More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1997 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_1997  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 298 aa  610  9.999999999999999e-175  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3304  LysR family transcriptional regulator  94.63 
 
 		 313 aa  582  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0884385 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34690  LysR family transcriptional regulator  68.01 
 
 		 297 aa  412  1e-114  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0262778  normal  0.106193 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2944  putative transcriptional regulator  68.35 
 
 		 297 aa  413  1e-114  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.625117  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17760  Transcriptional regulator, LysR family  66.55 
 
 		 299 aa  398  9.999999999999999e-111  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35890  Regulatory protein, LysR family  64.09 
 
 		 309 aa  390  1e-107  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2590  LysR family transcriptional regulator  63.79 
 
 		 294 aa  390  1e-107  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.767848  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1980  LysR family transcriptional regulator  63.79 
 
 		 294 aa  390  1e-107  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.321075  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2614  LysR family transcriptional regulator  63.1 
 
 		 294 aa  385  1e-106  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0086  LysR family transcriptional regulator  61.77 
 
 		 294 aa  380  1e-104  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.140278  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0638  LysR family transcriptional regulator  61.77 
 
 		 294 aa  380  1e-104  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.275932  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0339  LysR family transcriptional regulator  61.77 
 
 		 294 aa  380  1e-104  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1042  LysR family transcriptional regulator  61.77 
 
 		 294 aa  380  1e-104  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0883  LysR family transcriptional regulator  61.43 
 
 		 294 aa  380  1e-104  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.427217  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2473  LysR family transcriptional regulator  61.77 
 
 		 294 aa  380  1e-104  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00812964  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0880  LysR family transcriptional regulator  61.77 
 
 		 294 aa  380  1e-104  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.803519  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2638  LysR family transcriptional regulator  63.1 
 
 		 294 aa  380  1e-104  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3565  transcriptional regulator, LysR family  62.46 
 
 		 298 aa  375  1e-103  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3033  LysR family transcriptional regulator  62.12 
 
 		 305 aa  376  1e-103  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0273235  normal  0.89504 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5921  LysR family transcriptional regulator  61.81 
 
 		 294 aa  375  1e-103  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0707  LysR family transcriptional regulator  61.38 
 
 		 294 aa  377  1e-103  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.256747  normal  0.378032 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3751  transcriptional regulator, LysR family  62.8 
 
 		 298 aa  377  1e-103  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.587681  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1818  LysR family transcriptional regulator  61.03 
 
 		 297 aa  377  1e-103  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  54.95 
 
 		 298 aa  334  1e-90  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3196  transcriptional regulator, LysR family  54.61 
 
 		 304 aa  329  4e-89  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00241672  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3691  LysR family transcriptional regulator  57 
 
 		 299 aa  328  7e-89  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3137  LysR family transcriptional regulator  53.04 
 
 		 323 aa  322  6e-87  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0979  LysR family transcriptional regulator  53.63 
 
 		 307 aa  319  3.9999999999999996e-86  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.039685  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0401  transcriptional regulator, LysR family  55.14 
 
 		 299 aa  318  5e-86  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0508531  normal  0.660201 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4908  LysR family transcriptional regulator  53.24 
 
 		 299 aa  315  4e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4096  transcriptional regulator, LysR family  51.19 
 
 		 308 aa  310  1e-83  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6823  LysR family transcriptional regulator  51.35 
 
 		 308 aa  310  1e-83  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4864  LysR family transcriptional regulator  49.66 
 
 		 297 aa  299  4e-80  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00635327 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0231  LysR family transcriptional regulator  51.03 
 
 		 300 aa  291  7e-78  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.928007 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1711  transcriptional regulator, LysR family  49.16 
 
 		 300 aa  287  2e-76  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.530913  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1454  LysR family transcriptional regulator  48.63 
 
 		 296 aa  283  2.0000000000000002e-75  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.508797  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2016  LysR family transcriptional regulator  49.49 
 
 		 297 aa  280  3e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  48.3 
 
 		 294 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  48.3 
 
 		 294 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  48.3 
 
 		 294 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  48.14 
 
 		 294 aa  271  8.000000000000001e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0145  LysR family transcriptional regulator  47.96 
 
 		 294 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.640079  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  47.46 
 
 		 296 aa  269  5e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0131  LysR family transcriptional regulator  47.81 
 
 		 296 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0459  transcriptional regulator, LysR family  46.23 
 
 		 297 aa  257  2e-67  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0915  transcriptional regulator, LysR family  44.56 
 
 		 314 aa  254  1.0000000000000001e-66  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4702  transcriptional regulator, LysR family  42.96 
 
 		 305 aa  253  3e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.685712  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2274  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 309 aa  199  3.9999999999999996e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0887334 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2719  LysR family transcriptional regulator  40.92 
 
 		 310 aa  199  6e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.170662  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2792  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.1 
 
 		 295 aa  197  2.0000000000000003e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0953  transcriptional regulator, LysR family  36.86 
 
 		 300 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255638  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4093  transcriptional regulator, LysR family  39.25 
 
 		 344 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 305 aa  195  6e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2286  LysR family transcriptional regulator  38.87 
 
 		 303 aa  195  7e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  37.25 
 
 		 305 aa  195  8.000000000000001e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3755  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 319 aa  194  1e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.111222 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0833  transcriptional regulator, LysR family  36.52 
 
 		 300 aa  195  1e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 303 aa  194  1e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1560  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 307 aa  193  3e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.987371  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3338  transcriptional regulator, LysR family  36.77 
 
 		 301 aa  193  3e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0554  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 301 aa  193  3e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0255315  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2431  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 312 aa  192  4e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.517573 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  34.35 
 
 		 307 aa  193  4e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4738  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 306 aa  192  4e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.44438  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  36.45 
 
 		 297 aa  192  5e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4891  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 306 aa  192  5e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5379  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 306 aa  192  6e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_2987  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 306 aa  192  6e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 294 aa  192  8e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 335 aa  191  9e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2679  transcriptional regulator, LysR family  36.12 
 
 		 310 aa  191  1e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 305 aa  191  1e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 294 aa  191  2e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 294 aa  190  2e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0674  transcriptional regulator, LysR family  35.23 
 
 		 315 aa  190  2.9999999999999997e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3755  LysR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 318 aa  189  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.984554  normal  0.0106865 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5274  LysR family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 321 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.165995 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 304 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  34.56 
 
 		 302 aa  189  5.999999999999999e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2502  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 308 aa  188  7e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 292 aa  189  7e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 292 aa  189  7e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3214  transcriptional regulator, LysR family  36.24 
 
 		 299 aa  189  7e-47  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00397323 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 307 aa  188  9e-47  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4901  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 303 aa  188  9e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.795056  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2534  LysR family transcriptional regulator  37.98 
 
 		 299 aa  188  1e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.487932  normal  0.277262 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  33.89 
 
 		 292 aa  187  1e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 292 aa  187  1e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 292 aa  187  1e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4337  transcriptional regulator, LysR family  35.86 
 
 		 314 aa  187  2e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.177835 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2017  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 308 aa  187  2e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.304165  normal  0.0736532 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4227  transcriptional regulator, LysR family  35.86 
 
 		 314 aa  187  2e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3183  LysR family transcriptional regulator  37.98 
 
 		 299 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.224527  normal  0.322731 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6256  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 304 aa  186  3e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3431  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 309 aa  186  4e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5951  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 305 aa  186  5e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0850  transcriptional regulator, LysR family  35.71 
 
 		 310 aa  186  5e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.840067  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0980  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 304 aa  186  5e-46  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.926396 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2108  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 334 aa  186  5e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0847237  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 		 305 aa  185  6e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>