229 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0636 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0636  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  100 
 
 		 143 aa  278  2e-74  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00765778  normal  0.516786 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0024  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  81.16 
 
 		 141 aa  226  1e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1366  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  78.01 
 
 		 141 aa  224  3e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0034  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  78.57 
 
 		 141 aa  224  4e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2666  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  68.38 
 
 		 139 aa  194  2.0000000000000003e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3342  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  71.43 
 
 		 140 aa  190  6e-48  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0026  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  66.67 
 
 		 139 aa  181  2.0000000000000003e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.900765 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0332  class I peptide chain release factor  59.7 
 
 		 140 aa  142  1e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.451275  normal  0.841401 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1523  hypothetical protein  56.39 
 
 		 141 aa  140  5e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.331021  normal  0.193244 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1725  class I peptide chain release factor  51.43 
 
 		 140 aa  134  5e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0208717  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2547  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  51.85 
 
 		 139 aa  128  3e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.256849  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3167  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  50.75 
 
 		 139 aa  128  3e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.519033  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3071  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  50.37 
 
 		 140 aa  126  9.000000000000001e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4768  Class I peptide chain release factor  58.91 
 
 		 141 aa  124  3e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.561656  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1373  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  44.2 
 
 		 140 aa  124  6e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.150956 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1970  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  48.55 
 
 		 137 aa  123  7e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0828493  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4856  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  50.38 
 
 		 139 aa  123  8.000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4258  class I peptide chain release factor  57.36 
 
 		 141 aa  123  9e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0245  class I peptide chain release factor  50 
 
 		 140 aa  122  2e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.84131  normal  0.608303 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1309  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  51.45 
 
 		 137 aa  120  6e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.892435  normal  0.470671 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3102  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  51.49 
 
 		 144 aa  120  7e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.614248  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3695  class I peptide chain release factor  49.29 
 
 		 143 aa  120  8e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.681232 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0097  class I peptide chain release factor  50.38 
 
 		 140 aa  119  9.999999999999999e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3971  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  55.56 
 
 		 146 aa  119  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4177  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  48.15 
 
 		 139 aa  119  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.378927  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4033  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  49.63 
 
 		 139 aa  119  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.471406  normal  0.87398 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53030  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  48.53 
 
 		 137 aa  118  3e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1390  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  48.89 
 
 		 140 aa  117  3.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.884369 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2829  Class I peptide chain release factor  46.32 
 
 		 137 aa  117  3.9999999999999996e-26  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02765  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  48.51 
 
 		 143 aa  117  4.9999999999999996e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.489905  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1242  class I peptide chain release factor  48.46 
 
 		 139 aa  117  4.9999999999999996e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00357715 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4298  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  54.81 
 
 		 147 aa  117  4.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4649  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  47.79 
 
 		 137 aa  117  6e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3428  Class I peptide chain release factor  54.14 
 
 		 141 aa  117  6e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1494  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  47.06 
 
 		 137 aa  117  7.999999999999999e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.129787  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3579  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  46.32 
 
 		 137 aa  116  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.440076  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3557  Class I peptide chain release factor  54.14 
 
 		 140 aa  115  9.999999999999999e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.450326  normal  0.411853 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3233  class I peptide chain release factor  54.14 
 
 		 140 aa  115  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.521154 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3713  Class I peptide chain release factor  49.61 
 
 		 140 aa  115  1.9999999999999998e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.116579 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3468  class I peptide chain release factor  48.55 
 
 		 138 aa  114  3e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0041  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  54.14 
 
 		 144 aa  114  3.9999999999999997e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1709  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  50 
 
 		 139 aa  114  3.9999999999999997e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.44949 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0179  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  50.76 
 
 		 143 aa  114  3.9999999999999997e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1818  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  45.59 
 
 		 137 aa  114  5e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3254  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  53.33 
 
 		 144 aa  114  5e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2919  class I peptide chain release factor  43.8 
 
 		 137 aa  114  5e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0177067  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0890  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  43.48 
 
 		 138 aa  113  6.9999999999999995e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.245575  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0634  class I peptide chain release factor  42.86 
 
 		 140 aa  113  1.0000000000000001e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1045  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  47.06 
 
 		 137 aa  113  1.0000000000000001e-24  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.290835  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000501  class I peptide chain release factor  44.12 
 
 		 137 aa  112  2.0000000000000002e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00818872  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2849  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  53.17 
 
 		 134 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.10078  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2541  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  49.24 
 
 		 140 aa  111  3e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2737  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  49.6 
 
 		 169 aa  111  3e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0919  class I peptide chain release factor  53.12 
 
 		 136 aa  110  5e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0875  class I peptide chain release factor  45.99 
 
 		 138 aa  110  5e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.174449  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1767  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  51.59 
 
 		 134 aa  110  6e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1191  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  51.59 
 
 		 134 aa  110  6e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.273593  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0678  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  51.59 
 
 		 134 aa  110  6e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.283064  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1388  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  51.59 
 
 		 134 aa  110  6e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1392  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  51.59 
 
 		 134 aa  110  6e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.367103  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0474  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  51.59 
 
 		 134 aa  110  6e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.578239  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0430  class I peptide chain release factor  45.39 
 
 		 141 aa  110  7.000000000000001e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3557  hypothetical protein  50.42 
 
 		 136 aa  110  7.000000000000001e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1684  Class I peptide chain release factor  45.59 
 
 		 138 aa  110  8.000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.270418  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1522  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  50.79 
 
 		 134 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.876893  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2409  class I peptide chain release factor  45.38 
 
 		 140 aa  109  1.0000000000000001e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0842293  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2442  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  46.32 
 
 		 137 aa  109  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0547672  normal  0.232418 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3201  hypothetical protein  43.48 
 
 		 137 aa  108  2.0000000000000002e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2086  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  47.1 
 
 		 133 aa  109  2.0000000000000002e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2946  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  46.32 
 
 		 137 aa  108  3e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.661173  normal  0.230853 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0830  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  50.36 
 
 		 157 aa  108  3e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.367677  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4041  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  45.59 
 
 		 137 aa  108  3e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.733627 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0173  class I peptide chain release factor  44.12 
 
 		 137 aa  108  3e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.221041  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0012  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  42.65 
 
 		 137 aa  107  5e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3760  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  45.26 
 
 		 137 aa  107  7.000000000000001e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000181211  normal  0.0838449 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2164  Class I peptide chain release factor  48.53 
 
 		 137 aa  106  1e-22  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4087  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  41.35 
 
 		 142 aa  105  1e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4400  peptidyl-tRNA hydrolase domain-containing protein  41.91 
 
 		 137 aa  105  2e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.485154  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4325  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  44.93 
 
 		 134 aa  105  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0375174  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1100  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  44.2 
 
 		 134 aa  105  2e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05388  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  41.91 
 
 		 137 aa  105  2e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2088  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  49.64 
 
 		 178 aa  104  3e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.273821  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1100  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  44.2 
 
 		 134 aa  105  3e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.910918  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1190  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  44.93 
 
 		 134 aa  104  3e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.285712  normal  0.465318 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0736  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  44.93 
 
 		 134 aa  104  3e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.564723  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1217  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  44.93 
 
 		 134 aa  104  3e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.29015  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3411  Class I peptide chain release factor  42.75 
 
 		 140 aa  104  4e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3229  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  44.85 
 
 		 137 aa  103  6e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.168853  normal  0.123551 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1772  Class I peptide chain release factor  47.79 
 
 		 139 aa  103  6e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0992468  normal  0.67648 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1981  Class I peptide chain release factor  45.93 
 
 		 136 aa  103  6e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.0000274722  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0203  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  42.75 
 
 		 140 aa  103  7e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0550  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  39.85 
 
 		 137 aa  103  7e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6400  Class I peptide chain release factor  45.07 
 
 		 140 aa  103  8e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3592  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  40.6 
 
 		 138 aa  103  8e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0535  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  41.35 
 
 		 140 aa  103  8e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000252738  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34690  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  45.59 
 
 		 137 aa  103  9e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.370131  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2008  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  48.91 
 
 		 178 aa  103  9e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0938485  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0194  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  42.75 
 
 		 140 aa  103  1e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0185  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  42.75 
 
 		 140 aa  103  1e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0512  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  43.61 
 
 		 137 aa  102  1e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>