More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_5286 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_5286  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 240 aa  483  1e-135  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.498861 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6320  two component transcriptional regulator  56.65 
 
 		 239 aa  285  4e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.506454  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2423  two component transcriptional regulator  53.75 
 
 		 240 aa  268  4e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.356919 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4123  two component transcriptional regulator  50.43 
 
 		 242 aa  239  2e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2387  DNA-binding response regulator  51.54 
 
 		 236 aa  239  2.9999999999999997e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3459  two component transcriptional regulator  49.58 
 
 		 246 aa  229  3e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.368834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2107  two-component response regulator  48.09 
 
 		 245 aa  229  3e-59  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0079  transcriptional regulatory protein  48.09 
 
 		 245 aa  228  6e-59  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.747625  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2473  two component transcriptional regulator  48.1 
 
 		 251 aa  226  2e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.682013  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0398  two component transcriptional regulator  49.58 
 
 		 246 aa  226  3e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.761758 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1375  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  48.5 
 
 		 236 aa  226  3e-58  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1374  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.93 
 
 		 251 aa  223  1e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.287257  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0815  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.31 
 
 		 246 aa  224  1e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.404408  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0516  response regulator receiver  49.79 
 
 		 247 aa  223  1e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.62167  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6216  two component transcriptional regulator  46.41 
 
 		 246 aa  224  1e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5018  two component transcriptional regulator  48.75 
 
 		 246 aa  223  2e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.259334  normal  0.450101 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1245  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.5 
 
 		 256 aa  223  3e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0649443  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1190  two component transcriptional regulator  47.93 
 
 		 248 aa  223  3e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.882993  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5142  two component transcriptional regulator  48.55 
 
 		 246 aa  223  3e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0161802  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4614  two component transcriptional regulator  48.55 
 
 		 246 aa  223  3e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3112  two component transcriptional regulator  48.75 
 
 		 246 aa  222  4e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2086  two component transcriptional regulator  49.79 
 
 		 246 aa  222  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1895  osmolarity response regulator  49.79 
 
 		 244 aa  221  6e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0546897 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5704  two component transcriptional regulator  49.79 
 
 		 246 aa  221  7e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.140603  normal  0.300283 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0852  two component transcriptional regulator  47.41 
 
 		 241 aa  221  9e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3772  response regulator receiver  49.17 
 
 		 241 aa  219  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0950932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3907  two component transcriptional regulator  47.88 
 
 		 245 aa  219  1.9999999999999999e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0196213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0994  two-component response regulator  49.58 
 
 		 246 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0441  two component transcriptional regulator  49.78 
 
 		 245 aa  220  1.9999999999999999e-56  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.270311  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4604  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.33 
 
 		 246 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4066  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.17 
 
 		 241 aa  219  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4027  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.37 
 
 		 240 aa  219  3e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.886848  normal  0.528233 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2582  osmolarity response regulator  50 
 
 		 243 aa  218  5e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.121294  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1574  osmolarity response regulator  50.22 
 
 		 236 aa  218  7.999999999999999e-56  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4048  two component transcriptional regulator  47.28 
 
 		 240 aa  218  8.999999999999998e-56  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.507063  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1961  two component transcriptional regulator  45.57 
 
 		 240 aa  218  8.999999999999998e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.326957  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3772  two component transcriptional regulator  47.28 
 
 		 240 aa  218  8.999999999999998e-56  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.83932 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3909  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  48.51 
 
 		 247 aa  217  1e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2051  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.23 
 
 		 246 aa  217  1e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0474711  normal  0.959624 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1631  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.58 
 
 		 275 aa  217  1e-55  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0758  two component transcriptional regulator  47.64 
 
 		 244 aa  217  1e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.885545  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2403  winged helix family two component transcriptional regulator  48.74 
 
 		 246 aa  217  2e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3292  two component transcriptional regulator  48.74 
 
 		 246 aa  217  2e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2008  two component transcriptional regulator  48.73 
 
 		 246 aa  217  2e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.574198  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4633  osmolarity response regulator  47.64 
 
 		 241 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1909  two component transcriptional regulator  48.51 
 
 		 246 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.596265  normal  0.171962 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0225  osmolarity response regulator  45.92 
 
 		 240 aa  215  4e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2032  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  49.55 
 
 		 259 aa  215  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2275  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.23 
 
 		 246 aa  215  5.9999999999999996e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0529078  normal  0.301367 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2223  DNA-binding response regulator  49.55 
 
 		 230 aa  214  7e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.375792  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4621  osmolarity response regulator  47.01 
 
 		 239 aa  214  7e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03257  osmolarity response regulator  47.01 
 
 		 239 aa  214  8e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0172  osmolarity response regulator  47.01 
 
 		 239 aa  214  8e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4089  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.38 
 
 		 240 aa  214  8e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.404092  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03209  hypothetical protein  47.01 
 
 		 239 aa  214  8e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3741  osmolarity response regulator  47.01 
 
 		 239 aa  214  8e-55  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3637  osmolarity response regulator  46.35 
 
 		 241 aa  214  8e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3980  osmolarity response regulator  47.01 
 
 		 239 aa  214  9e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.75818  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3303  two component transcriptional regulator  48.51 
 
 		 245 aa  214  9e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0150  osmolarity response regulator  46.78 
 
 		 241 aa  214  9e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0308  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.01 
 
 		 239 aa  214  9.999999999999999e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0308  osmolarity response regulator  47.01 
 
 		 239 aa  214  9.999999999999999e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0516186 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0244  osmolarity response regulator  47.01 
 
 		 239 aa  213  9.999999999999999e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3784  osmolarity response regulator  47.01 
 
 		 239 aa  214  9.999999999999999e-55  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3686  osmolarity response regulator  47.01 
 
 		 239 aa  214  9.999999999999999e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.550003 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4711  osmolarity response regulator  47.01 
 
 		 239 aa  214  9.999999999999999e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4206  osmolarity response regulator  46.35 
 
 		 241 aa  213  9.999999999999999e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4134  osmolarity response regulator  46.35 
 
 		 241 aa  213  9.999999999999999e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3703  osmolarity response regulator  47.01 
 
 		 239 aa  214  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2497  two component transcriptional regulator  48.9 
 
 		 239 aa  214  9.999999999999999e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4338  osmolarity response regulator  46.35 
 
 		 241 aa  213  9.999999999999999e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3818  osmolarity response regulator  47.01 
 
 		 239 aa  214  9.999999999999999e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.339561  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3809  osmolarity response regulator  47.01 
 
 		 239 aa  214  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3700  osmolarity response regulator  47.01 
 
 		 239 aa  214  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001870  two-component system response regulator OmpR  47.44 
 
 		 239 aa  214  9.999999999999999e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.360284  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3871  osmolarity response regulator  47.01 
 
 		 239 aa  214  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3775  osmolarity response regulator  47.01 
 
 		 239 aa  214  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3602  osmolarity response regulator  47.01 
 
 		 239 aa  214  9.999999999999999e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3879  osmolarity response regulator  47.01 
 
 		 239 aa  214  9.999999999999999e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3898  osmolarity response regulator  47.01 
 
 		 239 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4075  osmolarity response regulator  47.01 
 
 		 239 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0324  osmolarity response regulator  47.01 
 
 		 239 aa  213  1.9999999999999998e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.566854  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4017  osmolarity response regulator  46.75 
 
 		 241 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1813  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.37 
 
 		 236 aa  212  3.9999999999999995e-54  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.106078  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3811  osmolarity response regulator  45.92 
 
 		 241 aa  212  3.9999999999999995e-54  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0373241 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3902  osmolarity response regulator  45.92 
 
 		 241 aa  212  3.9999999999999995e-54  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.140952 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0359  osmolarity response regulator  47.01 
 
 		 245 aa  212  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00621  osmolarity response regulator  47.01 
 
 		 239 aa  211  5.999999999999999e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4597  osmolarity response regulator  45.92 
 
 		 240 aa  211  7e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0168  osmolarity response regulator  45.92 
 
 		 241 aa  211  7e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2286  osmolarity response regulator  46.58 
 
 		 240 aa  211  7e-54  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3538  osmolarity response regulator  45.49 
 
 		 240 aa  211  7.999999999999999e-54  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000279148  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2418  two component transcriptional regulator  46.02 
 
 		 237 aa  211  1e-53  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3846  osmolarity response regulator  45.92 
 
 		 241 aa  210  1e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05120  osmolarity response regulator  46.52 
 
 		 246 aa  209  2e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4429  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.5 
 
 		 247 aa  210  2e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.23129  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3510  osmolarity response regulator  45.92 
 
 		 241 aa  209  2e-53  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2852  osmolarity response regulator  47.86 
 
 		 243 aa  209  2e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0218  osmolarity response regulator  45.49 
 
 		 241 aa  210  2e-53  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4017  osmolarity response regulator  45.49 
 
 		 241 aa  210  2e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>