287 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene P9515_15501 on replicon NC_008817
Organism: Prochlorococcus marinus str. MIT 9515



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008817  P9515_15501  RNA-binding protein RbpD  100 
 
 
96 aa  197  3e-50  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1499  RNA-binding region RNP-1  62.5 
 
 
100 aa  118  1.9999999999999998e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.212691  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1510  RNA recognition motif-containing protein  65 
 
 
81 aa  115  9.999999999999999e-26  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.206818  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09671  RNA-binding protein RbpD  62.65 
 
 
104 aa  113  8.999999999999998e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11941  peptidylprolyl isomerase  61.8 
 
 
97 aa  110  5e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.408542  normal  0.27768 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1404  RNA-binding region RNP-1  63.64 
 
 
95 aa  108  3e-23  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.187524  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19341  hypothetical protein  59.26 
 
 
82 aa  107  4.0000000000000004e-23  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.39481  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1059  RNA recognition motif-containing protein  59.26 
 
 
82 aa  107  4.0000000000000004e-23  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1645  RNA recognition motif-containing protein  63.64 
 
 
95 aa  107  4.0000000000000004e-23  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0980  RNA-binding region RNP-1  62.5 
 
 
81 aa  106  1e-22  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  hitchhiker  0.000651233  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00131  RNA recognition motif-containing protein  53.75 
 
 
202 aa  100  5e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0014  RNA recognition motif-containing protein  53.75 
 
 
173 aa  100  5e-21  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00121  RNA recognition motif-containing protein  52.5 
 
 
250 aa  100  6e-21  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0705626  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1340  RNA recognition motif-containing protein  52.5 
 
 
250 aa  100  6e-21  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0014  RNA-binding region RNP-1  51.25 
 
 
196 aa  99  2e-20  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0890039  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_00121  RNA recognition motif-containing protein  55 
 
 
222 aa  98.6  3e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.239184  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_00131  RNA recognition motif-containing protein  51.25 
 
 
245 aa  97.8  4e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00821888 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4701  RNA-binding region RNP-1  48.31 
 
 
97 aa  97.8  5e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.000966249  normal  0.61972 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00121  RNA recognition motif-containing protein  53.75 
 
 
217 aa  96.3  1e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.044748  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0013  RNA-binding region RNP-1 (RNA recognition motif)  53.75 
 
 
222 aa  96.3  1e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4702  RNA-binding region RNP-1  50 
 
 
102 aa  96.7  1e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  decreased coverage  0.000166798  normal  0.614105 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00121  RNA recognition motif-containing protein  53.85 
 
 
203 aa  94  7e-19  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.3683  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1345  RNP-1 like RNA-binding protein  50 
 
 
104 aa  92.8  1e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1085  RNP-1 like RNA-binding protein  47.25 
 
 
99 aa  92.8  1e-18  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1085  RNP-1 like RNA-binding protein  45.24 
 
 
96 aa  90.5  8e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.239557 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1670  RNP-1 like RNA-binding protein  39.58 
 
 
105 aa  89.7  1e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.976785 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1679  RNA-binding region RNP-1  49.38 
 
 
94 aa  90.1  1e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1984  RNA-binding region RNP-1  46.51 
 
 
109 aa  89.7  1e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0341  RNP-1 like RNA-binding protein  45.24 
 
 
94 aa  87.8  5e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0348  RNP-1 like RNA-binding protein  45.24 
 
 
94 aa  87.8  5e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1552  RNP-1 like RNA-binding protein  44.32 
 
 
92 aa  87.4  6e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.863608 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1525  RNP-1 like RNA-binding protein  44.32 
 
 
92 aa  87.4  6e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1050  RNP-1 like RNA-binding protein  41.05 
 
 
98 aa  87.4  6e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1079  RNP-1 like RNA-binding protein  41.05 
 
 
98 aa  87.4  6e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.0000508915  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1999  RNA-binding region RNP-1  40 
 
 
95 aa  87.4  6e-17  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4663  RNP-1 like RNA-binding protein  42.86 
 
 
101 aa  87.4  6e-17  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.783898  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0027  RNA-binding region RNP-1  43.68 
 
 
99 aa  87  8e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.128331  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0974  RNA-binding region RNP-1  45.68 
 
 
103 aa  86.3  1e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.02422  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0252  RNP-1 like RNA-binding protein  46.75 
 
 
90 aa  86.3  1e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.313784 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4357  RNP-1 like RNA-binding protein  44.44 
 
 
97 aa  83.6  9e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0656  RNP-1 like RNA-binding protein  42.5 
 
 
110 aa  82.8  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.827058 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0128  RNA-binding region RNP-1  41.98 
 
 
103 aa  82.8  0.000000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3132  RNA-binding region RNP-1  43.21 
 
 
103 aa  83.2  0.000000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4044  RNP-1 like RNA-binding protein  44.44 
 
 
102 aa  82.8  0.000000000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4705  RNP-1 like RNA-binding protein  44.32 
 
 
99 aa  82.8  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.433444  normal  0.441649 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1863  RNA-binding region RNP-1  42.7 
 
 
89 aa  81.6  0.000000000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.253261  normal  0.255815 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1050  RNP-1 like RNA-binding protein  41.98 
 
 
111 aa  80.9  0.000000000000005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.423415  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4532  RNP-1 like RNA-binding protein  43.21 
 
 
98 aa  78.6  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.319676 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0679  RNA-binding region RNP-1  46.91 
 
 
107 aa  78.2  0.00000000000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1118  RNP-1 like RNA-binding protein  45.45 
 
 
101 aa  77.8  0.00000000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.761285  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0127  RNP-1 like RNA-binding protein  41.11 
 
 
90 aa  76.6  0.0000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00042932  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0803  RNP-1 like RNA-binding protein  44.44 
 
 
85 aa  75.9  0.0000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.296791  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1806  RNP-1 like RNA-binding protein  40.51 
 
 
90 aa  73.9  0.0000000000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1392  RNP-1 like RNA-binding protein  38.64 
 
 
89 aa  73.6  0.0000000000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000190115  unclonable  0.00000764419 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1023  RNA recognition motif-containing protein  36.67 
 
 
90 aa  73.2  0.000000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000000024568  normal  0.0362085 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2119  RNP-1 like RNA-binding protein  37.78 
 
 
90 aa  72.8  0.000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4642  RNA-binding region RNP-1  44.44 
 
 
102 aa  72.8  0.000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0167628  normal  0.0600558 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2769  RNA-binding protein, RNP-1  35.79 
 
 
119 aa  72  0.000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  unclonable  0.00000000000135251  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1551  RNA recognition motif-containing protein  37.78 
 
 
90 aa  72.4  0.000000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000000000189829  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1240  RNA-binding region RNP-1  40.74 
 
 
82 aa  72  0.000000000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0106  RNP-1 like RNA-binding protein  40.26 
 
 
90 aa  71.6  0.000000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1024  RNP-1 like RNA-binding protein  40.51 
 
 
89 aa  71.6  0.000000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.107096  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2407  RNA binding protein  41.25 
 
 
143 aa  71.2  0.000000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2100  RNP-1 like RNA-binding protein  37.78 
 
 
90 aa  71.2  0.000000000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0627  RNA-binding protein  39.53 
 
 
97 aa  70.9  0.000000000006  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.236494 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0088  RNA recognition motif-containing protein  40.54 
 
 
99 aa  70.9  0.000000000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0793  RNA-binding region RNP-1  41.25 
 
 
87 aa  70.5  0.000000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.000000000000424033  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1867  RNP1-like RNA-binding protein  45 
 
 
89 aa  70.1  0.000000000009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000148151  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1236  RNP-1 like RNA-binding protein  38.89 
 
 
90 aa  70.1  0.00000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.05811 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1273  RNP-1 like RNA-binding protein  40.26 
 
 
90 aa  69.3  0.00000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000000138361  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1303  RNP-1 like RNA-binding protein  40.43 
 
 
114 aa  68.9  0.00000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2851  RNP-1 like RNA-binding protein  43.21 
 
 
97 aa  69.3  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3438  RNP-1 like RNA-binding protein  39.74 
 
 
125 aa  68.9  0.00000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0963576  normal  0.0234751 
 
 
-
 
NC_006692  CNG02940  glycine-rich RNA binding protein, putative  39.74 
 
 
182 aa  68.6  0.00000000003  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2093  RNP-1 like RNA-binding protein  40.79 
 
 
91 aa  67.8  0.00000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0191  RNP-1 like RNA-binding protein  40.51 
 
 
87 aa  67  0.00000000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.00000794742  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2364  RNP-1 like RNA-binding protein  42.67 
 
 
89 aa  66.6  0.00000000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.000000000400721  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0493  RNP-1 like RNA-binding protein  41.77 
 
 
88 aa  66.2  0.0000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.547596  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1927  RNP-1 like RNA-binding protein  39.24 
 
 
88 aa  66.6  0.0000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0195  RNA-binding protein  39.08 
 
 
151 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000237988  normal  0.0118199 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0140  RNP-1-like RNA-binding protein  37.04 
 
 
152 aa  66.2  0.0000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000056681  normal  0.0664394 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1394  RNP-1 like RNA-binding protein  40.26 
 
 
95 aa  65.5  0.0000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000346845  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4708  RNP-1 like RNA-binding protein  32.97 
 
 
156 aa  65.5  0.0000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000000908664  normal  0.0456447 
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_8269  predicted protein  38.46 
 
 
77 aa  65.5  0.0000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1038  RNP-1 like RNA-binding protein  33.72 
 
 
98 aa  65.9  0.0000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1175  RNA-binding region RNP-1  41.25 
 
 
114 aa  65.9  0.0000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00471275  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1761  RNP-1 like RNA-binding protein  41.25 
 
 
96 aa  65.9  0.0000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.00000000000106406  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0195  RNP-1 like RNA-binding protein  35.9 
 
 
88 aa  65.1  0.0000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00308169 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2980  RNP-1 like RNA-binding protein  37.5 
 
 
241 aa  65.5  0.0000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0728065  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0093  RNP-1 like RNA-binding protein  39.19 
 
 
90 aa  65.1  0.0000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.249238  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2020  RNP-1 like RNA-binding protein  37.08 
 
 
88 aa  65.1  0.0000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.0000000834021  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0233  RNA-binding protein  36.05 
 
 
149 aa  65.1  0.0000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000540695  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0084  RNP-1 like RNA-binding protein  38.27 
 
 
122 aa  65.5  0.0000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000000718119  unclonable  0.00000880793 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3805  RNA-binding region RNP-1  34.18 
 
 
162 aa  64.7  0.0000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.169382 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2964  RNP-1 like RNA-binding protein  39.24 
 
 
88 aa  64.7  0.0000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2264  RNP-1 like RNA-binding protein  38.27 
 
 
101 aa  64.7  0.0000000004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000000683035  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1753  RNP-1 like RNA-binding protein  41.03 
 
 
87 aa  64.7  0.0000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.787076 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2673  RNP-1 like RNA-binding protein  39.19 
 
 
90 aa  64.7  0.0000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00000512984  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_02989  glycine-rich RNA-binding protein, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G08580)  38.46 
 
 
128 aa  64.3  0.0000000005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0108473  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4336  RNP-1-like RNA-binding protein  35.8 
 
 
155 aa  64.3  0.0000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000106713  hitchhiker  0.0000013394 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>