More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_1130 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009719  Plav_1130  poly(3-hydroxyalkanoate) depolymerase  100 
 
 
295 aa  602  1.0000000000000001e-171  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1392  Poly(3-hydroxyalkanoate) depolymerase  53.64 
 
 
301 aa  255  5e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.507189  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5144  poly(3-hydroxyalkanoate) depolymerase  49.43 
 
 
285 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66830  poly(3-hydroxyalkanoic acid) depolymerase  49.05 
 
 
285 aa  250  2e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5795  poly(3-hydroxyalkanoic acid) depolymerase  49.05 
 
 
285 aa  249  4e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.945125  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0529  poly(3-hydroxyalkanoate) depolymerase  48.29 
 
 
285 aa  247  2e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0393  Poly(3-hydroxyalkanoate) depolymerase  48.29 
 
 
284 aa  247  2e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.208502 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0460  poly(3-hydroxyalkanoate) depolymerase  47.91 
 
 
285 aa  246  2e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.434689  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5004  poly(3-hydroxyalkanoate) depolymerase  48.29 
 
 
283 aa  245  6.999999999999999e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4878  poly(3-hydroxyalkanoate) depolymerase  48.29 
 
 
305 aa  245  6.999999999999999e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.636657 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5054  poly(3-hydroxyalkanoate) depolymerase  47.91 
 
 
283 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2136  Poly(3-hydroxyalkanoate) depolymerase  47.69 
 
 
280 aa  226  4e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.264144  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2383  poly(3-hydroxyalkanoate) depolymerase  46.44 
 
 
294 aa  215  9e-55  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.38703  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1434  alpha/beta hydrolase  42.58 
 
 
261 aa  204  1e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4596  alpha/beta hydrolase fold protein  45.1 
 
 
260 aa  199  5e-50  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3966  poly(3-hydroxyalkanoate) depolymerase  43.51 
 
 
298 aa  192  4e-48  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1944  alpha/beta hydrolase fold  38.74 
 
 
249 aa  132  6e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2786  Alpha/beta hydrolase fold  39.83 
 
 
266 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2732  alpha/beta hydrolase fold  33.07 
 
 
271 aa  118  9.999999999999999e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2523  alpha/beta hydrolase fold protein  29.36 
 
 
267 aa  91.7  1e-17  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.737323 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4013  alpha/beta hydrolase fold protein  31.03 
 
 
266 aa  91.3  2e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.367148  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1039  alpha/beta hydrolase fold protein  30.88 
 
 
277 aa  89  9e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1441  alpha/beta hydrolase fold  30.31 
 
 
267 aa  88.2  1e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.481122  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1265  alpha/beta hydrolase fold protein  29.8 
 
 
267 aa  82.8  0.000000000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.463266  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3531  hydrolase or acyltransferase-like protein  28.23 
 
 
425 aa  82  0.00000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.17214 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4433  alpha/beta hydrolase fold protein  32.55 
 
 
285 aa  81.3  0.00000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2477  Alpha/beta hydrolase fold  31.06 
 
 
289 aa  80.1  0.00000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2482  alpha/beta hydrolase fold protein  29.96 
 
 
264 aa  79  0.0000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.32419  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3605  alpha/beta hydrolase fold  27.46 
 
 
284 aa  78.6  0.0000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.753861  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1259  3-oxoadipate enol-lactonase  26.61 
 
 
261 aa  78.6  0.0000000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2526  alpha/beta hydrolase fold  28.1 
 
 
275 aa  76.6  0.0000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0148  alpha/beta hydrolase fold  29.25 
 
 
266 aa  76.6  0.0000000000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.443703  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7870  alpha/beta hydrolase fold protein  26.61 
 
 
250 aa  76.3  0.0000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.645188  normal  0.180866 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3171  alpha/beta hydrolase fold protein  28.9 
 
 
270 aa  75.9  0.0000000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0376  alpha/beta hydrolase fold protein  30 
 
 
207 aa  75.9  0.0000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.338833  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2292  alpha/beta hydrolase fold  27.24 
 
 
275 aa  75.5  0.0000000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.288944 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5507  alpha/beta hydrolase fold  28.23 
 
 
269 aa  75.1  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00124996 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2623  alpha/beta hydrolase fold  28.83 
 
 
269 aa  74.7  0.000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.211158  normal  0.139296 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0115  alpha/beta hydrolase fold protein  27.17 
 
 
267 aa  74.3  0.000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1992  alpha/beta hydrolase fold  27.87 
 
 
314 aa  74.3  0.000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2054  alpha/beta hydrolase fold protein  26.94 
 
 
260 aa  73.6  0.000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.198896 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0160  alpha/beta hydrolase fold protein  27.24 
 
 
288 aa  73.2  0.000000000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4681  alpha/beta hydrolase fold protein  30.43 
 
 
333 aa  73.2  0.000000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3776  alpha/beta hydrolase fold  29.29 
 
 
361 aa  73.2  0.000000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.904669  decreased coverage  0.00241214 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0431  alpha/beta hydrolase fold  31.52 
 
 
325 aa  72.8  0.000000000007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0538885  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1581  alpha/beta hydrolase fold  28.57 
 
 
259 aa  72.4  0.000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.226985 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1595  alpha/beta hydrolase fold  27.54 
 
 
275 aa  72.4  0.000000000009  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.649162  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5083  3-oxoadipate enol-lactonase  29.74 
 
 
260 aa  71.6  0.00000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2445  alpha/beta hydrolase fold  26.51 
 
 
340 aa  72  0.00000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.54824  normal  0.191947 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0952  alpha/beta hydrolase fold  29.5 
 
 
350 aa  71.2  0.00000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.167574  normal  0.194203 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0111  alpha/beta hydrolase fold  28.57 
 
 
287 aa  71.2  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2375  alpha/beta hydrolase fold protein  32.3 
 
 
274 aa  71.6  0.00000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.153241  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5269  alpha/beta hydrolase fold  28.57 
 
 
287 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1078  alpha/beta hydrolase fold  26.98 
 
 
260 aa  70.5  0.00000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.045467  normal  0.0264161 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3798  alpha/beta hydrolase fold protein  25.2 
 
 
258 aa  70.1  0.00000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4430  alpha/beta fold family hydrolase  25.82 
 
 
287 aa  70.1  0.00000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.12561  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2705  alpha/beta hydrolase fold  25.27 
 
 
309 aa  69.7  0.00000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.601677  normal  0.0914485 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1070  4-carboxymuconolactone decarboxylase / 3-oxoadipate enol-lactonase  28.2 
 
 
397 aa  69.7  0.00000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0857204 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4681  alpha/beta hydrolase fold  27.88 
 
 
321 aa  69.7  0.00000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.490512  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2443  alpha/beta hydrolase fold  32.95 
 
 
275 aa  69.7  0.00000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.752916  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4481  hydrolase, alpha/beta fold family  25.41 
 
 
294 aa  69.3  0.00000000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1348  3-oxoadipate enol-lactonase  26.05 
 
 
256 aa  69.3  0.00000000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.786206 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5097  hydrolase or acyltransferase (alpha/beta hydrolase superfamily)-like protein  29.44 
 
 
308 aa  68.9  0.00000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.787196  normal  0.175437 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2367  alpha/beta hydrolase fold  28.9 
 
 
291 aa  68.9  0.00000000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.926143  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5320  3-oxoadipate enol-lactonase  28.94 
 
 
260 aa  68.6  0.0000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2039  alpha/beta hydrolase fold protein  31.94 
 
 
316 aa  68.6  0.0000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4196  alpha/beta hydrolase fold  26.34 
 
 
294 aa  68.9  0.0000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4279  alpha/beta hydrolase fold  27.91 
 
 
290 aa  68.9  0.0000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0429244  normal  0.222336 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4468  hydrolase, alpha/beta fold family  25.51 
 
 
294 aa  68.9  0.0000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000249417  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0769  hydrolase, alpha/beta fold family  25.1 
 
 
294 aa  68.2  0.0000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000000479635  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4759  alpha/beta hydrolase fold  28.85 
 
 
331 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00472864  normal  0.0179653 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4731  alpha/beta hydrolase fold  27.59 
 
 
287 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.807147  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0115  3-oxoadipate enol-lactonase  28 
 
 
282 aa  68.2  0.0000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1754  alpha/beta hydrolase fold  25.93 
 
 
277 aa  67.4  0.0000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4719  alpha/beta hydrolase fold protein  26.98 
 
 
282 aa  68.2  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1254  alpha/beta hydrolase fold  31.11 
 
 
319 aa  67.4  0.0000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000251211  normal  0.0110016 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1331  Alpha/beta hydrolase fold  27.21 
 
 
278 aa  67.4  0.0000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000258733 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2207  alpha/beta hydrolase  26.67 
 
 
260 aa  67  0.0000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.649454  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2792  alpha/beta hydrolase fold protein  31.15 
 
 
260 aa  67.4  0.0000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.377437 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0978  3-oxoadipate enol-lactonase  28.63 
 
 
262 aa  67.4  0.0000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2565  alpha/beta hydrolase fold protein  28.29 
 
 
287 aa  67  0.0000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0288912  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0337  alpha/beta hydrolase fold  32.63 
 
 
261 aa  67  0.0000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0245494  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2233  3-oxoadipate enol-lactonase  25.86 
 
 
300 aa  67  0.0000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3962  3-oxoadipate enol-lactonase  28.64 
 
 
266 aa  66.6  0.0000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.535477  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4887  3-oxoadipate enol-lactonase  28.16 
 
 
397 aa  66.6  0.0000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.307912  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2222  alpha/beta hydrolase fold  29.77 
 
 
301 aa  66.6  0.0000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.801481  normal  0.877247 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3347  3-oxoadipate enol-lactonase  28.57 
 
 
391 aa  66.2  0.0000000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000820278  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2388  3-oxoadipate enol-lactonase  30.59 
 
 
386 aa  65.9  0.0000000009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2126  alpha/beta hydrolase fold protein  27.38 
 
 
263 aa  65.9  0.0000000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0367  alpha/beta hydrolase fold  28.63 
 
 
207 aa  65.5  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.775873  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4095  alpha/beta fold family hydrolase  24.28 
 
 
294 aa  65.1  0.000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000787751  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3071  alpha/beta hydrolase fold  25.42 
 
 
290 aa  65.1  0.000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.357729  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0569  alpha/beta hydrolase fold protein  27.69 
 
 
270 aa  65.1  0.000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2371  alpha/beta hydrolase  32.98 
 
 
307 aa  65.1  0.000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2696  putative hydrolase  29.3 
 
 
387 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1391  putative hydrolase  29.37 
 
 
387 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0471  alpha/beta hydrolase fold protein  31.15 
 
 
316 aa  65.1  0.000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.349645  normal  0.0642672 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3110  alpha/beta hydrolase fold protein  27.41 
 
 
304 aa  65.1  0.000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.228638  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1435  alpha/beta hydrolase fold protein  29.92 
 
 
256 aa  65.5  0.000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.426403  normal  0.727578 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3585  alpha/beta hydrolase fold  31.47 
 
 
270 aa  65.5  0.000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>