41 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_2260 on replicon NC_010551
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010551  BamMC406_2260  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 91 aa  186  1e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.237375  normal  0.775485 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2380  XRE family transcriptional regulator  98.9 
 
 		 107 aa  185  2e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0935  XRE family transcriptional regulator  90.11 
 
 		 107 aa  170  5.999999999999999e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.438859  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4303  XRE family transcriptional regulator  65.91 
 
 		 106 aa  124  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.958774 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3340  Fis family transcriptional regulator  74.67 
 
 		 115 aa  117  7.999999999999999e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0220976  normal  0.437854 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1383  hypothetical protein  63.95 
 
 		 102 aa  111  3e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1883  XRE family transcriptional regulator  61.36 
 
 		 109 aa  97.1  7e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.393297  normal  0.613719 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2510  XRE family transcriptional regulator  59.09 
 
 		 109 aa  96.3  1e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.782316  normal  0.106202 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1130  transcriptional regulator, XRE family  46.59 
 
 		 109 aa  77  0.00000000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007617  Nmul_D2814  XRE family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 113 aa  74.7  0.0000000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.500947  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2999  XRE family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 111 aa  71.6  0.000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.749674 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2858  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 111 aa  67.8  0.00000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.699702  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2770  transcriptional regulator, XRE family  41.11 
 
 		 115 aa  66.2  0.0000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3843  XRE family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 112 aa  63.5  0.0000000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3745  XRE family transcriptional regulator  39.51 
 
 		 106 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0603031  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0917  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 109 aa  63.2  0.000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0766  transcriptional regulator, XRE family  37.21 
 
 		 111 aa  60.1  0.00000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.135908  normal  0.0218259 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3587  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 105 aa  59.3  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.400871  normal  0.443277 
 
 
-
 
NC_007615  Nmul_B2804  XRE family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 117 aa  58.5  0.00000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0843  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 112 aa  57.8  0.00000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.107177  normal  0.529462 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5524  helix-turn-helix domain-containing protein  39.44 
 
 		 92 aa  52.8  0.000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.280888  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0069  XRE family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 112 aa  52.8  0.000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00141281  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1135  transcriptional regulator, XRE family  36.99 
 
 		 114 aa  52.8  0.000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00125994  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7058  transcriptional regulator, XRE family  38.36 
 
 		 104 aa  50.4  0.000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011723  PCC8801_4541  transcriptional regulator  28.41 
 
 		 109 aa  50.4  0.000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  normal  1  normal  0.800191 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1046  hypothetical protein  41.54 
 
 		 277 aa  50.4  0.000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1024  XRE family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 93 aa  50.1  0.00001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1304  hypothetical protein  32.05 
 
 		 98 aa  48.5  0.00003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0120517  n/a   
 
 
-
 
NC_004632  PSPTO_B0026  hypothetical protein  32.39 
 
 		 95 aa  48.9  0.00003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.0000862843  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0997  putative DNA-binding protein  34.33 
 
 		 96 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3000  putative DNA-binding protein  34.33 
 
 		 96 aa  47  0.0001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.214867 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4450  XRE family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 119 aa  44.7  0.0004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2925  hypothetical protein  32.14 
 
 		 106 aa  44.3  0.0006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0944333  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4350  transcriptional regulator  31.11 
 
 		 116 aa  43.9  0.0007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.149583  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0038  hypothetical protein  33.33 
 
 		 100 aa  43.9  0.0008  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.203606  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0931  hypothetical protein  37.1 
 
 		 91 aa  42.7  0.001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0970466  n/a   
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6394  XRE family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 112 aa  43.1  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0795  hypothetical protein  30.14 
 
 		 108 aa  43.1  0.001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3690  XRE family transcriptional regulator  22.5 
 
 		 108 aa  42.4  0.002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3475  hypothetical protein  31.51 
 
 		 103 aa  42.4  0.002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0241764  normal  0.020416 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0281  hypothetical protein  27.4 
 
 		 108 aa  40.8  0.006  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>