103 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_R0033 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_R0033  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14170  tRNA-Val  94.92 
 
 		 74 bp  93.7  6e-18  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.688335  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0027  tRNA-Val  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.20425  decreased coverage  0.00178196 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0046  tRNA-Val  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.56925  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0001  tRNA-Val  91.8 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4337  tRNA-Val  90 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0049  tRNA-Val  90 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0024  tRNA-Val  90 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0723361  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0050  tRNA-Val  89.19 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.721622 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0062  tRNA-Val  89.19 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0052  tRNA-Val  89.19 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1374  tRNA-Val  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.110948 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0053  tRNA-Val  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0020  tRNA-Val  87.84 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00000915512  hitchhiker  0.000000256884 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0915  tRNA-Val  87.84 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.118093  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0005  tRNA-Val  90.16 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000127143  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA42  tRNA-Val  86.11 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0036  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.457558 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0066  tRNA-Val  86.49 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.894934  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0026  tRNA-Val  86.49 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.445313  normal  0.0911623 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0014  tRNA-Val  87.14 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.20827  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0051  tRNA-Val  86.49 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.472837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0012  tRNA-Val  86.49 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0048  tRNA-Val  86.49 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.253759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0042  tRNA-Val  86.49 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.965777  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0043  tRNA-Val  86.49 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.408373 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0013  tRNA-Val  86.49 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0048  tRNA-Val  86.49 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0047  tRNA-Val  86.49 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4591  tRNA-Val  86.49 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0012  tRNA-Val  86.49 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0506  tRNA-Val  88.52 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000210489  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1639  tRNA-Val  88.52 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  2.42917e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0064  tRNA-Val  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.192566  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0003  tRNA-Val  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0049  tRNA-Val  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000683912  normal  0.27317 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0040  tRNA-Val  89.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.184579  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Val-1  tRNA-Val  92.31 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.301674  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Val-2  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0000334583  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0068  tRNA-Val  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.392082  normal  0.0474076 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t06  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0039  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.430844  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0036  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2843  hypothetical protein  85.14 
 
 		 399 bp  54  0.000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0331098  normal  0.0204354 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0054  tRNA-Val  85.14 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.041835  normal  0.0189876 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0036  tRNA-Val  100 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.432227 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09370  tRNA-Val  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.12642  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16710  tRNA-Val  85.71 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.879903  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0010  tRNA-Val  85.71 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_966  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00216309  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0022  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0746641  normal  0.301569 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0037  tRNA-Val  100 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0054  tRNA-Val  85.14 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.18853  normal  0.800854 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0325  tRNA-Val  92.68 
 
 		 73 bp  50.1  0.00008  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.241533  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0010  tRNA-Val  88.64 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.564067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0054  tRNA-Val  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00910713  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0035  tRNA-Val  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00123613  unclonable  0.0000000227981 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0007  tRNA-Val  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.309042  normal  0.118966 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t01  tRNA-Val  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0313004  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0015  tRNA-Val  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000000205698  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0050  tRNA-Val  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0002  tRNA-Val  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.159605  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0002  tRNA-Val  84.75 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.18537  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0053  tRNA-Val  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0873696  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0031  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.679826  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0051  tRNA-Val  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0000148873  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-His-1  tRNA-His  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Val-3  tRNA-Val  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00184226  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t11  tRNA-Val  83.78 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.089356  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t24  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0022  tRNA-Val  83.78 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.796952  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0051  tRNA-Val  84.29 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0408927  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0029  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0004  tRNA-Val  83.78 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.000000388109  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0063  tRNA-Met  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0026  tRNA-Val  83.78 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0046  tRNA-Val  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.461452  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0793  tRNA-Val  83.78 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0047  tRNA-Val  83.78 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.496428  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0014  tRNA-Val  83.78 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0028  tRNA-Val  83.78 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0057  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.385214  hitchhiker  0.00196821 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0034  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0899378  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_R18  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0028  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0048  tRNA-Val  83.78 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0047  tRNA-Val  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.530406  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0041  tRNA-Met  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.241337  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04040  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13730  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_14160  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08680  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00345298  normal  0.233368 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0019  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000264705  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0020  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000252373  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0016  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0352775  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0015  tRNA-Val  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0011  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1248  tRNA-Val  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.134542  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0009  tRNA-Ile  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.374214 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>