58 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4350 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4350  transcriptional regulator  100 
 
 		 116 aa  229  1e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.149583  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1130  transcriptional regulator, XRE family  51.92 
 
 		 109 aa  103  5e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2770  transcriptional regulator, XRE family  51.14 
 
 		 115 aa  93.6  8e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0843  XRE family transcriptional regulator  48.51 
 
 		 112 aa  89.4  1e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.107177  normal  0.529462 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3745  XRE family transcriptional regulator  48 
 
 		 106 aa  85.1  3e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0603031  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0935  XRE family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 107 aa  80.1  0.000000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.438859  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3843  XRE family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 112 aa  79.3  0.00000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0766  transcriptional regulator, XRE family  45.36 
 
 		 111 aa  79  0.00000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.135908  normal  0.0218259 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3340  Fis family transcriptional regulator  42.53 
 
 		 115 aa  76.3  0.0000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0220976  normal  0.437854 
 
 
-
 
NC_011723  PCC8801_4541  transcriptional regulator  38.24 
 
 		 109 aa  76.3  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  normal  1  normal  0.800191 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3587  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 		 105 aa  75.9  0.0000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.400871  normal  0.443277 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4303  XRE family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 106 aa  75.5  0.0000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.958774 
 
 
-
 
NC_007615  Nmul_B2804  XRE family transcriptional regulator  43.96 
 
 		 117 aa  74.3  0.0000000000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007617  Nmul_D2814  XRE family transcriptional regulator  42.48 
 
 		 113 aa  72.8  0.000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.500947  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2999  XRE family transcriptional regulator  43.18 
 
 		 111 aa  72  0.000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.749674 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2858  XRE family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 111 aa  69.7  0.00000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.699702  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD1304  hypothetical protein  41.33 
 
 		 98 aa  69.3  0.00000000002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0120517  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2380  XRE family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 107 aa  68.2  0.00000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6394  XRE family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 112 aa  67.4  0.00000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0997  hypothetical protein  40.86 
 
 		 100 aa  67.4  0.00000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.293899 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0917  XRE family transcriptional regulator  41.49 
 
 		 109 aa  67.4  0.00000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1383  hypothetical protein  38.14 
 
 		 102 aa  64.3  0.0000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1883  XRE family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 109 aa  62.4  0.000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.393297  normal  0.613719 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2510  XRE family transcriptional regulator  39 
 
 		 109 aa  61.6  0.000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.782316  normal  0.106202 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0731  hypothetical protein  34.02 
 
 		 111 aa  60.8  0.000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0267154  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7058  transcriptional regulator, XRE family  42.17 
 
 		 104 aa  59.7  0.00000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1135  transcriptional regulator, XRE family  35.23 
 
 		 114 aa  56.6  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00125994  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0931  hypothetical protein  39.77 
 
 		 91 aa  55.1  0.0000003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0970466  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1358  helix-turn-helix domain-containing protein  43.42 
 
 		 94 aa  52  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0549  transcriptional regulator, XRE family  42.11 
 
 		 94 aa  52.8  0.000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3690  XRE family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 108 aa  48.1  0.00004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2004  hypothetical protein  36.84 
 
 		 95 aa  46.6  0.0001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.174278  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0038  hypothetical protein  43.48 
 
 		 100 aa  46.2  0.0001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.203606  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2260  XRE family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 91 aa  46.6  0.0001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.237375  normal  0.775485 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4132  transcriptional regulator, XRE family  28.71 
 
 		 113 aa  45.4  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4238  XRE family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 113 aa  45.4  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0795  hypothetical protein  35.38 
 
 		 108 aa  44.7  0.0004  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0997  putative DNA-binding protein  35.59 
 
 		 96 aa  44.7  0.0005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3000  putative DNA-binding protein  35.59 
 
 		 96 aa  44.3  0.0005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.214867 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4297  XRE family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 113 aa  44.3  0.0005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4189  XRE family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 113 aa  44.3  0.0005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1046  hypothetical protein  35 
 
 		 277 aa  43.5  0.0009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0281  hypothetical protein  39.22 
 
 		 108 aa  42.7  0.002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2925  hypothetical protein  34.44 
 
 		 106 aa  42  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0944333  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0483  transcriptional regulator, XRE family  35.71 
 
 		 105 aa  42  0.003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1581  hypothetical protein  40.82 
 
 		 94 aa  41.2  0.004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.89904  normal  0.044481 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0745  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 93 aa  41.6  0.004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.442536  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1226  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 93 aa  41.6  0.004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.665684  n/a   
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5524  helix-turn-helix domain-containing protein  33.8 
 
 		 92 aa  41.6  0.004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.280888  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1141  hypothetical protein  31.58 
 
 		 93 aa  40.4  0.007  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.328884  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0182  transcriptional regulator, XRE family  41.94 
 
 		 89 aa  40.4  0.007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0402  hypothetical protein  31.58 
 
 		 93 aa  40.4  0.007  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.782427  n/a   
 
 
-
 
NC_004632  PSPTO_B0026  hypothetical protein  31.94 
 
 		 95 aa  40.8  0.007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.0000862843  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3975  XRE family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 110 aa  40.4  0.008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0868503 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0276  Cro/CI family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 107 aa  40.4  0.009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000123998 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1199  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 93 aa  40  0.01  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0441621  normal  0.644581 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1109  XRE family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 93 aa  40  0.01  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.814199  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0293  hypothetical protein  33.93 
 
 		 107 aa  40  0.01  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000404115  normal  0.251611 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>