213 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_2531 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010725  Mpop_2459  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  89.68 
 
 
467 aa  816    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.343521 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2754  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  98.5 
 
 
467 aa  947    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.853539 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3762  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  74.84 
 
 
462 aa  720    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.12101  normal  0.44256 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2531  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  100 
 
 
467 aa  958    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.695435  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6363  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  68.68 
 
 
465 aa  587  1e-166  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.111638 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0155  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  58.75 
 
 
476 aa  508  1e-143  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0663  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  51.62 
 
 
464 aa  462  1e-129  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3129  DNA photolyase, FAD-binding  48.59 
 
 
468 aa  402  1e-111  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04990  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.4 
 
 
466 aa  370  1e-101  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2139  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.24 
 
 
456 aa  368  1e-100  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0725  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.7 
 
 
455 aa  347  2e-94  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3221  deoxyribodipyrimidine photolyase  41.41 
 
 
448 aa  341  1e-92  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.147791  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3500  DNA photolyase FAD-binding protein  38.95 
 
 
453 aa  337  1.9999999999999998e-91  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0876  DNA photolyase, class 2  39.57 
 
 
459 aa  308  2.0000000000000002e-82  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1961  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  40.04 
 
 
468 aa  306  7e-82  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.351083  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_45715  predicted protein  40.04 
 
 
467 aa  305  8.000000000000001e-82  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.380145  normal  0.059566 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1775  deoxyribodipyrimidine photolyase  40.61 
 
 
447 aa  303  6.000000000000001e-81  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00154316  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0767  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.6 
 
 
451 aa  297  3e-79  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.268516 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4497  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  39.87 
 
 
446 aa  296  4e-79  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.112755  normal  0.578419 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0179  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  40.43 
 
 
487 aa  293  4e-78  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1321  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.19 
 
 
469 aa  285  9e-76  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.533615  normal  0.0703748 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0527  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  37.9 
 
 
462 aa  281  2e-74  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2829  deoxyribodipyrimidine photolyase, putative  39.46 
 
 
461 aa  280  4e-74  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.242896  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2012  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.9 
 
 
450 aa  279  9e-74  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1936  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.51 
 
 
494 aa  275  9e-73  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0522  DNA photolyase, class 2  35.05 
 
 
495 aa  273  4.0000000000000004e-72  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.372488 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2851  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.93 
 
 
473 aa  270  2.9999999999999997e-71  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0415  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.88 
 
 
452 aa  254  2.0000000000000002e-66  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3007  DNA photolyase FAD-binding  36.93 
 
 
493 aa  250  3e-65  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.742505 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3226  DNA photolyase FAD-binding  36.68 
 
 
486 aa  244  3e-63  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.575372  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3125  DNA photolyase FAD-binding  36.68 
 
 
486 aa  242  1e-62  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.848481  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2693  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.58 
 
 
449 aa  236  5.0000000000000005e-61  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1430  DNA photolyase FAD-binding protein  33 
 
 
493 aa  234  2.0000000000000002e-60  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_30886  predicted protein  34.96 
 
 
506 aa  224  3e-57  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.25268 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3028  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  37.01 
 
 
490 aa  223  8e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009367  OSTLU_41733  predicted protein  35.16 
 
 
477 aa  216  7e-55  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.908244  normal  0.188048 
 
 
-
 
NC_009375  OSTLU_36787  predicted protein  35.16 
 
 
477 aa  216  7e-55  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.00684152  hitchhiker  0.00249943 
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_51952  class II CPD photolyase  32.92 
 
 
511 aa  214  3.9999999999999995e-54  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4973  DNA photolyase FAD-binding protein  33.4 
 
 
496 aa  211  3e-53  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.179925 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2716  deoxyribodipyrimidine photolyase  32.51 
 
 
490 aa  210  5e-53  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0288  DNA photolyase FAD-binding protein  32.1 
 
 
843 aa  191  2e-47  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2747  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  25.27 
 
 
474 aa  82.8  0.00000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00995843  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1215  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.45 
 
 
477 aa  81.6  0.00000000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.300983  hitchhiker  0.000693547 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0820  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.82 
 
 
469 aa  75.1  0.000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.627339 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1268a  deoxyribodipyrimidine photolyase  24.66 
 
 
452 aa  74.7  0.000000000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.432586  n/a   
 
 
-
 
NC_011689  PHATRDRAFT_49165  predicted protein  29.12 
 
 
495 aa  74.3  0.000000000004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.69324  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3356  deoxyribodipyrimidine photolyase  27.87 
 
 
483 aa  74.3  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.617341  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0377  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.22 
 
 
486 aa  72.4  0.00000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.215425 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02016  DNA photolyase  29.92 
 
 
474 aa  71.6  0.00000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0782959  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2469  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.93 
 
 
475 aa  71.6  0.00000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000205711 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4411  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  24.89 
 
 
487 aa  69.7  0.0000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00088119  normal  0.0752784 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3098  deoxyribodipyrimidine photolyase  25.94 
 
 
487 aa  69.3  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.383524  normal  0.0341678 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0870  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  24.72 
 
 
479 aa  68.9  0.0000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.040956 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1604  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.62 
 
 
486 aa  67.8  0.0000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0271  hypothetical protein  24.46 
 
 
471 aa  67.8  0.0000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0266  hypothetical protein  24.46 
 
 
471 aa  67.8  0.0000000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1394  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.86 
 
 
483 aa  67.4  0.0000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4676  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.33 
 
 
500 aa  67.4  0.0000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.499221 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3446  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.53 
 
 
491 aa  67  0.0000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.998107  normal  0.118354 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1613  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.06 
 
 
425 aa  67  0.0000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4086  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.48 
 
 
449 aa  67  0.0000000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.703366  normal  0.759953 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2364  deoxyribodipyrimidine photolyase  28.21 
 
 
487 aa  65.9  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.513248 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04795  photolyase  24.25 
 
 
472 aa  64.3  0.000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.722935  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4270  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.72 
 
 
473 aa  63.5  0.000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.397965  normal  0.444789 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0513  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.3 
 
 
475 aa  63.5  0.000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.237418 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1562  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.73 
 
 
471 aa  63.2  0.000000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.51951  normal  0.490223 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2903  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  25.34 
 
 
478 aa  61.6  0.00000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.599485  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1907  DNA photolyase, class 2  41.18 
 
 
104 aa  61.2  0.00000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4932  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  29.88 
 
 
481 aa  60.8  0.00000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1364  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.06 
 
 
473 aa  60.5  0.00000007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1262  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.33 
 
 
463 aa  60.5  0.00000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.103305  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0239  deoxyribodipyrimidine photolyase  23.75 
 
 
477 aa  60.1  0.00000008  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.52668  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5899  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.45 
 
 
519 aa  60.1  0.00000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0769953  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2178  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.45 
 
 
519 aa  60.1  0.00000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.240707  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1759  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  27.01 
 
 
454 aa  59.3  0.0000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0257219  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3589  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  23.79 
 
 
483 aa  58.9  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2125  deoxyribodipyrimidine photolyase  25.68 
 
 
479 aa  57.8  0.0000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1815  deoxyribodipyrimidine photolyase  32.08 
 
 
486 aa  56.2  0.000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.496869  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1441  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.26 
 
 
481 aa  55.8  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3384  deoxyribodipyrimidine photolyase  27.96 
 
 
512 aa  55.5  0.000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2217  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.63 
 
 
525 aa  55.8  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.511177  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1166  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  29.83 
 
 
493 aa  55.1  0.000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2257  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.94 
 
 
442 aa  55.5  0.000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0915  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.05 
 
 
477 aa  55.5  0.000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41430  Deoxyribodipyrimidine photolyase  30.26 
 
 
468 aa  55.8  0.000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1615  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.27 
 
 
471 aa  55.5  0.000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2256  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  26.64 
 
 
479 aa  54.7  0.000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.786952  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0430  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  28.16 
 
 
541 aa  54.3  0.000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0339  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  23.83 
 
 
484 aa  54.7  0.000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1467  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.61 
 
 
481 aa  54.7  0.000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0810  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  29.31 
 
 
470 aa  54.7  0.000004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1145  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  29.38 
 
 
476 aa  54.7  0.000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0998  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.3 
 
 
453 aa  54.3  0.000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0636  deoxyribodipyrimidine photolyase  30.77 
 
 
497 aa  54.3  0.000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4692  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.45 
 
 
476 aa  54.3  0.000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2838  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.12 
 
 
497 aa  54.3  0.000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.182548  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5903  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  23.88 
 
 
436 aa  54.3  0.000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.696635 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2911  deoxyribodipyrimidine photolyase  30.77 
 
 
534 aa  53.9  0.000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.152719  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3038  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.26 
 
 
477 aa  53.9  0.000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1691  deoxyribodipyrimidine photolyase  30.77 
 
 
486 aa  53.9  0.000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.647987  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>