269 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3584 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_2187  acriflavin resistance protein  97.74 
 
 		 3099 bp  5580    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3584    100 
 
 		 3098 bp  6141    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2754    82.47 
 
 		 3112 bp  1760    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.795799  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2430  acriflavin resistance protein  80.75 
 
 		 3093 bp  823    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.157087  normal  0.957896 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2483  acriflavin resistance protein  82.52 
 
 		 3111 bp  1754    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.137837  normal  0.300491 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2522  acriflavin resistance protein  84 
 
 		 3105 bp  2121    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.984252  normal  0.292991 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2330  acriflavin resistance protein  93.32 
 
 		 3099 bp  4480    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.290618  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2801  acriflavin resistance protein  89.51 
 
 		 3099 bp  3558    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0747979  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28810  acriflavin resistance protein, AcrB/AcrD/AcrF family  80.17 
 
 		 3096 bp  1195    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0973742  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03142  drug efflux pump transmembrane protein  85.16 
 
 		 3126 bp  375  1e-101  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4295  acriflavin resistance protein  83.08 
 
 		 3135 bp  295  4e-77  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0855426  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4183  acriflavin resistance protein  83.08 
 
 		 3135 bp  295  4e-77  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0790325  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2709  RND efflux transporter  82.16 
 
 		 3132 bp  289  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3308  acriflavin resistance protein  83.04 
 
 		 3141 bp  285  4e-74  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3611  acriflavin resistance protein  82.42 
 
 		 3135 bp  278  9e-72  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31890  putative RND efflux transporter  81.76 
 
 		 3132 bp  274  1e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0910827  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4305  acriflavin resistance protein  82.27 
 
 		 3114 bp  254  1e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0526146  normal  0.0479981 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2039  acriflavin resistance protein  82.24 
 
 		 3561 bp  246  2.9999999999999997e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.00865323  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3607  acriflavin resistance protein  81.62 
 
 		 3192 bp  240  2.0000000000000002e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0170104  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1171  acriflavin resistance protein  81.59 
 
 		 3120 bp  230  2e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0727301 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0513  acriflavin resistance protein  80.61 
 
 		 3156 bp  218  7e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0135048  normal  0.800803 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2105  acriflavin resistance protein  81.68 
 
 		 3114 bp  214  1e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1079  acriflavin resistance protein  81.68 
 
 		 3120 bp  214  1e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0757795  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0718  acriflavin resistance protein  81.14 
 
 		 3120 bp  214  1e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1197  acriflavin resistance protein  81.14 
 
 		 3120 bp  214  1e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.385942  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14340  acriflavin resistance protein AcrB/AcrD/AcrF family  81.01 
 
 		 3114 bp  212  5e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.358692  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1500  AcrB/AcrD/AcrF family protein  83.28 
 
 		 3111 bp  208  7e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1368  multidrug resistance protein MdtB  83.28 
 
 		 3111 bp  208  7e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1079  acriflavin resistance protein  81.44 
 
 		 3120 bp  206  3e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2867  AcrB/AcrD/AcrF family protein  81.72 
 
 		 3111 bp  204  1.0000000000000001e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2908  multidrug efflux system protein  80 
 
 		 3123 bp  204  1.0000000000000001e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.442487  normal  0.66419 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1363  multidrug resistance protein MdtB  82.97 
 
 		 3111 bp  200  2e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.387551  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31900  putative efflux transporter  84.39 
 
 		 3111 bp  200  2e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.329836  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2710  RND efflux transporter  83.82 
 
 		 3111 bp  190  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03143  drug efflux transmembrane protein  80.96 
 
 		 3102 bp  190  2.0000000000000003e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1576  acriflavin resistance protein  79.61 
 
 		 3135 bp  188  7e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0571  acriflavin resistance protein  79.96 
 
 		 3141 bp  186  2.9999999999999997e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.606736  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2257  acriflavin resistance protein  80 
 
 		 3132 bp  184  1e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.130423 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2592  acriflavin resistance protein  82.55 
 
 		 3327 bp  178  5.999999999999999e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.616304 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3004  acriflavin resistance protein  80.33 
 
 		 3165 bp  165  1e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.969721 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1512  acriflavin resistance protein  80.09 
 
 		 3129 bp  165  1e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.901552  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4416  acriflavin resistance protein  79.96 
 
 		 3120 bp  163  4e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.248497  normal  0.815285 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2009  AcrB/AcrD/AcrF family cation efflux protein  81.06 
 
 		 3126 bp  155  9e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0269291  normal  0.0260573 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2448  acriflavin resistance protein  85.05 
 
 		 3138 bp  155  9e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4747  acriflavin resistance protein  79.33 
 
 		 3126 bp  153  4.0000000000000006e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.201948  normal  0.322043 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1772  acriflavin resistance protein  78.4 
 
 		 3138 bp  149  6e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.547611  normal  0.651632 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2287  acriflavin resistance protein  81.38 
 
 		 3081 bp  147  1.9999999999999998e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0362502  normal  0.921003 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01980  multidrug efflux system, subunit B  80.06 
 
 		 3123 bp  139  5e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2217  multidrug efflux system subunit MdtB  80.06 
 
 		 3123 bp  139  5e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01972  hypothetical protein  80.06 
 
 		 3123 bp  139  5e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0985  multidrug efflux system subunit MdtB  80.06 
 
 		 3123 bp  139  5e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.442979 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3015  multidrug efflux system subunit MdtB  80.06 
 
 		 3123 bp  139  5e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.362021 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1566  multidrug efflux system subunit MdtB  80.06 
 
 		 3123 bp  139  5e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.84187  normal  0.306812 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1158  multidrug efflux system subunit MdtB  84.41 
 
 		 3123 bp  139  5e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4318  acriflavin resistance protein  82.2 
 
 		 3126 bp  135  9.000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.329827 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2901  acriflavin resistance protein  82.73 
 
 		 3117 bp  135  9.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0661735  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1123  acriflavin resistance protein  81.03 
 
 		 3126 bp  131  1e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.47049 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2367  multidrug efflux system subunit MdtB  79.77 
 
 		 3123 bp  131  1e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2827  acriflavin resistance protein  78.79 
 
 		 3159 bp  129  5e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.68497  normal  0.224548 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2419  acriflavin resistance protein  79.82 
 
 		 3162 bp  127  1.9999999999999998e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.198078  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1581  acriflavin resistance protein  79.48 
 
 		 3123 bp  123  3e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.132425  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4294  acriflavin resistance protein  87.68 
 
 		 3102 bp  123  3e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2520  acriflavin resistance protein  84.81 
 
 		 3138 bp  123  3e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0450532  normal  0.025752 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4182  acriflavin resistance protein  87.68 
 
 		 3102 bp  123  3e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.559486  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2685  multidrug efflux system subunit MdtB  82.74 
 
 		 3123 bp  121  1.0000000000000001e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4167  acriflavin resistance protein  81.66 
 
 		 3108 bp  121  1.0000000000000001e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2559  acriflavin resistance protein  81.82 
 
 		 3129 bp  119  5e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0108247  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0600  acriflavin resistance protein  84.87 
 
 		 3201 bp  119  5e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0654802  normal  0.436006 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3933  multidrug resistance protein mdtB  95.77 
 
 		 3129 bp  117  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.906804 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45890  putative RND efflux transporter  80.14 
 
 		 3111 bp  117  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.961343 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2743  acriflavin resistance protein  84.18 
 
 		 3138 bp  115  8.000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.643905 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1597  acriflavin resistance protein  83.33 
 
 		 3135 bp  115  8.000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2570  acriflavin resistance protein  93.59 
 
 		 3126 bp  115  8.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0830521 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2843  acriflavin resistance protein  81.9 
 
 		 3132 bp  115  8.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0570  acriflavin resistance protein  85 
 
 		 3312 bp  111  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.231767  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14350  Acriflavin resistance protein, AcrB/AcrD/AcrF family  90.8 
 
 		 3102 bp  109  5e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.111738  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1509  acriflavin resistance protein  79.79 
 
 		 3147 bp  109  5e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2203  acriflavin resistance protein  79.73 
 
 		 3090 bp  109  5e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2095  acriflavin resistance protein  93.24 
 
 		 3162 bp  107  2e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.238073  normal  0.0214179 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0971  acriflavin resistance protein  79.68 
 
 		 3171 bp  107  2e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2064  acriflavin resistance protein  90 
 
 		 3129 bp  107  2e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.730897  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1335  putative RND efflux transporter  88.12 
 
 		 3087 bp  105  8e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.14004  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3553  multidrug efflux system subunit MdtB  81.13 
 
 		 3120 bp  103  3e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0512  acriflavin resistance protein  85.37 
 
 		 3303 bp  101  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.196913  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2364  multidrug efflux system subunit MdtB  79.14 
 
 		 3123 bp  99.6  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.465121  normal  0.971185 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1522  acriflavin resistance protein  80 
 
 		 3123 bp  99.6  5e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.15115 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1652  acriflavin resistance protein  93.94 
 
 		 3114 bp  99.6  5e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.257724  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0169  acriflavin resistance protein  88.3 
 
 		 3111 bp  99.6  5e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.78043 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3582  acriflavin resistance protein  98.15 
 
 		 3210 bp  99.6  5e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4390  acriflavin resistance protein  82.42 
 
 		 3093 bp  97.6  2e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0580594 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28790  acriflavin resistance protein, AcrB/AcrD/AcrF family  88.76 
 
 		 3108 bp  97.6  2e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2844  acriflavin resistance protein  89.41 
 
 		 3108 bp  97.6  2e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.559797  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4555  acriflavin resistance protein  92.65 
 
 		 3129 bp  95.6  7e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.296261  normal  0.764409 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4417  acriflavin resistance protein  90.79 
 
 		 3282 bp  95.6  7e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4304  acriflavin resistance protein  90.79 
 
 		 3309 bp  95.6  7e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.123043  normal  0.121863 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2560  acriflavin resistance protein  88.64 
 
 		 3105 bp  95.6  7e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0478642  normal  0.875545 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5557  AcrB/AcrD/AcrF family protein  80 
 
 		 3099 bp  95.6  7e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.130118  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3893  multidrug ABC transporter  82.14 
 
 		 3108 bp  95.6  7e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2357  multidrug efflux system subunit MdtB  82.04 
 
 		 3123 bp  93.7  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.758009  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2313  multidrug efflux system subunit MdtB  82.04 
 
 		 3123 bp  93.7  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>