More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_5293 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_5293  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 305 aa  621  1e-177  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.143312  normal  0.444279 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5078  malonate utilization transcriptional regulator  87.42 
 
 		 308 aa  552  1e-156  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0451  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  86.09 
 
 		 308 aa  546  1e-154  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.739905  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02650  putative malonate utilization transcriptional regulator  84.44 
 
 		 309 aa  535  1e-151  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0883739  normal  0.518056 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0301  malonate utilization transcriptional regulator  84.11 
 
 		 309 aa  532  1e-150  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.477196  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10390  malonate utilisation transciptional regulator, LysR family  82.57 
 
 		 305 aa  526  1e-148  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2874  LysR family transcriptional regulator  81.33 
 
 		 303 aa  508  1e-143  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0140369  normal  0.789599 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2743  LysR family transcriptional regulator  81.67 
 
 		 303 aa  508  1e-143  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6326  transcriptional regulator, LysR family  53.38 
 
 		 304 aa  335  5e-91  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0955  LysR family transcriptional regulator  53.64 
 
 		 304 aa  333  3e-90  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5377  transcriptional regulator, LysR family  53.22 
 
 		 304 aa  331  9e-90  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0439251  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2897  LysR family transcriptional regulator  52.7 
 
 		 329 aa  328  6e-89  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0508899  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1770  LysR family transcriptional regulator  51.69 
 
 		 304 aa  322  4e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3862  transcriptional regulator, LysR family  50.99 
 
 		 301 aa  320  9.999999999999999e-87  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.484372  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4924  LysR family transcriptional regulator  52.15 
 
 		 306 aa  321  9.999999999999999e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4938  transcriptional regulator, LysR family  50.99 
 
 		 301 aa  320  9.999999999999999e-87  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.182259 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3934  LysR family transcriptional regulator  49.66 
 
 		 305 aa  307  1.0000000000000001e-82  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1014  LysR family transcriptional regulator  49.66 
 
 		 347 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.131098  normal  0.240236 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3771  LysR family transcriptional regulator  47.83 
 
 		 312 aa  295  5e-79  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.368263  normal  0.0120548 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1239  transcriptional regulator, LysR family  48.32 
 
 		 310 aa  292  6e-78  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.538859  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2604  transcriptional regulator, LysR family  47.18 
 
 		 310 aa  285  5e-76  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3660  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  44.82 
 
 		 306 aa  278  7e-74  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0626  LysR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 302 aa  269  2.9999999999999997e-71  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000742904  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1230  transcriptional regulator, LysR family  40.81 
 
 		 222 aa  177  2e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06400  transcriptional regulator  31 
 
 		 305 aa  103  3e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.450023  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5012  LysR family transcriptional regulator  25.38 
 
 		 294 aa  102  7e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4029  transcriptional regulator, LysR family  32.79 
 
 		 299 aa  101  1e-20  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.185534  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5618  transcriptional regulator, LysR family  26.32 
 
 		 300 aa  99.8  6e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000121214 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5335  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 294 aa  99  8e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4901  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 294 aa  99  9e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4914  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 294 aa  99  9e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3924  transcriptional regulator, LysR family  26.07 
 
 		 316 aa  99  9e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0055  LysR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 309 aa  97.8  2e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5069  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 294 aa  97.4  3e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5454  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 294 aa  97.4  3e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.533779  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5341  transcriptional regulator, LysR family  24.59 
 
 		 294 aa  97.4  3e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5392  transcriptional regulator, LysR family  25 
 
 		 294 aa  97.1  3e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1345  transcriptional regulator, LysR family  27.36 
 
 		 300 aa  96.7  4e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0839604  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4070  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 297 aa  96.7  4e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.409277  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1113  transcriptional regulator, LysR family  27.46 
 
 		 311 aa  95.9  8e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5310  transcriptional regulator, LysR family  24.59 
 
 		 294 aa  94.7  1e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.1453799999999997e-20 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  26.92 
 
 		 301 aa  94.7  2e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2897  transcriptional regulator, LysR family  25.46 
 
 		 298 aa  94.7  2e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00606116  hitchhiker  0.00007682 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  26.26 
 
 		 317 aa  94.4  2e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3273  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 293 aa  94  3e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.215219 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3454  LysR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 298 aa  92.8  6e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2003  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 291 aa  92.4  8e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4555  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.14 
 
 		 299 aa  92  1e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.633228  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1381  transcriptional regulator, LysR family  27.46 
 
 		 300 aa  91.3  2e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0155943  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5225  transcriptional regulator, LysR family  24.6 
 
 		 316 aa  90.9  2e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0029  LysR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 305 aa  90.9  2e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  25.69 
 
 		 302 aa  91.7  2e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3812  LysR family transcriptional regulator  23.29 
 
 		 321 aa  90.5  3e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  23.55 
 
 		 300 aa  90.1  4e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03200  transcriptional regulator  27.35 
 
 		 300 aa  90.1  4e-17  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2065  LysR family transcriptional regulator  26.25 
 
 		 320 aa  89  9e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.102765  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1708  LysR family transcriptional regulator  24.21 
 
 		 311 aa  88.6  1e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00211796 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0236  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 293 aa  88.2  2e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0946906  normal  0.151625 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6150  LysR family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 295 aa  87.4  3e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0301422 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1650  LysR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 301 aa  87.4  3e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  23.19 
 
 		 300 aa  87  4e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  24.08 
 
 		 310 aa  86.7  5e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6244  transcriptional regulator, LysR family  22.98 
 
 		 296 aa  86.7  5e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.235646  normal  0.352956 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5567  tartrate utilization transcriptional regulator  26.76 
 
 		 305 aa  86.3  7e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.879392  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  22.44 
 
 		 300 aa  85.1  0.000000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2098  LysR family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 312 aa  85.1  0.000000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0305237  normal  0.157419 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1711  LysR family transcriptional regulator  24.8 
 
 		 311 aa  85.1  0.000000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.316204  normal  0.702777 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3939  LysR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 320 aa  84.3  0.000000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  22.44 
 
 		 300 aa  84.3  0.000000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  22.44 
 
 		 300 aa  84  0.000000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7065  transcriptional regulator, LysR family  22.58 
 
 		 296 aa  84  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000862794  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  22.44 
 
 		 300 aa  84  0.000000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  24.07 
 
 		 305 aa  84  0.000000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17790  LysR family transcriptional regulator  25.38 
 
 		 295 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  22.71 
 
 		 300 aa  83.6  0.000000000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4436  transcriptional regulator, LysR family  24.83 
 
 		 288 aa  83.2  0.000000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.53692  normal  0.340151 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1346  LysR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 294 aa  83.2  0.000000000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.638115  normal  0.881858 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1340  putative transcriptional regulator  26.94 
 
 		 302 aa  82.8  0.000000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3561  LysR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 297 aa  82.8  0.000000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2120  LysR family transcriptional regulator  28.2 
 
 		 319 aa  82.8  0.000000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.526762  normal  0.085988 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3802  LysR family transcriptional regulator  27.16 
 
 		 309 aa  82.4  0.000000000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.238076  normal  0.337014 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5722  transcriptional regulator, LysR family  22.18 
 
 		 296 aa  82.4  0.000000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.437697  normal  0.903757 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2198  LysR family transcriptional regulator  25.55 
 
 		 300 aa  82.4  0.000000000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1383  transcriptional regulator, LysR family  26.1 
 
 		 300 aa  82  0.00000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  22.05 
 
 		 300 aa  82.4  0.00000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  22.05 
 
 		 300 aa  82  0.00000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2097  transcriptional regulator, LysR family  24.8 
 
 		 302 aa  81.6  0.00000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1279  LysR family transcriptional regulator  23.39 
 
 		 310 aa  81.6  0.00000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.574858 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2058  transcriptional regulator, LysR family  26.29 
 
 		 299 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.90545  hitchhiker  0.00248149 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2072  LysR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 300 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2291  LysR family transcriptional regulator  25.41 
 
 		 320 aa  81.3  0.00000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.11333  normal  0.519031 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2900  LysR family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 298 aa  81.3  0.00000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6562  transcriptional regulator, LysR family  22.18 
 
 		 296 aa  81.3  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0656  transcriptional regulator, MarR family  26.19 
 
 		 312 aa  81.3  0.00000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4167  LysR substrate-binding protein  26.26 
 
 		 295 aa  81.3  0.00000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.767565  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4603  LysR family transcriptional regulator  26.75 
 
 		 294 aa  81.3  0.00000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0215938 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0144  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 296 aa  80.9  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.287831 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0309  transcriptional regulator, LysR family protein  23.94 
 
 		 289 aa  80.5  0.00000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2179  LysR family transcriptional regulator  25.18 
 
 		 300 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3462  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.26 
 
 		 311 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.356635  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>