287 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1842 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1842  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  100 
 
 		 135 aa  273  6e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1858  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  83.08 
 
 		 135 aa  218  1.9999999999999999e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.102554  normal  0.117146 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2742  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  78.91 
 
 		 134 aa  206  7e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0464887 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2102  Class I peptide chain release factor  76.19 
 
 		 141 aa  195  2.0000000000000003e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1612  class I peptide chain release factor  76.19 
 
 		 141 aa  195  2.0000000000000003e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.554845  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1386  class I peptide chain release factor  71.54 
 
 		 141 aa  186  1e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.402498  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2298  class I peptide chain release factor  67.94 
 
 		 146 aa  183  6e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.956925 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3201  hypothetical protein  62.22 
 
 		 137 aa  171  2.9999999999999996e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3468  class I peptide chain release factor  63.85 
 
 		 138 aa  169  2e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2126  Class I peptide chain release factor  61.54 
 
 		 134 aa  168  2e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.44766  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1100  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  64.06 
 
 		 134 aa  166  1e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.910918  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2072  class I peptide chain release factor  64.57 
 
 		 138 aa  166  1e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0774225  normal  0.971682 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1100  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  64.06 
 
 		 134 aa  166  1e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3229  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  68 
 
 		 137 aa  165  2e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.168853  normal  0.123551 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0736  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  64.06 
 
 		 134 aa  165  2e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.564723  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1217  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  64.06 
 
 		 134 aa  165  2e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.29015  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1190  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  64.06 
 
 		 134 aa  165  2e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.285712  normal  0.465318 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4325  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  63.28 
 
 		 134 aa  164  2.9999999999999998e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0375174  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3579  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  68.8 
 
 		 137 aa  164  4e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.440076  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1818  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  68 
 
 		 137 aa  163  8e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1617  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  61.72 
 
 		 134 aa  162  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.599417 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4041  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  66.4 
 
 		 137 aa  162  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.733627 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1494  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  67.2 
 
 		 137 aa  162  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.129787  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34690  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  68.29 
 
 		 137 aa  161  3e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.370131  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1309  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  67.48 
 
 		 137 aa  160  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.892435  normal  0.470671 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0919  class I peptide chain release factor  62.79 
 
 		 136 aa  160  5.0000000000000005e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2946  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  65.6 
 
 		 137 aa  160  6e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.661173  normal  0.230853 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2849  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  63.49 
 
 		 134 aa  160  6e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.10078  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2086  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  61.72 
 
 		 133 aa  160  7e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0474  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  63.49 
 
 		 134 aa  159  9e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.578239  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1767  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  63.49 
 
 		 134 aa  159  9e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0678  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  63.49 
 
 		 134 aa  159  9e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.283064  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1392  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  63.49 
 
 		 134 aa  159  9e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.367103  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1388  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  63.49 
 
 		 134 aa  159  9e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1191  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  63.49 
 
 		 134 aa  159  9e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.273593  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1522  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  63.49 
 
 		 134 aa  159  1e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.876893  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4649  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  66.4 
 
 		 137 aa  159  1e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2835  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  60.94 
 
 		 134 aa  159  1e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53030  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  65.6 
 
 		 137 aa  157  3e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0536  class I peptide chain release factor  56.92 
 
 		 133 aa  156  8e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2442  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  64.75 
 
 		 137 aa  155  1e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0547672  normal  0.232418 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0890  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  60.48 
 
 		 138 aa  155  2e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.245575  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0012  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  60.66 
 
 		 137 aa  155  3e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2216  Class I peptide chain release factor  52.59 
 
 		 136 aa  154  5.0000000000000005e-37  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1970  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  56.92 
 
 		 137 aa  153  6e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0828493  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2836  class I peptide chain release factor  59.4 
 
 		 137 aa  152  1e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3557  hypothetical protein  66.96 
 
 		 136 aa  152  1e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1495  class I peptide chain release factor  61.48 
 
 		 137 aa  151  2.9999999999999998e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000011773 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2493  class I peptide chain release factor  60.45 
 
 		 132 aa  150  4e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.201964  normal  0.890427 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2409  class I peptide chain release factor  63.11 
 
 		 140 aa  150  5e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0842293  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0875  class I peptide chain release factor  60.8 
 
 		 138 aa  150  7e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.174449  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2304  class I peptide chain release factor  66.17 
 
 		 148 aa  149  8.999999999999999e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.47623  hitchhiker  0.00332943 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1684  Class I peptide chain release factor  60.8 
 
 		 138 aa  149  1e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.270418  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4400  peptidyl-tRNA hydrolase domain-containing protein  59.02 
 
 		 137 aa  149  2e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.485154  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1045  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  53.91 
 
 		 137 aa  149  2e-35  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.290835  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3309  hypothetical protein  68.22 
 
 		 114 aa  148  3e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0215  Class I peptide chain release factor  57.81 
 
 		 132 aa  147  6e-35  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3760  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  55.81 
 
 		 137 aa  147  6e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000181211  normal  0.0838449 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0867  class I peptide chain release factor  53.38 
 
 		 137 aa  145  1.0000000000000001e-34  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.485704  normal  0.838908 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03821  hypothetical protein  55.04 
 
 		 138 aa  144  4.0000000000000006e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2829  Class I peptide chain release factor  54.84 
 
 		 137 aa  143  7.0000000000000006e-34  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00190  hypothetical protein  56.69 
 
 		 140 aa  142  2e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.40568  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00189  hypothetical protein  56.69 
 
 		 140 aa  142  2e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.420944  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0203  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  55.91 
 
 		 140 aa  141  2e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0838  class I peptide chain release factor  53.38 
 
 		 137 aa  141  3e-33  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.329463 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1089  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  51.13 
 
 		 146 aa  141  3e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.900586  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0194  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  55.91 
 
 		 140 aa  141  3e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3412  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  51.13 
 
 		 146 aa  141  3e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.44659  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1036  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  51.13 
 
 		 146 aa  141  3e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.501059  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0185  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  55.91 
 
 		 140 aa  141  3e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0196  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  55.91 
 
 		 140 aa  141  3e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3411  Class I peptide chain release factor  55.12 
 
 		 140 aa  140  4e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1745  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  60.98 
 
 		 135 aa  139  9.999999999999999e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.41354  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0730  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  53.97 
 
 		 140 aa  139  9.999999999999999e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.460757  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3468  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  55.12 
 
 		 140 aa  139  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.437856 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1772  Class I peptide chain release factor  60.98 
 
 		 139 aa  137  7e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0992468  normal  0.67648 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0281  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  52.76 
 
 		 140 aa  136  7.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0262  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  52.76 
 
 		 140 aa  136  7.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.430585  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0267  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  52.76 
 
 		 140 aa  136  7.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.122717 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0262  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  52.76 
 
 		 140 aa  136  7.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.232254  normal  0.925704 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0278  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  52.76 
 
 		 140 aa  136  7.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.292576  normal  0.437885 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1147  Class I peptide chain release factor  54.1 
 
 		 142 aa  136  1e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0173  class I peptide chain release factor  54.1 
 
 		 137 aa  136  1e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.221041  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2352  class I peptide chain release factor  50.77 
 
 		 138 aa  136  1e-31  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0202  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  55.74 
 
 		 136 aa  135  2e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.869706  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1377  class I peptide chain release factor  51.13 
 
 		 138 aa  135  2e-31  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000189898 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2919  class I peptide chain release factor  52.03 
 
 		 137 aa  135  2e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0177067  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000501  class I peptide chain release factor  53.91 
 
 		 137 aa  134  4e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00818872  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2164  Class I peptide chain release factor  49.61 
 
 		 137 aa  133  9.999999999999999e-31  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05388  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  52.34 
 
 		 137 aa  132  9.999999999999999e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0332  class I peptide chain release factor  51.54 
 
 		 140 aa  130  7.999999999999999e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.451275  normal  0.841401 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1981  Class I peptide chain release factor  48.44 
 
 		 136 aa  130  7.999999999999999e-30  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.0000274722  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4856  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  51.64 
 
 		 139 aa  130  9e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3167  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  53.17 
 
 		 139 aa  128  3e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.519033  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4033  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  51.64 
 
 		 139 aa  127  6e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.471406  normal  0.87398 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1390  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  51.97 
 
 		 140 aa  126  9.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.884369 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2547  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  53.17 
 
 		 139 aa  126  1.0000000000000001e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.256849  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0246  release factors family protein  56.25 
 
 		 134 aa  125  2.0000000000000002e-28  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4177  peptidyl-tRNA hydrolase domain protein  51.64 
 
 		 139 aa  125  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.378927  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3695  class I peptide chain release factor  52.24 
 
 		 143 aa  124  3e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.681232 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>