176 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3377 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3377  amine oxidase  100 
 
 		 445 aa  907    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.719601  normal  0.101039 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1553  protoporphyrinogen oxidase  26.54 
 
 		 473 aa  64.3  0.000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1454  amine oxidase  27.87 
 
 		 456 aa  62.8  0.00000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.162575  normal  0.372865 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0073  amine oxidase  26.54 
 
 		 474 aa  60.8  0.00000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2305  glycosyl transferase family 2  22.58 
 
 		 722 aa  59.3  0.0000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0138852  normal  0.273361 
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_38345  predicted protein  29.41 
 
 		 599 aa  57.8  0.0000004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.526893  normal  0.29017 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0367  amine oxidase  27.39 
 
 		 434 aa  57  0.0000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1366  protoporphyrinogen oxidase  23.15 
 
 		 482 aa  56.6  0.0000009  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.409095  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3583  amine oxidase  28.75 
 
 		 421 aa  55.8  0.000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.198117  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2122  amine oxidase  25.34 
 
 		 465 aa  56.2  0.000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000160745 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1890  protoporphyrinogen oxidase  26.35 
 
 		 454 aa  55.5  0.000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3174  squalene-associated FAD-dependent desaturase  27.94 
 
 		 417 aa  55.1  0.000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.724661  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0826  protoporphyrinogen oxidase  23 
 
 		 473 aa  53.5  0.000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.981055  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1188  phytoene desaturase  43.06 
 
 		 461 aa  52.8  0.00001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.045363  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2694  protoporphyrinogen oxidase  26.96 
 
 		 467 aa  51.6  0.00002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.083794  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1335  protoporphyrinogen oxidase  24.13 
 
 		 471 aa  52  0.00002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.073104  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0884  Carotene 7,8-desaturase  34.78 
 
 		 460 aa  52.4  0.00002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000776733  normal  0.0521549 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2556  FAD dependent oxidoreductase  24.85 
 
 		 437 aa  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0108905  normal  0.639003 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0014  protoporphyrinogen oxidase  24.03 
 
 		 469 aa  52  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000319808  n/a   
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_45735  phytoene dehydrogenase  27.06 
 
 		 624 aa  52  0.00002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2278  amine oxidase  25.4 
 
 		 435 aa  52  0.00002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.682646 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0144  protoporphyrinogen oxidase  35.9 
 
 		 471 aa  51.6  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000061855  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1666  protoporphyrinogen oxidase  25.76 
 
 		 469 aa  52  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1885  protoporphyrinogen oxidase  23.26 
 
 		 466 aa  51.6  0.00003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.0000633111  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1919  protoporphyrinogen oxidase  23.26 
 
 		 466 aa  51.6  0.00003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00206772  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4795  zeta-carotene desaturase / three-step phytoene desaturase  39.47 
 
 		 479 aa  51.2  0.00004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000234203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3672  protoporphyrinogen oxidase  43.66 
 
 		 460 aa  51.2  0.00004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0830935  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4072  amine oxidase  20.04 
 
 		 416 aa  50.8  0.00004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.693433  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3551  protoporphyrinogen oxidase  39.24 
 
 		 495 aa  50.8  0.00005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0051763  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4188  phytoene desaturase  42.67 
 
 		 477 aa  50.8  0.00005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.422832  normal  0.265876 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4020  FAD dependent oxidoreductase  25.16 
 
 		 430 aa  50.1  0.00007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2710  twin-arginine translocation pathway signal  31.74 
 
 		 469 aa  50.1  0.00007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1381  UDP-galactopyranose mutase  42.25 
 
 		 463 aa  50.1  0.00007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.399176  normal  0.525187 
 
 
-
 
NC_009373  OSTLU_42289  amine oxidase  42.11 
 
 		 628 aa  49.7  0.00009  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.317329  decreased coverage  0.00000000282984 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1765  protoporphyrinogen oxidase  24.42 
 
 		 493 aa  49.3  0.0001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000124321  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0146  three-step phytoene desaturase / zeta-carotene desaturase  36.84 
 
 		 465 aa  49.7  0.0001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2837  amine oxidase  26.23 
 
 		 448 aa  49.3  0.0001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  hitchhiker  0.00868437  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01611  phytoene desaturase  36.84 
 
 		 466 aa  49.7  0.0001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01721  phytoene desaturase  36.84 
 
 		 473 aa  49.7  0.0001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.69255  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01631  phytoene desaturase  36.84 
 
 		 466 aa  49.7  0.0001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2875  phytoene desaturase  36.84 
 
 		 479 aa  48.9  0.0002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.202948  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0308  phytoene desaturase  36.84 
 
 		 475 aa  48.9  0.0002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0018  amine oxidase  26.63 
 
 		 417 aa  48.9  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2262  protoporphyrinogen oxidase  24.76 
 
 		 482 aa  48.5  0.0002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.183756  normal  0.0939663 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5179  amine oxidase  26.92 
 
 		 417 aa  48.5  0.0002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5680  amine oxidase  26.92 
 
 		 417 aa  48.5  0.0002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.799558  hitchhiker  0.00195148 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4200  protoporphyrinogen oxidase  24.35 
 
 		 473 aa  48.5  0.0002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4555  squalene-associated FAD-dependent desaturase  26.63 
 
 		 417 aa  48.5  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.160695 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3017  amine oxidase  25.52 
 
 		 415 aa  48.5  0.0002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1232  protoporphyrinogen oxidase  23.83 
 
 		 473 aa  48.5  0.0002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0308  phytoene desaturase  36.84 
 
 		 475 aa  48.9  0.0002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.105357  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1774  protoporphyrinogen oxidase  21.67 
 
 		 466 aa  48.9  0.0002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.000000300096  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4135  carotene 7,8-desaturase  30.77 
 
 		 451 aa  48.9  0.0002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.190171  normal  0.792405 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2131  protoporphyrinogen oxidase  26.99 
 
 		 444 aa  48.1  0.0003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.524947  normal  0.298059 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0808  amine oxidase  51.22 
 
 		 535 aa  48.1  0.0003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1105  protoporphyrinogen oxidase  24.35 
 
 		 473 aa  48.5  0.0003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3185  zeta-phytoene desaturase  40.62 
 
 		 492 aa  48.1  0.0003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00134863  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6348  squalene-associated FAD-dependent desaturase  59.52 
 
 		 424 aa  47.8  0.0004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0839028  normal  0.102238 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2205  phytoene dehydrogenase related enzyme  27.74 
 
 		 436 aa  47.8  0.0004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01591  phytoene desaturase  36.84 
 
 		 472 aa  47.8  0.0004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1146  hypothetical protein  43.64 
 
 		 468 aa  47.8  0.0004  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1897  UDP-galactopyranose mutase  24.85 
 
 		 477 aa  47.4  0.0005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.844174  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2262  amine oxidase  34.48 
 
 		 436 aa  47.4  0.0005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0239134  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2362  amine oxidase  24.92 
 
 		 454 aa  47.4  0.0005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.278202  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26651  phytoene desaturase  37.66 
 
 		 472 aa  47  0.0006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0298  carotene 7,8-desaturase  36.84 
 
 		 472 aa  47  0.0007  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3041  Carotene 7,8-desaturase  30.11 
 
 		 463 aa  47  0.0007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000261003 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1529  hypothetical protein  43.64 
 
 		 468 aa  47  0.0008  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2736  amine oxidase  24.33 
 
 		 415 aa  46.6  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142464  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1893  protoporphyrinogen oxidase  40 
 
 		 421 aa  46.6  0.001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2395  zeta-carotene desaturase / three-step phytoene desaturase  35.53 
 
 		 472 aa  46.6  0.001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1983  zeta-carotene desaturase / three-step phytoene desaturase  35.53 
 
 		 474 aa  46.6  0.001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.490957  normal  0.280593 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1418  FAD dependent oxidoreductase  26.76 
 
 		 450 aa  45.8  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.804281  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0766  amine oxidase  36.71 
 
 		 522 aa  45.8  0.001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0804  hypothetical protein  43.64 
 
 		 468 aa  46.2  0.001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.230959  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2583  squalene synthase  39.13 
 
 		 502 aa  46.2  0.001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.063443  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2637  squalene synthase  39.13 
 
 		 502 aa  46.2  0.001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.359925  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2098  amine oxidase, flavin-containing  35.62 
 
 		 490 aa  45.1  0.002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1785  amine oxidase flavin-containing  46.34 
 
 		 478 aa  45.8  0.002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.162076  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2284  hypothetical protein  34.88 
 
 		 436 aa  45.8  0.002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1846  amine oxidase, flavin-containing  35.14 
 
 		 485 aa  45.4  0.002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.921085  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1830  amine oxidase, flavin-containing  35.14 
 
 		 482 aa  45.1  0.002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0490  amine oxidase:FAD dependent oxidoreductase  26.44 
 
 		 439 aa  45.4  0.002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.599363  normal  0.908175 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3017  hypothetical protein  47.17 
 
 		 484 aa  45.4  0.002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.191221  normal  0.019056 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5071  amine oxidase  27.15 
 
 		 394 aa  45.4  0.002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.717355  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0626  carotenoid isomerase, putative  37.8 
 
 		 507 aa  45.4  0.002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1924  amine oxidase, flavin-containing  46.34 
 
 		 478 aa  45.8  0.002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00199174  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_715  FAD dependent oxidoreductase  22.69 
 
 		 500 aa  45.4  0.002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0517  amine oxidase  28.18 
 
 		 647 aa  45.1  0.002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2545  phytoene desaturase  45.1 
 
 		 536 aa  45.8  0.002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.139145  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2131  amine oxidase, flavin-containing  35.14 
 
 		 490 aa  45.1  0.002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.764398  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1544  amine oxidase  22.52 
 
 		 504 aa  45.8  0.002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.268529 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1827  twin-arginine translocation pathway signal  37.25 
 
 		 526 aa  45.4  0.002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.959499  normal  0.603483 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0082  amine oxidase  33.33 
 
 		 436 aa  45.4  0.002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1050  methyl-viologen-reducing hydrogenase, delta subunit  50 
 
 		 739 aa  45.8  0.002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0896174 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1695  amine oxidase  27.23 
 
 		 486 aa  45.4  0.002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.916682  hitchhiker  0.0000276291 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2550  hypothetical protein  34.48 
 
 		 436 aa  45.8  0.002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2471  hypothetical protein  27.74 
 
 		 436 aa  45.8  0.002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1318  TrkA-N domain protein  30.63 
 
 		 628 aa  45.4  0.002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0117  amine oxidase  33.94 
 
 		 410 aa  45.4  0.002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>