More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_5345 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_5297  amino acid ABC transporter permease  98.05 
 
 		 535 aa  1004    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.00229664  normal  0.376722 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0176  amino acid permease-associated region  92.79 
 
 		 512 aa  914    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000120124 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5345  amino acid permease-associated region  100 
 
 		 513 aa  1022    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0551593 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5206  amino acid permease-associated region  98.44 
 
 		 535 aa  1006    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.959368  normal  0.243186 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0840  amino acid permease-associated region  59.76 
 
 		 511 aa  566  1e-160  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10330  amino acid transporter  55.65 
 
 		 553 aa  535  1e-151  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0877  amino acid permease-associated region  57.38 
 
 		 517 aa  535  1e-150  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1744  amino acid permease-associated region  54.33 
 
 		 510 aa  520  1e-146  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.579439  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0042  amino acid permease-associated region  60.16 
 
 		 507 aa  514  1e-144  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0758  amino acid permease-associated region  56.45 
 
 		 524 aa  503  1e-141  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0679  amino acid permease-associated region  52.01 
 
 		 517 aa  484  1e-135  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0813  amino acid permease-associated region  50.7 
 
 		 516 aa  449  1e-125  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0773  amino acid permease-associated region  41.65 
 
 		 516 aa  359  6e-98  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.155381  hitchhiker  0.00194225 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1574  amino acid permease-associated region  40.56 
 
 		 503 aa  349  8e-95  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.573119 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4853  amino acid permease-associated region  40.62 
 
 		 476 aa  344  2e-93  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2756  amino acid permease-associated region  42.17 
 
 		 497 aa  341  1e-92  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00077559 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0951  amino acid permease-associated region  41.31 
 
 		 494 aa  339  9e-92  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3054  amino acid permease-associated region  41.54 
 
 		 506 aa  335  1e-90  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.479156  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0710  amino acid permease-associated region  35.54 
 
 		 513 aa  291  2e-77  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.146713  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4678  amino acid permease-associated region  33.76 
 
 		 508 aa  238  2e-61  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4908  amino acid permease-associated region  33.61 
 
 		 484 aa  224  2e-57  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4004  amino acid permease-associated region  30.02 
 
 		 456 aa  169  1e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.967061  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3425  amino acid permease-associated region  29.85 
 
 		 456 aa  169  1e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3079  amino acid permease-associated region  29.66 
 
 		 456 aa  164  4.0000000000000004e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1629  amino acid permease-associated region  26.22 
 
 		 485 aa  158  2e-37  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02383  amino acid transporter transmembrane protein  27.61 
 
 		 458 aa  143  9e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.171677 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0575  amino acid permease-associated region  23.62 
 
 		 455 aa  98.2  3e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23470  amino acid transporter  25.74 
 
 		 465 aa  85.1  0.000000000000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00108461  hitchhiker  0.00000906997 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1550  amino acid permease-associated region  24.19 
 
 		 462 aa  84.3  0.000000000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.29371  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0187  amino acid permease-associated region  23.26 
 
 		 466 aa  80.1  0.00000000000009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.20058  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02208  amino acid transporter  24.37 
 
 		 460 aa  77.8  0.0000000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.411846  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1271  amino acid permease-associated region  21.35 
 
 		 449 aa  75.1  0.000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.633139  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1416  amino acid permease-associated region  25.88 
 
 		 486 aa  73.6  0.000000000009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1820  amino acid transport protein  23.7 
 
 		 542 aa  73.2  0.00000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0544653 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2164  amino acid permease-associated region  24.27 
 
 		 455 aa  72  0.00000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2516  amino acid permease-associated region  26.36 
 
 		 477 aa  70.1  0.00000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0543  amino acid permease-associated region  27.06 
 
 		 456 aa  68.9  0.0000000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00639269  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3674  amino acid permease-associated region  25 
 
 		 549 aa  69.3  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0328426  normal  0.284517 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2924  amino acid permease-associated region  25.59 
 
 		 473 aa  69.3  0.0000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.670343  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1342  amino acid permease-associated region  24.93 
 
 		 438 aa  68.2  0.0000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4081  amino acid permease  22.49 
 
 		 443 aa  68.2  0.0000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0530  amino acid permease-associated region  23.25 
 
 		 443 aa  68.2  0.0000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0566  amino acid permease-associated region  27.08 
 
 		 764 aa  67.8  0.0000000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3252  amino acid permease-associated region  25.37 
 
 		 464 aa  67.4  0.0000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.719385  normal  0.223004 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2055  amino acid permease-associated region  24.34 
 
 		 449 aa  67  0.0000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3458  amino acid permease-associated region  22.62 
 
 		 443 aa  67  0.0000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3634  amino acid permease-associated region  22.62 
 
 		 443 aa  67  0.0000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0737  amino acid permease-associated region  26.25 
 
 		 506 aa  66.2  0.000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000351708  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3809  amino acid permease-associated region  23.78 
 
 		 443 aa  66.2  0.000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0026  hypothetical protein  26.02 
 
 		 463 aa  65.9  0.000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0027  hypothetical protein  25.91 
 
 		 463 aa  65.9  0.000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0413  amino acid permease-associated region  24.88 
 
 		 454 aa  65.9  0.000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0492  amino acid permease-associated region  22.62 
 
 		 443 aa  65.5  0.000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1840  amino acid transporter  23.32 
 
 		 466 aa  65.9  0.000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2573  amino acid permease-associated region  24.57 
 
 		 457 aa  65.9  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2797  putative amino acid transporter  25.3 
 
 		 474 aa  64.3  0.000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.520334  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3016  amino acid transporter  24.55 
 
 		 462 aa  63.9  0.000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0154714 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2080  amino acid permease-associated region  25 
 
 		 447 aa  63.5  0.000000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.88578  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1409  cationic amino acid transporter  24.14 
 
 		 464 aa  63.5  0.000000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.173334  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3215  amino acid permease-associated region  22 
 
 		 455 aa  63.5  0.000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.52961  normal  0.0246251 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0587  amino acid permease-associated region  24.16 
 
 		 443 aa  63.5  0.000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0116  amino acid transporter  24.6 
 
 		 443 aa  63.5  0.000000009  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0535  amino acid permease-associated region  22.59 
 
 		 443 aa  63.5  0.000000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0900  amino acid permease-associated region  24.67 
 
 		 500 aa  62.8  0.00000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3581  amino acid transport protein  24.2 
 
 		 480 aa  62.8  0.00000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0683236  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0510  amino acid permease-associated region  24.47 
 
 		 471 aa  62.4  0.00000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0589175  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2418  amino acid permease-associated region  26.78 
 
 		 444 aa  62.4  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.112494  normal  0.0680601 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72710  putative transporter  24.46 
 
 		 449 aa  62.4  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1532  amino acid permease  22.32 
 
 		 461 aa  61.6  0.00000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4556  amino acid permease-associated region  26.06 
 
 		 441 aa  61.6  0.00000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2221  amino acid permease-associated region  22.98 
 
 		 495 aa  61.6  0.00000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000300523  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3620  amino acid permease-associated region  25.31 
 
 		 494 aa  61.6  0.00000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3983  amino acid permease-associated region  23.46 
 
 		 450 aa  61.2  0.00000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3246  putative amino acid permease  24.14 
 
 		 456 aa  61.2  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0415  putative transporter  24.8 
 
 		 464 aa  61.2  0.00000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.824759  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01273  putrescine importer  22.96 
 
 		 461 aa  60.5  0.00000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2586  amino acid ABC transporter permease  25.59 
 
 		 470 aa  60.8  0.00000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.163018  normal  0.86735 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01284  hypothetical protein  22.96 
 
 		 461 aa  60.5  0.00000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2463  amino acid permease-associated region  23.74 
 
 		 521 aa  60.8  0.00000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.143129  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2508  amino acid permease-associated region  23.74 
 
 		 521 aa  60.8  0.00000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.522988 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1411  amino acid permease  22.96 
 
 		 461 aa  60.5  0.00000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0935  amino acid permease-associated region  23.98 
 
 		 513 aa  60.5  0.00000007  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0509  amino acid permease-associated region  22.59 
 
 		 443 aa  60.5  0.00000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1035  amino acid permease-associated region  23.99 
 
 		 477 aa  60.5  0.00000007  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1505  amino acid permease  22.96 
 
 		 461 aa  60.5  0.00000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2329  amino acid permease-associated region  22.76 
 
 		 461 aa  60.5  0.00000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1938  amino acid permease  22.86 
 
 		 461 aa  60.5  0.00000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.173953 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3130  amino acid permease-associated region  24.84 
 
 		 460 aa  60.1  0.00000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2500  amino acid permease-associated region  23.74 
 
 		 521 aa  60.1  0.00000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0303184  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2212  amino acid permease-associated region  22.52 
 
 		 453 aa  59.3  0.0000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1185  amino acid permease-associated region  22.89 
 
 		 500 aa  59.7  0.0000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000031704 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0973  amino acid permease-associated region  22.03 
 
 		 651 aa  60.1  0.0000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.650044 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1826  amino acid permease  22.76 
 
 		 461 aa  60.1  0.0000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0234215 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0250  amino acid permease-associated region  26.01 
 
 		 465 aa  59.7  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5815  amino acid permease-associated region  26.01 
 
 		 465 aa  60.1  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.327327  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6311  putative transporter  24.1 
 
 		 449 aa  59.3  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38130  putative amino acid permease  23.09 
 
 		 456 aa  59.7  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00291045 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1109  amino acid permease-associated region  22.36 
 
 		 538 aa  59.3  0.0000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.332112  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3685  amino acid permease  27.43 
 
 		 460 aa  58.9  0.0000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0046  amino acid permease-associated region  23.77 
 
 		 481 aa  58.5  0.0000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>