More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_3918 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3467  sigma-54 dependent transcriptional regulator, putative  84.97 
 
 
368 aa  642    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.154738  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3248  helix-turn-helix, Fis-type  84.7 
 
 
368 aa  640    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.12684  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3918  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  100 
 
 
367 aa  746    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.84668  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2982  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  82.02 
 
 
367 aa  615  1e-175  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.165911  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2771  sigma-54 dependent transcriptional regulator  81.74 
 
 
367 aa  612  9.999999999999999e-175  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0556  response regulator receiver protein  79.56 
 
 
367 aa  596  1e-169  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.154413  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2162  putative sigma54 specific transcriptional regulator  80.43 
 
 
366 aa  596  1e-169  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0332569  normal  0.224007 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43900  Sigma54-dependent transcriptional activator protein  79.84 
 
 
367 aa  595  1e-169  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2908  putative transcriptional regulator  80.98 
 
 
376 aa  593  1e-168  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.259707  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34210  putative transcriptional regulator  80.71 
 
 
376 aa  593  1e-168  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0247085  normal  0.0127418 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0881  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  65.99 
 
 
373 aa  469  1.0000000000000001e-131  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.588109 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2903  putative transcriptional regulator  60.39 
 
 
361 aa  438  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7716  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  61.65 
 
 
366 aa  438  9.999999999999999e-123  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.416499  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34150  putative transcriptional regulator  60.39 
 
 
361 aa  438  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.093709  normal  0.232942 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3328  response regulator receiver protein  62.5 
 
 
352 aa  434  1e-120  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5791  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  62.13 
 
 
375 aa  421  1e-117  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6156  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  62.13 
 
 
375 aa  421  1e-117  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.164312  normal  0.688082 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6636  putative sigma54 specific transcriptional regulator  60.88 
 
 
375 aa  414  1e-114  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.992107 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6136  putative sigma54 specific transcriptional regulator  59.65 
 
 
389 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0424882  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0564  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  58.9 
 
 
391 aa  404  1e-111  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6033  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  58.38 
 
 
376 aa  394  1e-109  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.516137  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5803  putative sigma54 specific transcriptional regulator  58.97 
 
 
376 aa  392  1e-108  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1567  sigma-54 factor, interaction region  56.16 
 
 
381 aa  394  1e-108  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0116194  hitchhiker  0.0000311693 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2612  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  53.78 
 
 
372 aa  378  1e-104  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3993  putative sigma54 specific transcriptional regulator  53.37 
 
 
375 aa  376  1e-103  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.717934  normal  0.104831 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3526  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  54.49 
 
 
377 aa  375  1e-103  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.658574  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1248  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  50.55 
 
 
373 aa  358  9e-98  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.81595 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22350  sigma54-dependent activator protein  52.63 
 
 
343 aa  323  3e-87  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1772  putative sigma54 specific transcriptional regulator  49.56 
 
 
386 aa  300  2e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1472  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.59 
 
 
451 aa  282  8.000000000000001e-75  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02891  flagellar regulatory protein C  42.57 
 
 
445 aa  281  2e-74  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1016  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.02 
 
 
455 aa  278  1e-73  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.963955  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3049  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.91 
 
 
447 aa  277  2e-73  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0540  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.66 
 
 
445 aa  275  1.0000000000000001e-72  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2442  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.81 
 
 
480 aa  274  1.0000000000000001e-72  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2923  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.74 
 
 
450 aa  273  5.000000000000001e-72  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.726219 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2180  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.2 
 
 
455 aa  270  2.9999999999999997e-71  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4371  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  53.31 
 
 
451 aa  269  5e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.109269  normal  0.91149 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3478  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.96 
 
 
436 aa  268  8e-71  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3932  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  53.31 
 
 
451 aa  268  8e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.215439  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3623  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.33 
 
 
489 aa  268  1e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.568637  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1496  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  53.31 
 
 
451 aa  268  1e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.190196  normal  0.699272 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2805  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.34 
 
 
478 aa  268  1e-70  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.228775  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2563  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.78 
 
 
480 aa  268  1e-70  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00247378 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3555  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.33 
 
 
489 aa  268  1e-70  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.369206  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3471  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.33 
 
 
489 aa  268  1e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5217  sigma-54-binding protein  50.94 
 
 
316 aa  266  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0915  transcriptional regulator FleQ  48.42 
 
 
471 aa  266  2.9999999999999995e-70  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42680  sigma54-dependent response regulator, CbrB  43.38 
 
 
466 aa  266  5e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0884  transcriptional regulator FleQ  48.42 
 
 
471 aa  265  7e-70  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2897  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  52.05 
 
 
473 aa  265  8e-70  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.189439  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1461  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.5 
 
 
459 aa  265  8.999999999999999e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.402822  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1969  sigma-54 dependent transcriptional regulator/response regulator  42.81 
 
 
473 aa  265  1e-69  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.440374  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2109  Fis family transcriptional regulator  47.5 
 
 
473 aa  265  1e-69  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1326  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.45 
 
 
485 aa  265  1e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0976  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  54.82 
 
 
1079 aa  264  2e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0050  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.25 
 
 
515 aa  264  2e-69  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0532507 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2408  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.24 
 
 
482 aa  264  2e-69  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.179219  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1993  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.86 
 
 
486 aa  264  2e-69  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0682  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.89 
 
 
456 aa  264  2e-69  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.105475  normal  0.791887 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0629  sigma-54 dependent transcriptional regulator  54.39 
 
 
342 aa  264  2e-69  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3981  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  50.78 
 
 
433 aa  264  2e-69  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2629  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.45 
 
 
483 aa  263  3e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.14604  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0775  helix-turn-helix, Fis-type  50.39 
 
 
457 aa  263  3e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.118214 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0916  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.81 
 
 
480 aa  263  3e-69  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3749  Sigma 54 interacting domain protein  53.59 
 
 
596 aa  263  3e-69  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.552068  normal  0.248061 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1719  flagellar regulatory protein C  51.15 
 
 
479 aa  263  3e-69  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0473988  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1287  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.73 
 
 
452 aa  263  4e-69  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.541874  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0922  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  54.42 
 
 
462 aa  263  4e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.554455  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1405  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.03 
 
 
478 aa  263  4e-69  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000117702 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1726  hypothetical protein  44.55 
 
 
437 aa  263  4.999999999999999e-69  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1726  hypothetical protein  44.24 
 
 
437 aa  263  4.999999999999999e-69  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0327  sigma-54 factor, interaction region  47.99 
 
 
316 aa  263  4.999999999999999e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.768789  normal  0.257375 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3842  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.5 
 
 
459 aa  263  4.999999999999999e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0615627  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31690  Sigma54 -dependent activator protein  51.14 
 
 
309 aa  263  4.999999999999999e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0168  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.82 
 
 
459 aa  262  6e-69  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.564625  normal  0.730975 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1003  nitrogen regulation protein NR(I)  43.15 
 
 
481 aa  262  6.999999999999999e-69  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.158383  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2533  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.14 
 
 
483 aa  262  6.999999999999999e-69  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4389  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.9 
 
 
495 aa  262  8e-69  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.205713  normal  0.107293 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1810  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.94 
 
 
482 aa  261  1e-68  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00345901 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0027  sigma-54 dependent transcriptional regulator/response regulator  44.58 
 
 
455 aa  261  1e-68  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4307  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  54.04 
 
 
635 aa  261  1e-68  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.056389 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3581  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46 
 
 
490 aa  261  1e-68  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0374719 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0595  helix-turn-helix, Fis-type  41.6 
 
 
459 aa  261  1e-68  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0029  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.58 
 
 
455 aa  261  1e-68  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.59486  normal  0.125276 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0812  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  52.74 
 
 
453 aa  261  1e-68  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0257022  hitchhiker  0.00000328811 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0709  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  53.97 
 
 
342 aa  261  1e-68  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.821581  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0079  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.83 
 
 
433 aa  261  1e-68  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.819278  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0236  sigma-54 transcriptional regulatory protein  53.97 
 
 
342 aa  261  1e-68  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.143809  normal  0.138456 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4853  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  53.91 
 
 
457 aa  261  1e-68  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.231814  hitchhiker  0.00735887 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0978  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  54.39 
 
 
466 aa  261  1e-68  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0932912  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1510  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.74 
 
 
448 aa  261  1e-68  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1129  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  41.74 
 
 
453 aa  261  2e-68  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2984  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.18 
 
 
458 aa  260  2e-68  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.826768  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4240  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.41 
 
 
469 aa  260  2e-68  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3450  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.32 
 
 
448 aa  261  2e-68  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2245  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.85 
 
 
460 aa  261  2e-68  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0964  sigma-54 dependent transcriptional regulator/response regulator  43.98 
 
 
478 aa  260  3e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50180  two-component response regulator  51.87 
 
 
473 aa  260  3e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.966541  hitchhiker  0.00555849 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1276  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.21 
 
 
459 aa  259  4e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>