257 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_4033 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_4033  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  100 
 
 
139 aa  273  5e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.471406  normal  0.87398 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4177  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  97.12 
 
 
139 aa  268  2e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.378927  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4856  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  85.61 
 
 
139 aa  242  9.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1390  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  81.43 
 
 
140 aa  223  9e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.884369 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3167  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  73.38 
 
 
139 aa  208  2e-53  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.519033  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2547  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  75.91 
 
 
139 aa  207  5e-53  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.256849  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1709  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  78.42 
 
 
139 aa  204  3e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.44949 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0332  class I peptide chain release factor  61.7 
 
 
140 aa  160  5.0000000000000005e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.451275  normal  0.841401 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3428  Class I peptide chain release factor  68.64 
 
 
141 aa  148  2e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3233  class I peptide chain release factor  61.59 
 
 
140 aa  147  4e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.521154 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3557  Class I peptide chain release factor  61.59 
 
 
140 aa  147  5e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.450326  normal  0.411853 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1523  hypothetical protein  54.41 
 
 
141 aa  145  2.0000000000000003e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.331021  normal  0.193244 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1494  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  53.28 
 
 
137 aa  144  3e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.129787  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4041  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  54.74 
 
 
137 aa  143  6e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.733627 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3229  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  54.74 
 
 
137 aa  143  1e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.168853  normal  0.123551 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34690  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  56.06 
 
 
137 aa  140  5e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.370131  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2541  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  55.97 
 
 
140 aa  140  5e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2442  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  53.28 
 
 
137 aa  140  7e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0547672  normal  0.232418 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1309  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  53.28 
 
 
137 aa  139  9.999999999999999e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.892435  normal  0.470671 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2946  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  52.55 
 
 
137 aa  139  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.661173  normal  0.230853 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0430  class I peptide chain release factor  51.77 
 
 
141 aa  138  1.9999999999999998e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3579  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  53.28 
 
 
137 aa  138  3e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.440076  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1818  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  53.28 
 
 
137 aa  136  7e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3201  hypothetical protein  52.9 
 
 
137 aa  137  7e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0097  class I peptide chain release factor  53.57 
 
 
140 aa  136  7.999999999999999e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0179  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  55.88 
 
 
143 aa  134  4e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0634  class I peptide chain release factor  52.86 
 
 
140 aa  134  4e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1725  class I peptide chain release factor  54.62 
 
 
140 aa  134  5e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0208717  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53030  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  51.09 
 
 
137 aa  134  5e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4649  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  51.09 
 
 
137 aa  133  7.000000000000001e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2849  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  55.2 
 
 
134 aa  132  9.999999999999999e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.10078  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0830  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  57.55 
 
 
157 aa  133  9.999999999999999e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.367677  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3760  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  51.52 
 
 
137 aa  132  1.9999999999999998e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000181211  normal  0.0838449 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2126  Class I peptide chain release factor  54.26 
 
 
134 aa  132  1.9999999999999998e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.44766  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1684  Class I peptide chain release factor  52.71 
 
 
138 aa  131  3e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.270418  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1045  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  51.52 
 
 
137 aa  131  3e-30  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.290835  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1767  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  56 
 
 
134 aa  131  3.9999999999999996e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0474  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  56 
 
 
134 aa  131  3.9999999999999996e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.578239  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1388  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  56 
 
 
134 aa  131  3.9999999999999996e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0678  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  56 
 
 
134 aa  131  3.9999999999999996e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.283064  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1392  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  56 
 
 
134 aa  131  3.9999999999999996e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.367103  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1191  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  56 
 
 
134 aa  131  3.9999999999999996e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.273593  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1522  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  55.2 
 
 
134 aa  130  7.999999999999999e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.876893  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1970  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  46.97 
 
 
137 aa  129  1.0000000000000001e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0828493  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2102  Class I peptide chain release factor  53.12 
 
 
141 aa  129  2.0000000000000002e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2088  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  56.12 
 
 
178 aa  129  2.0000000000000002e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.273821  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1858  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  50.83 
 
 
135 aa  128  2.0000000000000002e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.102554  normal  0.117146 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3071  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  52.14 
 
 
140 aa  129  2.0000000000000002e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1612  class I peptide chain release factor  53.12 
 
 
141 aa  129  2.0000000000000002e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.554845  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0024  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  52.14 
 
 
141 aa  128  3e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4768  Class I peptide chain release factor  58.52 
 
 
141 aa  128  3e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.561656  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3695  class I peptide chain release factor  53.38 
 
 
143 aa  128  3e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.681232 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4400  peptidyl-tRNA hydrolase domain-containing protein  50.76 
 
 
137 aa  127  4.0000000000000003e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.485154  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1842  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  51.64 
 
 
135 aa  127  6e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3102  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  52.52 
 
 
144 aa  126  8.000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.614248  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2008  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  55.4 
 
 
178 aa  126  9.000000000000001e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0938485  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0245  class I peptide chain release factor  52.24 
 
 
140 aa  126  9.000000000000001e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.84131  normal  0.608303 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4258  class I peptide chain release factor  56.12 
 
 
141 aa  125  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1366  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  51.43 
 
 
141 aa  125  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0034  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  51.43 
 
 
141 aa  125  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0875  class I peptide chain release factor  46.38 
 
 
138 aa  125  2.0000000000000002e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.174449  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0128  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  56.03 
 
 
139 aa  125  3e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2742  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  50 
 
 
134 aa  124  3e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0464887 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1981  Class I peptide chain release factor  48.09 
 
 
136 aa  124  6e-28  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.0000274722  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0890  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  48.92 
 
 
138 aa  124  6e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.245575  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1617  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  51.22 
 
 
134 aa  122  1e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.599417 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02765  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  49.28 
 
 
143 aa  123  1e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.489905  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1089  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  49.24 
 
 
146 aa  122  2e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.900586  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3412  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  49.24 
 
 
146 aa  122  2e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.44659  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1036  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  49.24 
 
 
146 aa  122  2e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.501059  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000501  class I peptide chain release factor  46.21 
 
 
137 aa  121  3e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00818872  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2164  Class I peptide chain release factor  47.73 
 
 
137 aa  121  3e-27  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3592  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  44.12 
 
 
138 aa  120  5e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2835  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  50.41 
 
 
134 aa  120  7e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1772  Class I peptide chain release factor  54.14 
 
 
139 aa  120  8e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0992468  normal  0.67648 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2086  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  51.16 
 
 
133 aa  119  9.999999999999999e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1386  class I peptide chain release factor  48.8 
 
 
141 aa  119  9.999999999999999e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.402498  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3468  class I peptide chain release factor  47.83 
 
 
138 aa  119  9.999999999999999e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2493  class I peptide chain release factor  52.31 
 
 
132 aa  119  9.999999999999999e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.201964  normal  0.890427 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0012  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  46.97 
 
 
137 aa  118  1.9999999999999998e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1495  class I peptide chain release factor  47.73 
 
 
137 aa  119  1.9999999999999998e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000011773 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3284  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  44.85 
 
 
138 aa  119  1.9999999999999998e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2216  Class I peptide chain release factor  47.06 
 
 
136 aa  119  1.9999999999999998e-26  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0636  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  49.63 
 
 
143 aa  119  1.9999999999999998e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00765778  normal  0.516786 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0202  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  46.67 
 
 
136 aa  118  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.869706  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0736  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  48.85 
 
 
134 aa  118  3e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.564723  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1217  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  48.85 
 
 
134 aa  118  3e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.29015  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1190  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  48.85 
 
 
134 aa  118  3e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.285712  normal  0.465318 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1242  class I peptide chain release factor  46.72 
 
 
139 aa  117  3.9999999999999996e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00357715 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2919  class I peptide chain release factor  45.45 
 
 
137 aa  117  3.9999999999999996e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0177067  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05388  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  45.45 
 
 
137 aa  117  3.9999999999999996e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2864  Class I peptide chain release factor  51.97 
 
 
137 aa  117  4.9999999999999996e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.10878  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2737  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  52.8 
 
 
169 aa  117  6e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2298  class I peptide chain release factor  47.2 
 
 
146 aa  117  6e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.956925 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1100  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  49.61 
 
 
134 aa  117  7e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0535  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  42.65 
 
 
140 aa  116  9e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000252738  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4325  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  48.85 
 
 
134 aa  116  9e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0375174  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3342  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  52.52 
 
 
140 aa  116  9e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0867  class I peptide chain release factor  43.07 
 
 
137 aa  115  9.999999999999999e-26  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.485704  normal  0.838908 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0550  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  41.61 
 
 
137 aa  115  9.999999999999999e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>