212 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0041 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_0041  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  100 
 
 		 144 aa  287  4e-77  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3971  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  85.11 
 
 		 146 aa  218  1.9999999999999999e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4298  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  84.4 
 
 		 147 aa  218  1.9999999999999999e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3254  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  80.56 
 
 		 144 aa  211  3.9999999999999995e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3695  class I peptide chain release factor  53.73 
 
 		 143 aa  138  3e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.681232 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2666  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  53.96 
 
 		 139 aa  137  7e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3501  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  59.26 
 
 		 143 aa  135  2e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0332  class I peptide chain release factor  53.57 
 
 		 140 aa  134  5e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.451275  normal  0.841401 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0430  class I peptide chain release factor  55.64 
 
 		 141 aa  132  1.9999999999999998e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3428  Class I peptide chain release factor  58.2 
 
 		 141 aa  131  3e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1523  hypothetical protein  53.38 
 
 		 141 aa  130  6e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.331021  normal  0.193244 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0026  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  52.24 
 
 		 139 aa  130  6.999999999999999e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.900765 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0179  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  50 
 
 		 143 aa  130  7.999999999999999e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02765  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  52.17 
 
 		 143 aa  129  2.0000000000000002e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.489905  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0830  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  61.31 
 
 		 157 aa  129  2.0000000000000002e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.367677  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0024  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  54.29 
 
 		 141 aa  128  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3233  class I peptide chain release factor  56.12 
 
 		 140 aa  128  3e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.521154 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3557  Class I peptide chain release factor  57.14 
 
 		 140 aa  125  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.450326  normal  0.411853 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1725  class I peptide chain release factor  54.14 
 
 		 140 aa  125  2.0000000000000002e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0208717  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0636  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  54.14 
 
 		 143 aa  124  4.0000000000000003e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00765778  normal  0.516786 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1366  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  53.38 
 
 		 141 aa  123  7e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0034  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  53.38 
 
 		 141 aa  123  9e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2088  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  58.87 
 
 		 178 aa  122  2e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.273821  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2541  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  49.25 
 
 		 140 aa  121  2e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2008  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  58.99 
 
 		 178 aa  120  5e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0938485  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0012  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  45.99 
 
 		 137 aa  119  9.999999999999999e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3102  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  47.83 
 
 		 144 aa  119  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.614248  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0245  class I peptide chain release factor  48.53 
 
 		 140 aa  119  9.999999999999999e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.84131  normal  0.608303 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3342  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  53.33 
 
 		 140 aa  118  1.9999999999999998e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0634  class I peptide chain release factor  47.1 
 
 		 140 aa  117  3.9999999999999996e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4258  class I peptide chain release factor  58.21 
 
 		 141 aa  117  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4177  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  51.88 
 
 		 139 aa  117  4.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.378927  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4033  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  51.88 
 
 		 139 aa  116  9e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.471406  normal  0.87398 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4768  Class I peptide chain release factor  55.12 
 
 		 141 aa  115  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.561656  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4856  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  49.62 
 
 		 139 aa  114  3e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2547  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  49.26 
 
 		 139 aa  115  3e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.256849  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0097  class I peptide chain release factor  50.72 
 
 		 140 aa  114  3e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3167  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  52.31 
 
 		 139 aa  114  3.9999999999999997e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.519033  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1242  class I peptide chain release factor  44.12 
 
 		 139 aa  114  6e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00357715 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1970  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  48.12 
 
 		 137 aa  112  2.0000000000000002e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0828493  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3201  hypothetical protein  49.63 
 
 		 137 aa  112  2.0000000000000002e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0890  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  42.45 
 
 		 138 aa  111  4.0000000000000004e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.245575  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2352  class I peptide chain release factor  49.61 
 
 		 138 aa  110  6e-24  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1981  Class I peptide chain release factor  45.99 
 
 		 136 aa  110  8.000000000000001e-24  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.0000274722  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2737  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  47.33 
 
 		 169 aa  110  9e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1390  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  55.17 
 
 		 140 aa  108  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.884369 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1858  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  48.33 
 
 		 135 aa  107  4.0000000000000004e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.102554  normal  0.117146 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3071  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  46.04 
 
 		 140 aa  107  4.0000000000000004e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2126  Class I peptide chain release factor  47.37 
 
 		 134 aa  107  5e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.44766  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1494  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  46.72 
 
 		 137 aa  106  9.000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.129787  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1045  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  46.62 
 
 		 137 aa  105  2e-22  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.290835  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2742  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  47.11 
 
 		 134 aa  105  2e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0464887 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4400  peptidyl-tRNA hydrolase domain-containing protein  42.22 
 
 		 137 aa  104  4e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.485154  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000501  class I peptide chain release factor  44.44 
 
 		 137 aa  104  4e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00818872  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53030  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  45.99 
 
 		 137 aa  104  5e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2919  class I peptide chain release factor  44.44 
 
 		 137 aa  104  5e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0177067  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3224  hypothetical protein  44.78 
 
 		 139 aa  103  8e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3713  Class I peptide chain release factor  47.2 
 
 		 140 aa  103  8e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.116579 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4649  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  45.26 
 
 		 137 aa  103  1e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0128  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  42.22 
 
 		 139 aa  102  2e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2216  Class I peptide chain release factor  42.34 
 
 		 136 aa  102  2e-21  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05388  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  42.96 
 
 		 137 aa  102  2e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0875  class I peptide chain release factor  41.01 
 
 		 138 aa  101  3e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.174449  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6400  Class I peptide chain release factor  41.43 
 
 		 140 aa  101  3e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2164  Class I peptide chain release factor  43.8 
 
 		 137 aa  101  4e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1612  class I peptide chain release factor  45.07 
 
 		 141 aa  101  4e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.554845  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2102  Class I peptide chain release factor  45.07 
 
 		 141 aa  101  4e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0149  Class I peptide chain release factor  43.36 
 
 		 146 aa  100  5e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1709  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  48.87 
 
 		 139 aa  100  7e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.44949 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0536  class I peptide chain release factor  46.61 
 
 		 133 aa  100  7e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2409  class I peptide chain release factor  43.51 
 
 		 140 aa  100  7e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0842293  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2228  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  43.61 
 
 		 146 aa  100  8e-21  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1147  Class I peptide chain release factor  45.26 
 
 		 142 aa  100  8e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1684  Class I peptide chain release factor  43.07 
 
 		 138 aa  100  9e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.270418  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0828  class I peptide chain release factor  44.6 
 
 		 143 aa  99.8  1e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.084227  normal  0.577316 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3579  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  43.8 
 
 		 137 aa  99  2e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.440076  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2864  Class I peptide chain release factor  45.11 
 
 		 137 aa  98.6  2e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.10878  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3229  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  43.8 
 
 		 137 aa  98.6  2e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.168853  normal  0.123551 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0598  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  44.2 
 
 		 147 aa  98.6  2e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.104756  normal  0.0423062 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4041  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  43.07 
 
 		 137 aa  98.6  3e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.733627 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34690  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  44.53 
 
 		 137 aa  98.2  3e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.370131  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1772  Class I peptide chain release factor  43.17 
 
 		 139 aa  97.8  4e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0992468  normal  0.67648 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2442  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  43.61 
 
 		 137 aa  97.4  5e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0547672  normal  0.232418 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1036  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  41.26 
 
 		 146 aa  97.4  5e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.501059  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3412  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  41.26 
 
 		 146 aa  97.4  5e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.44659  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1089  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  41.26 
 
 		 146 aa  97.4  5e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.900586  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0215  Class I peptide chain release factor  46.85 
 
 		 132 aa  97.1  7e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1818  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  43.07 
 
 		 137 aa  96.7  1e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1373  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  41.86 
 
 		 140 aa  96.3  1e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.150956 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0246  release factors family protein  46.46 
 
 		 134 aa  96.3  1e-19  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1842  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  44.09 
 
 		 135 aa  96.3  1e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2072  class I peptide chain release factor  47.93 
 
 		 138 aa  95.9  2e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0774225  normal  0.971682 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2836  class I peptide chain release factor  39.42 
 
 		 137 aa  95.5  2e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1495  class I peptide chain release factor  43.61 
 
 		 137 aa  95.5  2e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000011773 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1309  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  45.26 
 
 		 137 aa  95.5  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.892435  normal  0.470671 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2946  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  42.34 
 
 		 137 aa  95.1  3e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.661173  normal  0.230853 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1377  class I peptide chain release factor  41.43 
 
 		 138 aa  94.7  3e-19  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000189898 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0867  class I peptide chain release factor  40.15 
 
 		 137 aa  94  7e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.485704  normal  0.838908 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0173  class I peptide chain release factor  40.88 
 
 		 137 aa  93.6  8e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.221041  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3557  hypothetical protein  48.72 
 
 		 136 aa  93.6  8e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>