More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_3425 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009441  Fjoh_1307  isopropylmalate isomerase large subunit  84.05 
 
 		 464 aa  820    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3425  isopropylmalate isomerase large subunit  100 
 
 		 470 aa  974    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.508475  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5902  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  78.88 
 
 		 470 aa  766    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.367331 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3675  isopropylmalate isomerase large subunit  83.37 
 
 		 467 aa  799    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.17427 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3742  isopropylmalate isomerase large subunit  61.94 
 
 		 466 aa  629  1e-179  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1982  isopropylmalate isomerase large subunit  65.59 
 
 		 465 aa  629  1e-179  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.211248  normal  0.733676 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1549  isopropylmalate isomerase large subunit  56.48 
 
 		 472 aa  554  1e-156  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.269438  normal  0.14031 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1961  isopropylmalate isomerase large subunit  56.08 
 
 		 474 aa  546  1e-154  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3463  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  57.42 
 
 		 465 aa  535  1e-151  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0762821  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0194  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  55.1 
 
 		 469 aa  513  1e-144  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4053  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  52.89 
 
 		 474 aa  512  1e-144  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0626  isopropylmalate isomerase large subunit  53.12 
 
 		 465 aa  508  1e-143  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4441  isopropylmalate isomerase large subunit  52.02 
 
 		 471 aa  508  1e-143  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0861  isopropylmalate isomerase large subunit  53.56 
 
 		 471 aa  508  9.999999999999999e-143  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09060  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  53.66 
 
 		 471 aa  508  9.999999999999999e-143  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.918212  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8049  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  53.75 
 
 		 468 aa  506  9.999999999999999e-143  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.200463  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2316  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  52.93 
 
 		 487 aa  505  9.999999999999999e-143  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000114053 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3298  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  54.62 
 
 		 471 aa  506  9.999999999999999e-143  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.405916  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4999  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  53.23 
 
 		 470 aa  499  1e-140  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.653294  normal  0.386887 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1245  isopropylmalate isomerase large subunit  56.29 
 
 		 477 aa  498  1e-140  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11100  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  52.03 
 
 		 479 aa  501  1e-140  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2848  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  53.78 
 
 		 481 aa  498  1e-139  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3280  isopropylmalate isomerase large subunit  52.04 
 
 		 467 aa  497  1e-139  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.215534  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1898  isopropylmalate isomerase large subunit  52.12 
 
 		 480 aa  496  1e-139  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2591  isopropylmalate isomerase large subunit  53.56 
 
 		 471 aa  495  1e-139  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00933091  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1189  isopropylmalate isomerase large subunit  52.7 
 
 		 472 aa  496  1e-139  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.672672  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1980  isopropylmalate isomerase large subunit  52.12 
 
 		 480 aa  497  1e-139  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1478  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  52 
 
 		 486 aa  496  1e-139  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.333411  normal  0.827202 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18560  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  53 
 
 		 479 aa  495  1e-139  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.242112  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3826  isopropylmalate isomerase large subunit  52.92 
 
 		 466 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3470  isopropylmalate isomerase large subunit  52.36 
 
 		 466 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.510231  normal  0.406012 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1983  isopropylmalate isomerase large subunit  51.91 
 
 		 480 aa  494  9.999999999999999e-139  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13003  isopropylmalate isomerase large subunit  51.72 
 
 		 473 aa  492  9.999999999999999e-139  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6006  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  53 
 
 		 472 aa  493  9.999999999999999e-139  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0519027  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4548  isopropylmalate isomerase large subunit  53.88 
 
 		 466 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.182173  normal  0.0136159 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1591  isopropylmalate isomerase large subunit  52.05 
 
 		 473 aa  492  9.999999999999999e-139  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.777227 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1565  isopropylmalate isomerase large subunit  52.99 
 
 		 472 aa  492  9.999999999999999e-139  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.046679  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1423  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  52.15 
 
 		 473 aa  491  1e-137  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2149  isopropylmalate isomerase large subunit  51.61 
 
 		 466 aa  490  1e-137  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.754808  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0185  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  51.4 
 
 		 468 aa  490  1e-137  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.08009  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0395  isopropylmalate isomerase large subunit  53.02 
 
 		 466 aa  490  1e-137  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000243407 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0399  isopropylmalate isomerase large subunit  54 
 
 		 468 aa  490  1e-137  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000573464 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1358  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  52.24 
 
 		 477 aa  490  1e-137  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.849318 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0387  isopropylmalate isomerase large subunit  54 
 
 		 468 aa  490  1e-137  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8018  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  52.16 
 
 		 459 aa  489  1e-137  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1573  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  52.28 
 
 		 493 aa  489  1e-137  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.488131  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3818  isopropylmalate isomerase large subunit  53.36 
 
 		 470 aa  490  1e-137  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1149  isopropylmalate isomerase large subunit  52.22 
 
 		 481 aa  491  1e-137  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000597548 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0413  isopropylmalate isomerase large subunit  54 
 
 		 468 aa  491  1e-137  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000169798 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0388  isopropylmalate isomerase large subunit  53.78 
 
 		 468 aa  489  1e-137  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2357  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  52.16 
 
 		 517 aa  486  1e-136  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0473  isopropylmalate isomerase large subunit  53.45 
 
 		 474 aa  488  1e-136  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2225  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  55.27 
 
 		 471 aa  487  1e-136  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.918253  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03087  isopropylmalate isomerase large subunit  52.25 
 
 		 466 aa  487  1e-136  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3586  isopropylmalate isomerase large subunit  53.25 
 
 		 474 aa  487  1e-136  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1228  isopropylmalate isomerase large subunit  52.16 
 
 		 469 aa  488  1e-136  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0896395 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1245  isopropylmalate isomerase large subunit  50.96 
 
 		 470 aa  485  1e-136  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.923179  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3759  isopropylmalate isomerase large subunit  53.25 
 
 		 474 aa  487  1e-136  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.134544 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4234  isopropylmalate isomerase large subunit  52.71 
 
 		 474 aa  482  1e-135  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0214  isopropylmalate isomerase large subunit  52.25 
 
 		 468 aa  481  1e-135  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00986239  hitchhiker  0.0021568 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2785  isopropylmalate isomerase large subunit  52.61 
 
 		 468 aa  482  1e-135  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.378068  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0795  isopropylmalate isomerase large subunit  52.02 
 
 		 474 aa  484  1e-135  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4707  isopropylmalate isomerase large subunit  51.49 
 
 		 479 aa  481  1e-135  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.9984 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4227  isopropylmalate isomerase large subunit  51.28 
 
 		 481 aa  482  1e-135  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.888543 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_28677  predicted protein  51.93 
 
 		 722 aa  482  1e-135  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0240  isopropylmalate isomerase large subunit  52.17 
 
 		 469 aa  482  1e-135  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2256  isopropylmalate isomerase large subunit  51.06 
 
 		 484 aa  483  1e-135  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000783708 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0370  isopropylmalate isomerase large subunit  53.04 
 
 		 474 aa  483  1e-135  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0217  isopropylmalate isomerase large subunit  52.25 
 
 		 468 aa  481  1e-135  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0630  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  52.26 
 
 		 466 aa  484  1e-135  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2135  isopropylmalate isomerase large subunit  51.71 
 
 		 481 aa  482  1e-135  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1922  isopropylmalate isomerase large subunit  51.29 
 
 		 467 aa  478  1e-134  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1170  isopropylmalate isomerase large subunit  51.69 
 
 		 478 aa  479  1e-134  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.910867  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1705  isopropylmalate isomerase large subunit  51.93 
 
 		 468 aa  479  1e-134  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0785429  hitchhiker  0.00273209 
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3567  isopropylmalate isomerase large subunit  51.61 
 
 		 477 aa  478  1e-134  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0849  isopropylmalate isomerase large subunit  51.61 
 
 		 467 aa  478  1e-134  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.339438 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00815  isopropylmalate isomerase large subunit  51.61 
 
 		 466 aa  478  1e-134  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4273  isopropylmalate isomerase large subunit  50.54 
 
 		 477 aa  480  1e-134  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001658  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  51.61 
 
 		 466 aa  479  1e-134  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0363  isopropylmalate isomerase large subunit  52.26 
 
 		 468 aa  479  1e-134  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.271446  normal  0.532793 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1258  isopropylmalate isomerase large subunit  50.95 
 
 		 481 aa  479  1e-134  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.55744  normal  0.382246 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0285  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  52.14 
 
 		 481 aa  481  1e-134  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0292162  normal  0.428024 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0158  isopropylmalate isomerase large subunit  52.16 
 
 		 472 aa  479  1e-134  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0337  isopropylmalate isomerase large subunit  52.05 
 
 		 470 aa  479  1e-134  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.301995  normal  0.508758 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3526  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  51.83 
 
 		 466 aa  476  1e-133  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08740  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  50.85 
 
 		 484 aa  476  1e-133  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  decreased coverage  0.000460564  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2523  isopropylmalate isomerase large subunit  52.59 
 
 		 475 aa  478  1e-133  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.520601  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0066  isopropylmalate isomerase large subunit  51.83 
 
 		 466 aa  476  1e-133  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0079  isopropylmalate isomerase large subunit  51.83 
 
 		 466 aa  476  1e-133  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3585  isopropylmalate isomerase large subunit  51.83 
 
 		 466 aa  477  1e-133  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000478946 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1113  isopropylmalate isomerase large subunit  51.83 
 
 		 465 aa  477  1e-133  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.681996  normal  0.828695 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4355  isopropylmalate isomerase large subunit  51.84 
 
 		 480 aa  475  1e-133  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2938  isopropylmalate isomerase large subunit  51.08 
 
 		 476 aa  476  1e-133  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3407  isopropylmalate isomerase large subunit  51.08 
 
 		 476 aa  476  1e-133  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3621  isopropylmalate isomerase large subunit  51.4 
 
 		 465 aa  478  1e-133  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.766514 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0348  isopropylmalate isomerase large subunit  51.3 
 
 		 470 aa  475  1e-133  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00073  hypothetical protein  51.83 
 
 		 466 aa  476  1e-133  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1875  isopropylmalate isomerase large subunit  52.23 
 
 		 478 aa  475  1e-133  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.15544 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0504  isopropylmalate isomerase large subunit  51.52 
 
 		 470 aa  478  1e-133  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2519  isopropylmalate isomerase large subunit  49.57 
 
 		 484 aa  476  1e-133  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.252815  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>