More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2347 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3415  LacI family transcription regulator  99.41 
 
 		 339 aa  673    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0751805 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2347  LacI family transcriptional regulator  100 
 
 		 339 aa  676    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.247067  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2525  LacI family transcription regulator  97.35 
 
 		 339 aa  620  1e-176  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.418226  normal  0.0803967 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2784  LacI family transcription regulator  91.15 
 
 		 339 aa  585  1e-166  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3563  gluconate utilization system GNT-I transcriptional repressor  69.62 
 
 		 338 aa  462  1e-129  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.059587  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3336  LacI transcriptional regulator  69.62 
 
 		 338 aa  462  1e-129  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00746988 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2940  transcriptional regulator GntR  67.07 
 
 		 354 aa  451  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34660  transcriptional regulator GntR  66.77 
 
 		 343 aa  449  1e-125  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.829628  normal  0.0739701 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4337  LacI family transcription regulator  65.27 
 
 		 343 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1236  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  63.66 
 
 		 364 aa  419  1e-116  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5547  LacI family transcription regulator  62.57 
 
 		 342 aa  419  1e-116  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27300  Transcriptional regulator, LacI family  66.07 
 
 		 343 aa  415  9.999999999999999e-116  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1877  transcriptional regulator, LacI family  58.88 
 
 		 341 aa  390  1e-107  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.369325  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3760  LacI family transcription regulator  58.68 
 
 		 364 aa  389  1e-107  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0180539  normal  0.0106045 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2054  LacI family transcription regulator  58.88 
 
 		 341 aa  389  1e-107  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.118362  normal  0.343605 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2798  LacI family transcription regulator  59.52 
 
 		 346 aa  385  1e-106  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.614982 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0957  LacI family transcription regulator  54.49 
 
 		 344 aa  374  1e-102  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.155572  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0047  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  57.69 
 
 		 356 aa  357  9.999999999999999e-98  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.108972 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6141  transcriptional regulator, LacI family  57.69 
 
 		 343 aa  357  1.9999999999999998e-97  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.118056  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2566  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  52.21 
 
 		 339 aa  335  5e-91  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.257344  hitchhiker  0.000000000070204 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0328  LacI family transcription regulator  54.79 
 
 		 341 aa  332  4e-90  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0082  transcriptional regulator, LacI family  49.11 
 
 		 364 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3552  LacI family transcription regulator  42.42 
 
 		 356 aa  263  2e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.438878  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0927  LacI family transcription regulator  40.84 
 
 		 335 aa  243  3.9999999999999997e-63  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0905  LacI family transcription regulator  40.85 
 
 		 335 aa  234  1.0000000000000001e-60  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000824566 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0668  HTH-type transcriptional regulator GntR (gluconate utilization system Gnt-I transcriptional repressor)  37.24 
 
 		 337 aa  233  4.0000000000000004e-60  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.275701  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3216  LacI family transcription regulator  39.58 
 
 		 348 aa  230  2e-59  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2667  gluconate utilization system gnt-I transcriptional repressor  37.8 
 
 		 332 aa  226  4e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0215  transcriptional regulator, LacI family  38.41 
 
 		 332 aa  221  1.9999999999999999e-56  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001964  gluconate utilization system Gnt-I transcriptional repressor  34.62 
 
 		 335 aa  219  3.9999999999999997e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.515021  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5388  LacI family transcription regulator  38.99 
 
 		 355 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00507  transcriptional regulator  34.76 
 
 		 335 aa  216  4e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6460  LacI family transcription regulator  37.21 
 
 		 345 aa  216  4e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0978202  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6695  LacI family transcription regulator  37.21 
 
 		 345 aa  216  4e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33920  LacI family transcriptional regulator protein  41.92 
 
 		 388 aa  214  9.999999999999999e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.104484  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2929  transcriptional regulator, periplasmic binding protein of LacI family protein  34.76 
 
 		 336 aa  214  9.999999999999999e-55  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.226433  normal  0.301245 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6297  LacI family transcription regulator  37.21 
 
 		 345 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0694  regulatory protein LacI  35.06 
 
 		 350 aa  212  5.999999999999999e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1029  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  40.2 
 
 		 355 aa  212  7e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.43183 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0265  transcriptional regulator, LacI family  35.98 
 
 		 331 aa  208  9e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.01376  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2083  LacI family transcription regulator  37.35 
 
 		 339 aa  203  3e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4058  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.45 
 
 		 332 aa  203  4e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3980  transcriptional regulator, LacI family  34.45 
 
 		 332 aa  203  4e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4089  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.45 
 
 		 332 aa  203  4e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2432  alanine racemase  38.89 
 
 		 365 aa  203  4e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4176  LacI family transcription regulator  34.45 
 
 		 332 aa  202  5e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3944  transcriptional regulator, LacI family  34.76 
 
 		 332 aa  202  6e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0968  LacI family transcription regulator  37.69 
 
 		 347 aa  202  6e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.384319  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2770  transcriptional regulator, LacI family  33.95 
 
 		 331 aa  202  8e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4022  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  34.97 
 
 		 331 aa  202  8e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0298  gluconate utilization operon repressor  32.32 
 
 		 333 aa  200  1.9999999999999998e-50  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.306519  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4104  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  34.97 
 
 		 331 aa  201  1.9999999999999998e-50  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3418  LacI family transcription regulator  36.86 
 
 		 347 aa  199  3.9999999999999996e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.612979  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0224  transcriptional regulator, LacI family  34.77 
 
 		 332 aa  199  5e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2582  alanine racemase  37.12 
 
 		 345 aa  199  5e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000528226 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1663  LacI family transcription regulator  36.81 
 
 		 345 aa  199  6e-50  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3387  transcriptional regulator, LacI family  34.15 
 
 		 340 aa  199  6e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0296  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.81 
 
 		 345 aa  199  6e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0778  LacI family transcription regulator  36.73 
 
 		 349 aa  198  9e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.937536  hitchhiker  0.00400248 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0916  transcriptional regulator, LacI family  33.54 
 
 		 340 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3625  LacI family transcription regulator  37.12 
 
 		 351 aa  198  1.0000000000000001e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0480447  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5038  transcriptional regulator LacI family  35.15 
 
 		 337 aa  198  1.0000000000000001e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4527  LacI family transcription regulator  35.95 
 
 		 343 aa  197  2.0000000000000003e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.705673  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0311  LacI family transcription regulator  35.48 
 
 		 340 aa  197  3e-49  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3695  LacI family transcription regulator  37.42 
 
 		 375 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3128  LacI family transcription regulator  34.81 
 
 		 341 aa  195  7e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.77717 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3637  transcriptional regulator GntR  35.69 
 
 		 331 aa  194  1e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.4011  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0277  transcriptional regulator, LacI family  35.69 
 
 		 331 aa  194  1e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1136  LacI family transcription regulator  38.96 
 
 		 335 aa  194  1e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.601341 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0275  LacI family transcription regulator  35.69 
 
 		 331 aa  194  1e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2434  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.13 
 
 		 382 aa  195  1e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3721  transcriptional regulator GntR  35.69 
 
 		 331 aa  194  1e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4754  transcriptional regulator GntR  35.69 
 
 		 331 aa  194  2e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.939154  normal  0.56413 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3732  transcriptional regulator GntR  35.69 
 
 		 331 aa  193  3e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4651  transcriptional regulator, LacI family  38.11 
 
 		 349 aa  193  3e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.39107  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3887  transcriptional regulator GntR  35.69 
 
 		 331 aa  193  3e-48  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.917032  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3341  transcriptional regulator, LacI family  36.61 
 
 		 336 aa  193  4e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.680161  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3743  transcriptional regulator GntR  35.69 
 
 		 353 aa  193  4e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3852  transcriptional regulator GntR  35.69 
 
 		 353 aa  193  4e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3912  transcriptional regulator GntR  35.69 
 
 		 353 aa  193  4e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.39666 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3846  LacI family transcription regulator  35.69 
 
 		 331 aa  193  4e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.58256 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3810  transcriptional regulator GntR  35.69 
 
 		 353 aa  193  4e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0764  transcriptional regulator, LacI family  34.56 
 
 		 345 aa  192  7e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.518847  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3562  transcriptional regulator, LacI family  35.65 
 
 		 340 aa  192  7e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03289  DNA-binding transcriptional repressor  35.38 
 
 		 331 aa  192  9e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.58674  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03242  hypothetical protein  35.38 
 
 		 331 aa  192  9e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.766873  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3916  transcriptional regulator GntR  35.38 
 
 		 331 aa  192  9e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4652  LacI family transcription regulator  33.33 
 
 		 343 aa  192  9e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.478263 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3322  transcriptional regulator  35.58 
 
 		 345 aa  191  1e-47  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4585  LacI family transcription regulator  37.58 
 
 		 335 aa  192  1e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2477  transcriptional regulator, LacI family  34.45 
 
 		 340 aa  191  2e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1131  regulatory protein, LacI  34.25 
 
 		 332 aa  190  2.9999999999999997e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4021  LacI family transcriptional regulator  33.84 
 
 		 351 aa  190  4e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3914  transcriptional regulator, LacI family  33.84 
 
 		 351 aa  189  4e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3976  LacI family transcriptional regulator  33.84 
 
 		 351 aa  190  4e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.637637 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4082  LacI family transcriptional regulator  33.84 
 
 		 351 aa  190  4e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4322  regulatory protein LacI  37.42 
 
 		 334 aa  189  5e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.101344 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0872  transcriptional regulator, LacI family  33.74 
 
 		 341 aa  189  5e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1125  transcriptional repressor LacI family  35.15 
 
 		 343 aa  188  1e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00370144  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2627  LacI family transcription regulator  39.63 
 
 		 349 aa  188  1e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.187228 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>