More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_0556 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008781  Pnap_0556  response regulator receiver protein  100 
 
 
367 aa  744    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.154413  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43900  Sigma54-dependent transcriptional activator protein  83.81 
 
 
367 aa  612  9.999999999999999e-175  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3918  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  79.56 
 
 
367 aa  596  1e-169  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.84668  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3248  helix-turn-helix, Fis-type  78.08 
 
 
368 aa  584  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.12684  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2982  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  77.11 
 
 
367 aa  580  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.165911  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2771  sigma-54 dependent transcriptional regulator  77.11 
 
 
367 aa  579  1e-164  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3467  sigma-54 dependent transcriptional regulator, putative  77.26 
 
 
368 aa  578  1e-164  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.154738  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2162  putative sigma54 specific transcriptional regulator  79.83 
 
 
366 aa  575  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0332569  normal  0.224007 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2908  putative transcriptional regulator  81.48 
 
 
376 aa  575  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.259707  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34210  putative transcriptional regulator  81.48 
 
 
376 aa  575  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0247085  normal  0.0127418 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0881  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  64.64 
 
 
373 aa  463  1e-129  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.588109 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2903  putative transcriptional regulator  63.64 
 
 
361 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34150  putative transcriptional regulator  63.74 
 
 
361 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.093709  normal  0.232942 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7716  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  60.51 
 
 
366 aa  433  1e-120  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.416499  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3328  response regulator receiver protein  61.03 
 
 
352 aa  428  1e-119  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5791  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  59.48 
 
 
375 aa  413  1e-114  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6156  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  59.48 
 
 
375 aa  413  1e-114  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.164312  normal  0.688082 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1567  sigma-54 factor, interaction region  58.38 
 
 
381 aa  408  1e-113  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0116194  hitchhiker  0.0000311693 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6636  putative sigma54 specific transcriptional regulator  58.33 
 
 
375 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.992107 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0564  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  58.36 
 
 
391 aa  404  1e-111  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6136  putative sigma54 specific transcriptional regulator  58.77 
 
 
389 aa  403  1e-111  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0424882  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6033  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  58.01 
 
 
376 aa  388  1e-107  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.516137  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5803  putative sigma54 specific transcriptional regulator  56.84 
 
 
376 aa  383  1e-105  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3993  putative sigma54 specific transcriptional regulator  53.22 
 
 
375 aa  369  1e-101  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.717934  normal  0.104831 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2612  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  53.5 
 
 
372 aa  370  1e-101  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1248  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  51.25 
 
 
373 aa  369  1e-101  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.81595 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3526  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  53.78 
 
 
377 aa  365  1e-100  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.658574  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22350  sigma54-dependent activator protein  52.2 
 
 
343 aa  332  6e-90  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1772  putative sigma54 specific transcriptional regulator  50.3 
 
 
386 aa  307  2.0000000000000002e-82  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1472  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.98 
 
 
451 aa  279  6e-74  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5217  sigma-54-binding protein  52.08 
 
 
316 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0540  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.73 
 
 
445 aa  275  1.0000000000000001e-72  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02891  flagellar regulatory protein C  42.86 
 
 
445 aa  273  2.0000000000000002e-72  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3049  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.8 
 
 
447 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0327  sigma-54 factor, interaction region  52.08 
 
 
316 aa  273  5.000000000000001e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.768789  normal  0.257375 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1993  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.09 
 
 
486 aa  270  2.9999999999999997e-71  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1129  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  52.32 
 
 
453 aa  269  5e-71  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2180  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.35 
 
 
455 aa  269  5e-71  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1999  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  52.26 
 
 
481 aa  268  8e-71  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2923  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.25 
 
 
450 aa  268  8e-71  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.726219 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1016  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.4 
 
 
455 aa  268  1e-70  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.963955  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0775  helix-turn-helix, Fis-type  50 
 
 
457 aa  266  4e-70  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.118214 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3450  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.16 
 
 
448 aa  266  4e-70  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2805  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.34 
 
 
478 aa  266  4e-70  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.228775  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1496  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  52.7 
 
 
451 aa  266  5.999999999999999e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.190196  normal  0.699272 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4371  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  52.28 
 
 
451 aa  265  1e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.109269  normal  0.91149 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.38 
 
 
463 aa  265  1e-69  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0812  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  53.16 
 
 
453 aa  265  1e-69  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0257022  hitchhiker  0.00000328811 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50180  two-component response regulator  52.28 
 
 
473 aa  265  1e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.966541  hitchhiker  0.00555849 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0643  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44 
 
 
478 aa  264  1e-69  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3079  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.44 
 
 
480 aa  264  2e-69  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00177638  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6059  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.93 
 
 
458 aa  264  2e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0839917 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3932  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  52.28 
 
 
451 aa  264  2e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.215439  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0674  two-component response regulator CbrB  44.92 
 
 
453 aa  264  2e-69  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0916838  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0916  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.43 
 
 
480 aa  264  2e-69  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2442  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.77 
 
 
480 aa  263  3e-69  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2853  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.49 
 
 
476 aa  263  3e-69  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2914  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.66 
 
 
459 aa  263  3e-69  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2970  sigma-54 factor, interaction region  53.88 
 
 
445 aa  263  3e-69  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0079  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.17 
 
 
433 aa  263  4e-69  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.819278  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2563  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.73 
 
 
480 aa  263  4e-69  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00247378 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5460  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  52.85 
 
 
650 aa  263  4e-69  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.665291  normal  0.225769 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1534  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  49.43 
 
 
463 aa  262  4.999999999999999e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1058  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.93 
 
 
462 aa  263  4.999999999999999e-69  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0191246 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2897  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  50.41 
 
 
473 aa  262  6e-69  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.189439  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31690  Sigma54 -dependent activator protein  52.67 
 
 
309 aa  262  6.999999999999999e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2827  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  51.25 
 
 
470 aa  261  8.999999999999999e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0126149 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4272  two-component response regulator  51.45 
 
 
470 aa  261  1e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299925  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1405  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.03 
 
 
478 aa  261  1e-68  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000117702 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3391  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.86 
 
 
455 aa  261  2e-68  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.111806  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2625  formate hydrogenlyase transcriptional activator  52.46 
 
 
648 aa  260  2e-68  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2638  hydrogenase-4 transcriptional regulator  54.13 
 
 
670 aa  260  3e-68  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3981  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.22 
 
 
433 aa  260  3e-68  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2310  sigma-54 dependent response regulator  41.94 
 
 
478 aa  260  3e-68  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02383  DNA-binding transcriptional activator, formate sensing  54.13 
 
 
668 aa  259  4e-68  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1178  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  54.13 
 
 
670 aa  259  4e-68  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1003  nitrogen regulation protein NR(I)  42.81 
 
 
481 aa  259  4e-68  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.158383  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02345  hypothetical protein  54.13 
 
 
670 aa  259  4e-68  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3713  formate hydrogenlyase transcriptional activator  54.13 
 
 
670 aa  259  4e-68  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.574322  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2773  formate hydrogenlyase transcriptional activator  54.13 
 
 
670 aa  259  4e-68  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.309926  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1972  response regulator receiver protein  55.22 
 
 
455 aa  259  5.0000000000000005e-68  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1698  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  52.99 
 
 
457 aa  259  6e-68  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000740904 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2269  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.42 
 
 
456 aa  259  6e-68  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42680  sigma54-dependent response regulator, CbrB  42.9 
 
 
466 aa  259  7e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0682  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.06 
 
 
456 aa  258  8e-68  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.105475  normal  0.791887 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3623  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  55.26 
 
 
489 aa  258  9e-68  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.568637  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3555  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  55.26 
 
 
489 aa  258  9e-68  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.369206  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0168  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.44 
 
 
459 aa  258  1e-67  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.564625  normal  0.730975 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4389  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  53.02 
 
 
495 aa  258  1e-67  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.205713  normal  0.107293 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4383  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.17 
 
 
483 aa  258  1e-67  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.246116  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0707  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.98 
 
 
469 aa  258  1e-67  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.112148  normal  0.322603 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1364  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.77 
 
 
447 aa  258  1e-67  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.885668  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0629  sigma-54 dependent transcriptional regulator  52.72 
 
 
342 aa  257  2e-67  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3459  helix-turn-helix, Fis-type  50.21 
 
 
471 aa  257  2e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3749  Sigma 54 interacting domain protein  51.03 
 
 
596 aa  258  2e-67  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.552068  normal  0.248061 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4406  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.59 
 
 
483 aa  258  2e-67  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.378923  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3471  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  54.82 
 
 
489 aa  257  2e-67  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4250  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.17 
 
 
483 aa  257  2e-67  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.126719  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1185  NifA subfamily transcriptional regulator  53.72 
 
 
670 aa  257  2e-67  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.132433 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2245  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.44 
 
 
460 aa  257  3e-67  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>