More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4210 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_4210  response regulator receiver protein  100 
 
 		 123 aa  235  2e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00926762  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4555  response regulator receiver protein  81.67 
 
 		 123 aa  194  3e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0504  response regulator receiver protein  64.96 
 
 		 129 aa  157  4e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0548558  normal  0.11151 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0573  response regulator receiver protein  63.25 
 
 		 129 aa  154  5.0000000000000005e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.087024  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2226  response regulator receiver protein  63.25 
 
 		 129 aa  154  5.0000000000000005e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.561592  normal  0.814785 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0669  response regulator receiver protein  47.06 
 
 		 123 aa  113  6.9999999999999995e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4150  response regulator receiver protein  46.61 
 
 		 125 aa  112  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.583085 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2649  response regulator receiver protein  46.15 
 
 		 122 aa  111  3e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.857048  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0171  response regulator receiver protein  44.74 
 
 		 122 aa  108  3e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1472  response regulator receiver protein  43.86 
 
 		 122 aa  108  3e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.413604  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1805  response regulator receiver protein  44.74 
 
 		 122 aa  108  3e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.422276 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1632  response regulator receiver  45.76 
 
 		 123 aa  106  9.000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1901  response regulator receiver protein  44.07 
 
 		 125 aa  105  2e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3778  response regulator receiver domain-containing protein  45.3 
 
 		 124 aa  104  4e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0237  response regulator receiver protein  45.9 
 
 		 124 aa  103  5e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000555979 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2029  response regulator receiver protein  46.61 
 
 		 124 aa  103  1e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.371136 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2695  response regulator receiver domain-containing protein  50 
 
 		 186 aa  102  2e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00269866  normal  0.78823 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1501  response regulator receiver protein  44.83 
 
 		 132 aa  99.4  2e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.153095  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2054  response regulator receiver protein  43.22 
 
 		 140 aa  98.6  2e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0880044 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6002  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.28 
 
 		 243 aa  97.8  4e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.472724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1748  response regulator receiver  41.18 
 
 		 123 aa  97.1  7e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.122601  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1751  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.17 
 
 		 234 aa  95.1  2e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0747  response regulator receiver protein  42.98 
 
 		 121 aa  95.5  2e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2219  response regulator  40.68 
 
 		 123 aa  95.1  3e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4125  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.34 
 
 		 230 aa  94.7  4e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.125271  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1011  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.26 
 
 		 231 aa  94.4  4e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4009  two component transcriptional regulator  42.34 
 
 		 230 aa  94.7  4e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00751412  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4151  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.34 
 
 		 230 aa  94.4  4e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1786  response regulator receiver protein  47.46 
 
 		 120 aa  94.7  4e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00311899  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0603  two component transcriptional regulator  39.83 
 
 		 233 aa  94  6e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0519325  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5113  response regulator receiver protein  41.03 
 
 		 121 aa  94  6e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0202  two component transcriptional regulator  43.22 
 
 		 233 aa  92.8  1e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.382528  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1735  histidine kinase  37.7 
 
 		 1343 aa  92.8  1e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.260049  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2474  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.71 
 
 		 227 aa  92.4  2e-18  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0950849  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0483  two component transcriptional regulator  40.68 
 
 		 229 aa  92.8  2e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.342081  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03764  two-component system regulatory protein  44.54 
 
 		 247 aa  92.8  2e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0329  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.61 
 
 		 231 aa  91.7  3e-18  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0695  response regulator receiver  34.71 
 
 		 170 aa  92  3e-18  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.412637  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0640  two component transcriptional regulator  42.37 
 
 		 233 aa  91.7  3e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.772339  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0609  DNA-binding response regulator  38.52 
 
 		 231 aa  92  3e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000282114  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5261  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.37 
 
 		 237 aa  91.3  4e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.909356  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0623  DNA-binding response regulator  38.52 
 
 		 231 aa  91.3  5e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000212568  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2922  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.98 
 
 		 230 aa  90.5  6e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.221617  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0791  response regulator receiver domain-containing protein  35.29 
 
 		 125 aa  90.1  8e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00778943 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2401  phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB  41.18 
 
 		 229 aa  90.1  8e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2185  response regulator receiver  37.07 
 
 		 356 aa  90.5  8e-18  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3143  response regulator receiver protein  37.29 
 
 		 124 aa  90.1  9e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4918  two component transcriptional regulator  42.37 
 
 		 234 aa  90.1  9e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.134814 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1955  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.5 
 
 		 236 aa  89.7  1e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.295041  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1100  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.86 
 
 		 236 aa  90.1  1e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000182155 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0997  response regulator receiver  43.7 
 
 		 228 aa  89.4  1e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0357  DNA-binding response regulator CreB  43.7 
 
 		 226 aa  89.4  1e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.501858  normal  0.680539 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3767  response regulator receiver protein  38.21 
 
 		 124 aa  89  2e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0858272 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1991  two component transcriptional regulator  40.68 
 
 		 235 aa  89  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0185  DNA-binding response regulator CreB  40.83 
 
 		 226 aa  88.6  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0399  two component transcriptional regulator  41.96 
 
 		 272 aa  89  2e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.802217  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1652  DNA-binding response regulator CreB  41.38 
 
 		 232 aa  89.4  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1509  response regulator receiver protein  44.04 
 
 		 137 aa  89  2e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0758  response regulator receiver protein  38.98 
 
 		 132 aa  88.6  2e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0540632 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0360  DNA-binding response regulator CreB  42.86 
 
 		 226 aa  89  2e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.48199  normal  0.18469 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0415  two component transcriptional regulator  41.44 
 
 		 231 aa  89  2e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.777838 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2427  response regulator receiver protein  36.44 
 
 		 159 aa  88.6  3e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.468058 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0772  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.79 
 
 		 233 aa  88.6  3e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2662  two component transcriptional regulator, winged helix family  40 
 
 		 231 aa  88.6  3e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3134  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.13 
 
 		 500 aa  88.2  3e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.952243  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0508  response regulator receiver domain-containing protein  36.97 
 
 		 121 aa  88.6  3e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.481314  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0766  two component signal transduction response regulator  39.84 
 
 		 121 aa  88.2  3e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  2.87435e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1714  response regulator receiver protein  37.1 
 
 		 126 aa  88.6  3e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1739  response regulator receiver protein  37.1 
 
 		 126 aa  88.6  3e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0880  two component transcriptional regulator  37.93 
 
 		 236 aa  88.6  3e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0743  response regulator receiver protein  40 
 
 		 132 aa  88.2  3e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4050  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.51 
 
 		 227 aa  88.2  3e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00552008  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1916  two component transcriptional regulator  42.28 
 
 		 228 aa  88.2  3e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.400732  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1944  two component transcriptional regulator  39.66 
 
 		 238 aa  87.8  4e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0842  response regulator receiver protein  37.93 
 
 		 390 aa  88.2  4e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.884409  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4952  response regulator receiver protein  36.97 
 
 		 121 aa  88.2  4e-17  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.699568  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0170  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.29 
 
 		 232 aa  87.8  4e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8520  response regulator receiver protein  43.7 
 
 		 224 aa  87.8  5e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.697367 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1997  two component transcriptional regulator  37.9 
 
 		 234 aa  87.8  5e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000742772  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0588  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.34 
 
 		 226 aa  87.4  6e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.944339  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3814  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.61 
 
 		 1131 aa  87.4  6e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.257486 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0030  two component transcriptional regulator  44.25 
 
 		 282 aa  87.4  6e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.815374  normal  0.380288 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0511  phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB  40.68 
 
 		 234 aa  87  7e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.473137 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0781  two component transcriptional regulator  41.53 
 
 		 233 aa  87  7e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.174075 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0893  winged helix family two component transcriptional regulator  41.53 
 
 		 233 aa  87  7e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0789  response regulator receiver protein  39.64 
 
 		 278 aa  87  7e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3155  two component transcriptional regulator  42.59 
 
 		 228 aa  87  7e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1487  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.82 
 
 		 232 aa  87  7e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.487145  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0221  GAF sensor hybrid histidine kinase  40.71 
 
 		 1651 aa  87  8e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2044  response regulator receiver protein  37.93 
 
 		 123 aa  87  8e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0300859  normal  0.405857 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1911  two component transcriptional regulator  41.94 
 
 		 229 aa  86.7  9e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.258551 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3962  two component transcriptional regulator  39.66 
 
 		 221 aa  86.3  1e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1866  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.79 
 
 		 326 aa  86.3  1e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0721  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.18 
 
 		 233 aa  86.3  1e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.811558  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0804  two component transcriptional regulator  39.02 
 
 		 236 aa  85.9  1e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.324741  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3248  response regulator receiver protein  33.61 
 
 		 121 aa  86.7  1e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.500247 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5381  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.21 
 
 		 235 aa  86.7  1e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0242785  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1419  two component transcriptional regulator  42.02 
 
 		 231 aa  85.9  2e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0720218  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2749  response regulator receiver domain-containing protein  38.02 
 
 		 436 aa  85.5  2e-16  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13280  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.5 
 
 		 227 aa  85.9  2e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536961  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>