More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_0989 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008709  Ping_0989  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
226 aa  463  1e-129  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00421455  normal  0.304991 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1432  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  76.99 
 
 
226 aa  360  1e-98  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.411004  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4109  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  69.51 
 
 
234 aa  333  1e-90  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00919  Short-chain alcohol dehydrogenase of unknown specificity  60.09 
 
 
230 aa  278  4e-74  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.02 
 
 
228 aa  209  2e-53  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.96 
 
 
230 aa  181  8.000000000000001e-45  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.224966  normal  0.349225 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1508  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.74 
 
 
233 aa  180  1e-44  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1610  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.23 
 
 
232 aa  179  2.9999999999999997e-44  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1031  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.74 
 
 
233 aa  176  4e-43  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1636  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.23 
 
 
233 aa  168  5e-41  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1309  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  40.87 
 
 
236 aa  168  8e-41  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0924  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  39.82 
 
 
232 aa  160  1e-38  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2555  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.67 
 
 
231 aa  153  2e-36  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.459049  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2505  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.67 
 
 
231 aa  153  2e-36  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1458  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.86 
 
 
233 aa  150  1e-35  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2049  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.37 
 
 
230 aa  138  7e-32  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3217  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.55 
 
 
253 aa  137  1e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1374  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
253 aa  137  2e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.542817  normal  0.89387 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.3 
 
 
252 aa  135  4e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1007  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.86 
 
 
245 aa  134  9.999999999999999e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.553727  normal  0.0273902 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3865  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.56 
 
 
247 aa  133  1.9999999999999998e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.269971  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0635  putative short-chain dehydrogenase/reductase  37.55 
 
 
246 aa  132  3e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.660542  normal  0.0297002 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.08 
 
 
247 aa  132  3e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2186  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.87 
 
 
248 aa  132  6e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0361624 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3922  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.42 
 
 
250 aa  132  6e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.25 
 
 
246 aa  131  6.999999999999999e-30  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1575  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.25 
 
 
246 aa  131  6.999999999999999e-30  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4578  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.19 
 
 
264 aa  131  9e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4845  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.13 
 
 
252 aa  128  8.000000000000001e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1786  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.39 
 
 
246 aa  128  9.000000000000001e-29  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1117  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.09 
 
 
233 aa  127  2.0000000000000002e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000000223483  normal  0.996665 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4590  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.47 
 
 
242 aa  126  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.06 
 
 
257 aa  124  1e-27  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.76225  normal  0.242071 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33490  short-chain alcohol dehydrogenase  32.77 
 
 
247 aa  124  1e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.343117  normal  0.392445 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6324  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.47 
 
 
242 aa  123  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.14693  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2461  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.67 
 
 
242 aa  123  2e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.162516  normal 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4636  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.75 
 
 
254 aa  123  3e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1627  oxidoreductase  35.95 
 
 
255 aa  123  3e-27  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.91 
 
 
238 aa  122  4e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.644121  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3280  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.5 
 
 
232 aa  122  4e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.798057  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3902  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.16 
 
 
246 aa  122  4e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.809389  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3687  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.66 
 
 
243 aa  122  4e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0362  hypothetical protein  32.08 
 
 
257 aa  122  5e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4381  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.29 
 
 
248 aa  122  7e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.297747  hitchhiker  0.00314525 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3251  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.61 
 
 
259 aa  121  9e-27  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4057  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 
239 aa  120  9.999999999999999e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4141  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  33.75 
 
 
243 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7375  ribitol 2-dehydrogenase  34.18 
 
 
242 aa  120  1.9999999999999998e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.144533  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0338  hypothetical protein  31.93 
 
 
257 aa  120  1.9999999999999998e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1109  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.76 
 
 
254 aa  120  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  hitchhiker  0.00727999  normal  0.180483 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1924  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.93 
 
 
237 aa  120  1.9999999999999998e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.62919  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.54 
 
 
256 aa  119  3e-26  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4222  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.07 
 
 
242 aa  119  3e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.186526  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2582  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.89 
 
 
248 aa  119  3e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.445367  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4853  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.5 
 
 
248 aa  119  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.154391  normal  0.241568 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3335  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.86 
 
 
246 aa  119  3.9999999999999996e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3894  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.47 
 
 
248 aa  118  6e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04715  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.31 
 
 
249 aa  118  6e-26  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.863639  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0342  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.05 
 
 
251 aa  118  7e-26  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0363598  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2812  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.19 
 
 
257 aa  118  7.999999999999999e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.197802 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.64 
 
 
239 aa  118  7.999999999999999e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0555  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.73 
 
 
239 aa  118  7.999999999999999e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1682  3-hydroxy acid dehydrogenase  32.77 
 
 
248 aa  118  9e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.97667  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2888  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.23 
 
 
257 aa  118  9e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0119499 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1660  3-hydroxy acid dehydrogenase  32.77 
 
 
248 aa  118  9e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00687336  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1623  3-hydroxy acid dehydrogenase  32.77 
 
 
248 aa  118  9e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1826  3-hydroxy acid dehydrogenase  32.77 
 
 
248 aa  118  9e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0315451  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3826  short chain dehydrogenase  32.75 
 
 
234 aa  117  9.999999999999999e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.273342  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 
243 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.853199  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1614  3-hydroxy acid dehydrogenase  32.77 
 
 
248 aa  118  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.594866  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0554  ribitol 2-dehydrogenase  33.91 
 
 
241 aa  117  9.999999999999999e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4937  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.22 
 
 
239 aa  117  1.9999999999999998e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.396795  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0629  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 
248 aa  116  1.9999999999999998e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0112  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.19 
 
 
244 aa  117  1.9999999999999998e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01927  putative oxidoreductase  35.27 
 
 
252 aa  117  1.9999999999999998e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.160278  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0278  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.04 
 
 
250 aa  117  1.9999999999999998e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.241835 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.92 
 
 
252 aa  116  3e-25  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01498  L-allo-threonine dehydrogenase, NAD(P)-binding  31.91 
 
 
248 aa  115  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000675994  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2106  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.91 
 
 
248 aa  115  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000149507  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01509  hypothetical protein  31.91 
 
 
248 aa  115  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000865743  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2119  3-hydroxy acid dehydrogenase  31.91 
 
 
248 aa  115  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000142813  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1748  3-hydroxy acid dehydrogenase  31.91 
 
 
248 aa  115  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000124318  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1629  3-hydroxy acid dehydrogenase  31.91 
 
 
248 aa  115  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  5.5514199999999995e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3131  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.37 
 
 
245 aa  115  5e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2155  3-hydroxy acid dehydrogenase  31.91 
 
 
248 aa  115  5e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000180953  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1626  3-hydroxy acid dehydrogenase  31.91 
 
 
248 aa  115  6e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000177661  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2573  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.75 
 
 
246 aa  115  6.9999999999999995e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
244 aa  115  6.9999999999999995e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2130  3-hydroxy acid dehydrogenase  32.34 
 
 
249 aa  115  6.9999999999999995e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.42 
 
 
249 aa  114  8.999999999999998e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2071  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.9 
 
 
239 aa  114  8.999999999999998e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.420603  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0557  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.08 
 
 
254 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000797066  normal  0.366163 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1893  3-hydroxy acid dehydrogenase  31.8 
 
 
249 aa  114  1.0000000000000001e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1701  3-hydroxy acid dehydrogenase  31.91 
 
 
248 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000649919  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2590  short chain dehydrogenase  32.75 
 
 
236 aa  114  1.0000000000000001e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0764  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.63 
 
 
248 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.467056  normal  0.141575 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1841  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  31.22 
 
 
250 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00165114  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2695  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.4 
 
 
241 aa  113  2.0000000000000002e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2238  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.97 
 
 
317 aa  113  2.0000000000000002e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2050  3-hydroxy acid dehydrogenase  32.91 
 
 
249 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.309895  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>