DNA polymerase III subunit chi  29.2 
 
 		 149 aa  47.8  0.00005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3469  DNA polymerase III subunit chi  28.8 
 
 		 150 aa  47.8  0.00005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0975946  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0739  DNA polymerase III, chi subunit  26.77 
 
 		 157 aa  47.4  0.00006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0050  putative DNA polymerase III, chi subunit  23.74 
 
 		 151 aa  47  0.00009  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.443992 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>