148 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0523 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0523  tRNA 2-selenouridine synthase  100 
 
 		 365 aa  723    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3656  tRNA 2-selenouridine synthase  60.17 
 
 		 371 aa  392  1e-108  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.167107 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3604  tRNA 2-selenouridine synthase  61.21 
 
 		 350 aa  385  1e-106  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3290  tRNA 2-selenouridine synthase  61.78 
 
 		 350 aa  387  1e-106  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.241247  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1545  tRNA 2-selenouridine synthase  52.89 
 
 		 347 aa  342  8e-93  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.256667  normal  0.0827797 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3349  tRNA 2-selenouridine synthase  57.46 
 
 		 353 aa  317  2e-85  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.382984  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1926  tRNA 2-selenouridine synthase  51.92 
 
 		 353 aa  315  9.999999999999999e-85  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3478  tRNA 2-selenouridine synthase  49.7 
 
 		 348 aa  311  2e-83  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.527623 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3666  tRNA 2-selenouridine synthase  49.67 
 
 		 356 aa  290  3e-77  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.383889  normal  0.0378977 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2715  tRNA 2-selenouridine synthase  44.52 
 
 		 353 aa  282  7.000000000000001e-75  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00370816 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3859  tRNA 2-selenouridine synthase  49.34 
 
 		 353 aa  275  6e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2244  tRNA 2-selenouridine synthase  49.67 
 
 		 350 aa  273  3e-72  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.590434  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2803  tRNA 2-selenouridine synthase  49.34 
 
 		 349 aa  272  8.000000000000001e-72  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1349  tRNA 2-selenouridine synthase  47.65 
 
 		 356 aa  271  1e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.462447  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3480  tRNA 2-selenouridine synthase  49.01 
 
 		 373 aa  268  1e-70  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.54526 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2556  tRNA 2-selenouridine synthase  46.38 
 
 		 355 aa  265  1e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0620  tRNA 2-selenouridine synthase  45.74 
 
 		 359 aa  263  3e-69  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1757  tRNA 2-selenouridine synthase  48.34 
 
 		 346 aa  261  1e-68  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.518394 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0816  rhodanese domain-containing protein  43.65 
 
 		 365 aa  261  1e-68  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.400282  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1022  tRNA 2-selenouridine synthase  41.85 
 
 		 358 aa  261  1e-68  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.239082  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6564  tRNA 2-selenouridine synthase  45.39 
 
 		 355 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0745888  hitchhiker  0.00486619 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0932  tRNA 2-selenouridine synthase  44.48 
 
 		 359 aa  258  1e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0765  tRNA 2-selenouridine synthase  44.48 
 
 		 359 aa  258  1e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0754  tRNA 2-selenouridine synthase  44.16 
 
 		 359 aa  256  3e-67  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1508  tRNA 2-selenouridine synthase  45.42 
 
 		 375 aa  255  7e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.154037  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1488  tRNA 2-selenouridine synthase  44.44 
 
 		 375 aa  251  1e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.489913  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3699  tRNA 2-selenouridine synthase  44.95 
 
 		 366 aa  251  1e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.919346 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1569  tRNA 2-selenouridine synthase  44.44 
 
 		 375 aa  249  6e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.866156  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4730  tRNA 2-selenouridine synthase  44.12 
 
 		 375 aa  248  1e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.913097  normal  0.697863 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1112  tRNA 2-selenouridine synthase  42.09 
 
 		 375 aa  246  4e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1592  tRNA 2-selenouridine synthase  42.09 
 
 		 375 aa  246  4e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0414382  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1645  tRNA 2-selenouridine synthase  44.12 
 
 		 377 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3032  tRNA 2-selenouridine synthase  42.11 
 
 		 352 aa  243  3e-63  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000366048  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2423  tRNA 2-selenouridine synthase  42.22 
 
 		 353 aa  242  7.999999999999999e-63  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1887  tRNA 2-selenouridine synthase  42.14 
 
 		 352 aa  239  6.999999999999999e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.227051  normal  0.457474 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2084  tRNA 2-selenouridine synthase  44.24 
 
 		 359 aa  235  9e-61  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.441545 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_10242  predicted protein  41.36 
 
 		 295 aa  232  9e-60  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.85356  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5476  tRNA 2-selenouridine synthase  38.08 
 
 		 353 aa  216  5.9999999999999996e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.361534 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0948  tRNA 2-selenouridine synthase  40.99 
 
 		 338 aa  206  7e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0113987  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2384  tRNA 2-selenouridine synthase  39.16 
 
 		 345 aa  204  3e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  5.55321e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2199  2-selenouridine synthase  43.21 
 
 		 281 aa  203  5e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.569831 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3539  tRNA 2-selenouridine synthase  37.43 
 
 		 349 aa  199  6e-50  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1525  tRNA 2-selenouridine synthase  37.83 
 
 		 346 aa  194  2e-48  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0672649  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2691  tRNA 2-selenouridine synthase  37.09 
 
 		 346 aa  192  5e-48  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  1.7307300000000001e-18 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1190  tRNA 2-selenouridine synthase  38.3 
 
 		 344 aa  191  1e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000287258  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1304  tRNA 2-selenouridine synthase  37.25 
 
 		 342 aa  188  1e-46  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0608  tRNA 2-selenouridine synthase  34.11 
 
 		 332 aa  185  1.0000000000000001e-45  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0278  tRNA 2-selenouridine synthase  38.23 
 
 		 344 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0521  tRNA 2-selenouridine synthase  34.11 
 
 		 334 aa  184  2.0000000000000003e-45  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1434  tRNA 2-selenouridine synthase  34.11 
 
 		 332 aa  180  2.9999999999999997e-44  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.719494  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3130  tRNA 2-selenouridine synthase  38.82 
 
 		 358 aa  180  2.9999999999999997e-44  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000658834  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3301  tRNA 2-selenouridine synthase  37.95 
 
 		 353 aa  179  7e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0230491  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2386  tRNA 2-selenouridine synthase  38.84 
 
 		 335 aa  175  9.999999999999999e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.534473 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2383  tRNA 2-selenouridine synthase  39.41 
 
 		 346 aa  174  1.9999999999999998e-42  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117429  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4991  tRNA 2-selenouridine synthase  36.42 
 
 		 358 aa  174  2.9999999999999996e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0663375  normal  0.0359024 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07681  tRNA 2-selenouridine synthase  35.53 
 
 		 350 aa  173  2.9999999999999996e-42  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.104212  normal  0.0677332 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1955  tRNA 2-selenouridine synthase  35.15 
 
 		 336 aa  174  2.9999999999999996e-42  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.190021  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0985  tRNA 2-selenouridine synthase  31.08 
 
 		 342 aa  172  9e-42  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0136  tRNA 2-selenouridine synthase  35.53 
 
 		 350 aa  171  2e-41  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.303131  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0142  tRNA 2-selenouridine synthase  34.11 
 
 		 335 aa  168  1e-40  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4284  rhodanese-like protein  36.14 
 
 		 339 aa  167  4e-40  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00812807 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0928  tRNA 2-selenouridine synthase  32 
 
 		 327 aa  166  5.9999999999999996e-40  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2327  tRNA 2-selenouridine synthase  31.42 
 
 		 356 aa  166  8e-40  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1887  tRNA 2-selenouridine synthase  38.05 
 
 		 344 aa  164  2.0000000000000002e-39  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.739187 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2041  tRNA 2-selenouridine synthase  31.08 
 
 		 356 aa  164  2.0000000000000002e-39  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1272  tRNA 2-selenouridine synthase  36.25 
 
 		 347 aa  162  9e-39  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1198  tRNA 2-selenouridine synthase  35.06 
 
 		 347 aa  159  9e-38  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0043  tRNA 2-selenouridine synthase  36.95 
 
 		 346 aa  156  6e-37  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3113  tRNA 2-selenouridine synthase  31.2 
 
 		 354 aa  155  1e-36  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.227771  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0512  tRNA 2-selenouridine synthase  41.74 
 
 		 361 aa  153  4e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0114346  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1933  tRNA 2-selenouridine synthase  31.79 
 
 		 375 aa  149  7e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.806249  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0697  tRNA 2-selenouridine synthase  33.94 
 
 		 366 aa  146  5e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.710906 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0189  tRNA 2-selenouridine synthase  39.32 
 
 		 367 aa  146  6e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0697371 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16371  tRNA 2-selenouridine synthase  32.03 
 
 		 366 aa  144  3e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.218284 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1161  tRNA 2-selenouridine synthase  34.16 
 
 		 364 aa  143  6e-33  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.965775  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0160  tRNA 2-selenouridine synthase  37.6 
 
 		 365 aa  142  8e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.334237  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0794  hypothetical protein  33.44 
 
 		 366 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07211  tRNA 2-selenouridine synthase  33.99 
 
 		 347 aa  141  1.9999999999999998e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.989493  normal  0.414024 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09351  tRNA 2-selenouridine synthase  29.05 
 
 		 346 aa  141  1.9999999999999998e-32  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09341  tRNA 2-selenouridine synthase  29.05 
 
 		 346 aa  140  3.9999999999999997e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4364  tRNA 2-selenouridine synthase  33.03 
 
 		 365 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.307655  normal  0.890252 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0134  tRNA 2-selenouridine synthase  38.89 
 
 		 372 aa  139  6e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.404354 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0227  tRNA 2-selenouridine synthase  36.33 
 
 		 367 aa  139  7.999999999999999e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.254912  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0875  tRNA 2-selenouridine synthase  27.88 
 
 		 347 aa  137  2e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.303459  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0119  tRNA 2-selenouridine synthase  37.61 
 
 		 366 aa  136  6.0000000000000005e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10081  tRNA 2-selenouridine synthase  29.91 
 
 		 350 aa  136  6.0000000000000005e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.741819  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3754  tRNA 2-selenouridine synthase  33.84 
 
 		 367 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0900033  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3544  tRNA 2-selenouridine synthase  36.25 
 
 		 369 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0863  tRNA 2-selenouridine synthase  32.62 
 
 		 370 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4714  tRNA 2-selenouridine synthase  36.21 
 
 		 368 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.728347  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2396  tRNA 2-selenouridine synthase  36.48 
 
 		 370 aa  132  1.0000000000000001e-29  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0849  tRNA 2-selenouridine synthase  32.22 
 
 		 370 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0822  tRNA 2-selenouridine synthase  32.22 
 
 		 370 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0994806 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1023  tRNA 2-selenouridine synthase  34.54 
 
 		 374 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00249135  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0174  tRNA 2-selenouridine synthase  39.19 
 
 		 384 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0169  tRNA 2-selenouridine synthase  39.19 
 
 		 369 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0272703 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0285  tRNA 2-selenouridine synthase  29.82 
 
 		 365 aa  130  4.0000000000000003e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2454  tRNA 2-selenouridine synthase  32.93 
 
 		 373 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.156444  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0172  tRNA 2-selenouridine synthase  36.25 
 
 		 368 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2719  tRNA 2-selenouridine synthase  36.21 
 
 		 372 aa  130  4.0000000000000003e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00422567 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>