52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_3843 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_3843  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 112 aa  224  3e-58  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0843  XRE family transcriptional regulator  59.62 
 
 		 112 aa  130  7.999999999999999e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.107177  normal  0.529462 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0766  transcriptional regulator, XRE family  61 
 
 		 111 aa  129  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.135908  normal  0.0218259 
 
 
-
 
NC_007615  Nmul_B2804  XRE family transcriptional regulator  45.56 
 
 		 117 aa  90.9  5e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0935  XRE family transcriptional regulator  43.56 
 
 		 107 aa  88.6  3e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.438859  normal  1 
 
 
-
 
NC_007617  Nmul_D2814  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 113 aa  85.1  3e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.500947  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2999  XRE family transcriptional regulator  43.18 
 
 		 111 aa  83.6  0.000000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.749674 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3587  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 105 aa  82.4  0.000000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.400871  normal  0.443277 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3340  Fis family transcriptional regulator  43.02 
 
 		 115 aa  82  0.000000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0220976  normal  0.437854 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2380  XRE family transcriptional regulator  40.59 
 
 		 107 aa  81.6  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1130  transcriptional regulator, XRE family  40.4 
 
 		 109 aa  80.1  0.000000000000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3745  XRE family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 106 aa  79.3  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0603031  n/a   
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6394  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 112 aa  78.2  0.00000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4303  XRE family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 106 aa  78.6  0.00000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.958774 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2770  transcriptional regulator, XRE family  38.38 
 
 		 115 aa  77.4  0.00000000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1383  hypothetical protein  40 
 
 		 102 aa  75.9  0.0000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4350  transcriptional regulator  38.24 
 
 		 116 aa  75.5  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.149583  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1883  XRE family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 109 aa  73.9  0.0000000000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.393297  normal  0.613719 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2510  XRE family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 109 aa  72  0.000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.782316  normal  0.106202 
 
 
-
 
NC_011723  PCC8801_4541  transcriptional regulator  35.58 
 
 		 109 aa  70.5  0.000000000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  normal  1  normal  0.800191 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1135  transcriptional regulator, XRE family  37.11 
 
 		 114 aa  67.4  0.00000000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00125994  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3690  XRE family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 108 aa  67.4  0.00000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0917  XRE family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 109 aa  64.3  0.0000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2260  XRE family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 91 aa  63.5  0.0000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.237375  normal  0.775485 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1046  hypothetical protein  37.66 
 
 		 277 aa  59.7  0.00000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2858  XRE family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 111 aa  59.7  0.00000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.699702  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0069  XRE family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 112 aa  57  0.00000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00141281  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2925  hypothetical protein  35.87 
 
 		 106 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0944333  normal  1 
 
 
-
 
NC_004632  PSPTO_B0026  hypothetical protein  33.8 
 
 		 95 aa  50.4  0.000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.0000862843  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0118  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 94 aa  49.7  0.00001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0549  transcriptional regulator, XRE family  35.14 
 
 		 94 aa  49.7  0.00001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0731  hypothetical protein  27.08 
 
 		 111 aa  48.5  0.00003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0267154  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4450  XRE family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 119 aa  48.5  0.00003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0997  hypothetical protein  28.57 
 
 		 100 aa  48.1  0.00004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.293899 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5325  XRE family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 93 aa  47.8  0.00005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.307634 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7058  transcriptional regulator, XRE family  30.59 
 
 		 104 aa  47.8  0.00005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1358  helix-turn-helix domain-containing protein  35.62 
 
 		 94 aa  47.8  0.00005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3517  XRE family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 93 aa  47.4  0.00006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1109  XRE family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 93 aa  47.4  0.00007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.814199  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4348  hypothetical protein  35.71 
 
 		 93 aa  46.2  0.0002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.229274  normal  0.60758 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2102  hypothetical protein  35.71 
 
 		 93 aa  45.4  0.0003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0745  XRE family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 93 aa  44.3  0.0006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.442536  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1226  XRE family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 93 aa  44.3  0.0006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.665684  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1199  XRE family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 93 aa  43.9  0.0007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0441621  normal  0.644581 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1109  transcriptional regulator, XRE family  38.57 
 
 		 93 aa  43.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1039  hypothetical protein  34.29 
 
 		 93 aa  43.5  0.001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4335  XRE family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 93 aa  43.5  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.827532  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0182  transcriptional regulator, XRE family  36.07 
 
 		 89 aa  42  0.003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3840  hypothetical protein  30.99 
 
 		 93 aa  41.2  0.006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.12776  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6342  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 86 aa  40.8  0.006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.112314  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3000  putative DNA-binding protein  30.51 
 
 		 96 aa  40.8  0.007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.214867 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0997  putative DNA-binding protein  30.51 
 
 		 96 aa  40.8  0.007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>