More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3005 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3005  D-xylose ABC transporter, permease protein  100 
 
 		 378 aa  737    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.121536  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2886  inner-membrane translocator  97.35 
 
 		 378 aa  647    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.120464  normal  0.844103 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2300  inner-membrane translocator  91.53 
 
 		 378 aa  619  1e-176  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.891192  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2619  ABC D-xylose transporter, inner membrane subunit  69.5 
 
 		 399 aa  481  1e-134  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2339  monosaccharide-transporting ATPase  68.97 
 
 		 398 aa  477  1e-133  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.138041  normal  0.022566 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6325  monosaccharide-transporting ATPase  69.25 
 
 		 399 aa  473  1e-132  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.38895 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6630  Monosaccharide-transporting ATPase  69.23 
 
 		 399 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4188  Monosaccharide-transporting ATPase  68.7 
 
 		 400 aa  462  1e-129  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4076  Monosaccharide-transporting ATPase  68.7 
 
 		 400 aa  462  1e-129  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.784913  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6502  inner-membrane translocator  68.62 
 
 		 399 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6736  inner-membrane translocator  68.62 
 
 		 399 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.254772  normal  0.595345 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4211  monosaccharide-transporting ATPase  68.97 
 
 		 405 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6036  monosaccharide-transporting ATPase  68.17 
 
 		 399 aa  450  1e-125  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.182695  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6336  inner-membrane translocator  68.17 
 
 		 399 aa  451  1e-125  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2341  sugar ABC transporter, permease protein  68.45 
 
 		 399 aa  432  1e-120  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.718143  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0774  Monosaccharide-transporting ATPase  60.48 
 
 		 403 aa  405  1.0000000000000001e-112  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3416  monosaccharide-transporting ATPase  57.44 
 
 		 389 aa  383  1e-105  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00105488  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4156  sugar transport system permease  53.7 
 
 		 394 aa  375  1e-103  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0316098 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4099  putative xylose transport system permease protein XylH  53.7 
 
 		 394 aa  375  1e-103  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0059  monosaccharide-transporting ATPase  53.7 
 
 		 394 aa  374  1e-102  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4915  Monosaccharide-transporting ATPase  59.89 
 
 		 402 aa  375  1e-102  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3838  Monosaccharide-transporting ATPase  59.89 
 
 		 402 aa  375  1e-102  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.557863  normal  0.660821 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1057  D-xylose ABC transporter, permease protein  56.66 
 
 		 427 aa  369  1e-101  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.483345  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1867  monosaccharide-transporting ATPase  52.7 
 
 		 376 aa  371  1e-101  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.576017 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0101  monosaccharide-transporting ATPase  53.64 
 
 		 394 aa  369  1e-101  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4434  inner-membrane translocator  54.37 
 
 		 393 aa  367  1e-100  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4152  inner-membrane translocator  54.1 
 
 		 393 aa  367  1e-100  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0063  inner-membrane translocator  56.32 
 
 		 394 aa  362  6e-99  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1152  D-xylose ABC transporter, permease protein  56.92 
 
 		 389 aa  358  9.999999999999999e-98  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0158  monosaccharide-transporting ATPase  50.26 
 
 		 388 aa  357  1.9999999999999998e-97  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0153  inner-membrane translocator  53.44 
 
 		 393 aa  356  2.9999999999999997e-97  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1635  xylose transmembrane ABC transporter protein  60.43 
 
 		 398 aa  354  2e-96  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.5562  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0081  inner-membrane translocator  55.88 
 
 		 390 aa  354  2e-96  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.806759  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2020  inner-membrane translocator  49.59 
 
 		 397 aa  350  3e-95  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.232129  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03420  D-xylose transporter subunit  53.99 
 
 		 393 aa  343  4e-93  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0142  Monosaccharide-transporting ATPase  53.99 
 
 		 393 aa  343  4e-93  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4944  D-xylose ABC transporter, permease protein  53.99 
 
 		 393 aa  343  4e-93  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0184849 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3954  D-xylose ABC transporter, permease protein  53.99 
 
 		 393 aa  343  4e-93  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3771  D-xylose ABC transporter, permease protein  53.99 
 
 		 393 aa  343  4e-93  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03371  hypothetical protein  53.99 
 
 		 393 aa  343  4e-93  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3891  D-xylose ABC transporter, permease protein  53.99 
 
 		 393 aa  343  4e-93  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0146  monosaccharide-transporting ATPase  53.99 
 
 		 393 aa  343  4e-93  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4064  D-xylose ABC transporter, permease protein  53.95 
 
 		 393 aa  342  5e-93  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3040  inner-membrane translocator  48.77 
 
 		 381 aa  328  7e-89  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0584  D-xylose ABC transporter, permease  50.99 
 
 		 357 aa  328  9e-89  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19480  Monosaccharide-transporting ATPase  50.14 
 
 		 383 aa  320  1.9999999999999998e-86  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0905  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  44.92 
 
 		 400 aa  288  8e-77  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0660544 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0107  Monosaccharide-transporting ATPase  45.45 
 
 		 373 aa  288  9e-77  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4108  monosaccharide-transporting ATPase  38.74 
 
 		 399 aa  256  5e-67  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000000328051 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3072  monosaccharide-transporting ATPase  39.47 
 
 		 396 aa  248  2e-64  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.372878  normal  0.819045 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0877  sugar ABC transporter, permease protein  38.92 
 
 		 383 aa  245  9e-64  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0935  sugar ABC transporter, permease protein  38.65 
 
 		 396 aa  244  9.999999999999999e-64  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.968429  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0840  inner-membrane translocator  38.5 
 
 		 410 aa  244  9.999999999999999e-64  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0229373  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1426  monosaccharide-transporting ATPase  38.38 
 
 		 400 aa  242  1e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3198  monosaccharide-transporting ATPase  39.79 
 
 		 414 aa  239  4e-62  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.126152 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3906  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  40.05 
 
 		 399 aa  236  4e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.611947  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3173  inner-membrane translocator  38.44 
 
 		 403 aa  232  8.000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.536368 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2891  inner-membrane translocator  40.27 
 
 		 408 aa  231  2e-59  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.122245  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2912  inner-membrane translocator  36.66 
 
 		 403 aa  227  2e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.116339  normal  0.80082 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27970  multiple monosaccharide ABC transporter membrane protein  40.47 
 
 		 393 aa  226  4e-58  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.284991  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6622  inner-membrane translocator  42.01 
 
 		 369 aa  226  5.0000000000000005e-58  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000790892 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3661  monosaccharide-transporting ATPase  37.27 
 
 		 405 aa  226  7e-58  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0406  inner-membrane translocator  38.18 
 
 		 393 aa  225  1e-57  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.335145  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3175  inner-membrane translocator  36.41 
 
 		 432 aa  223  4.9999999999999996e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.235979  normal  0.918158 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2618  inner-membrane translocator  36.39 
 
 		 432 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.40748  normal  0.342974 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2139  putative L-arabinose transport system permease protein araH  37.9 
 
 		 396 aa  221  1.9999999999999999e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2747  inner-membrane translocator  38.32 
 
 		 394 aa  220  3.9999999999999997e-56  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.884064 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0613  monosaccharide-transporting ATPase  40.71 
 
 		 410 aa  219  5e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1668  monosaccharide-transporting ATPase  38.42 
 
 		 390 aa  218  1e-55  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.120598  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2841  inner-membrane translocator  35.91 
 
 		 432 aa  218  1e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1179  ABC sugar (xylose) transporter, inner membrane subunit  35.66 
 
 		 432 aa  217  2e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0385  inner-membrane translocator  39.89 
 
 		 429 aa  217  2.9999999999999998e-55  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1587  monosaccharide-transporting ATPase  34.87 
 
 		 392 aa  217  2.9999999999999998e-55  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0042672  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0261  inner-membrane translocator  38.5 
 
 		 401 aa  216  4e-55  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.183611  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0739  inner-membrane translocator  38.64 
 
 		 402 aa  216  5.9999999999999996e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4475  monosaccharide-transporting ATPase  36.19 
 
 		 404 aa  215  9.999999999999999e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.826899  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2996  Monosaccharide-transporting ATPase  38.76 
 
 		 392 aa  214  1.9999999999999998e-54  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2684  inner-membrane translocator  36.03 
 
 		 403 aa  212  7.999999999999999e-54  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2513  inner-membrane translocator  39.83 
 
 		 392 aa  212  1e-53  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2578  inner-membrane translocator  38.62 
 
 		 399 aa  212  1e-53  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.270566 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4466  inner-membrane translocator  37.74 
 
 		 444 aa  211  2e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1985  inner-membrane translocator  40.66 
 
 		 390 aa  209  5e-53  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.345013  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1999  xylose transport system permease protein  34.83 
 
 		 435 aa  208  1e-52  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.222102  normal  0.247707 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2252  inner-membrane translocator  38.74 
 
 		 410 aa  206  4e-52  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000044762 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1211  ABC transporter membrane spanning protein (xylose)  37.68 
 
 		 437 aa  204  1e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.462112  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1047  inner-membrane translocator  39.05 
 
 		 404 aa  202  6e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1861  xylose ABC transporter permease  36.73 
 
 		 405 aa  202  9e-51  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0485128  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0228  monosaccharide-transporting ATPase  35.71 
 
 		 396 aa  200  3e-50  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0753  inner-membrane translocator  38.66 
 
 		 390 aa  199  7.999999999999999e-50  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0682219  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4338  inner-membrane translocator  35.71 
 
 		 411 aa  198  2.0000000000000003e-49  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0758  inner-membrane translocator  43.01 
 
 		 432 aa  197  4.0000000000000005e-49  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0294361  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29460  multiple monosaccharide ABC transporter membrane protein  36.39 
 
 		 393 aa  194  3e-48  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2702  inner-membrane translocator  41.58 
 
 		 407 aa  192  1e-47  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5338  inner-membrane translocator  36.58 
 
 		 409 aa  191  2e-47  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1752  inner-membrane translocator  37.12 
 
 		 406 aa  189  5e-47  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.090223  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0504  Monosaccharide-transporting ATPase  39.78 
 
 		 392 aa  189  8e-47  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.106522 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0240  inner-membrane translocator  39.02 
 
 		 420 aa  187  2e-46  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0784827  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0342  ribose ABC transporter permease protein  35.58 
 
 		 324 aa  186  6e-46  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1180  Monosaccharide-transporting ATPase  38.66 
 
 		 426 aa  186  7e-46  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000448085 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1971  monosaccharide-transporting ATPase  36.34 
 
 		 402 aa  186  7e-46  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>