279 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_1709 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_1709  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  100 
 
 
139 aa  274  3e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.44949 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4177  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  78.42 
 
 
139 aa  218  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.378927  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4033  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  78.42 
 
 
139 aa  216  1e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.471406  normal  0.87398 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1390  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  77.86 
 
 
140 aa  211  2.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.884369 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3167  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  75.54 
 
 
139 aa  211  2.9999999999999995e-54  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.519033  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4856  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  73.38 
 
 
139 aa  207  4e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2547  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  74.44 
 
 
139 aa  197  3e-50  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.256849  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0332  class I peptide chain release factor  58.65 
 
 
140 aa  157  4e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.451275  normal  0.841401 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3695  class I peptide chain release factor  54.29 
 
 
143 aa  140  4e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.681232 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2541  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  55.64 
 
 
140 aa  139  9.999999999999999e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4041  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  51.82 
 
 
137 aa  139  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.733627 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1523  hypothetical protein  52.31 
 
 
141 aa  139  1.9999999999999998e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.331021  normal  0.193244 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2442  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  51.82 
 
 
137 aa  139  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0547672  normal  0.232418 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34690  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  53.38 
 
 
137 aa  137  4.999999999999999e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.370131  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2946  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  51.09 
 
 
137 aa  137  4.999999999999999e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.661173  normal  0.230853 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1494  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  50.36 
 
 
137 aa  137  4.999999999999999e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.129787  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1309  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  51.82 
 
 
137 aa  137  6e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.892435  normal  0.470671 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3428  Class I peptide chain release factor  63.56 
 
 
141 aa  136  8.999999999999999e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0830  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  56.12 
 
 
157 aa  135  2e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.367677  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3229  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  51.09 
 
 
137 aa  135  2e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.168853  normal  0.123551 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3557  Class I peptide chain release factor  59.7 
 
 
140 aa  134  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.450326  normal  0.411853 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3233  class I peptide chain release factor  59.7 
 
 
140 aa  134  4e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.521154 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1725  class I peptide chain release factor  51.49 
 
 
140 aa  134  5e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0208717  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0634  class I peptide chain release factor  51.43 
 
 
140 aa  133  6.0000000000000005e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0430  class I peptide chain release factor  51.13 
 
 
141 aa  132  9.999999999999999e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2088  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  55.4 
 
 
178 aa  132  1.9999999999999998e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.273821  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0097  class I peptide chain release factor  51.88 
 
 
140 aa  132  1.9999999999999998e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3071  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  52.86 
 
 
140 aa  131  3e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53030  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  49.64 
 
 
137 aa  131  3e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1366  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  52.99 
 
 
141 aa  131  3.9999999999999996e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0034  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  52.99 
 
 
141 aa  130  5e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1045  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  49.62 
 
 
137 aa  130  6e-30  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.290835  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3760  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  49.62 
 
 
137 aa  130  6.999999999999999e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000181211  normal  0.0838449 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4649  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  48.91 
 
 
137 aa  130  7.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0024  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  52.99 
 
 
141 aa  129  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3579  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  48.91 
 
 
137 aa  129  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.440076  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2008  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  54.68 
 
 
178 aa  129  1.0000000000000001e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0938485  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1818  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  48.91 
 
 
137 aa  128  3e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2849  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  51.59 
 
 
134 aa  127  6e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.10078  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0474  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  52.38 
 
 
134 aa  125  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.578239  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1767  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  52.38 
 
 
134 aa  125  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1392  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  52.38 
 
 
134 aa  125  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.367103  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1191  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  52.38 
 
 
134 aa  125  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.273593  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2298  class I peptide chain release factor  49.61 
 
 
146 aa  126  1.0000000000000001e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.956925 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1842  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  48.84 
 
 
135 aa  126  1.0000000000000001e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1388  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  52.38 
 
 
134 aa  125  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0678  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  52.38 
 
 
134 aa  125  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.283064  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0636  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  50 
 
 
143 aa  126  1.0000000000000001e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00765778  normal  0.516786 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4400  peptidyl-tRNA hydrolase domain-containing protein  50.76 
 
 
137 aa  124  3e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.485154  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1858  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  49.19 
 
 
135 aa  124  3e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.102554  normal  0.117146 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1522  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  51.59 
 
 
134 aa  124  4.0000000000000003e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.876893  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3201  hypothetical protein  47.83 
 
 
137 aa  124  4.0000000000000003e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1970  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  44.7 
 
 
137 aa  122  1e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0828493  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2742  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  49.19 
 
 
134 aa  122  2e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0464887 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2666  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  47.76 
 
 
139 aa  122  2e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1684  Class I peptide chain release factor  46.62 
 
 
138 aa  122  2e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.270418  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2102  Class I peptide chain release factor  50 
 
 
141 aa  122  2e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1612  class I peptide chain release factor  50 
 
 
141 aa  122  2e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.554845  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3411  Class I peptide chain release factor  46.62 
 
 
140 aa  121  3e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3102  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  49.64 
 
 
144 aa  121  3e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.614248  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1386  class I peptide chain release factor  48.41 
 
 
141 aa  121  3e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.402498  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2126  Class I peptide chain release factor  48.39 
 
 
134 aa  120  4e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.44766  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0203  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  46.62 
 
 
140 aa  121  4e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1772  Class I peptide chain release factor  51.88 
 
 
139 aa  120  5e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0992468  normal  0.67648 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2919  class I peptide chain release factor  45.86 
 
 
137 aa  120  8e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0177067  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4768  Class I peptide chain release factor  57.36 
 
 
141 aa  120  9e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.561656  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0179  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  50 
 
 
143 aa  119  9.999999999999999e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4258  class I peptide chain release factor  55.56 
 
 
141 aa  119  9.999999999999999e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0194  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  45.86 
 
 
140 aa  119  9.999999999999999e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0196  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  45.86 
 
 
140 aa  119  9.999999999999999e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0185  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  45.86 
 
 
140 aa  119  9.999999999999999e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00190  hypothetical protein  45.86 
 
 
140 aa  119  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.40568  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00189  hypothetical protein  45.86 
 
 
140 aa  119  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.420944  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02765  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  47.83 
 
 
143 aa  118  1.9999999999999998e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.489905  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0202  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  45.19 
 
 
136 aa  118  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.869706  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1036  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  46.62 
 
 
146 aa  119  1.9999999999999998e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.501059  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3412  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  46.62 
 
 
146 aa  119  1.9999999999999998e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.44659  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1089  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  46.62 
 
 
146 aa  119  1.9999999999999998e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.900586  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0173  class I peptide chain release factor  46.62 
 
 
137 aa  118  3e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.221041  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0838  class I peptide chain release factor  45.26 
 
 
137 aa  117  3.9999999999999996e-26  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.329463 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2304  class I peptide chain release factor  52.38 
 
 
148 aa  117  3.9999999999999996e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.47623  hitchhiker  0.00332943 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0867  class I peptide chain release factor  43.8 
 
 
137 aa  117  4.9999999999999996e-26  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.485704  normal  0.838908 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000501  class I peptide chain release factor  48.36 
 
 
137 aa  117  6e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00818872  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3468  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  45.11 
 
 
140 aa  117  7e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.437856 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0278  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  45.86 
 
 
140 aa  116  9e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.292576  normal  0.437885 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0262  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  45.86 
 
 
140 aa  116  9e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.430585  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0281  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  45.86 
 
 
140 aa  116  9e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0262  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  45.86 
 
 
140 aa  116  9e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.232254  normal  0.925704 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0267  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  45.86 
 
 
140 aa  116  9e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.122717 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2829  Class I peptide chain release factor  45.11 
 
 
137 aa  115  1.9999999999999998e-25  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1495  class I peptide chain release factor  45.45 
 
 
137 aa  115  1.9999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000011773 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2164  Class I peptide chain release factor  45.45 
 
 
137 aa  115  1.9999999999999998e-25  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1242  class I peptide chain release factor  46.92 
 
 
139 aa  115  1.9999999999999998e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00357715 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0012  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  46.21 
 
 
137 aa  115  1.9999999999999998e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1617  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  48.46 
 
 
134 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.599417 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2086  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  47.58 
 
 
133 aa  115  3e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2864  Class I peptide chain release factor  51.97 
 
 
137 aa  114  3e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.10878  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1147  Class I peptide chain release factor  45.11 
 
 
142 aa  114  3e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3342  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  52.24 
 
 
140 aa  114  3.9999999999999997e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05388  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  48.36 
 
 
137 aa  114  3.9999999999999997e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>