117 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0756 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_0756  PepSY-associated TM helix  100 
 
 		 439 aa  885    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2382  PepSY-associated TM helix  79.46 
 
 		 428 aa  671    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.138441  normal  0.964791 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4775  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  60.51 
 
 		 433 aa  550  1e-155  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.15009  normal  0.939836 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5317  PepSY-associated TM helix domain protein  60.28 
 
 		 430 aa  543  1e-153  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.970559 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5242  PepSY-associated TM helix domain protein  60.05 
 
 		 433 aa  544  1e-153  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.816011 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0433  PepSY-associated TM helix domain protein  49.06 
 
 		 433 aa  404  1e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3317  PepSY-associated TM helix domain protein  50.12 
 
 		 446 aa  395  1e-109  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00586385 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4555  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  46.1 
 
 		 403 aa  368  1e-101  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2267  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  45.37 
 
 		 409 aa  370  1e-101  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0909277  normal  0.103498 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1822  PepSY-associated TM helix  43.45 
 
 		 428 aa  350  4e-95  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.646512  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0607  PepSY-associated TM helix domain protein  42.62 
 
 		 408 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.861518  normal  0.0104892 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4111  hypothetical protein  40.93 
 
 		 408 aa  336  3.9999999999999995e-91  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.911346  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3346  uncharacterized iron-regulated membrane protein  40.42 
 
 		 411 aa  322  9.000000000000001e-87  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.619285 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0153  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  39.02 
 
 		 412 aa  321  1.9999999999999998e-86  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0244  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  39.71 
 
 		 412 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0226  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  40.1 
 
 		 412 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0337  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  40.05 
 
 		 412 aa  305  9.000000000000001e-82  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0120  PepSY-associated TM helix  37.68 
 
 		 392 aa  277  2e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.620261 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2773  hypothetical protein  37.07 
 
 		 382 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32750  hypothetical protein  37.32 
 
 		 382 aa  238  2e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0196352  hitchhiker  0.0000232684 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1822  hypothetical protein  34.52 
 
 		 427 aa  198  2.0000000000000003e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.302713  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1511  hypothetical protein  29.11 
 
 		 432 aa  163  5.0000000000000005e-39  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1911  hypothetical protein  27.79 
 
 		 426 aa  159  9e-38  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.134613 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0667  PepSY-associated TM helix  27.88 
 
 		 405 aa  123  7e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2775  PepSY-associated TM helix  26.76 
 
 		 393 aa  112  2.0000000000000002e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.910277 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0971  hypothetical protein  26.6 
 
 		 381 aa  101  3e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.31513  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1579  Propeptide PepSY amd peptidase M4  22.22 
 
 		 385 aa  97.8  3e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.199374 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4040  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.81 
 
 		 369 aa  90.9  4e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0200  transmembrane protein  23.46 
 
 		 394 aa  89.4  1e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.426608 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4666  Propeptide PepSY amd peptidase M4  24.07 
 
 		 385 aa  88.2  3e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1027  hypothetical protein  25.36 
 
 		 444 aa  82.4  0.00000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.203435  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2238  PepSY-associated TM helix domain protein  24.65 
 
 		 380 aa  82  0.00000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.682505 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1819  PepSY-associated TM helix  23.92 
 
 		 370 aa  81.3  0.00000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0029007  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0322  PepSY-associated TM helix  20.91 
 
 		 408 aa  81.3  0.00000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1313  Propeptide PepSY amd peptidase M4  23.45 
 
 		 405 aa  77.8  0.0000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5756  Propeptide PepSY amd peptidase M4  23.52 
 
 		 388 aa  75.9  0.000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0213  PepSY-associated TM helix domain protein  22.65 
 
 		 388 aa  74.3  0.000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0764  PepSY-associated TM helix domain protein  21.43 
 
 		 360 aa  73.9  0.000000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.346881  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0020  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  22.44 
 
 		 425 aa  73.6  0.000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1251  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.71 
 
 		 369 aa  70.5  0.00000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2081  PepSY-associated TM helix domain protein  23.39 
 
 		 381 aa  68.6  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0257  sulfite reductase/membrane protein  22.62 
 
 		 391 aa  68.2  0.0000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.748657  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4243  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding:PepSY-associated TM helix:flavodoxin/nitric oxide synthase  23.23 
 
 		 840 aa  67  0.0000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4297  PepSY-associated TM helix domain protein  20.99 
 
 		 410 aa  65.9  0.000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.984499  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2319  propeptide, PepSY amd peptidase M4  25.53 
 
 		 461 aa  64.3  0.000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4600  PepSY-associated TM helix domain protein  23.56 
 
 		 538 aa  62.8  0.00000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.406271  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0684  hypothetical protein  22.11 
 
 		 406 aa  62.8  0.00000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.15671  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2283  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  20.38 
 
 		 382 aa  62.4  0.00000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.882817  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0688  TonB-dependent receptor plug  22.35 
 
 		 1117 aa  61.2  0.00000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.850484 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1123  PepSY-associated TM helix domain protein  23.36 
 
 		 396 aa  60.5  0.00000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4729  PepSY-associated TM helix  22.91 
 
 		 377 aa  60.1  0.00000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3757  iron uptake protein  21.26 
 
 		 459 aa  60.1  0.00000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.251046  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3117  Propeptide PepSY amd peptidase M4  23.62 
 
 		 456 aa  58.5  0.0000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2398  PepSY-associated TM helix domain protein  22.99 
 
 		 398 aa  58.5  0.0000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4119  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.66 
 
 		 530 aa  58.2  0.0000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.442292  normal  0.809833 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1326  hypothetical protein  23.65 
 
 		 471 aa  57.8  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0903  flavodoxin/nitric oxide synthase  21.85 
 
 		 850 aa  57.8  0.0000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.127756  hitchhiker  0.00576689 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15080  hypothetical protein  21.98 
 
 		 471 aa  57  0.0000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00625491 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07035  putative iron-regulated transmembrane protein  22.97 
 
 		 377 aa  57.4  0.0000006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.346517  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4487  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.17 
 
 		 530 aa  57.4  0.0000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.568718  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4238  PepSY-associated TM helix  22.2 
 
 		 397 aa  57  0.0000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.593429 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0860  flavodoxin/nitric oxide synthase  21.22 
 
 		 849 aa  56.6  0.0000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0446  hypothetical protein  22.76 
 
 		 377 aa  55.8  0.000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.803856  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1737  hypothetical protein  23.77 
 
 		 380 aa  55.8  0.000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.396154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4318  flavodoxin/nitric oxide synthase  22.32 
 
 		 851 aa  55.8  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00140327 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2075  PepSY-associated TM helix domain protein  23.25 
 
 		 411 aa  55.5  0.000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.668984  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0890  flavodoxin/nitric oxide synthase  21.97 
 
 		 850 aa  55.1  0.000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.208883  normal  0.710482 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5127  oxidoreductase  22.67 
 
 		 850 aa  55.1  0.000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2799  cellulose binding, type IV  22.9 
 
 		 371 aa  53.5  0.000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00104157  hitchhiker  0.0000107193 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1730  PepSY-associated TM helix domain protein  38.36 
 
 		 384 aa  53.5  0.000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6053  hypothetical protein  22.36 
 
 		 388 aa  52.8  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2121  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.7 
 
 		 403 aa  52  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0425818 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0797  flavodoxin/nitric oxide synthase  21.86 
 
 		 842 aa  51.6  0.00003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.292991 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4267  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  20.83 
 
 		 482 aa  51.6  0.00003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.230745  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0272  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.63 
 
 		 575 aa  51.2  0.00004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1802  putative oxidoreductase  20.81 
 
 		 385 aa  50.8  0.00005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4569  iron-uptake factor  21.38 
 
 		 822 aa  50.1  0.00008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4424  peptidase  23.27 
 
 		 457 aa  50.1  0.00008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.523017 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5168  PepSY-associated TM helix domain protein  23.5 
 
 		 380 aa  50.1  0.00008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58560  oxidoreductase  24.46 
 
 		 850 aa  49.3  0.0001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1565  PepSY-associated TM helix domain protein  20.88 
 
 		 381 aa  48.5  0.0002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1365  PepSY-associated TM helix  21.73 
 
 		 543 aa  48.9  0.0002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.708347  normal  0.863113 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3918  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.93 
 
 		 374 aa  48.5  0.0002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.666771  normal  0.0844019 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0793  flavodoxin/nitric oxide synthase  23.33 
 
 		 843 aa  48.5  0.0002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2514  PepSY-associated TM helix domain protein  19.62 
 
 		 437 aa  48.5  0.0002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7063  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  21.23 
 
 		 410 aa  48.9  0.0002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2702  peptidase  32.06 
 
 		 487 aa  48.5  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2856  PepSY-associated TM helix  22.72 
 
 		 539 aa  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.174371  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0313  PepSY-associated TM helix  21.88 
 
 		 496 aa  48.1  0.0003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0564279  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0347  hypothetical protein  22.49 
 
 		 470 aa  48.1  0.0003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2666  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  19.73 
 
 		 382 aa  48.1  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0181017  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02819  iron-uptake factor  23.11 
 
 		 844 aa  48.5  0.0003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0595  hypothetical protein  21.66 
 
 		 459 aa  47.8  0.0004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.840822 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0007  PepSY-associated TM helix domain protein  22.22 
 
 		 381 aa  47.8  0.0004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0578  flavodoxin/nitric oxide synthase  28.93 
 
 		 844 aa  47.4  0.0005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.142303  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3271  PepSY-associated TM helix  26.73 
 
 		 373 aa  46.6  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.359337 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3458  peptidase  33.93 
 
 		 491 aa  45.8  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5305  PepSY-associated TM helix domain protein  19.23 
 
 		 385 aa  46.2  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0359696 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2069  PepSY-associated TM helix domain protein  23.04 
 
 		 397 aa  46.2  0.001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3008  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.23 
 
 		 399 aa  45.4  0.002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.917647 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>